genome.fa.s7867.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007867.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110239_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3477501

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  5  of  18  ( 2128 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793343--793384	23	1.9	21	85	9	57	50	2	4	42	1.36
794735--794769	3	12.3	3	88	11	56	62	0	0	37	0.95
795035--795070	5	7.4	5	96	3	65	36	22	41	0	1.54
795541--795571	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
795655--795720	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
795670--795741	22	3.4	22	73	11	87	37	25	19	18	1.94
795648--795741	41	2.3	41	98	0	179	39	23	18	19	1.92
795733--795867	20	6.7	20	78	3	153	39	24	21	14	1.91
795692--795822	61	2.2	59	82	10	165	39	23	21	15	1.91
795773--795846	21	3.6	21	77	3	96	33	27	18	20	1.96
795753--795866	41	2.8	41	100	0	228	37	24	21	16	1.93
795733--795867	61	2.2	61	82	2	155	39	24	21	14	1.91
796798--796843	24	1.9	24	82	8	58	36	0	2	60	1.09
796817--797215	149	2.7	144	79	11	384	47	7	6	38	1.56
797204--797257	22	2.5	23	79	11	69	53	1	3	40	1.29
798605--798636	3	11.3	3	87	12	50	62	0	0	37	0.95
798883--798981	45	2.2	45	90	0	153	31	20	21	27	1.98
798818--799057	121	2.0	119	89	1	363	32	20	21	26	1.98
798928--799209	76	3.7	76	96	0	492	32	18	20	28	1.96
799156--799259	45	2.3	45	86	0	145	31	18	20	29	1.96
799080--799335	122	2.1	122	89	0	388	32	19	19	28	1.96
799004--799609	198	3.1	197	83	4	641	33	19	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798818--799758	274	3.5	274	93	0	1550	33	20	20	26	1.97
799193--799487	76	3.9	76	88	1	423	33	20	19	26	1.96
799430--799533	45	2.3	45	86	0	145	32	19	19	28	1.96
799344--799609	122	2.2	122	91	3	419	32	20	19	26	1.97
799278--799683	197	2.1	196	90	1	625	33	20	19	26	1.97
799475--799801	76	4.4	76	88	3	475	34	21	19	25	1.96
799467--799801	150	2.2	151	87	5	475	34	21	19	24	1.96
800444--800518	20	3.7	20	94	3	123	36	14	13	36	1.85
804632--804667	19	1.9	18	88	5	54	33	16	0	50	1.46
805661--805694	12	2.8	12	86	4	50	67	0	8	23	1.18
805673--805724	20	2.6	19	82	8	68	65	5	9	19	1.42
808639--809046	147	2.7	148	79	9	407	48	7	4	39	1.52
809022--809089	26	2.7	25	77	18	63	54	1	0	44	1.09
810460--810491	3	11.3	3	87	12	50	65	0	0	34	0.93
812086--812142	20	2.8	20	94	0	96	38	14	15	31	1.87
817998--818022	10	2.5	10	100	0	50	92	8	0	0	0.40
824509--824617	32	3.4	32	78	5	130	39	14	17	28	1.89
824592--824668	32	2.4	32	82	0	100	37	14	18	29	1.90
824509--824668	64	2.5	64	82	0	176	38	13	18	30	1.89
827042--827117	20	3.8	20	98	0	143	39	9	23	27	1.85
836350--836400	25	2.0	25	96	0	93	47	0	15	37	1.46
841345--841379	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841928--842065	37	3.8	36	84	6	172	29	14	13	42	1.84
841962--842062	34	2.9	35	91	8	161	27	14	13	43	1.84
842591--843107	105	5.0	105	89	3	731	22	18	26	33	1.96
843931--844111	65	2.8	65	93	0	299	36	11	20	31	1.88
843996--844351	102	3.5	102	91	0	577	37	12	20	29	1.90
844061--844369	37	8.9	37	67	19	189	37	13	20	28	1.91
844265--844369	36	2.9	36	91	1	156	38	14	23	23	1.92
845230--845278	22	2.2	22	92	0	80	28	14	24	32	1.94
845242--845285	22	2.0	22	86	0	61	31	13	22	31	1.93
845935--846008	16	4.8	15	73	4	51	0	13	6	79	0.91
845963--846008	15	3.1	15	80	20	53	0	10	6	82	0.83
847136--847174	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
847136--847174	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
847695--847734	18	2.2	18	100	0	80	35	12	32	20	1.90
849854--849888	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
850438--850573	37	3.8	36	80	8	152	30	13	13	41	1.84
850472--850572	34	2.9	35	88	8	143	28	13	13	43	1.83
857533--858193	182	3.6	182	89	1	968	42	13	17	26	1.86
860043--860099	24	2.5	23	80	8	71	43	0	7	49	1.29
860927--860984	29	2.0	29	96	0	107	29	6	12	51	1.65
862396--862440	19	2.4	19	92	0	72	33	2	6	57	1.37
862892--864458	201	7.8	201	90	0	2235	37	13	15	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865972--866011	18	2.2	18	86	0	53	47	2	27	22	1.64
867104--867128	11	2.3	11	100	0	50	36	8	8	48	1.62
868735--869725	198	5.0	199	88	2	1290	38	13	15	31	1.86
871356--871404	19	2.6	19	86	0	71	30	6	12	51	1.64
873877--874601	201	3.6	199	85	6	857	40	14	14	30	1.86
874680--874724	23	2.0	23	86	0	63	35	17	8	37	1.81
874596--874849	87	2.9	87	90	1	386	33	13	9	42	1.77
874761--874817	23	2.5	23	82	0	60	36	12	5	45	1.64
876658--876702	18	2.4	18	85	10	56	37	4	0	57	1.19
877997--878204	38	5.2	40	76	13	198	47	3	4	44	1.42
877994--878202	81	2.6	79	83	10	241	47	3	4	43	1.42
877983--878208	37	5.9	37	71	21	125	46	3	4	44	1.43
877997--878230	116	2.0	115	82	8	278	46	3	5	45	1.42
878160--878293	30	4.2	30	75	11	117	44	0	6	48	1.34
878349--878398	3	16.7	3	76	15	50	28	6	0	66	1.15
878346--878399	16	3.3	16	80	10	65	27	5	0	66	1.13
878863--878900	15	2.5	15	83	8	51	60	28	10	0	1.30
879640--879693	26	2.1	27	83	13	69	18	3	5	72	1.20
879881--879973	36	2.6	36	74	6	98	15	7	5	72	1.26
882675--882715	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
888011--888045	5	7.2	5	90	6	54	42	0	0	57	0.99
888438--888475	13	2.9	13	84	11	51	21	2	0	76	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888444--888498	17	3.2	17	81	2	56	20	5	3	70	1.22
892261--892290	16	1.9	15	93	6	51	53	6	23	16	1.66
893027--893061	6	5.8	6	100	0	70	48	0	51	0	1.00
898837--898880	9	5.0	9	88	5	54	79	2	18	0	0.83
899685--900415	105	7.0	105	86	2	1001	32	25	19	22	1.97
900895--900929	13	2.7	13	95	0	61	37	48	5	8	1.58
901908--901942	5	7.2	5	90	6	54	42	0	0	57	0.99
905203--905393	90	2.1	90	90	0	292	38	3	14	43	1.63
905251--905308	27	2.1	27	93	0	98	41	5	10	43	1.61
905333--905425	27	3.4	27	89	0	123	44	4	13	37	1.64
905243--905515	117	2.3	117	91	0	429	39	4	13	42	1.64
905443--905515	27	2.7	27	86	0	110	41	2	12	43	1.56
907665--908357	101	6.5	107	73	13	514	51	11	4	32	1.57
911684--911719	17	2.1	18	89	5	56	36	13	13	36	1.85
911755--911823	17	3.9	17	84	5	93	40	15	5	37	1.72
911755--911823	35	2.0	35	91	0	111	40	15	5	37	1.72
914663--914775	60	1.9	59	80	8	131	31	21	6	40	1.78
914892--915110	59	3.7	59	75	12	171	41	4	23	30	1.75
914892--915110	119	1.8	121	81	8	279	41	4	23	30	1.75
921481--921531	21	2.6	20	87	9	70	31	13	23	31	1.93
932805--932885	16	5.1	15	78	20	69	81	0	17	1	0.76
932813--932870	17	3.4	17	84	13	75	82	0	15	1	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932820--932875	13	4.2	13	80	15	60	83	0	16	0	0.64
932823--932883	20	3.0	20	85	4	77	81	0	18	0	0.68
932823--932875	7	7.6	7	81	14	65	83	0	16	0	0.66
932822--932882	6	9.8	6	79	10	61	81	0	18	0	0.68
932820--932885	14	4.8	13	80	10	69	83	0	16	0	0.65
934961--935132	89	1.9	88	90	3	274	26	16	18	38	1.91
935240--935994	136	5.6	136	89	2	1114	34	18	21	25	1.96
935240--935994	269	2.8	271	89	2	1112	34	18	21	25	1.96
938094--938136	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
949016--949089	19	3.9	19	71	8	62	31	16	28	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18