genome.fa.s2637.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3156206

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543311--2543357	23	2.0	24	88	12	71	70	4	0	25	1.05
2543808--2545353	113	13.7	113	87	3	2060	28	19	15	36	1.92
2543696--2545346	339	4.9	339	89	3	2309	28	19	15	36	1.92
2547734--2547800	35	1.9	35	87	6	100	32	23	11	31	1.91
2551013--2551083	14	5.2	13	73	15	54	4	15	0	80	0.86
2554752--2554787	14	2.6	14	86	0	54	52	2	13	30	1.55
2556385--2556442	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
2556867--2556956	48	1.9	48	82	13	116	50	2	2	45	1.26
2556926--2556983	29	2.0	29	86	0	80	48	0	1	50	1.11
2558685--2558755	3	25.0	3	77	16	53	60	1	0	38	1.06
2558706--2558759	13	4.2	14	73	20	55	66	1	0	31	1.02
2558708--2558752	16	2.8	16	82	0	54	66	2	0	31	1.04
2558706--2558762	19	3.0	20	80	10	66	68	1	0	29	1.00
2560192--2560230	5	7.2	5	91	8	51	76	0	0	23	0.78
2568586--2569221	45	14.1	44	88	1	691	23	21	11	43	1.85
2568586--2569221	90	7.1	90	88	0	930	23	21	11	43	1.85
2568586--2569221	135	4.7	134	88	1	896	23	21	11	43	1.85
2569642--2569690	20	2.5	20	93	0	80	22	16	8	53	1.69
2580346--2580424	5	15.8	5	73	15	65	21	2	2	73	1.07
2583295--2583328	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
2583699--2583753	23	2.4	23	93	3	94	58	5	12	23	1.55
2587477--2587545	23	3.0	23	72	4	59	30	24	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588727--2588764	13	3.0	13	92	3	60	36	21	10	31	1.87
2588782--2588949	85	2.0	84	84	6	223	30	22	14	32	1.94
2589018--2589088	2	35.5	2	94	0	124	49	0	1	49	1.09
2595295--2595345	15	3.4	15	83	0	66	7	19	13	58	1.59
2599212--2599448	54	4.4	54	87	3	316	32	16	16	34	1.92
2600369--2600412	20	2.1	21	83	4	54	45	31	2	20	1.64
2606373--2606649	54	5.2	54	83	3	328	32	16	19	32	1.94
2606373--2606649	107	2.6	107	84	5	339	32	16	19	32	1.94
2613232--2613570	37	8.9	37	82	10	339	44	4	8	42	1.55
2613232--2613570	75	4.5	73	80	12	330	44	4	8	42	1.55
2613410--2613505	45	2.1	45	90	0	156	42	5	6	45	1.51
2613375--2613541	81	2.0	81	86	5	230	43	4	7	44	1.52
2613457--2613597	36	4.0	36	81	10	141	46	2	9	41	1.50
2613589--2613661	36	2.0	37	89	7	114	50	4	4	41	1.40
2613239--2613659	115	3.6	117	78	11	325	46	4	7	41	1.53
2613715--2613746	4	8.5	4	86	13	50	21	0	0	78	0.76
2613715--2613746	14	2.4	14	90	10	50	21	0	0	78	0.76
2613714--2613756	18	2.4	18	80	3	52	16	2	0	81	0.79
2613942--2613971	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
2615873--2615912	18	2.2	18	100	0	80	20	32	12	35	1.90
2616427--2616465	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
2617582--2617633	8	6.6	8	78	12	63	84	3	11	0	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2617567--2617628	25	2.5	25	77	12	65	79	4	14	1	0.98
2617581--2617634	15	3.6	16	70	12	51	83	3	12	0	0.78
2617583--2617644	23	2.7	23	87	5	81	79	4	16	0	0.90
2619300--2619368	22	3.5	22	68	25	71	28	17	11	42	1.84
2619294--2619489	37	5.4	36	93	1	302	27	19	11	41	1.85
2619513--2619628	36	3.2	36	77	11	94	25	20	15	37	1.92
2620231--2620738	105	4.9	105	91	2	801	32	26	17	22	1.97
2621283--2621374	34	2.7	34	85	10	125	42	14	13	30	1.83
2621685--2621739	24	2.3	23	81	9	67	20	5	3	70	1.22
2621783--2621807	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2621791--2621858	29	2.2	29	89	7	100	27	2	0	69	1.03
2621999--2622028	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
2622494--2622839	70	4.9	70	74	16	247	44	4	8	41	1.56
2622489--2622777	35	8.1	34	75	16	196	43	5	8	41	1.58
2622709--2622819	32	3.5	31	82	11	113	41	3	10	44	1.57
2622762--2622820	17	3.5	17	74	25	63	44	0	10	45	1.37
2622729--2622825	33	3.0	31	85	8	115	45	2	10	42	1.50
2624168--2624454	20	14.2	20	76	12	200	40	22	19	16	1.91
2624205--2624257	19	2.7	20	88	5	81	49	18	20	11	1.78
2624168--2624454	40	7.1	39	79	15	234	40	22	19	16	1.91
2624170--2624454	60	4.7	60	78	14	241	40	23	19	16	1.91
2624550--2624612	6	11.5	6	94	5	84	28	55	15	0	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2625090--2625140	6	8.5	6	100	0	102	0	15	50	33	1.44
2625236--2625373	20	6.8	20	81	15	167	16	19	28	35	1.94
2625238--2625373	61	2.2	62	96	1	247	16	19	27	36	1.93
2625238--2625378	42	3.5	39	83	11	108	15	20	26	36	1.93
2625507--2625536	12	2.4	13	94	5	53	16	3	0	80	0.85
2631587--2631916	178	1.9	175	85	1	462	32	18	21	27	1.97
2632428--2632882	37	12.7	36	78	13	282	45	3	7	43	1.49
2632494--2632555	25	2.5	25	94	0	115	46	3	8	41	1.49
2632519--2632896	37	10.2	37	88	5	504	44	3	7	44	1.47
2632544--2632638	12	7.7	12	67	15	50	45	5	7	42	1.54
2632519--2632896	73	5.1	73	88	5	523	44	3	7	44	1.47
2632910--2633014	38	2.8	37	75	13	97	45	3	5	44	1.45
2633025--2633057	4	8.8	4	87	12	52	21	0	0	78	0.75
2633029--2633075	18	2.8	17	87	6	60	12	4	0	82	0.80
2633024--2633069	22	2.2	20	88	7	65	15	2	0	82	0.76
2633024--2633069	10	4.3	11	84	13	60	15	2	0	82	0.76
2634261--2634292	15	2.1	15	94	0	55	21	9	0	68	1.17
2634339--2634376	6	6.5	6	82	17	53	13	0	0	86	0.56
2634332--2634376	12	3.7	12	88	11	65	15	0	0	84	0.62
2634338--2634372	11	3.1	11	95	4	61	11	0	0	88	0.51
2634339--2634376	18	2.2	18	90	4	60	13	0	0	86	0.56
2636863--2636892	9	3.2	9	90	9	51	3	40	0	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2641099--2641157	24	2.8	20	80	12	64	25	23	22	28	1.99
2642773--2643008	41	5.9	41	86	5	329	37	24	8	29	1.85
2642803--2642861	18	3.3	18	65	25	52	35	30	8	25	1.86
2644990--2645316	77	4.2	78	74	9	265	37	10	17	35	1.84
2645316--2645407	39	2.4	38	89	5	134	36	16	6	40	1.74
2646138--2646264	60	2.1	59	88	1	182	44	7	7	40	1.61
2646247--2646283	20	1.9	20	88	5	58	45	8	8	37	1.63
2646382--2646431	20	2.5	21	83	6	68	44	10	12	34	1.75
2653604--2653637	18	1.9	18	94	5	61	52	0	17	29	1.45
2657058--2657123	28	2.4	28	78	14	73	43	1	3	51	1.26
2657262--2657320	22	2.8	21	71	21	52	44	0	3	52	1.17
2658714--2658786	24	3.0	24	78	8	67	53	0	1	45	1.09
2659301--2659345	3	15.0	3	95	0	81	66	2	0	31	1.04
2660776--2660863	2	45.0	2	95	4	162	48	0	0	51	1.00
2664542--2664655	56	2.0	56	81	0	129	28	14	30	25	1.95
2672908--2672935	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
2686004--2686114	39	2.8	39	100	0	222	29	12	8	49	1.69
2688656--2688739	39	2.2	39	89	4	125	33	9	14	42	1.78
2690162--2690215	18	3.0	18	100	0	108	38	27	16	16	1.90
2693017--2693052	14	2.6	13	87	12	54	75	0	13	11	1.06
2694486--2694523	15	2.7	14	92	8	60	36	5	13	44	1.66
2696624--2696662	20	2.0	20	84	0	51	23	5	23	48	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2702431--2702481	20	2.5	20	96	0	93	21	25	33	19	1.97
2706485--2706549	31	2.1	31	91	2	105	41	18	10	29	1.84
2720334--2720373	20	2.0	21	90	5	64	32	0	25	42	1.55
2725102--2725143	21	2.0	21	86	9	59	4	26	0	69	1.08
2725599--2725636	20	1.9	20	88	0	58	36	10	18	34	1.85
2726831--2726932	32	3.2	32	87	0	150	33	13	16	36	1.88
2729232--2729530	45	6.6	44	83	5	330	26	21	12	39	1.89
2729438--2729510	24	3.2	24	67	25	75	30	21	12	35	1.90
2729462--2729530	21	3.1	21	65	25	52	26	23	13	37	1.91
2729930--2730189	53	5.2	52	67	23	175	25	22	12	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14