genome.fa.s7867.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007867.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110239_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3477501

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6--41	18	2.0	18	94	0	63	11	8	44	36	1.70
875--977	54	1.9	53	88	2	152	20	12	33	33	1.90
895--1015	53	2.3	53	80	7	120	22	10	33	33	1.89
2483--2637	54	2.9	54	79	4	179	21	7	38	32	1.81
7822--7923	21	4.9	21	95	2	179	28	22	23	25	1.99
11824--11940	53	2.2	52	80	4	128	17	9	35	37	1.82
12278--12416	54	2.6	54	82	4	156	20	9	38	32	1.84
12319--12432	54	2.1	54	81	3	131	21	9	38	30	1.85
15151--15202	24	2.2	24	89	0	77	36	5	28	28	1.80
31579--31624	22	2.1	22	92	4	76	41	0	4	54	1.20
32020--32067	24	2.0	23	84	11	62	8	16	0	75	1.04
32174--32212	20	2.0	20	84	0	51	33	0	12	53	1.39
38419--38497	23	3.4	23	89	0	122	30	25	26	17	1.97
39299--39829	267	2.0	266	95	0	963	31	25	7	35	1.84
44696--44753	23	2.5	23	77	0	71	31	24	25	18	1.98
54376--54434	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
56208--56410	104	2.0	104	90	1	318	39	26	7	26	1.83
56445--56661	39	5.6	39	89	3	287	30	24	29	15	1.96
57561--57590	11	2.6	11	94	5	51	50	6	16	26	1.70
60194--60391	103	1.9	102	87	3	290	38	23	10	27	1.87
60434--60517	39	2.2	39	84	4	107	38	20	23	17	1.93
60452--60538	39	2.2	39	81	4	95	41	19	22	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64150--64345	103	1.9	103	90	2	313	39	23	10	26	1.87
64391--64600	39	5.4	39	74	7	156	32	20	26	20	1.97
65853--65896	19	2.4	19	84	3	54	45	4	4	45	1.44
65862--65907	19	2.3	20	88	7	67	45	6	4	43	1.49
65940--66089	60	2.5	60	85	1	194	37	14	15	32	1.88
71917--72106	103	1.8	103	85	2	265	33	8	20	36	1.84
71874--72231	104	3.5	102	77	6	314	36	12	18	32	1.88
72169--72256	36	2.4	36	88	0	122	34	10	22	32	1.88
84543--84574	16	2.1	16	88	11	50	18	43	0	37	1.51
90284--90352	27	2.5	28	86	6	97	37	0	0	62	0.96
91134--91176	20	2.2	20	83	8	52	39	2	2	55	1.25
93210--93268	19	3.1	19	79	11	59	35	18	23	22	1.96
105465--105500	15	2.5	14	86	8	54	61	0	33	5	1.19
108288--108316	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
111298--111353	16	3.2	16	71	28	51	67	1	3	26	1.16
111298--111368	37	1.9	37	83	11	92	69	1	4	25	1.15
112620--112675	3	18.0	3	89	7	85	66	0	0	33	0.92
112810--112908	45	2.2	45	96	0	180	38	20	20	21	1.94
112856--113264	76	5.4	76	94	0	694	34	21	19	23	1.96
113940--114016	22	3.5	22	90	0	118	41	10	11	36	1.76
115357--115533	74	2.4	75	87	3	241	28	20	17	33	1.95
118302--118355	7	7.7	7	83	8	74	1	12	1	83	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118301--118354	28	2.0	27	92	3	90	1	12	1	83	0.81
121205--121237	15	2.3	15	89	5	50	57	9	18	15	1.63
123339--123460	20	6.1	20	85	7	158	36	26	19	17	1.94
123339--123460	40	3.0	40	92	2	201	36	26	19	17	1.94
123346--123468	60	2.0	60	93	3	212	39	24	19	16	1.91
123564--123607	6	7.5	6	97	2	81	34	52	13	0	1.41
124102--124140	6	6.5	6	96	0	69	0	15	53	30	1.42
124243--124662	20	20.8	20	84	12	558	15	20	26	37	1.92
124243--124667	80	5.3	78	91	6	631	15	20	26	38	1.92
124236--124743	20	25.2	20	80	12	476	15	19	24	39	1.91
125278--125316	16	2.5	16	83	4	53	69	0	2	28	1.02
125939--125982	21	2.0	22	82	4	54	45	0	6	47	1.29
127558--127640	3	27.0	3	88	9	123	66	0	0	33	0.92
127999--128042	17	2.6	17	100	0	88	18	11	25	45	1.82
128754--128797	19	2.3	19	100	0	88	38	4	0	56	1.20
128876--128913	16	2.4	16	90	0	58	26	36	23	13	1.91
129872--129926	2	27.5	2	92	0	92	45	0	0	54	0.99
129853--129929	10	7.7	10	87	9	95	42	1	0	55	1.07
130004--130083	9	8.1	9	74	20	63	18	3	0	77	0.92
129993--130083	46	1.9	46	86	6	128	20	3	0	75	0.94
129946--130084	55	2.4	58	84	8	169	20	7	1	71	1.18
129999--130092	21	4.5	20	74	20	77	20	4	0	75	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130467--130501	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
130523--130549	14	1.9	14	100	0	54	3	7	7	81	0.97
130501--130574	34	2.2	33	86	11	98	8	8	5	78	1.09
136194--136519	85	3.8	83	80	6	289	36	19	15	28	1.93
139520--139562	16	2.6	17	81	7	52	39	0	0	60	0.97
139582--139687	46	2.2	47	81	17	114	25	8	1	64	1.32
139669--139695	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
140133--140227	9	10.9	9	72	13	56	20	5	3	71	1.19
140186--140239	21	2.6	22	80	16	62	20	1	3	74	1.07
159118--159160	23	1.9	22	85	4	59	30	0	6	62	1.21
162670--162718	2	25.5	2	79	8	57	51	0	0	48	1.00
164770--164811	6	6.5	6	84	15	57	16	2	0	80	0.81
164763--164809	20	2.2	21	88	7	69	19	4	0	76	0.95
164770--164811	14	3.2	12	84	15	57	16	2	0	80	0.81
165615--165664	25	2.0	25	84	11	66	78	6	2	14	1.03
167989--168065	20	3.8	20	77	19	79	33	15	23	27	1.95
167992--168065	22	3.7	20	82	12	89	32	16	24	27	1.96
167992--168069	19	4.0	18	78	16	59	32	15	25	26	1.95
168480--168831	54	6.6	54	88	2	503	28	18	19	33	1.96
174875--174912	20	1.9	20	94	0	67	31	13	36	18	1.89
174875--174926	20	2.6	20	81	6	61	34	15	30	19	1.93
175439--175953	54	9.6	54	88	0	726	28	17	19	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175439--175953	269	1.9	269	88	0	771	28	17	19	34	1.95
181222--181257	17	2.1	18	89	5	56	36	0	30	33	1.58
182012--182049	20	1.9	20	100	0	76	31	15	36	15	1.90
182012--182063	20	2.6	20	87	6	70	34	17	30	17	1.93
182525--182568	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
182608--182841	54	4.3	54	92	1	389	29	19	19	32	1.96
183140--183184	21	2.0	23	83	8	58	46	4	11	37	1.60
187039--187090	20	2.5	20	90	3	77	38	21	17	23	1.93
187098--187191	20	4.7	20	85	7	109	31	25	11	30	1.91
187098--187200	41	2.5	41	81	7	111	32	24	11	32	1.91
187101--187204	20	5.2	19	80	12	84	32	23	11	32	1.90
187368--187406	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
187952--187985	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
188111--188164	24	2.2	24	83	0	63	25	16	14	42	1.87
190435--190470	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
191297--191348	24	2.2	24	85	0	68	38	1	11	48	1.51
191303--191349	24	2.0	24	91	0	76	38	2	8	51	1.45
192508--192536	6	4.8	6	100	0	58	65	17	0	17	1.27
192804--192869	20	3.3	20	78	0	87	22	21	22	33	1.97
192929--193077	64	2.3	64	91	0	235	52	16	1	29	1.52
192978--193028	27	1.9	26	92	4	84	50	19	0	29	1.48
194402--194468	21	3.2	22	75	8	59	20	23	35	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194415--194521	43	2.5	42	78	1	106	28	16	34	19	1.94
194789--194847	21	2.8	21	97	0	109	37	28	13	20	1.91
194862--194905	21	2.1	21	83	8	54	31	38	11	18	1.86
197069--197128	20	2.9	21	90	7	95	30	25	26	18	1.98
198115--198285	31	5.5	31	95	0	297	20	18	21	39	1.92
198782--198824	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
203054--203147	31	3.0	31	89	6	129	20	19	23	37	1.94
203627--203669	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
206945--206989	22	2.0	22	91	4	72	28	28	26	15	1.96
207897--208052	31	5.0	31	93	1	251	20	18	22	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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