genome.fa.s7845.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007845.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110201_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2731752

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1379966--1380024	30	2.0	30	96	0	109	35	20	15	28	1.93
1379917--1380064	79	1.9	79	92	0	251	37	24	14	23	1.92
1388840--1388880	21	2.0	21	90	4	66	17	14	31	36	1.90
1389006--1389053	24	2.0	23	84	4	60	39	16	10	33	1.83
1392723--1392764	17	2.5	17	100	0	84	0	35	4	59	1.19
1393512--1393540	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
1394462--1394498	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
1394602--1394644	2	22.5	2	90	9	72	51	0	0	48	1.00
1397490--1397545	3	19.0	3	85	3	78	62	5	0	32	1.18
1397903--1397960	25	2.3	25	100	0	116	32	13	3	50	1.59
1411343--1411705	181	2.0	181	99	0	717	25	14	20	39	1.91
1419336--1419385	26	1.9	26	87	0	73	44	2	0	54	1.11
1421280--1421315	2	18.5	2	88	5	56	50	0	0	50	1.00
1424903--1424963	32	1.9	32	93	0	104	37	11	24	26	1.89
1433748--1433940	94	2.1	92	88	7	282	40	16	15	26	1.88
1442131--1442195	33	2.0	33	93	0	112	40	6	0	53	1.26
1442137--1442203	33	2.0	33	91	0	107	40	7	0	52	1.30
1443061--1443112	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
1443102--1443200	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
1443167--1443360	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
1443167--1443360	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
1443742--1443812	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1443933--1443987	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
1443933--1444003	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
1443999--1444096	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
1444021--1444110	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
1444004--1444118	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
1445590--1445662	38	1.9	38	97	0	137	28	1	16	53	1.51
1445585--1445649	19	3.4	19	64	8	51	24	1	15	58	1.46
1445644--1445679	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
1445792--1445874	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
1445903--1446261	19	20.4	19	78	17	411	14	20	17	47	1.83
1445903--1446233	52	6.2	52	86	7	355	14	21	16	47	1.83
1445903--1446261	71	5.1	71	78	17	394	14	20	17	47	1.83
1445922--1446261	33	9.8	33	76	15	264	14	20	17	47	1.83
1448566--1448590	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
1448765--1448811	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
1449484--1449852	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
1455423--1455480	21	3.1	21	63	31	58	43	20	0	36	1.52
1455401--1455496	35	2.7	35	90	0	147	41	27	1	30	1.63
1456300--1456376	35	2.2	35	92	0	127	33	1	22	42	1.62
1456585--1456628	18	2.4	18	84	0	52	9	18	0	72	1.10
1461724--1461780	16	3.6	17	75	13	50	50	1	5	42	1.35
1462128--1462167	15	2.7	15	88	7	55	42	0	2	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1463221--1463253	15	2.2	15	100	0	66	33	33	18	15	1.92
1463742--1463962	64	3.5	64	85	3	232	27	18	19	33	1.96
1466479--1466508	15	2.0	15	93	0	51	36	33	16	13	1.88
1476276--1476445	93	1.8	93	92	1	286	42	16	16	24	1.88
1477169--1477218	16	3.1	17	77	8	59	64	6	4	26	1.35
1481364--1481414	24	2.1	24	92	0	84	52	1	31	13	1.51
1486002--1486048	18	2.6	18	83	9	69	78	0	2	19	0.85
1486004--1486046	22	2.0	22	86	9	61	76	0	2	20	0.89
1486002--1486049	7	6.7	7	83	6	53	79	0	2	18	0.84
1487795--1487838	3	14.7	3	86	9	63	61	0	0	38	0.96
1487786--1487848	24	2.6	23	81	16	74	55	0	1	42	1.09
1488456--1488695	80	3.0	81	85	1	320	24	21	23	30	1.99
1488693--1488811	33	3.6	33	88	1	166	30	10	19	40	1.84
1488764--1488915	67	2.2	69	82	5	184	36	13	19	30	1.90
1488864--1489193	37	9.1	36	74	14	277	41	12	17	27	1.86
1488888--1489045	79	2.0	80	82	1	192	43	13	17	25	1.86
1489080--1489193	36	3.2	35	87	3	156	39	11	20	28	1.87
1488899--1489219	173	1.8	177	83	8	429	40	12	18	28	1.87
1489092--1489219	35	3.6	34	81	7	105	41	12	20	25	1.87
1489504--1489572	21	3.1	21	62	18	50	28	18	21	30	1.97
1489647--1489789	53	2.6	54	84	6	166	25	13	24	36	1.93
1491972--1492083	45	2.5	46	80	15	144	28	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1492064--1492138	19	3.7	19	81	13	96	22	26	21	29	1.99
1496644--1496677	3	11.7	3	93	6	61	64	0	0	35	0.94
1496646--1496674	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
1496644--1496679	17	2.1	17	100	0	72	63	0	0	36	0.94
1496698--1496745	23	2.1	23	85	11	64	58	2	0	39	1.10
1497539--1497642	20	5.0	20	71	11	75	32	20	20	26	1.97
1497563--1497650	44	2.0	44	100	0	176	29	22	20	27	1.99
1498488--1498534	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
1500960--1501041	20	4.5	19	70	17	66	45	19	19	15	1.86
1500948--1501049	53	1.9	53	84	4	134	43	21	20	14	1.88
1501088--1501159	33	2.1	34	89	2	110	15	25	20	38	1.92
1501301--1501396	33	2.9	34	88	3	140	13	23	20	41	1.88
1501024--1501506	237	2.0	238	95	2	860	32	19	14	33	1.92
1502889--1502999	42	2.6	42	77	4	116	24	18	36	20	1.94
1503479--1503565	20	4.3	20	92	0	138	37	20	19	21	1.94
1503591--1503695	54	1.9	54	92	0	174	17	20	21	40	1.92
1503610--1503695	20	4.6	20	75	16	85	18	20	23	37	1.94
1505567--1505633	20	3.4	20	85	2	91	50	22	14	11	1.76
1505646--1505694	20	2.5	20	79	0	62	22	20	22	34	1.97
1506257--1506308	20	2.6	20	100	0	104	23	21	25	30	1.99
1506297--1506342	20	2.2	21	96	3	85	26	21	19	32	1.97
1506304--1506348	20	2.2	20	88	4	63	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1507178--1507205	11	2.5	11	100	0	56	25	0	0	75	0.81
1507577--1507661	29	2.9	29	100	0	170	14	38	28	18	1.90
1507697--1507724	13	2.2	13	100	0	56	7	17	39	35	1.78
1511901--1512032	65	2.0	65	82	1	158	46	9	9	34	1.69
1512377--1513062	253	2.8	245	84	7	752	43	11	13	32	1.79
1512637--1512869	77	3.0	76	86	2	315	40	11	14	33	1.81
1512790--1512980	100	1.9	100	85	0	265	41	11	12	34	1.79
1513122--1513273	77	2.0	77	87	5	218	39	10	13	36	1.79
1512840--1513284	227	2.0	227	87	2	644	42	10	12	35	1.77
1513198--1513391	100	1.9	100	85	4	266	40	12	12	34	1.81
1520202--1520239	20	1.9	20	88	0	58	26	28	26	18	1.98
1524135--1524298	89	1.8	89	90	0	265	43	14	11	30	1.80
1524245--1524479	76	3.1	75	84	4	276	45	10	13	31	1.77
1524395--1524579	100	1.9	100	87	2	273	45	10	11	32	1.75
1524501--1524732	76	3.0	76	86	5	315	42	10	13	33	1.79
1524489--1524721	77	3.0	77	85	5	319	41	11	13	33	1.80
1524221--1525162	253	3.7	255	86	2	1199	42	11	12	33	1.78
1524642--1524832	100	1.9	100	82	0	238	42	10	10	35	1.75
1524750--1524985	76	3.1	76	80	4	269	43	10	11	34	1.76
1524826--1525251	177	2.4	176	88	2	620	41	11	12	34	1.79
1524902--1525086	100	1.8	101	86	5	268	42	9	11	35	1.75
1525002--1525162	77	2.1	77	87	5	229	40	11	12	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1525079--1525275	100	2.0	100	87	0	286	42	13	11	33	1.79
1527462--1527656	98	2.0	97	94	1	345	26	14	15	43	1.86
1536570--1536601	14	2.2	15	94	5	57	12	3	0	84	0.74
1545199--1545273	39	1.9	39	94	5	134	38	17	13	30	1.88
1547160--1547195	14	2.6	14	91	8	56	61	0	11	27	1.30
1547193--1547250	26	2.3	25	82	5	73	67	3	8	20	1.33
1547217--1547283	33	2.0	33	94	0	116	67	2	8	20	1.32
1548686--1549306	73	8.6	73	94	2	1013	39	11	16	32	1.85
1548686--1549306	145	4.3	145	94	2	1000	39	11	16	32	1.85
1548686--1549306	218	2.9	219	93	2	1031	39	11	16	32	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13