genome.fa.s7845.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007845.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110201_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2731752

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5645--6249	84	7.2	84	97	1	1119	27	14	21	36	1.92
6951--7488	109	4.9	111	89	7	780	37	12	19	30	1.89
6964--7488	219	2.4	219	88	6	782	37	12	19	30	1.89
7801--7880	3	26.7	3	94	0	142	33	1	1	63	1.10
8350--8393	22	2.0	22	81	0	52	68	6	25	0	1.14
9255--9301	20	2.3	21	75	10	53	25	4	8	61	1.43
9343--9393	24	2.2	24	83	10	63	43	1	0	54	1.11
10550--10580	13	2.4	13	94	0	53	58	22	6	12	1.58
18080--18498	51	8.0	51	90	2	446	28	25	16	29	1.97
19838--19952	43	2.5	45	79	14	112	5	19	0	74	1.05
19838--19938	17	5.7	17	68	19	64	5	18	0	74	1.08
19838--19947	18	6.1	19	68	25	69	5	19	0	74	1.06
29583--29688	48	2.2	48	86	8	153	42	18	11	27	1.85
36903--36978	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
37121--37158	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
41184--41281	47	2.1	48	92	1	162	26	11	20	41	1.86
50943--51059	19	6.7	18	72	18	63	73	0	19	5	1.09
50943--51058	17	6.8	17	74	23	75	73	0	19	6	1.10
50943--51057	43	2.7	43	76	14	105	73	0	20	6	1.10
51021--51073	17	3.1	17	81	5	61	79	0	13	7	0.93
52422--53017	55	11.1	55	89	2	760	26	17	25	30	1.97
72786--72850	23	2.8	23	78	0	85	32	24	23	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76170--76312	64	2.2	64	79	10	141	34	18	20	27	1.95
77869--77907	19	2.1	19	100	0	78	30	5	25	38	1.78
81737--81784	24	2.0	24	87	0	69	10	12	14	62	1.54
93969--94037	23	3.0	23	82	0	93	30	24	26	18	1.98
94267--94325	30	2.0	29	83	3	73	33	22	8	35	1.84
94783--94835	22	2.4	21	75	9	52	35	15	3	45	1.64
95069--95098	11	2.7	11	94	0	51	33	10	3	53	1.51
95784--95837	24	2.2	24	96	0	99	22	25	25	25	2.00
98048--98087	19	2.1	19	85	0	53	25	17	27	30	1.97
104193--104283	23	4.0	23	88	1	121	29	25	27	17	1.97
105453--105497	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
107367--107552	96	2.0	93	93	6	320	55	12	11	19	1.67
109111--109455	172	2.0	172	97	0	654	28	17	12	41	1.85
113509--113546	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
122313--122356	21	2.1	21	87	8	63	43	13	9	34	1.76
127467--127537	24	3.0	23	85	4	97	33	19	18	28	1.95
129312--129371	21	2.8	21	89	2	66	36	20	0	43	1.52
129326--129371	21	2.2	21	100	0	92	34	23	0	41	1.55
129828--129863	18	2.1	17	94	5	63	11	25	44	19	1.83
131851--132077	113	2.0	113	97	0	427	33	20	9	36	1.85
132213--132274	30	2.3	27	83	13	74	17	19	19	43	1.88
134831--134875	23	2.0	23	100	0	90	40	24	17	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135231--135408	21	8.5	21	83	4	227	30	25	21	23	1.99
136199--136375	19	8.7	19	76	14	151	34	23	19	22	1.97
136199--136375	61	2.9	61	90	4	270	34	23	19	22	1.97
136248--136325	42	1.9	40	86	5	111	34	23	20	21	1.97
136328--136400	20	3.6	20	73	10	76	36	19	20	23	1.95
136309--136392	41	2.1	39	93	4	141	35	21	20	22	1.96
136309--136423	41	2.9	41	83	5	110	33	20	21	24	1.97
145612--145645	3	10.7	3	87	12	50	64	0	0	35	0.94
149435--149473	19	2.1	19	100	0	78	15	15	17	51	1.77
157924--157951	5	5.6	5	100	0	56	39	39	0	21	1.54
162323--162364	22	1.9	22	90	9	68	35	4	7	52	1.50
162385--162421	16	2.3	16	90	0	56	29	16	16	37	1.90
163205--163400	62	3.2	60	80	6	207	40	5	21	32	1.75
175411--175446	19	1.9	19	88	5	56	72	5	0	22	1.05
185351--185392	17	2.5	17	84	3	59	66	2	4	26	1.23
186385--187639	105	12.0	105	92	2	1987	21	17	26	33	1.96
188379--188537	67	2.4	67	89	4	241	36	11	20	32	1.88
188412--188582	36	4.9	35	72	11	145	39	14	20	26	1.90
189025--189060	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
189469--189538	22	3.2	22	85	2	97	30	12	22	34	1.92
189481--189545	22	3.0	22	79	4	69	32	12	21	33	1.90
190178--190251	17	4.4	17	74	16	64	0	14	9	75	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190178--190255	8	9.1	9	75	9	58	0	15	8	75	1.03
193509--193547	18	2.2	18	86	9	53	74	0	2	23	0.94
193486--193537	28	2.0	27	82	17	65	75	0	3	21	0.97
193730--193822	17	5.6	17	66	19	54	64	3	4	27	1.28
194752--194901	75	2.0	75	94	0	264	42	14	10	33	1.79
196755--196867	40	2.8	40	78	6	104	34	19	20	25	1.96
196836--197149	84	3.8	82	82	7	346	29	18	17	33	1.95
196836--197140	125	2.4	127	82	3	366	29	18	18	34	1.95
196836--197149	41	7.5	41	83	3	367	29	18	17	33	1.95
197350--197464	41	2.8	41	83	7	144	37	20	13	27	1.91
199358--199400	21	2.0	21	100	0	86	39	9	18	32	1.83
199548--199590	21	2.0	21	100	0	86	39	9	18	32	1.83
206205--206270	21	3.2	20	78	4	60	39	18	40	1	1.60
206590--206702	43	2.7	41	80	9	111	33	18	15	31	1.93
206590--206707	42	2.8	43	80	10	127	33	18	16	31	1.93
206693--206808	43	2.7	43	84	0	142	34	24	13	27	1.93
206781--206889	43	2.5	43	83	5	139	39	23	16	20	1.92
207640--207693	24	2.3	23	81	9	63	11	16	25	46	1.80
207650--207681	14	2.3	14	94	0	55	9	15	25	50	1.74
207651--207725	24	3.1	24	84	7	98	13	10	20	56	1.66
208440--208514	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
208446--208510	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208580--208612	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
212330--212374	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
213083--213127	21	2.1	22	83	4	56	33	6	4	55	1.46
213139--213190	27	1.9	27	81	14	63	55	5	7	30	1.52
215589--215651	3	21.7	3	81	15	71	69	0	3	26	1.03
215593--215654	10	6.5	10	83	5	76	69	0	3	27	1.04
215709--215774	32	2.0	33	91	2	107	42	6	3	48	1.43
215753--216015	37	7.2	36	79	10	248	44	6	3	45	1.47
216634--217809	165	7.1	165	92	1	1799	24	21	25	28	1.99
221122--221166	19	2.4	19	92	3	74	68	8	8	13	1.38
222912--222936	9	2.8	9	100	0	50	80	0	8	12	0.92
224084--224146	3	21.7	3	81	15	71	69	0	3	26	1.03
224088--224149	10	6.5	10	83	5	76	69	0	3	27	1.04
224267--224344	40	1.9	40	84	5	102	41	7	3	47	1.50
224245--224508	37	7.1	36	74	17	204	43	6	3	46	1.46
224307--224511	74	2.8	74	83	6	256	45	5	3	44	1.44
224763--224799	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
226234--226272	18	2.2	17	86	4	51	41	5	12	41	1.65
227101--227243	60	2.4	60	81	6	157	36	6	24	32	1.81
227129--227269	60	2.3	60	77	4	140	39	6	21	32	1.79
229446--229488	21	2.0	21	86	0	59	60	2	13	23	1.45
232597--232639	17	2.7	15	80	13	59	37	13	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245057--245214	79	2.0	79	94	0	280	24	13	24	37	1.92
245592--246404	413	2.0	413	97	0	1536	30	14	18	36	1.91
246397--246456	19	3.0	21	83	11	74	23	6	10	60	1.52
250678--250726	24	2.0	25	84	4	64	28	2	2	67	1.13
251408--251438	7	4.3	7	95	4	53	51	3	0	45	1.17
257863--257890	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
261777--261833	30	1.9	30	92	0	96	50	15	12	21	1.76
270571--270634	23	2.8	23	82	0	92	31	25	26	17	1.97
275583--275612	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
275929--275997	23	3.0	23	84	0	102	30	26	26	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13