genome.fa.s2637.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3156206

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1487418--1487606	83	2.3	82	85	1	243	25	28	19	26	1.99
1487776--1488059	122	2.3	122	87	1	381	34	24	14	26	1.93
1495031--1495100	29	2.4	29	100	0	140	41	22	2	32	1.69
1496013--1496215	20	9.0	25	73	19	69	23	22	10	43	1.84
1496021--1496215	46	4.4	46	87	7	303	22	23	11	43	1.85
1496024--1496188	86	1.9	86	95	2	296	21	23	10	43	1.84
1496024--1496192	20	7.8	20	80	17	171	21	23	10	43	1.84
1496669--1496721	22	2.4	23	81	9	65	24	33	11	30	1.90
1504029--1504115	29	2.9	29	74	15	79	28	19	8	43	1.79
1504490--1504600	58	1.9	58	84	0	150	43	17	17	22	1.88
1504469--1504603	29	4.7	29	75	3	119	42	16	18	22	1.89
1505123--1505274	46	3.4	45	87	4	209	31	21	7	40	1.80
1505382--1505510	59	2.2	59	84	0	159	31	25	16	27	1.96
1511554--1511705	46	3.4	45	88	4	236	31	22	5	40	1.78
1511568--1511731	90	1.8	90	80	10	201	34	21	6	37	1.79
1511722--1511772	7	7.6	7	73	8	52	54	17	11	15	1.70
1511722--1511772	20	2.5	20	100	0	102	54	17	11	15	1.70
1511833--1511960	59	2.2	59	88	0	184	28	25	17	28	1.97
1514299--1514361	26	2.4	26	73	7	65	42	20	19	17	1.89
1521072--1521147	31	2.6	29	76	15	84	48	3	13	34	1.60
1523515--1523554	19	2.1	19	90	0	62	32	40	15	12	1.84
1524034--1524096	3	21.0	3	80	9	67	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1524407--1524555	55	2.7	55	88	0	208	28	18	22	30	1.98
1524809--1524907	29	3.5	28	74	10	85	27	17	21	34	1.95
1524806--1524878	27	2.6	29	80	8	89	31	17	17	32	1.94
1524806--1525143	56	5.6	56	71	14	226	33	16	18	31	1.94
1524790--1525206	123	3.4	123	84	1	530	32	16	21	29	1.95
1524942--1525033	29	3.2	30	71	17	79	28	20	17	33	1.95
1525111--1525166	29	1.9	29	85	7	78	23	21	21	33	1.97
1531526--1531552	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
1532019--1532057	21	1.9	21	89	5	62	58	7	10	23	1.56
1535222--1535319	40	2.5	39	86	3	142	25	20	24	29	1.99
1554409--1554441	14	2.4	14	100	0	66	33	6	15	45	1.70
1570900--1570939	21	1.9	21	89	0	62	32	12	17	37	1.87
1575374--1575408	18	1.9	18	88	0	52	37	28	8	25	1.85
1599502--1599601	20	4.7	20	79	13	119	23	24	11	42	1.86
1599522--1599614	46	2.0	46	93	0	159	21	21	11	45	1.84
1600709--1600897	93	2.0	93	88	2	281	28	17	16	36	1.93
1606176--1606280	30	3.4	29	74	11	68	20	11	5	62	1.48
1610327--1610733	165	2.5	164	83	4	489	33	14	19	32	1.92
1610328--1610713	82	4.7	83	82	1	429	32	14	20	32	1.93
1616601--1616651	26	2.0	26	88	7	77	35	5	5	52	1.50
1617267--1617391	60	2.1	60	86	2	182	36	12	12	39	1.79
1617997--1618213	103	2.1	101	82	5	258	46	13	12	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617991--1618216	51	4.4	51	82	3	274	46	14	12	26	1.81
1618996--1619040	6	7.5	6	92	0	72	20	15	33	31	1.93
1619221--1619458	35	6.9	35	70	14	147	42	4	14	39	1.65
1619278--1619328	16	3.8	13	80	16	59	37	7	13	41	1.74
1619272--1619328	28	2.0	29	93	3	98	36	7	15	40	1.75
1619307--1619413	34	3.1	34	77	9	119	46	4	10	38	1.59
1619426--1619472	23	2.0	24	91	4	78	44	0	10	44	1.38
1619505--1619574	15	4.9	14	78	16	72	35	1	1	61	1.14
1619512--1619575	21	2.9	23	82	17	75	34	1	1	62	1.14
1619512--1619555	23	1.9	24	90	9	74	36	2	2	59	1.23
1619506--1619583	30	2.7	28	83	15	81	34	1	1	62	1.11
1620372--1620412	18	2.3	18	95	0	73	17	7	51	24	1.70
1620788--1620836	14	3.6	13	84	15	64	22	2	0	75	0.90
1620788--1620836	13	3.6	14	86	10	66	22	2	0	75	0.90
1620787--1620850	13	4.7	14	83	11	55	20	4	1	73	1.09
1622145--1622311	2	90.5	2	73	23	145	52	3	0	44	1.18
1634050--1634094	17	2.9	16	87	9	58	73	0	4	22	1.01
1635485--1635810	5	65.0	5	96	3	595	59	0	0	40	0.97
1637127--1637182	29	1.9	29	82	7	69	73	5	7	14	1.23
1638519--1638556	16	2.3	17	86	4	51	73	2	5	18	1.14
1638552--1638606	26	2.2	26	81	15	71	52	0	3	43	1.18
1638584--1638820	37	6.4	37	89	2	343	43	7	4	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1638584--1638820	75	3.2	74	87	3	352	43	7	4	45	1.51
1638584--1638820	112	2.1	110	91	3	377	43	7	4	45	1.51
1639308--1640143	201	4.2	201	83	0	1028	29	20	17	32	1.96
1646888--1646917	15	2.0	15	100	0	60	73	0	6	20	1.05
1646929--1647000	29	2.5	28	80	8	81	69	2	8	19	1.27
1647021--1647066	16	2.9	15	81	9	56	69	4	8	17	1.31
1648322--1648370	16	2.9	16	81	6	53	71	2	6	20	1.18
1648346--1648376	13	2.5	12	94	5	53	77	0	0	22	0.77
1648368--1648401	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
1648397--1648599	37	5.4	37	88	4	307	44	8	2	44	1.47
1648388--1648599	77	2.8	76	90	3	313	46	8	2	43	1.46
1654295--1654327	9	3.6	9	95	4	57	12	3	0	84	0.72
1654309--1654343	16	2.2	16	90	5	54	11	11	0	77	1.00
1654307--1654349	15	2.6	17	75	20	54	11	9	0	79	0.95
1654536--1654576	16	2.6	16	92	0	73	48	17	9	24	1.76
1655680--1655728	20	2.5	21	75	18	52	44	4	6	44	1.47
1658910--1658944	14	2.5	15	90	9	56	37	0	20	42	1.52
1660182--1660236	27	2.0	27	85	0	74	36	27	9	27	1.87
1662663--1662801	2	74.0	2	67	24	63	41	0	5	52	1.28
1662663--1662801	7	19.6	7	73	20	87	41	0	5	52	1.28
1662665--1662806	5	29.6	5	69	22	56	40	1	4	52	1.31
1662663--1662740	24	3.7	21	75	19	81	39	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1662663--1662806	13	11.2	13	73	16	106	40	1	4	52	1.31
1677482--1677735	138	1.8	138	91	0	418	38	12	22	26	1.90
1688955--1688986	17	1.9	17	93	6	57	46	12	6	34	1.67
1692841--1692918	25	3.0	28	63	33	64	60	12	10	16	1.59
1692828--1692944	51	2.3	51	87	0	162	57	11	11	19	1.64
1692808--1692971	51	3.2	51	81	5	136	56	11	11	20	1.66
1693798--1693909	42	2.7	42	81	5	129	27	16	24	31	1.97
1694884--1694976	48	1.9	49	82	6	118	37	20	9	32	1.85
1694932--1695262	55	6.0	55	81	3	362	42	13	9	34	1.76
1695240--1695281	12	3.6	12	81	18	61	50	11	0	38	1.40
1695244--1695285	11	3.8	11	80	20	52	50	14	0	35	1.43
1695240--1695285	23	2.0	23	100	0	92	47	13	0	39	1.42
1695263--1695971	54	13.0	55	81	7	707	43	15	8	32	1.77
1695129--1695390	132	2.0	134	85	3	359	43	13	8	35	1.74
1695263--1695971	109	6.5	109	81	7	726	43	15	8	32	1.77
1698030--1698093	17	3.8	16	76	12	58	4	17	0	78	0.92
1698067--1698122	21	2.8	20	79	12	60	5	12	3	78	1.05
1699457--1699532	20	3.7	20	84	7	89	55	17	18	9	1.68
1700036--1700093	29	2.0	30	86	3	82	56	10	18	13	1.65
1702624--1702687	20	3.2	20	71	20	53	68	6	4	20	1.30
1703444--1703483	16	2.5	16	87	0	53	15	7	50	27	1.70
1708417--1708548	61	2.2	61	83	2	158	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1712523--1712598	20	3.8	20	100	0	152	25	25	18	31	1.97
1716382--1716499	61	1.9	61	82	3	148	28	16	27	26	1.97
1722335--1722388	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
1726676--1726700	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
1732209--1732959	44	17.0	44	88	0	1061	24	21	12	41	1.88
1738610--1738874	44	6.0	44	92	0	422	23	22	12	41	1.88
1742111--1742274	41	4.0	41	87	0	229	35	20	10	32	1.87
1742261--1742340	41	1.9	42	94	2	144	42	17	5	35	1.71
1752405--1752475	36	2.0	36	85	0	97	38	14	9	38	1.79
1756097--1756140	22	2.0	23	82	13	56	50	4	6	38	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14