genome.fa.s2637.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3156206

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2291416--2291466	14	3.6	14	71	12	50	37	3	11	47	1.59
2291538--2291607	20	3.0	25	70	20	78	25	8	14	51	1.70
2293574--2293953	189	2.0	191	97	1	728	40	11	11	35	1.79
2294414--2294512	43	2.3	43	83	10	130	30	21	20	28	1.98
2295335--2295374	14	2.9	14	85	3	55	0	27	0	72	0.85
2295335--2295375	11	3.3	13	83	16	52	0	26	0	73	0.84
2295986--2296064	1	79.0	1	76	0	77	1	10	0	88	0.57
2295984--2296062	14	5.6	14	83	11	92	1	11	0	87	0.61
2295980--2296067	40	2.2	41	89	4	144	1	12	0	86	0.63
2296389--2296417	14	2.1	14	93	6	51	55	0	10	34	1.34
2296795--2296865	37	1.9	36	83	8	90	52	12	5	29	1.62
2307512--2307567	21	2.7	21	88	5	78	53	5	7	33	1.51
2322148--2322417	82	3.3	82	84	2	346	32	17	17	32	1.94
2322287--2322417	41	3.2	40	67	13	104	32	16	18	33	1.93
2322655--2322806	41	3.7	41	87	1	187	32	21	13	32	1.92
2322865--2322908	16	2.8	16	100	0	88	15	6	0	77	0.97
2322865--2322910	8	5.8	8	80	19	60	15	8	0	76	1.02
2326393--2326450	20	2.7	20	84	10	71	32	20	20	25	1.97
2328075--2328265	5	38.2	5	100	0	382	39	0	19	40	1.52
2330034--2330093	24	2.5	24	81	10	68	48	8	1	41	1.43
2330073--2330107	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2332553--2332613	28	2.2	28	96	0	113	19	19	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335251--2335337	15	6.1	15	78	9	101	43	0	2	54	1.13
2335234--2335320	42	2.1	42	91	2	140	45	1	4	48	1.30
2335681--2335826	74	2.0	73	91	1	238	52	4	12	31	1.58
2337458--2337508	17	3.0	17	82	5	59	39	7	13	39	1.74
2340625--2340675	17	3.0	17	82	5	59	39	7	13	39	1.74
2355319--2355365	22	2.1	23	84	7	62	10	10	8	70	1.35
2356355--2356409	21	2.6	21	88	0	83	30	27	18	23	1.97
2365729--2365789	31	2.0	31	86	0	86	75	3	9	11	1.16
2366682--2366718	12	2.7	15	84	16	53	54	0	24	21	1.45
2374287--2374362	20	3.8	19	77	6	71	32	14	27	25	1.94
2374669--2374899	59	3.9	59	88	3	326	32	12	19	35	1.89
2375270--2375534	68	3.9	68	85	2	352	31	14	23	30	1.94
2375270--2375525	136	1.9	136	89	0	395	32	14	23	30	1.94
2375497--2375730	81	2.9	81	86	1	317	33	11	23	30	1.91
2375511--2375932	217	1.9	217	87	2	616	34	11	24	28	1.91
2375673--2375785	55	2.1	55	88	3	165	31	10	28	29	1.90
2375602--2375862	136	1.9	136	91	0	423	33	11	26	28	1.92
2375728--2376058	81	4.1	81	83	4	411	35	11	24	28	1.90
2375728--2376058	159	2.1	161	85	3	454	35	11	24	28	1.90
2376125--2376169	2	22.5	2	95	0	81	48	2	0	48	1.13
2376236--2376321	45	1.9	45	95	2	156	51	4	18	25	1.66
2379721--2379939	93	2.3	93	81	7	239	33	15	22	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2380259--2380422	59	2.8	58	89	7	237	34	13	18	34	1.90
2380797--2381024	68	3.4	68	93	0	402	31	16	24	27	1.97
2381025--2381633	81	7.6	81	84	2	764	35	12	24	27	1.91
2381025--2381633	161	3.8	161	86	2	796	35	12	24	27	1.91
2381668--2381746	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
2381789--2381931	45	3.2	45	81	1	153	50	6	18	24	1.71
2389852--2389885	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
2391734--2391921	95	2.0	94	86	3	261	34	14	23	27	1.94
2392283--2392819	59	9.1	59	90	1	799	32	12	19	35	1.88
2393188--2393325	45	3.0	45	79	7	136	45	8	22	23	1.80
2395066--2395090	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2397600--2397806	95	2.2	95	84	4	258	33	14	23	28	1.94
2398148--2398918	59	13.1	59	87	1	1001	33	12	18	36	1.87
2403668--2403714	20	2.2	20	85	7	58	34	17	19	29	1.94
2403586--2403794	95	2.2	95	86	1	276	33	15	23	27	1.95
2404135--2404821	59	11.8	58	87	4	931	34	13	19	33	1.90
2404135--2404820	177	3.9	176	89	2	1035	34	13	19	33	1.90
2404135--2404824	118	5.9	118	88	2	1036	34	13	19	33	1.90
2405243--2405376	45	2.9	46	83	7	157	46	7	20	25	1.77
2405257--2405376	46	2.6	45	84	8	154	45	8	23	22	1.79
2406720--2406763	23	1.9	23	100	0	88	36	9	4	50	1.55
2422653--2422713	22	2.7	22	85	10	70	52	13	1	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426170--2426894	360	2.0	365	97	1	1381	39	13	18	28	1.88
2428819--2428867	24	2.0	24	100	0	98	24	14	0	61	1.33
2428946--2429711	3	261.0	3	80	10	780	60	0	39	0	0.98
2440679--2440708	12	2.5	12	100	0	60	33	36	6	23	1.81
2441918--2442147	70	3.3	70	84	4	268	34	20	19	25	1.96
2441965--2442147	69	2.6	69	84	4	208	35	19	18	26	1.95
2461823--2461868	20	2.3	20	85	3	58	41	26	0	32	1.56
2463031--2463098	31	2.2	30	82	7	75	29	17	8	44	1.79
2463682--2463742	27	2.3	27	97	2	115	44	3	19	32	1.67
2465344--2465410	6	10.8	6	77	15	57	20	1	1	76	0.95
2468595--2468634	21	2.0	20	85	14	55	42	2	10	45	1.51
2470516--2470565	21	2.5	20	87	9	66	30	12	26	32	1.92
2471036--2471088	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
2471088--2471137	2	25.0	2	100	0	100	0	0	50	50	1.00
2471579--2471656	23	3.3	23	85	1	111	21	17	24	35	1.95
2471578--2471672	23	4.1	24	80	11	94	22	18	23	35	1.96
2476434--2476490	20	2.9	20	77	12	55	29	14	29	26	1.95
2476833--2476874	2	21.0	2	100	0	84	0	0	50	50	1.00
2477267--2477389	23	5.3	23	79	4	106	24	15	21	38	1.92
2477266--2477375	46	2.4	47	79	3	123	23	16	20	39	1.92
2477847--2477881	18	1.9	18	94	0	61	42	8	14	34	1.76
2482877--2482939	29	2.1	31	82	5	76	41	7	15	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2485944--2485968	13	1.9	13	100	0	50	32	8	12	48	1.69
2490782--2490852	29	2.4	30	84	13	94	11	21	35	32	1.89
2491658--2491693	13	2.7	14	87	12	58	47	0	0	52	1.00
2495480--2495519	21	1.9	21	94	0	71	32	10	0	57	1.32
2496121--2496585	233	2.0	231	85	5	627	45	9	3	41	1.56
2496621--2496652	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2498455--2498511	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
2499305--2499418	27	4.1	27	68	15	79	30	0	0	69	0.89
2499318--2499406	33	2.8	30	78	20	85	35	0	0	64	0.94
2499305--2499407	6	17.3	6	77	17	60	33	0	0	66	0.92
2499305--2499420	12	9.6	12	73	13	53	30	0	0	69	0.88
2503178--2503227	24	2.1	23	85	10	66	76	4	16	4	1.10
2503175--2503229	13	4.4	12	76	15	58	78	3	14	3	1.03
2504306--2504393	32	2.8	32	80	0	86	30	14	18	36	1.91
2505421--2505638	36	6.2	36	78	12	256	28	21	12	37	1.90
2505421--2505776	138	2.6	139	90	2	529	27	21	12	38	1.90
2505550--2505747	103	1.9	102	86	5	283	26	19	13	40	1.88
2505653--2505776	37	3.4	37	78	8	137	25	22	12	39	1.90
2506214--2506249	18	2.0	18	88	0	54	22	0	2	75	0.94
2506227--2506286	16	3.6	18	70	20	58	35	1	0	63	1.05
2508878--2508909	16	1.9	17	93	6	57	18	3	34	43	1.66
2509222--2509298	37	2.1	37	83	9	95	46	2	3	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509759--2509800	21	2.0	21	85	0	57	54	4	2	38	1.34
2510711--2510742	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2516625--2516660	13	2.7	13	91	4	54	41	11	5	41	1.64
2519573--2519882	55	5.7	55	75	10	278	32	17	21	28	1.96
2519573--2519900	110	3.0	108	75	11	317	32	17	20	29	1.96
2527609--2527657	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2541451--2541540	48	1.9	48	82	13	116	50	2	2	45	1.26
2543277--2543347	3	25.0	3	77	16	53	60	1	0	38	1.06
2543298--2543351	13	4.2	14	73	20	55	66	1	0	31	1.02
2543300--2543344	16	2.8	16	82	0	54	66	2	0	31	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14