genome.fa.s7845.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007845.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110201_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2731752

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369626--2369679	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2372093--2372173	40	2.0	40	85	4	110	35	22	20	20	1.96
2372092--2372171	20	4.0	20	83	4	99	35	22	21	21	1.96
2372184--2372246	20	3.1	20	75	4	72	22	19	20	38	1.94
2372243--2372288	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
2372884--2372927	21	2.1	21	86	0	61	38	0	2	59	1.10
2373282--2373325	21	2.1	21	83	8	54	22	4	2	70	1.17
2373903--2373951	23	2.1	24	88	3	73	63	0	2	34	1.06
2377451--2377494	9	4.8	9	86	13	63	88	11	0	0	0.51
2377451--2377494	10	4.6	10	86	11	65	88	11	0	0	0.51
2377450--2377493	18	2.4	18	96	0	79	86	13	0	0	0.57
2377539--2382330	4	1204.0	4	99	0	9416	25	24	0	49	1.50
2388150--2388204	24	2.2	25	83	3	67	52	7	5	34	1.52
2400993--2401033	21	1.9	22	85	5	57	53	17	0	29	1.44
2405326--2406622	646	2.0	646	100	0	2594	32	19	19	28	1.96
2409165--2409279	2	56.5	2	74	13	92	46	2	4	46	1.36
2409252--2409299	20	2.5	20	89	3	71	45	10	4	39	1.58
2409345--2409374	11	2.7	11	94	0	51	46	0	3	50	1.18
2409430--2409491	22	2.9	21	80	11	72	40	1	8	50	1.42
2409487--2409526	7	5.7	7	93	0	62	15	0	45	40	1.46
2409549--2409622	20	3.5	20	76	20	78	37	6	2	52	1.42
2409560--2409609	13	3.8	13	77	17	59	38	6	2	54	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2409562--2409621	23	2.7	23	80	16	72	38	6	1	53	1.37
2409573--2409639	33	2.1	32	91	2	107	38	5	4	50	1.47
2409611--2409694	20	4.3	20	69	11	66	42	8	9	39	1.68
2409628--2409732	40	2.6	40	82	11	126	43	9	7	39	1.66
2409698--2409740	18	2.4	18	80	7	52	39	9	6	44	1.64
2409797--2409839	22	2.0	22	85	0	59	44	11	4	39	1.62
2409760--2409861	53	1.9	53	97	0	195	40	10	8	40	1.71
2409834--2409881	20	2.6	18	87	12	78	39	10	10	39	1.74
2409837--2409878	20	2.1	20	100	0	84	40	9	9	40	1.70
2409974--2410018	23	1.9	24	90	4	74	55	2	6	35	1.38
2410039--2410063	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2410059--2410153	28	3.4	27	79	5	100	42	30	3	24	1.70
2410060--2410155	7	13.7	7	70	4	59	41	31	3	23	1.70
2410158--2410205	20	2.3	22	85	7	64	50	6	2	41	1.39
2410151--2410301	22	7.0	23	67	22	78	47	5	1	45	1.35
2410241--2410303	20	3.2	20	74	19	69	44	4	0	50	1.23
2413394--2413702	31	9.7	31	79	13	299	46	7	5	40	1.56
2413394--2413640	131	1.8	137	87	7	373	46	7	5	40	1.55
2413505--2413681	56	3.1	56	78	10	194	46	6	5	41	1.52
2413535--2413619	25	3.2	25	75	18	89	48	5	3	42	1.44
2413656--2413742	45	1.9	45	92	0	147	49	9	4	36	1.55
2413699--2413778	31	2.6	31	85	0	115	45	7	2	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413401--2413818	107	3.8	107	76	12	296	46	7	4	40	1.53
2413399--2413821	76	5.6	75	69	19	272	46	7	4	41	1.53
2417327--2417362	18	2.0	18	100	0	72	11	27	33	27	1.91
2418662--2418730	15	4.3	16	78	14	72	20	33	27	18	1.96
2418662--2418730	32	2.2	32	91	0	111	20	33	27	18	1.96
2419146--2419175	15	2.0	15	93	0	51	43	6	16	33	1.74
2421262--2421386	60	2.1	60	83	5	155	37	14	15	32	1.87
2423786--2423854	22	3.1	22	85	0	75	30	11	27	30	1.92
2423793--2423863	22	3.2	22	85	0	79	30	11	26	30	1.91
2423965--2424002	20	1.9	20	94	0	67	39	15	18	26	1.91
2423970--2424041	20	3.6	20	88	0	99	44	16	13	25	1.85
2424012--2424069	28	2.1	28	90	0	89	46	13	12	27	1.79
2424573--2424620	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2425523--2425851	164	2.0	164	98	1	633	27	29	9	34	1.88
2426844--2426883	20	2.0	21	85	14	57	40	7	0	52	1.30
2427275--2427649	179	2.1	182	92	3	632	26	13	24	36	1.92
2427638--2427702	28	2.4	28	92	2	114	12	7	35	44	1.71
2427797--2427869	38	1.9	38	91	2	121	16	10	32	39	1.83
2428392--2428469	38	2.1	38	87	4	113	38	21	12	26	1.90
2437275--2437301	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2437798--2437823	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2437869--2437912	22	2.0	22	90	0	70	38	22	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443714--2443758	21	2.1	21	83	0	54	44	0	4	51	1.21
2450547--2450575	14	2.1	14	100	0	58	58	6	27	6	1.50
2452086--2452115	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2459384--2459426	20	2.2	20	86	0	59	32	23	13	30	1.93
2464445--2464530	7	12.7	7	82	7	106	43	37	0	19	1.52
2464445--2464536	27	3.4	27	86	3	132	42	36	0	20	1.53
2464624--2464690	14	4.9	14	78	8	66	50	23	1	23	1.57
2464651--2464691	21	2.0	21	85	0	55	51	21	2	24	1.60
2464396--2464684	156	1.9	154	85	8	406	44	24	5	24	1.75
2464692--2464734	14	3.1	13	83	12	50	30	41	4	23	1.74
2464658--2464728	21	3.4	21	78	3	54	39	32	4	23	1.74
2464697--2464734	7	5.3	7	90	3	58	28	44	2	23	1.67
2467670--2467722	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
2467712--2467922	20	10.4	21	79	5	148	31	18	18	30	1.95
2467712--2467818	41	2.6	41	88	5	162	39	17	20	22	1.93
2467833--2467908	21	3.7	21	84	8	102	19	22	15	42	1.89
2467884--2467927	20	2.2	20	84	8	54	31	13	20	34	1.92
2471349--2471423	19	4.2	19	72	18	70	44	17	24	14	1.86
2471579--2471615	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2473578--2473687	19	5.9	20	80	13	103	7	20	23	48	1.75
2473579--2473693	39	3.1	36	79	14	128	7	21	21	48	1.75
2473604--2473693	33	2.5	34	85	10	119	8	23	20	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473630--2473691	20	3.2	20	86	4	99	9	22	17	50	1.75
2473783--2474061	94	3.1	93	85	8	394	47	18	12	21	1.81
2474857--2474899	21	2.0	22	82	13	54	48	0	4	46	1.22
2475746--2475801	20	2.8	20	88	0	76	48	19	19	12	1.80
2475745--2475838	33	2.6	37	72	18	97	48	19	21	10	1.78
2475773--2475843	33	2.1	34	86	2	99	45	22	21	11	1.83
2475848--2475928	33	2.5	33	85	0	99	13	20	20	44	1.86
2476474--2476585	20	5.6	20	82	6	129	21	20	19	38	1.94
2476492--2476585	41	2.3	40	87	1	125	21	21	18	39	1.93
2476582--2476628	21	2.2	21	84	3	58	38	17	27	17	1.91
2481218--2481246	12	2.5	12	94	5	51	79	0	0	20	0.74
2485893--2485985	45	2.1	45	100	0	186	24	22	6	46	1.75
2486523--2486560	20	1.9	20	88	0	58	36	15	2	44	1.61
2494977--2495020	17	2.4	19	85	11	56	43	6	6	43	1.57
2497255--2497310	19	2.8	20	75	5	60	48	0	0	51	1.00
2499691--2499889	102	2.0	102	87	2	292	25	12	19	43	1.86
2500025--2500096	22	3.3	22	69	7	74	4	26	8	61	1.43
2500005--2500094	44	2.0	44	93	0	153	10	20	8	61	1.54
2505235--2505286	20	2.6	20	93	0	86	40	25	13	21	1.89
2505276--2505374	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
2505341--2505534	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
2505341--2505534	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505916--2505986	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2506107--2506161	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2506172--2506289	14	7.1	18	67	25	80	10	24	21	44	1.83
2506194--2506283	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
2506177--2506291	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
2507988--2508366	184	2.0	186	98	1	744	22	12	18	46	1.83
2507988--2508366	93	4.1	93	98	1	744	22	12	18	46	1.83
2508410--2508538	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2508446--2508538	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2508410--2508538	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13