genome.fa.s2637.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3156206

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2033700--2033749	26	1.9	26	91	0	82	24	20	44	12	1.85
2036897--2036961	20	3.9	17	77	22	59	50	0	0	49	1.00
2036923--2036962	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
2037693--2037765	23	3.2	23	88	0	101	36	9	19	34	1.84
2037874--2037923	23	2.2	23	92	0	82	38	12	18	32	1.87
2037874--2037930	23	2.5	23	85	0	69	42	10	15	31	1.81
2037716--2038068	158	2.2	158	90	1	546	39	12	14	33	1.84
2040360--2041309	199	4.8	198	85	4	1248	31	14	14	40	1.85
2042734--2042782	24	2.1	24	88	3	73	51	14	2	32	1.54
2042738--2042789	24	2.2	24	86	6	70	51	13	3	30	1.58
2044204--2044255	6	8.7	6	89	0	50	15	32	1	50	1.55
2045672--2046634	199	4.8	200	91	1	1509	32	15	13	38	1.86
2050784--2050816	14	2.2	16	89	10	52	15	33	0	51	1.43
2053435--2054270	183	4.6	183	86	2	1108	27	15	13	43	1.84
2054540--2054569	9	3.2	9	95	4	51	46	0	0	53	1.00
2062016--2062143	38	3.4	37	73	16	120	31	23	7	37	1.83
2062004--2062143	75	1.9	75	85	8	196	30	22	7	38	1.83
2062547--2062609	31	2.0	32	90	3	101	46	0	15	38	1.47
2063080--2063241	3	53.0	3	82	10	195	30	1	4	63	1.21
2064198--2064237	16	2.3	18	91	8	66	40	7	22	30	1.81
2064793--2064856	27	2.3	28	84	10	96	45	29	7	17	1.76
2068254--2068287	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068683--2068732	20	2.5	19	81	9	64	28	0	6	66	1.15
2069006--2069056	8	6.5	8	75	2	50	31	0	15	52	1.43
2069009--2069059	24	2.1	24	100	0	102	33	0	17	49	1.47
2076172--2076211	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2076206--2076304	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
2076290--2076344	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
2076540--2076588	21	2.3	21	89	0	71	22	22	26	28	1.99
2076742--2076797	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
2076761--2076794	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
2079966--2080046	29	2.6	30	77	14	94	25	0	17	56	1.41
2081395--2081446	19	2.7	19	84	0	77	30	1	11	55	1.46
2084918--2084947	15	2.0	15	93	0	51	30	26	10	33	1.89
2085476--2085512	12	3.0	12	88	4	56	45	8	10	35	1.69
2085987--2086041	23	2.5	22	82	5	76	34	16	20	29	1.94
2086050--2086076	14	1.9	14	100	0	54	29	14	29	25	1.95
2093593--2093662	21	3.2	21	84	7	86	21	32	25	20	1.97
2093594--2093664	23	3.2	22	86	7	99	21	33	25	19	1.97
2103353--2103395	18	2.4	18	80	7	52	0	34	6	58	1.25
2109724--2109763	16	2.5	16	95	0	71	20	25	20	35	1.96
2112183--2112242	30	2.0	30	90	0	93	48	8	1	41	1.43
2116511--2116540	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2117694--2117746	23	2.2	24	86	3	72	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118711--2118762	20	2.6	20	100	0	104	34	19	11	34	1.88
2120190--2120222	5	6.6	5	92	0	57	57	18	3	21	1.53
2120194--2120227	10	3.3	10	87	4	50	50	20	5	23	1.70
2126481--2126532	23	2.3	23	77	6	63	21	38	21	19	1.94
2126513--2126552	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2131528--2131567	17	2.3	18	82	8	55	42	0	0	57	0.98
2131982--2132062	19	4.2	18	72	18	56	53	1	3	41	1.27
2131982--2132047	21	3.2	21	82	16	68	54	1	4	39	1.30
2139491--2139544	28	2.0	28	88	3	83	18	9	9	62	1.51
2145497--2145535	20	1.9	20	84	5	51	38	12	2	46	1.56
2146309--2146368	20	3.0	20	80	2	77	33	15	21	30	1.94
2150208--2150246	17	2.3	17	100	0	78	41	5	17	35	1.72
2152500--2152601	39	2.6	40	84	1	134	28	25	21	24	1.99
2152503--2152574	18	3.8	18	77	10	81	27	29	22	20	1.99
2153148--2153200	20	2.7	20	90	0	79	30	18	22	28	1.98
2153187--2153291	45	2.3	46	81	4	115	29	16	21	32	1.95
2157034--2157072	17	2.3	17	100	0	78	41	5	17	35	1.72
2159328--2159427	18	5.0	21	71	21	81	28	27	22	23	1.99
2159326--2159427	39	2.6	40	85	1	143	28	26	21	23	1.99
2159965--2160026	20	3.1	20	78	0	70	29	22	20	27	1.99
2160013--2160117	45	2.3	46	81	4	115	29	16	21	32	1.95
2161178--2161331	32	4.8	32	80	1	175	33	18	14	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161148--2161331	64	2.9	64	81	1	217	33	17	14	34	1.90
2163856--2163889	17	2.0	17	88	11	52	52	2	0	44	1.16
2165955--2166016	26	2.3	26	83	2	79	50	14	12	22	1.77
2167390--2167677	43	6.7	43	87	1	324	19	22	25	33	1.97
2167405--2167653	87	2.9	86	84	1	309	18	22	25	32	1.97
2167391--2167685	130	2.3	130	81	1	358	19	22	24	33	1.97
2171711--2171940	76	3.0	75	84	3	291	41	12	13	33	1.81
2171710--2171942	75	3.1	75	85	1	304	41	12	12	33	1.81
2172603--2172834	107	2.1	109	85	5	319	36	15	10	37	1.82
2172674--2173143	225	2.1	226	84	4	628	31	15	12	40	1.85
2174867--2174932	29	2.3	29	100	0	132	24	18	25	31	1.97
2183898--2183956	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
2184058--2184097	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2186810--2187011	64	3.1	64	80	7	196	27	15	23	32	1.95
2186916--2186954	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
2186980--2187019	21	1.9	21	90	10	64	25	15	27	32	1.95
2189570--2189628	21	2.7	22	76	21	61	27	25	23	23	2.00
2195138--2195172	17	1.9	19	88	11	56	51	8	2	37	1.47
2195470--2195510	20	2.0	20	85	9	55	39	12	7	41	1.70
2195722--2195786	15	4.3	15	98	0	121	27	32	24	15	1.95
2196062--2196090	14	2.0	15	93	6	51	13	13	13	58	1.63
2197979--2198023	23	1.9	24	82	13	58	33	22	0	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201583--2201623	20	2.0	20	85	9	55	39	12	7	41	1.70
2201835--2201869	15	2.3	15	95	0	61	28	31	22	17	1.96
2202143--2202171	14	2.0	15	93	6	51	13	13	13	58	1.63
2202518--2202555	20	1.9	20	100	0	76	23	34	31	10	1.89
2203382--2203542	62	2.6	63	80	9	186	29	15	26	28	1.96
2203489--2203539	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2204034--2204070	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2208395--2208419	12	2.1	12	100	0	50	40	24	16	20	1.91
2217761--2217805	20	2.3	21	77	14	51	37	8	0	53	1.32
2221153--2221245	32	3.0	32	95	4	165	32	6	17	44	1.74
2221463--2221504	21	2.0	21	90	0	66	26	21	26	26	1.99
2221533--2221572	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2221787--2221856	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
2224463--2224510	23	2.1	23	96	0	87	56	8	2	33	1.41
2224669--2224760	32	3.0	31	93	6	161	32	6	17	43	1.75
2224830--2224891	19	3.3	19	93	0	97	41	9	12	35	1.76
2224997--2225038	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
2225067--2225106	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2225318--2225387	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
2231700--2231812	51	2.2	52	95	1	201	27	14	10	47	1.76
2244039--2244144	23	4.6	23	89	0	122	41	16	16	25	1.89
2247177--2247202	11	2.4	11	100	0	52	34	15	0	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2254881--2254907	14	1.9	14	100	0	54	55	0	22	22	1.44
2257525--2257576	21	2.4	22	80	3	61	23	1	0	75	0.91
2264931--2264971	18	2.3	18	100	0	82	26	4	17	51	1.65
2268614--2268661	20	2.5	20	80	16	57	27	22	25	25	2.00
2268703--2268750	20	2.3	20	86	10	62	27	25	18	29	1.98
2272591--2272627	14	2.6	14	95	4	65	16	32	16	35	1.91
2275511--2275636	62	2.0	64	83	7	159	30	19	15	34	1.93
2275609--2275657	20	2.4	21	89	3	73	26	26	18	28	1.98
2288535--2288583	17	2.7	19	73	20	59	71	0	10	18	1.13
2291412--2291468	28	2.0	28	93	6	98	38	3	10	47	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14