genome.fa.s7867.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007867.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110239_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3477501

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2121931--2122128	46	4.3	46	86	0	270	45	11	20	22	1.83
2122036--2122115	20	3.7	20	72	18	70	41	11	25	22	1.87
2122010--2122093	26	3.5	25	71	18	79	41	11	22	23	1.87
2123140--2123227	28	3.2	28	66	15	83	35	20	26	18	1.95
2123124--2123233	55	2.0	55	100	0	220	36	20	23	20	1.95
2134425--2134814	146	2.7	146	86	2	518	36	14	13	35	1.85
2134717--2135473	199	3.8	199	86	3	1001	40	13	12	33	1.82
2135536--2135566	15	2.1	15	100	0	62	45	6	6	41	1.55
2137550--2137578	14	2.0	15	93	6	51	62	27	3	6	1.37
2139493--2139587	21	4.4	21	75	9	77	26	22	25	26	2.00
2145258--2145400	64	2.2	65	86	6	193	27	17	23	30	1.97
2146630--2146677	21	2.4	19	86	6	60	37	4	0	58	1.18
2146633--2146856	2	117.5	2	68	29	102	40	1	6	51	1.35
2146663--2146877	5	41.6	5	73	19	124	39	0	6	53	1.33
2146680--2146835	7	22.1	7	76	17	112	41	0	8	50	1.37
2146647--2146859	56	3.8	56	75	17	185	39	0	6	53	1.31
2146833--2146878	16	2.7	18	90	6	69	36	2	0	60	1.09
2148188--2148223	7	5.6	7	84	15	51	36	0	0	63	0.94
2148188--2148223	13	2.8	14	88	12	51	36	0	0	63	0.94
2153579--2153625	23	2.0	23	100	0	94	44	21	25	8	1.80
2164816--2164881	20	3.5	19	78	16	75	34	18	25	21	1.96
2165423--2165483	30	2.0	30	90	0	95	29	18	21	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168811--2168984	7	23.4	7	68	23	74	36	1	5	56	1.31
2168811--2168982	33	5.0	32	70	20	107	36	1	5	56	1.31
2168811--2168987	5	33.6	5	69	21	87	36	1	5	56	1.30
2168886--2168984	22	4.4	22	67	27	57	37	1	5	56	1.28
2169497--2169544	25	2.0	25	87	4	71	62	25	6	6	1.42
2170184--2170212	9	3.3	9	95	4	51	10	0	0	89	0.48
2179442--2179467	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2183308--2183470	53	3.1	52	84	3	218	39	18	16	25	1.91
2184055--2184105	20	2.5	20	78	6	59	25	29	13	31	1.94
2197349--2197405	3	19.0	3	85	7	62	33	38	1	26	1.67
2198173--2198556	191	2.0	191	100	0	768	28	16	20	35	1.94
2199470--2199503	14	2.4	14	90	5	50	58	8	5	26	1.51
2200517--2200594	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
2201364--2201476	39	2.9	39	83	6	97	38	13	15	33	1.86
2201392--2201452	19	3.2	20	68	15	56	32	14	16	36	1.89
2201383--2201514	39	3.5	39	83	8	121	38	15	15	29	1.89
2201416--2201748	36	9.1	36	80	5	231	35	14	21	28	1.92
2201482--2202085	73	8.5	72	73	12	389	36	12	22	28	1.91
2201444--2202085	109	6.0	108	72	12	458	36	13	21	28	1.91
2201765--2201925	36	4.4	36	78	9	173	39	13	22	24	1.90
2201776--2201888	40	2.9	41	82	8	121	38	15	23	23	1.92
2201812--2201888	20	3.8	20	85	1	109	38	15	24	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201484--2201992	176	2.9	173	78	9	433	36	13	22	27	1.92
2201877--2202048	67	2.6	64	80	6	202	37	12	20	29	1.90
2202015--2202084	37	1.9	36	85	2	95	41	11	20	27	1.86
2202052--2202191	72	1.9	71	84	4	181	37	10	16	35	1.83
2202221--2202446	67	3.4	67	76	11	232	36	13	20	30	1.91
2202412--2202481	37	1.9	36	82	8	88	42	10	17	30	1.81
2201877--2202662	397	2.0	396	95	1	1405	37	11	18	32	1.87
2209043--2209072	13	2.3	13	100	0	60	23	56	0	20	1.42
2213408--2213445	20	2.0	20	94	5	69	15	0	36	47	1.46
2214812--2215033	30	7.4	30	81	0	237	17	24	18	39	1.91
2217100--2217196	48	2.0	48	97	0	185	29	12	17	40	1.86
2222081--2222120	21	1.9	21	85	10	55	62	0	17	20	1.33
2226235--2226290	11	5.2	11	80	4	53	1	16	3	78	0.97
2226614--2226654	22	1.9	21	90	5	64	26	2	39	31	1.70
2234516--2234560	17	2.6	17	86	6	56	71	4	2	22	1.15
2241269--2241326	23	2.7	21	82	10	71	22	27	15	34	1.94
2244477--2244529	27	2.0	27	88	0	79	54	13	7	24	1.64
2245907--2246432	55	9.6	55	83	4	526	31	22	15	30	1.95
2246458--2246579	37	3.3	37	91	2	165	22	21	16	40	1.91
2247896--2247955	9	6.3	9	76	16	59	16	11	0	71	1.14
2247902--2247948	11	4.5	11	84	10	71	19	10	0	70	1.16
2247896--2247952	20	2.9	20	94	2	98	17	12	0	70	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2257498--2257604	45	2.3	47	90	6	164	40	21	8	29	1.83
2260135--2260187	27	2.0	27	88	7	81	52	16	7	22	1.69
2266069--2266107	16	2.4	16	83	8	53	48	0	2	48	1.15
2266069--2266112	17	2.6	17	82	10	56	47	0	2	50	1.13
2272500--2272559	15	4.0	15	76	8	68	33	41	1	23	1.64
2276927--2276982	2	29.0	2	85	7	80	50	1	0	48	1.11
2276929--2276981	27	2.0	27	92	0	88	49	1	0	49	1.12
2276927--2276982	29	1.9	29	92	0	94	50	1	0	48	1.11
2284708--2284746	16	2.4	17	87	8	55	48	0	2	48	1.15
2288320--2288397	39	2.0	39	100	0	156	25	23	15	35	1.94
2291580--2291610	16	1.9	16	93	0	53	0	22	0	77	0.77
2306046--2306081	5	7.2	5	93	0	63	16	0	2	80	0.83
2307271--2307302	15	2.0	17	88	11	50	31	9	28	31	1.88
2311031--2311335	134	2.3	131	82	6	346	26	32	16	24	1.96
2311274--2311354	41	2.0	41	92	4	137	25	33	17	23	1.96
2311139--2311519	175	2.2	176	81	5	439	28	30	16	25	1.96
2311314--2311656	136	2.5	134	82	1	400	27	30	16	25	1.96
2311458--2311560	43	2.5	43	79	7	115	28	33	16	22	1.95
2313584--2313660	34	2.3	35	84	8	97	23	14	5	57	1.57
2314094--2314129	5	7.2	5	93	0	63	16	0	2	80	0.83
2319362--2319411	12	4.2	12	80	12	59	62	0	0	38	0.96
2319378--2319413	6	6.0	6	96	0	54	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322778--2322808	11	2.9	11	95	4	55	67	0	6	25	1.14
2322802--2322833	9	3.7	9	95	4	57	71	0	0	28	0.86
2322819--2322879	22	2.8	22	78	11	72	75	0	3	21	0.94
2322800--2322888	34	2.6	34	76	16	85	73	0	2	24	0.95
2322800--2322878	40	1.9	43	84	7	110	74	0	2	22	0.93
2322932--2322961	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2323407--2323609	100	2.0	101	99	0	399	21	32	19	27	1.97
2324214--2324280	20	3.4	20	74	13	68	70	0	4	25	1.06
2324204--2324284	39	2.1	40	88	11	125	72	0	4	22	1.03
2324280--2324418	32	3.9	37	79	16	118	47	5	2	44	1.39
2324404--2324428	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2324329--2324512	84	2.2	84	83	8	223	45	3	2	47	1.35
2324412--2324762	37	9.5	38	78	10	307	45	4	3	47	1.40
2324487--2324543	2	29.0	2	96	3	107	50	0	0	49	1.00
2324329--2324514	86	2.2	85	83	10	220	45	3	2	47	1.34
2324504--2324583	26	3.0	27	80	10	83	47	1	3	47	1.28
2324530--2324583	28	2.0	28	89	10	85	46	1	5	46	1.37
2324414--2324757	36	9.4	36	78	10	306	44	4	3	47	1.41
2325186--2325589	161	2.5	162	83	5	476	24	20	23	32	1.98
2325246--2326129	84	10.7	82	75	8	517	25	18	24	32	1.97
2325249--2326121	165	5.3	165	81	5	731	25	18	24	32	1.97
2325210--2326123	249	3.7	241	77	7	807	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330166--2330194	10	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
2331390--2331417	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2331448--2331496	25	1.9	25	87	4	71	79	4	0	16	0.88
2332598--2332630	7	4.6	7	92	7	57	87	0	12	0	0.53
2332598--2332630	15	2.3	15	94	5	59	87	0	12	0	0.53
2332657--2333032	37	9.9	37	74	12	196	48	5	2	43	1.40
2332787--2332811	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2332749--2332846	44	2.2	43	85	8	126	48	3	1	46	1.24
2332793--2333116	38	8.5	38	81	11	360	45	5	3	44	1.44
2333694--2334567	165	5.3	161	80	6	497	25	19	23	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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