genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397262.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_67.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8984705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7594032--7594068	19	1.9	19	89	10	58	45	0	2	51	1.15
7596894--7596927	3	11.3	3	87	0	50	64	2	0	32	1.08
7600095--7600122	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7608617--7608734	59	2.0	61	83	6	152	33	16	13	36	1.87
7610391--7610417	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
7613921--7613946	5	5.2	5	100	0	52	0	42	0	57	0.98
7615468--7615496	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7619720--7619753	10	3.3	10	91	4	50	88	2	2	5	0.70
7624990--7625025	16	2.3	16	90	4	56	44	2	0	52	1.15
7624995--7625064	22	3.3	22	69	15	74	45	4	0	50	1.21
7624968--7625075	42	2.7	38	87	8	137	42	4	0	51	1.28
7626447--7626481	10	3.5	10	92	0	52	60	0	40	0	0.97
7626997--7627046	15	3.3	15	85	0	64	6	48	0	46	1.27
7627001--7627058	15	3.6	15	78	15	62	6	48	0	44	1.29
7627179--7627217	10	3.7	10	83	10	51	0	43	2	53	1.14
7636082--7636218	63	2.2	64	84	6	172	47	10	11	30	1.73
7636044--7636242	64	3.1	64	75	9	183	44	12	14	29	1.80
7642123--7642164	2	23.0	2	81	18	56	50	0	0	50	1.00
7642122--7642163	13	3.1	15	83	16	56	47	0	0	52	1.00
7642123--7642164	17	2.6	16	92	7	68	50	0	0	50	1.00
7642599--7642658	24	2.6	23	78	14	70	50	1	1	46	1.21
7642773--7642822	22	2.3	22	80	16	59	50	6	4	40	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7642820--7642871	15	3.8	14	77	12	54	42	3	3	50	1.39
7658051--7658114	31	2.0	32	82	8	78	57	1	4	35	1.29
7658076--7658130	26	2.1	26	100	0	110	52	3	7	36	1.47
7668942--7668976	18	1.9	18	94	0	61	17	0	62	20	1.32
7668978--7669031	18	3.0	18	71	10	56	7	9	55	27	1.58
7669023--7669066	18	2.4	18	84	0	61	11	9	59	20	1.59
7669055--7669144	21	4.4	21	66	22	66	11	6	58	23	1.55
7669100--7669150	24	2.1	24	88	0	75	11	5	56	25	1.57
7669026--7669144	60	2.0	60	88	0	175	11	7	57	22	1.59
7669064--7669153	30	3.0	30	73	10	94	12	7	56	23	1.61
7669158--7669228	18	3.9	18	70	7	63	8	7	57	26	1.54
7669064--7669186	60	2.1	58	82	11	142	13	7	56	22	1.61
7669058--7669230	36	4.8	36	75	5	127	12	6	57	23	1.59
7669202--7669282	30	2.7	30	78	0	81	6	13	55	24	1.61
7669894--7669934	22	1.9	22	85	5	57	39	0	0	60	0.96
7670472--7670574	52	2.0	53	88	3	156	33	14	13	37	1.86
7691855--7692524	218	3.1	218	86	2	893	44	22	7	24	1.80
7698341--7698691	178	2.0	181	82	7	439	43	8	14	33	1.75
7705148--7705184	15	2.3	17	86	9	51	86	5	8	0	0.70
7708263--7708332	30	2.3	30	100	0	140	50	5	7	37	1.54
7709860--7709985	32	3.9	32	85	2	153	34	11	19	33	1.89
7709924--7710431	194	2.6	192	86	6	684	36	14	20	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7733845--7733881	18	2.1	18	94	0	65	43	21	0	35	1.53
7736618--7736662	21	2.0	23	83	8	58	42	0	0	57	0.98
7738162--7738213	4	13.2	4	83	4	70	25	1	19	53	1.55
7741370--7741418	3	16.3	3	95	0	89	30	0	2	67	1.02
7777930--7778005	23	3.5	22	72	16	68	51	0	1	47	1.09
7777915--7777965	8	6.2	8	78	13	50	58	0	1	39	1.09
7777923--7777965	13	3.4	13	77	3	52	55	0	2	41	1.12
7777916--7778013	31	3.3	31	76	6	89	56	0	1	42	1.06
7785336--7785551	109	2.0	105	88	3	315	27	26	25	20	1.99
7785996--7786050	24	2.2	25	93	3	94	58	1	23	16	1.48
7792539--7792582	20	2.3	19	84	4	52	54	15	2	27	1.53
7799556--7799602	4	11.8	4	95	0	58	42	23	8	25	1.82
7803201--7803267	9	7.1	9	75	9	62	16	64	2	16	1.42
7803201--7803267	18	3.6	18	75	11	71	16	64	2	16	1.42
7803213--7803272	30	2.0	30	93	0	102	15	61	1	21	1.42
7803657--7803687	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
7806501--7806541	17	2.3	19	87	8	59	21	19	7	51	1.71
7806501--7806549	19	2.8	17	87	6	62	20	22	6	51	1.69
7812819--7812905	29	3.0	28	80	12	95	31	8	3	57	1.44
7812818--7812903	30	2.9	30	80	11	97	30	6	3	59	1.41
7814541--7814584	23	1.9	23	86	9	63	59	2	0	38	1.10
7815985--7816036	16	3.3	16	74	15	54	73	0	3	23	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7815968--7816189	117	1.9	116	89	3	349	52	4	4	38	1.42
7816103--7816148	17	2.8	18	81	18	57	67	0	4	28	1.10
7816103--7816151	16	3.1	16	77	11	55	65	0	4	30	1.11
7818910--7818956	23	2.0	25	83	8	62	40	2	0	57	1.11
7822283--7822333	6	8.3	6	84	4	57	33	5	33	27	1.81
7822305--7822333	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
7825934--7825971	16	2.4	16	95	0	67	18	15	31	34	1.92
7841653--7841680	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
7842993--7843054	29	2.3	26	81	13	72	54	0	0	45	0.99
7842981--7843058	26	3.1	25	77	22	83	55	0	0	44	0.99
7850485--7850613	63	2.0	64	96	1	242	37	15	18	27	1.91
7855967--7856027	30	2.0	30	90	0	95	42	11	18	27	1.84
7857472--7857534	17	3.9	17	76	15	71	73	3	1	22	1.07
7857469--7857532	32	2.0	32	90	6	103	70	3	1	25	1.11
7857823--7857861	18	2.1	19	85	9	53	56	7	0	35	1.28
7860495--7860528	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
7885617--7885664	17	2.8	17	84	6	53	50	6	6	37	1.53
7889968--7890044	39	2.0	39	97	0	145	23	23	24	28	1.99
7893745--7893783	16	2.4	17	83	12	55	66	2	0	30	1.05
7893827--7893863	20	1.9	19	89	10	58	24	0	2	72	0.97
7898591--7898636	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
7915654--7915702	21	2.3	21	85	3	62	81	2	14	2	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7939336--7939383	11	4.4	11	76	7	53	47	0	4	47	1.21
7947293--7947326	17	2.0	17	88	11	52	44	0	0	55	0.99
7947295--7947360	20	3.2	20	72	27	57	51	0	0	48	1.00
7952729--7952766	18	2.1	19	85	9	53	39	0	5	55	1.23
7953510--7953549	20	2.0	20	100	0	80	45	5	15	35	1.68
7953511--7953559	20	2.5	20	89	0	62	44	6	16	32	1.72
7956290--7956327	20	1.9	20	88	0	58	55	15	15	13	1.70
7964607--7964664	29	2.0	29	93	0	98	32	29	15	22	1.95
7965738--7965766	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7973460--7973484	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
7976002--7976069	32	2.1	32	83	5	84	69	0	2	27	1.03
7976002--7976106	31	3.6	30	72	22	98	67	0	2	29	1.05
7976123--7976180	8	6.9	8	79	11	53	75	1	0	22	0.89
7976038--7976185	36	3.9	37	73	18	119	69	1	0	28	1.01
7975998--7976166	26	6.5	26	64	19	77	66	1	1	30	1.09
7976215--7976314	23	4.2	23	73	22	73	66	0	2	32	1.03
7976135--7976373	113	2.0	119	82	12	298	62	0	5	30	1.22
7987490--7988025	41	13.1	42	76	11	340	21	12	51	14	1.75
7987500--7988025	82	6.5	82	73	10	409	21	12	50	15	1.77
8025095--8025173	39	2.0	39	95	0	140	37	7	15	39	1.76
8044346--8044370	12	2.1	12	100	0	50	68	8	24	0	1.16
8053907--8053939	17	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8062296--8062373	40	1.9	39	82	10	95	70	10	6	12	1.33
8078690--8078728	6	6.5	6	90	0	51	0	51	0	48	1.00
8081055--8081112	25	2.3	25	93	0	107	31	6	25	36	1.83
8084925--8084978	15	3.5	15	72	22	58	51	0	42	5	1.25
8084918--8084987	31	2.3	31	97	0	131	50	0	38	11	1.39
8088275--8088301	3	9.0	3	100	0	54	33	33	33	0	1.58
8105898--8106113	72	3.0	72	79	0	252	27	10	30	31	1.90
8130782--8130808	1	27.0	1	100	0	54	0	0	100	0	0.00
8132999--8133032	14	2.4	14	100	0	68	44	14	20	20	1.87
8137350--8137413	30	2.1	30	97	0	119	31	28	7	32	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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