genome.fa.s7845.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007845.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110201_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2731752

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658701--658768	14	4.5	14	79	15	64	57	5	0	36	1.23
658680--658755	32	2.4	32	90	0	125	55	9	0	35	1.32
658733--658865	15	8.5	15	79	11	142	51	2	0	46	1.13
661688--662134	229	2.0	225	93	1	759	45	7	7	40	1.60
662200--662245	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
662367--662413	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
662376--662418	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
664733--664798	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
666587--666634	18	2.6	19	86	6	71	31	2	10	56	1.45
666752--667712	196	4.9	199	96	2	1768	36	15	16	31	1.90
669424--669488	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
670149--670199	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
670576--670610	17	2.1	17	88	0	52	34	5	11	48	1.63
670862--670948	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
671338--671410	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
671452--672107	329	2.0	326	94	4	1144	42	8	11	38	1.70
672476--672515	21	1.9	21	94	0	71	42	0	0	57	0.98
676772--676812	21	2.0	21	85	9	57	51	12	12	24	1.73
679289--679332	18	2.4	19	84	3	54	18	6	4	70	1.27
688924--688966	18	2.4	19	84	7	54	18	6	4	69	1.29
716789--716911	35	3.5	35	84	2	129	43	23	0	31	1.59
716907--716981	35	2.1	35	82	0	87	34	0	20	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
719378--719427	24	2.1	24	96	0	91	30	6	20	44	1.75
727531--727608	30	2.4	32	85	12	115	17	10	33	38	1.84
727541--727611	30	2.4	30	92	4	117	16	8	35	39	1.79
727541--727590	15	3.3	15	77	0	64	16	8	36	40	1.77
729754--729867	31	3.7	31	83	0	129	24	19	17	38	1.93
730192--730230	18	2.2	17	90	4	60	51	0	25	23	1.49
730702--730742	21	2.0	21	90	0	64	24	17	26	31	1.97
733730--733769	20	2.0	20	90	4	64	30	12	27	30	1.93
734529--734677	31	4.8	32	83	6	173	21	14	22	41	1.89
734990--735028	18	2.2	17	86	4	51	51	0	23	25	1.49
735556--735598	22	2.0	22	90	0	68	23	18	13	44	1.86
738625--738673	25	1.9	26	87	4	73	61	14	4	20	1.49
745715--745780	21	3.1	21	75	16	66	54	7	3	34	1.44
747390--747430	10	4.1	10	84	12	57	31	26	0	41	1.56
747557--747889	111	3.0	111	97	0	621	35	7	12	44	1.70
754417--754456	19	2.0	20	85	4	55	37	0	0	62	0.95
754424--754476	20	2.7	20	85	8	65	32	0	1	66	1.03
754427--754463	17	2.1	18	95	5	67	29	0	0	70	0.88
757185--757227	20	2.1	21	83	12	54	41	2	0	55	1.12
757898--757947	25	2.0	26	88	4	75	38	0	4	58	1.17
761254--761303	16	3.1	16	88	0	64	8	8	28	56	1.57
761492--761558	16	4.2	16	76	3	64	11	7	28	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761093--761609	266	1.9	266	97	0	973	29	10	18	41	1.83
761900--762004	37	2.8	37	86	0	156	42	8	13	35	1.75
762355--762393	14	2.8	13	88	11	51	20	2	5	71	1.17
762994--763045	9	5.8	9	75	8	52	19	7	1	71	1.20
766987--767523	183	2.9	183	97	0	995	27	21	21	30	1.98
768705--768821	36	3.1	36	67	4	90	27	19	15	37	1.92
768664--768834	72	2.3	75	83	7	199	26	19	12	40	1.88
768908--769227	105	3.1	105	93	1	522	30	20	11	36	1.89
769127--769202	36	2.1	36	92	0	125	23	21	14	40	1.90
769402--769926	105	5.0	105	91	2	799	33	27	18	21	1.96
770469--770573	37	2.8	37	86	0	138	42	14	12	30	1.82
770913--770970	13	4.2	13	79	16	55	24	1	5	68	1.19
771186--771242	30	1.9	30	85	7	80	22	1	1	73	1.02
773589--773621	16	2.1	16	94	0	57	48	12	15	24	1.78
779679--779809	64	2.0	64	100	0	262	36	12	15	35	1.85
779809--779906	52	1.9	52	83	6	128	47	9	4	38	1.54
787594--787634	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
787596--787641	23	2.0	24	91	4	76	32	0	28	39	1.57
787719--788275	128	4.4	128	95	1	953	22	24	19	33	1.97
788701--788801	34	3.0	34	85	0	139	38	2	3	54	1.34
789321--789392	21	3.5	20	83	11	83	19	27	33	19	1.96
789396--789443	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790952--791031	34	2.4	33	75	8	81	61	3	0	35	1.14
791160--791206	18	2.8	17	78	9	53	55	2	0	42	1.12
791160--791249	33	2.7	33	81	6	92	61	4	0	34	1.16
791162--791249	34	2.7	32	80	7	86	61	4	0	34	1.16
795440--795488	4	12.2	4	91	0	80	24	22	0	53	1.47
795440--795488	16	3.1	16	96	0	89	24	22	0	53	1.47
797417--797480	28	2.2	29	97	2	121	29	26	6	37	1.81
798376--798407	3	10.7	3	93	0	55	3	0	31	65	1.08
799511--799585	37	2.0	37	82	10	91	50	4	0	45	1.20
800437--800571	20	6.7	20	88	5	166	39	20	20	20	1.93
800475--800589	40	2.8	40	81	11	144	38	20	20	20	1.94
800768--800832	22	3.0	22	88	0	94	24	40	13	21	1.90
801170--801239	20	3.5	20	88	1	106	11	15	22	50	1.76
803041--803146	20	5.7	20	75	13	84	45	21	17	15	1.85
803075--803160	20	4.3	20	89	2	129	39	22	18	19	1.92
803008--803136	33	3.7	35	78	13	140	42	22	19	15	1.88
803075--803162	39	2.2	40	87	2	133	38	22	19	19	1.93
803205--803293	40	2.2	40	85	0	124	23	20	21	34	1.96
803207--803278	20	3.6	20	96	0	126	26	19	20	33	1.97
803777--803875	21	4.7	21	72	3	74	24	35	19	21	1.96
803804--803884	42	1.9	42	82	5	101	22	38	18	20	1.94
805269--805304	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805410--805505	33	2.9	34	87	3	122	43	18	23	13	1.86
805520--805595	33	2.3	34	93	2	127	14	23	18	43	1.87
805587--805655	20	3.5	20	84	4	95	18	20	26	34	1.96
807438--807529	30	3.1	30	98	0	175	32	25	19	22	1.97
807527--807650	31	3.9	32	76	11	112	31	19	18	30	1.96
808415--808458	21	2.1	21	86	0	61	15	27	27	29	1.96
812716--812817	30	3.4	30	95	0	177	31	24	20	23	1.98
812804--812928	31	4.0	30	80	13	137	30	20	20	29	1.97
813685--813728	21	2.1	21	91	0	70	18	27	25	29	1.98
815738--815793	24	2.3	24	96	0	103	41	16	12	30	1.85
815831--815884	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
816726--816792	20	3.3	20	95	0	116	22	19	26	31	1.98
816779--816892	20	5.7	20	86	2	165	20	21	21	37	1.94
816766--816892	40	3.2	38	82	9	155	20	20	22	37	1.95
816779--816901	41	3.0	41	85	1	167	22	19	21	36	1.95
816882--816931	21	2.4	21	82	0	64	38	14	22	26	1.91
817749--817819	20	3.2	20	69	19	61	56	2	2	38	1.29
821530--821611	38	2.1	39	90	2	130	30	14	6	48	1.68
822362--822409	25	1.9	25	83	8	62	52	2	0	45	1.12
823727--823785	31	1.9	31	96	0	109	44	5	6	44	1.52
823809--824328	22	23.6	22	84	4	647	47	11	0	41	1.41
823809--824328	44	11.8	44	87	2	713	47	11	0	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824312--824342	12	2.6	12	89	0	53	48	0	0	51	1.00
824312--824354	21	1.9	23	81	13	54	48	0	2	48	1.14
833882--833907	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
838396--838686	146	2.0	145	97	0	555	34	17	7	40	1.78
841199--841252	28	2.0	28	85	7	76	7	16	16	59	1.59
854566--854610	16	2.8	16	82	0	63	35	13	4	46	1.63
859225--859280	7	8.0	7	100	0	112	28	0	57	14	1.38
862333--862371	14	2.8	14	84	0	51	23	5	0	71	1.05
866483--866561	26	3.0	26	84	0	104	27	25	17	29	1.98
869779--869822	18	2.4	19	85	7	65	13	15	0	70	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13