genome.fa.s7845.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007845.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110201_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2731752

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036508--2036629	27	4.7	27	85	11	175	21	2	59	16	1.48
2036502--2036629	48	2.5	47	87	7	139	20	3	60	16	1.49
2036940--2036965	6	4.3	6	100	0	52	0	84	15	0	0.62
2037868--2037901	16	2.1	17	88	5	52	61	0	2	35	1.11
2037920--2037956	17	2.2	17	86	13	51	37	8	0	54	1.30
2037967--2038012	24	2.0	24	91	4	76	63	0	4	32	1.14
2040419--2040568	21	7.2	20	70	16	101	23	20	21	35	1.96
2040404--2040565	42	3.9	42	90	1	256	21	19	21	37	1.95
2040681--2040706	5	5.2	5	100	0	52	42	19	38	0	1.51
2041224--2041333	21	5.3	21	84	4	152	31	27	21	19	1.97
2041342--2041394	21	2.5	21	93	0	88	18	22	30	28	1.98
2042611--2042635	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2042715--2042739	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
2042678--2042745	26	2.7	26	76	17	72	77	2	5	13	1.06
2042892--2042918	10	2.7	10	100	0	54	70	0	0	29	0.88
2042891--2042958	20	3.6	19	82	11	68	69	0	1	29	0.98
2042915--2043013	10	10.3	10	71	23	52	59	1	2	37	1.16
2042905--2042958	20	2.7	19	85	5	72	68	0	1	29	1.00
2042977--2043013	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2046062--2046110	9	5.8	8	79	13	53	2	16	2	79	0.92
2046062--2046110	17	2.9	16	79	11	53	2	16	2	79	0.92
2046842--2046948	45	2.3	46	88	4	164	30	18	20	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2046889--2047034	65	2.2	64	81	9	163	25	18	23	32	1.97
2049432--2049513	23	3.6	22	80	8	85	24	23	26	25	2.00
2049436--2049513	21	3.5	22	78	8	86	25	23	25	25	2.00
2065467--2065519	6	8.8	6	77	22	58	81	0	3	15	0.83
2065467--2065519	16	3.3	16	80	17	65	81	0	3	15	0.83
2065467--2065521	22	2.5	22	82	11	60	80	0	5	14	0.89
2065561--2065628	26	2.7	26	78	13	79	76	2	5	14	1.09
2065561--2065641	26	3.2	25	79	8	74	74	4	4	16	1.17
2065785--2065815	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2065781--2065841	18	3.1	21	75	13	60	62	1	0	36	1.05
2073524--2073561	19	2.0	19	100	0	76	26	15	31	26	1.96
2082155--2082259	43	2.4	43	88	0	147	44	19	11	24	1.83
2082176--2082268	43	2.2	43	92	0	150	45	21	9	23	1.81
2083470--2083503	12	2.8	12	90	0	50	50	8	0	41	1.34
2083966--2084298	75	4.4	73	85	3	396	40	11	14	33	1.82
2083966--2084299	150	2.2	150	86	2	465	40	11	14	34	1.82
2084279--2084367	23	3.9	23	90	0	142	32	16	13	37	1.88
2093345--2093407	30	2.1	31	96	3	119	34	15	9	39	1.80
2097786--2097830	23	2.0	23	86	0	63	28	24	26	20	1.99
2099364--2099401	20	1.9	20	88	0	58	26	21	18	34	1.96
2102810--2102854	23	2.0	23	86	0	63	28	24	26	20	1.99
2104379--2104436	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2107830--2107874	23	2.0	23	86	0	63	28	24	26	20	1.99
2109408--2109465	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
2112169--2112224	3	18.7	3	85	10	71	33	1	0	64	1.04
2112231--2112274	23	1.9	23	100	0	88	25	56	0	18	1.41
2113137--2113190	20	2.7	21	80	5	58	22	5	0	72	1.05
2118209--2118249	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
2118513--2119024	126	4.2	126	95	3	911	22	25	20	31	1.98
2119397--2119499	32	3.2	32	81	4	125	37	2	4	54	1.37
2119869--2119986	21	5.6	20	90	6	155	21	24	34	19	1.96
2119869--2119986	42	2.8	42	87	7	177	21	24	34	19	1.96
2121729--2121805	30	2.4	30	85	8	91	62	1	0	36	1.04
2121730--2121811	33	2.4	34	82	12	96	60	2	0	36	1.10
2123662--2123707	19	2.4	19	79	13	67	50	10	17	21	1.77
2123670--2123711	19	2.3	18	92	8	68	50	11	16	21	1.77
2125886--2125929	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
2125736--2126270	265	2.0	270	95	4	987	36	7	34	20	1.82
2127384--2127424	18	2.3	19	87	12	68	34	4	26	34	1.78
2127987--2128033	19	2.6	19	90	6	71	31	2	10	55	1.46
2128151--2129283	197	5.9	198	90	7	1843	36	15	17	30	1.91
2128782--2129283	172	2.8	173	86	11	658	36	15	17	31	1.91
2130732--2130806	12	6.4	12	83	6	91	36	9	33	21	1.85
2130744--2130819	3	25.0	3	75	2	71	36	6	32	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130740--2130819	12	6.8	12	88	2	92	36	7	32	23	1.83
2131990--2132023	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
2132375--2132435	23	2.8	21	82	7	70	36	4	22	36	1.76
2132380--2132442	20	3.0	21	84	11	58	33	4	23	38	1.76
2132430--2132511	41	2.0	41	95	4	150	31	7	18	42	1.77
2132859--2133353	183	2.7	182	95	1	882	35	14	16	33	1.90
2135835--2136346	177	2.8	177	91	6	783	35	14	17	31	1.91
2137817--2137898	12	6.9	12	85	2	94	36	7	34	21	1.82
2137814--2137898	6	14.3	6	78	2	64	37	7	34	21	1.80
2137829--2137911	3	28.0	3	76	2	78	37	6	33	22	1.79
2137817--2137911	12	8.2	12	82	9	90	36	6	33	23	1.80
2139076--2139109	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
2139431--2139503	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
2139883--2140376	183	2.7	182	96	1	889	35	14	17	32	1.90
2143224--2143300	23	3.5	22	80	7	84	35	3	20	40	1.71
2143567--2143616	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
2143983--2144037	24	2.3	25	81	9	69	32	5	14	47	1.67
2144002--2144038	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2144294--2144380	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
2144789--2144860	23	3.2	23	84	4	92	34	4	22	38	1.73
2145131--2145203	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
2146183--2146653	182	2.6	181	86	4	621	43	13	16	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146577--2146627	18	2.7	18	81	18	68	52	9	17	19	1.72
2146581--2146619	21	1.9	21	94	5	71	53	12	15	17	1.72
2148843--2148907	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
2148936--2149002	33	2.0	33	88	0	98	29	0	47	22	1.51
2150794--2150842	19	2.6	19	96	0	89	32	0	10	57	1.32
2150794--2150854	19	3.3	19	90	2	79	34	0	11	54	1.37
2150961--2151937	200	4.9	200	94	1	1674	36	14	17	31	1.90
2153404--2153491	6	14.7	6	81	0	68	37	7	32	21	1.83
2153421--2153492	3	24.0	3	76	0	72	36	6	33	23	1.82
2153404--2153485	36	2.3	36	91	0	128	37	8	32	20	1.83
2153404--2153491	12	7.3	12	85	0	95	37	7	32	21	1.83
2154702--2156736	183	11.1	183	97	0	3765	35	14	16	32	1.90
2159584--2159656	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
2160071--2160143	23	3.2	23	92	0	110	35	4	20	39	1.72
2159238--2161057	488	3.7	489	95	2	3225	41	7	10	40	1.68
2160559--2160646	23	3.8	23	93	0	149	39	3	21	35	1.70
2160070--2161057	512	1.9	512	97	0	1872	40	7	11	40	1.69
2162377--2162405	15	2.0	15	93	6	51	58	13	13	13	1.63
2162678--2162741	21	3.0	21	86	4	92	23	25	23	28	2.00
2168360--2168388	15	2.0	15	93	6	51	58	13	13	13	1.63
2168661--2168724	21	3.0	21	86	4	92	23	25	23	28	2.00
2171930--2171985	24	2.3	24	81	6	69	57	3	37	1	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172531--2172598	34	2.0	34	94	0	118	35	33	16	14	1.89
2192507--2192554	16	3.0	16	96	0	87	45	0	29	25	1.53
2199782--2199829	2	25.0	2	83	8	64	43	0	0	56	0.99
2202163--2202208	23	2.0	23	87	4	67	54	2	2	41	1.25
2202749--2202791	11	4.0	11	90	6	70	37	2	0	60	1.10
2202749--2202792	21	2.1	21	95	0	79	38	2	0	59	1.10
2205839--2205914	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
2206060--2206097	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
2209562--2209638	3	25.0	3	84	12	95	35	0	0	64	0.93
2209584--2209651	14	4.9	14	83	8	50	35	2	0	61	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13