genome.fa.s2637.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3156206

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  13  of  14  ( 1653 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2729945--2730112	54	3.3	53	72	18	185	24	21	11	42	1.85
2729911--2730209	97	3.1	97	91	0	449	25	22	11	40	1.87
2742121--2742211	46	2.0	46	82	0	110	26	19	12	41	1.86
2742150--2742248	45	2.2	46	85	1	128	28	21	13	37	1.91
2742256--2742412	45	3.5	45	81	6	201	28	22	12	35	1.91
2742173--2742407	80	2.8	83	80	8	237	28	21	12	36	1.91
2742136--2742371	125	1.9	126	81	6	291	28	21	12	37	1.90
2742846--2743118	97	2.8	97	86	0	384	26	22	10	41	1.85
2750316--2750395	29	2.8	29	78	0	88	46	15	15	23	1.83
2750304--2750455	29	5.3	28	72	5	81	43	15	14	26	1.85
2750507--2750532	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2750900--2750925	13	2.0	13	100	0	52	61	15	15	7	1.55
2755234--2755387	77	2.0	77	98	0	299	26	23	17	32	1.97
2759204--2759250	2	23.5	2	95	0	85	48	2	0	48	1.13
2761703--2762113	81	5.1	81	86	1	536	32	21	10	35	1.88
2762262--2762370	55	2.0	55	90	0	173	37	17	8	36	1.80
2768069--2768421	49	7.1	49	75	2	339	34	13	23	28	1.93
2768051--2768421	99	3.8	98	87	1	555	35	14	23	27	1.93
2776437--2776555	45	2.6	45	91	0	193	26	10	26	36	1.89
2781636--2781853	45	4.8	45	83	1	258	28	11	22	38	1.88
2786100--2786138	20	2.0	20	84	0	51	51	23	0	25	1.49
2786645--2786866	85	2.6	85	76	7	191	29	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786753--2786925	85	2.1	83	81	6	206	26	19	18	35	1.94
2788468--2788854	195	2.0	195	82	2	472	25	19	17	38	1.93
2790596--2790841	121	2.0	121	100	0	492	32	8	9	50	1.65
2797463--2797959	136	3.7	136	89	0	721	31	17	22	28	1.96
2798872--2798922	22	2.3	24	80	16	65	9	11	35	43	1.75
2798965--2799008	3	15.3	3	81	9	56	59	0	0	40	0.98
2805032--2805172	47	2.9	47	81	9	133	29	19	12	39	1.88
2805023--2805329	49	6.3	49	85	6	351	29	20	14	35	1.92
2805023--2805329	96	3.2	96	85	3	375	29	20	14	35	1.92
2805634--2805680	17	2.8	17	90	6	69	34	19	0	46	1.50
2806042--2806071	16	1.9	15	93	6	51	20	26	0	53	1.46
2806922--2806982	32	1.9	32	83	12	81	26	0	11	62	1.29
2807655--2807687	4	8.0	4	93	6	57	24	0	0	75	0.80
2813544--2813589	12	3.7	13	80	11	51	13	4	6	76	1.14
2815446--2815505	31	1.9	31	87	12	88	30	0	10	60	1.30
2815486--2815604	62	1.9	62	87	3	177	31	0	13	54	1.39
2816179--2816209	15	2.1	15	93	0	53	16	0	0	83	0.64
2818895--2819216	48	6.6	48	87	4	380	31	21	12	34	1.91
2818895--2819216	97	3.3	96	85	5	398	31	21	12	34	1.91
2821991--2822089	40	2.6	38	82	13	100	28	27	9	35	1.87
2822015--2822090	20	3.8	20	87	3	109	27	26	10	35	1.89
2822013--2822089	40	1.9	40	92	5	129	27	25	10	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2822483--2822516	11	3.0	11	87	8	50	70	2	2	23	1.15
2825697--2825819	40	3.1	40	83	4	162	23	19	27	29	1.98
2834309--2834408	37	2.8	36	89	6	114	16	22	5	57	1.58
2834329--2834408	37	2.2	37	97	0	151	16	21	5	57	1.58
2845772--2845823	21	2.5	21	90	0	86	30	15	19	34	1.93
2850762--2850811	24	2.1	24	96	0	91	34	0	18	48	1.48
2851141--2851180	20	2.0	20	85	5	53	30	15	15	40	1.87
2851141--2851180	21	1.9	22	85	10	57	30	15	15	40	1.87
2853535--2853584	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
2853530--2853584	19	3.0	18	82	17	69	78	1	20	0	0.85
2853512--2853597	27	2.8	32	71	21	85	70	4	19	4	1.23
2853530--2853597	19	3.5	19	72	23	61	75	2	19	2	1.07
2859619--2859686	21	3.2	20	75	4	64	32	26	19	22	1.97
2859620--2859713	42	2.2	42	84	3	118	30	26	19	23	1.98
2865596--2865640	16	2.8	17	83	9	51	31	0	35	33	1.58
2867672--2867718	18	2.6	17	86	3	67	59	6	0	34	1.23
2867909--2867968	30	2.0	30	90	0	93	35	40	0	25	1.56
2884733--2885129	55	7.2	55	88	1	555	33	18	19	28	1.95
2891705--2891747	23	1.9	22	85	4	59	44	0	2	53	1.13
2907555--2907592	20	1.9	20	94	0	67	31	0	21	47	1.51
2908525--2908578	24	2.2	24	86	0	72	22	16	22	38	1.93
2908540--2908604	24	2.7	24	76	11	62	24	20	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2912059--2912170	55	2.0	56	83	8	140	46	16	16	21	1.84
2912077--2912180	28	3.8	28	77	6	104	46	17	15	21	1.84
2914517--2914554	17	2.2	17	90	0	58	39	7	15	36	1.77
2930290--2930330	21	1.9	22	90	5	66	39	19	0	41	1.52
2930485--2930624	70	2.0	70	100	0	280	30	24	12	32	1.93
2932906--2932945	19	2.0	21	90	9	66	40	20	10	30	1.85
2933988--2934034	20	2.3	20	85	7	60	34	0	19	46	1.50
2935681--2935729	24	2.0	25	84	4	64	12	36	18	32	1.88
2944586--2944663	24	3.2	24	77	1	66	19	25	17	37	1.94
2944712--2944760	24	2.0	24	84	7	64	16	18	20	44	1.86
2947737--2947778	18	2.3	19	80	12	52	52	33	4	9	1.55
2959446--2959658	85	2.5	85	83	4	268	34	17	16	30	1.93
2959630--2959681	13	4.0	13	84	0	59	36	17	19	26	1.94
2959630--2959681	26	2.0	26	84	0	68	36	17	19	26	1.94
2974981--2975110	47	2.7	49	78	12	128	30	20	6	43	1.78
2977696--2977764	36	1.9	36	96	0	129	40	20	0	39	1.52
2979126--2979171	17	2.7	17	83	12	67	4	19	2	73	1.10
2979139--2979193	27	2.1	27	86	10	78	5	18	3	72	1.18
2979145--2979187	21	2.0	22	91	8	72	4	18	4	72	1.20
2979150--2979195	21	2.2	20	82	14	58	6	19	4	69	1.28
2979129--2979229	17	5.8	17	70	13	55	4	17	1	75	1.08
2979112--2979221	34	3.3	32	72	16	89	6	18	1	73	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2979199--2979226	14	2.0	14	100	0	56	0	14	0	85	0.59
2980312--2980336	6	4.2	6	100	0	50	32	36	16	16	1.90
2993170--2993354	99	1.9	99	100	0	370	31	15	16	36	1.90
2997404--2997507	37	2.8	37	79	4	113	41	13	14	30	1.84
2997848--2997972	56	2.3	55	79	9	130	32	2	3	62	1.24
2998460--2998500	22	1.9	22	85	5	57	17	9	0	73	1.09
3003931--3004467	183	2.9	183	95	0	941	27	20	21	30	1.98
3005580--3005693	36	3.2	34	73	5	93	26	16	13	43	1.84
3005564--3005739	72	2.4	75	83	7	209	27	18	12	42	1.86
3005739--3005905	39	4.0	39	71	19	113	28	20	13	37	1.90
3005832--3005905	38	1.9	39	86	2	105	27	21	12	39	1.89
3005810--3006125	104	3.1	104	91	2	498	31	20	11	36	1.88
3006025--3006100	36	2.1	36	90	0	116	22	21	15	40	1.90
3006300--3006928	105	6.0	105	90	2	914	33	25	17	22	1.96
3007470--3007574	37	2.8	37	85	0	138	41	14	14	29	1.85
3007931--3007973	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
3008227--3008281	21	2.6	21	73	0	56	23	1	1	72	1.04
3008407--3008482	38	2.1	38	83	14	97	31	5	7	55	1.51
3008531--3008573	23	2.0	22	81	9	52	18	9	2	69	1.26
3011403--3011457	16	3.4	16	84	0	74	18	27	16	38	1.92
3011591--3011658	30	2.3	28	80	14	75	51	2	1	44	1.25
3011714--3011760	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3011713--3011762	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
3012233--3012277	19	2.3	20	92	3	74	22	35	0	42	1.54
3012382--3012424	2	22.5	2	86	9	63	53	2	0	44	1.13
3012379--3012434	24	2.4	24	91	5	89	55	1	0	42	1.10
3012862--3012897	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
3013006--3013049	19	2.3	19	92	0	70	43	0	36	20	1.52
3012965--3013065	46	2.2	47	82	8	127	43	0	29	26	1.55
3013278--3013388	21	5.3	21	81	11	104	47	27	0	24	1.52
3013279--3013392	14	8.2	13	71	20	63	47	28	0	24	1.52
3013336--3013392	7	8.3	7	77	11	55	45	29	0	24	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14