genome.fa.s2637.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3156206

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1589--1631	20	2.2	20	82	0	50	18	4	16	60	1.52
2215--2283	6	10.7	6	74	13	57	18	17	18	44	1.86
2215--2299	13	6.5	13	79	0	80	18	20	20	41	1.91
2215--2296	26	3.2	26	94	0	137	18	18	20	42	1.89
2202--2299	39	2.6	38	80	6	99	19	18	19	42	1.89
4521--4578	31	1.9	31	89	3	91	43	8	6	41	1.62
4596--4638	16	2.9	15	90	10	70	23	0	6	69	1.12
9678--9748	22	3.5	21	81	9	76	32	18	21	28	1.96
10073--10403	54	6.1	54	89	0	491	33	16	17	31	1.93
16039--16102	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
18457--18507	22	2.2	23	83	13	61	56	1	1	39	1.22
19532--19975	224	2.0	223	93	2	757	45	8	7	39	1.61
20041--20086	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
20208--20254	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
20217--20259	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
22481--22545	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
22579--22644	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
24436--24484	19	2.6	19	90	6	73	30	4	10	55	1.52
24609--25885	197	6.5	197	98	0	2457	36	14	16	32	1.90
24609--25885	393	3.2	394	98	0	2466	36	14	16	32	1.90
27345--27406	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
27345--27430	6	14.3	6	77	0	64	37	8	34	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27360--27434	3	25.0	3	73	0	60	36	6	34	22	1.81
27348--27426	36	2.2	36	90	0	122	35	8	35	20	1.84
27348--27430	12	6.9	12	83	0	94	36	8	34	20	1.83
28904--29530	183	3.4	183	96	0	1128	36	14	16	33	1.88
32015--32068	23	2.3	23	93	0	90	38	5	14	40	1.70
32499--32535	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
32491--32537	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
32792--32878	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
33299--33371	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
33733--33805	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
33088--34147	434	2.5	432	98	0	2027	40	7	12	38	1.72
34618--34662	20	2.2	20	92	0	72	44	6	20	28	1.76
34618--34669	20	2.7	19	85	5	61	42	9	19	28	1.82
34836--34869	15	2.3	15	94	0	59	55	0	0	44	0.99
34912--34956	21	2.1	22	88	8	67	40	0	2	57	1.11
34916--34969	28	1.9	28	85	7	74	38	0	1	59	1.08
39023--39311	42	6.8	41	82	4	283	31	18	23	26	1.97
39019--39311	85	3.4	84	79	5	263	32	18	22	26	1.97
43944--43989	24	1.9	24	86	0	65	13	26	36	23	1.91
51055--51079	13	1.9	13	100	0	50	80	4	8	8	1.03
52899--52941	20	2.2	20	91	0	68	30	18	13	37	1.90
57519--57571	20	2.7	19	85	5	61	39	15	26	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57922--58016	43	2.2	43	96	0	172	36	3	20	40	1.68
58040--58498	59	7.8	59	91	1	719	34	11	18	35	1.87
64700--64752	20	2.7	19	88	5	70	35	16	30	16	1.92
64775--64846	19	3.5	20	81	9	92	30	15	27	26	1.96
65176--65752	59	9.8	59	91	1	919	34	10	18	36	1.86
76488--76535	22	2.2	22	96	0	87	29	16	8	45	1.76
79114--79158	6	7.5	6	89	0	72	35	20	0	44	1.51
79100--79157	24	2.4	24	94	0	98	37	24	0	37	1.56
79318--79394	23	3.4	22	70	21	68	37	24	14	23	1.92
79309--79398	46	2.0	46	88	4	137	37	24	16	21	1.93
80116--80176	20	3.3	18	73	21	56	21	22	18	37	1.94
84764--84850	45	1.9	46	92	2	149	26	19	26	27	1.99
85267--85302	18	2.0	18	100	0	72	44	16	0	38	1.48
93597--93634	20	1.9	20	88	0	58	23	13	31	31	1.93
93463--93636	91	1.9	91	81	6	210	32	15	23	28	1.95
96081--96187	6	17.8	6	99	0	205	17	16	14	50	1.78
96184--96432	6	42.2	6	91	3	326	32	27	4	35	1.77
96077--96411	18	18.8	18	88	4	191	28	23	7	40	1.81
96410--96500	6	15.2	6	91	0	110	17	25	20	36	1.94
96500--96551	3	17.3	3	79	0	59	34	25	0	40	1.56
102630--102669	16	2.5	16	100	0	80	35	10	5	50	1.58
107058--107129	3	24.3	3	79	8	76	38	4	0	56	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107887--107911	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
110751--110892	55	2.6	54	87	4	194	41	13	23	21	1.88
111253--111311	6	9.5	6	72	20	50	23	13	13	49	1.78
111253--111311	13	4.7	13	82	12	70	23	13	13	49	1.78
116469--116747	37	7.6	37	82	7	280	37	20	18	24	1.94
116447--116643	74	2.7	74	85	3	245	39	17	21	21	1.93
117131--117656	56	9.4	56	85	4	661	33	15	23	27	1.95
117134--117656	279	1.9	275	87	3	773	33	16	22	27	1.95
117187--117980	56	14.5	56	81	11	420	31	15	23	28	1.96
117682--118041	55	6.7	55	88	6	497	30	15	24	29	1.96
117626--118041	110	3.9	106	87	6	569	29	15	24	30	1.96
118258--118351	3	31.3	3	80	8	102	36	3	1	59	1.20
126472--126546	28	2.7	28	91	0	114	46	12	5	36	1.64
127409--127459	27	1.9	27	84	4	68	54	9	5	29	1.56
133783--133807	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
137865--137935	34	2.1	34	84	5	90	49	8	4	38	1.53
145333--145363	15	2.1	15	93	0	53	35	16	9	38	1.81
146500--146567	2	35.5	2	88	8	97	45	0	2	51	1.16
146465--146567	30	3.3	31	82	10	104	41	1	3	52	1.31
148301--148350	23	2.1	24	81	3	57	34	2	6	58	1.34
150562--150593	14	2.3	14	94	0	55	9	21	0	68	1.17
155898--155947	24	2.0	25	88	3	75	36	28	6	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156584--156638	26	2.1	27	89	3	85	41	3	27	27	1.72
157332--157466	16	8.6	16	72	11	100	61	14	5	18	1.51
157331--157436	48	2.2	49	83	3	135	63	14	5	16	1.49
159124--159168	22	2.1	22	88	12	67	22	6	8	62	1.48
164443--164502	10	6.3	9	81	9	66	15	30	30	25	1.95
164442--164500	19	3.0	20	92	7	88	16	27	30	25	1.97
164508--164545	17	2.2	17	95	0	67	18	44	26	10	1.82
166325--166366	18	2.3	18	87	0	57	16	0	38	45	1.48
169755--170105	183	1.9	183	100	0	702	25	11	22	40	1.88
177803--177837	12	2.8	13	86	8	54	40	5	8	45	1.58
180442--180475	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
181106--181296	42	4.6	42	70	18	134	58	10	0	30	1.37
181133--181291	80	2.0	77	86	3	219	57	10	0	31	1.36
181111--181299	43	4.6	43	72	16	107	57	11	0	31	1.38
181214--181308	43	2.2	44	78	12	108	58	7	2	31	1.37
184104--184137	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
184742--184986	80	3.0	79	81	12	264	56	11	1	31	1.43
184755--184968	80	2.6	83	83	10	276	55	12	0	30	1.43
186394--186479	38	2.3	36	84	4	109	29	16	10	44	1.81
186670--186804	36	3.6	37	71	7	94	29	16	10	43	1.81
192968--193038	20	3.2	22	70	23	60	45	2	5	46	1.41
199590--199627	18	2.1	18	95	0	67	15	23	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200577--200967	54	7.3	54	87	1	507	27	19	19	33	1.96
200578--201023	162	2.8	160	83	1	534	28	18	19	32	1.96
201939--201979	20	1.9	22	85	14	59	60	0	7	31	1.24
203793--203842	25	2.0	25	84	7	66	38	10	0	52	1.35
203830--203873	22	2.0	22	81	0	52	43	4	0	52	1.22
203809--203861	25	2.1	25	83	13	65	41	5	0	52	1.25
204017--204084	31	2.2	31	86	0	91	50	7	7	35	1.58
208529--208555	13	2.1	13	100	0	54	55	0	22	22	1.44
212767--212796	5	6.0	5	100	0	60	0	40	0	60	0.97
220327--220390	21	3.0	21	81	4	74	17	23	35	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14