genome.fa.s7867.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007867.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110239_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3477501

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209709--209762	20	2.7	20	97	0	99	31	14	16	37	1.89
210632--210666	15	2.3	15	90	9	54	28	2	0	68	1.04
211044--211111	31	2.2	31	80	12	79	48	8	2	39	1.49
214539--214976	55	8.0	53	85	5	461	31	23	17	27	1.97
214539--214976	109	4.0	109	84	6	539	31	23	17	27	1.97
214539--214980	164	2.7	162	84	6	527	31	23	17	27	1.97
214994--215065	37	1.9	38	97	2	137	20	22	18	38	1.93
216356--216402	24	2.0	23	84	12	60	14	17	0	68	1.22
216421--216485	8	8.5	8	75	8	55	4	15	0	80	0.88
216411--216514	36	2.8	37	79	7	95	7	14	0	77	0.97
216421--216505	7	11.6	7	81	12	55	7	11	0	81	0.88
216480--216517	20	1.9	20	88	0	58	10	5	0	84	0.77
216404--216511	45	2.4	46	80	16	127	8	13	0	77	0.98
216412--216518	44	2.4	42	79	14	103	7	14	0	77	0.97
220275--220308	17	2.0	17	88	0	50	14	38	5	41	1.70
222466--222920	228	2.0	227	97	0	865	25	23	13	36	1.92
229332--229370	3	12.7	3	83	5	51	38	2	0	58	1.12
235799--235830	5	6.2	5	96	3	55	21	0	0	78	0.76
236311--236653	131	2.6	132	83	2	406	33	10	17	38	1.84
238828--238864	19	1.9	19	100	0	74	32	8	27	32	1.86
244022--244115	41	2.3	43	78	9	106	25	20	21	32	1.97
244958--245058	42	2.4	42	80	1	114	24	19	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243984--245610	235	7.0	233	85	4	2060	33	16	16	32	1.92
243984--245611	452	3.5	454	85	5	2090	34	16	16	32	1.92
245906--246595	134	5.2	134	83	3	757	32	21	15	30	1.94
245931--246595	264	2.5	267	82	4	786	32	21	15	30	1.95
248788--249156	131	2.8	130	79	3	400	34	12	13	39	1.82
251706--251947	120	2.0	120	98	0	466	26	6	15	52	1.66
257425--257485	21	2.9	21	78	9	79	14	1	21	62	1.41
257425--257481	11	5.4	11	81	8	73	15	1	19	63	1.40
261922--262050	35	3.6	34	79	14	120	41	3	8	47	1.50
261962--262187	35	6.7	31	71	23	131	45	3	7	43	1.48
261919--262040	39	3.2	37	77	13	115	41	3	8	46	1.50
262076--262140	28	2.2	30	81	10	80	44	6	6	43	1.54
262239--262309	5	13.6	5	77	14	54	25	4	1	69	1.15
263307--263367	24	2.6	23	80	12	70	16	8	0	75	1.03
263316--263357	13	3.2	13	80	9	50	16	11	0	71	1.14
263433--263489	27	2.1	28	86	3	80	15	1	5	77	1.03
265159--265195	19	1.9	19	94	0	65	10	5	10	72	1.25
266209--267096	84	10.7	83	78	6	753	30	24	19	25	1.98
266199--267096	165	5.4	165	80	3	928	30	24	19	25	1.98
266195--267089	333	2.7	333	83	2	1081	30	24	19	25	1.98
267787--267858	35	2.2	31	87	9	99	41	2	9	45	1.51
271271--271352	21	3.9	21	73	13	69	15	23	36	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271273--271353	20	3.8	20	75	10	63	13	23	37	25	1.92
277497--277556	24	2.5	23	74	12	59	41	5	6	46	1.52
277616--277677	10	6.6	9	76	10	52	27	4	1	66	1.21
277617--277677	15	3.9	14	69	22	50	27	4	1	65	1.22
278573--278641	23	3.0	23	89	0	102	26	26	27	20	1.99
283890--283955	24	2.8	23	72	4	69	24	24	27	24	2.00
286629--286715	17	4.9	17	75	9	68	13	6	1	78	1.01
286633--286710	22	3.7	21	69	26	58	12	7	1	78	1.02
286659--286714	11	4.9	12	80	20	59	16	5	1	76	1.05
287917--288003	3	29.0	3	73	13	72	58	1	2	37	1.18
291853--291922	31	2.3	31	94	0	131	25	24	22	27	2.00
292996--293077	17	4.6	17	72	19	51	46	2	8	42	1.47
293163--293202	22	1.9	21	90	10	64	35	7	5	52	1.51
293161--293193	15	2.3	15	89	5	50	36	9	3	51	1.49
293197--293272	16	4.8	16	73	14	59	60	6	2	30	1.36
293260--293310	26	2.0	26	88	0	75	45	3	9	41	1.56
293245--293367	42	2.9	42	74	9	108	49	4	7	38	1.52
293420--293450	15	2.1	15	100	0	62	54	0	6	38	1.26
293421--293450	8	3.9	8	91	8	53	53	0	6	40	1.27
293412--293456	15	3.2	14	85	14	58	53	2	6	37	1.40
293473--293550	11	6.9	11	75	10	77	28	7	24	39	1.83
293476--293557	34	2.4	36	76	12	100	30	7	21	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293613--293652	2	21.5	2	80	14	50	45	0	2	52	1.14
293665--293694	16	1.9	15	93	6	51	53	3	6	36	1.44
295364--295458	2	49.5	2	90	8	153	48	1	0	50	1.07
301627--301671	22	2.0	22	83	8	56	62	13	2	22	1.42
309324--309393	31	2.3	31	100	0	140	27	24	21	27	1.99
310618--310672	2	28.5	2	92	7	96	49	0	0	50	1.00
310618--310672	19	2.8	20	91	8	96	49	0	0	50	1.00
310618--310678	21	2.8	23	87	12	85	47	1	0	50	1.10
310689--310764	16	4.8	16	73	14	59	60	6	2	30	1.36
310745--310811	35	1.9	35	90	0	107	47	5	7	38	1.56
310787--310869	22	3.9	22	75	9	82	45	4	9	39	1.58
310752--310963	106	2.0	102	84	11	272	47	4	9	38	1.57
310829--310948	56	2.1	56	84	7	152	47	5	8	39	1.55
310911--310941	15	2.1	15	100	0	62	54	0	6	38	1.26
310912--310941	8	3.9	8	91	8	53	53	0	6	40	1.27
310903--310947	15	3.2	14	85	14	58	53	2	6	37	1.40
310774--310963	106	1.8	100	87	9	283	47	5	9	37	1.59
310962--311039	11	6.9	11	75	10	77	28	7	24	39	1.83
310965--311046	34	2.4	36	76	12	100	30	7	21	40	1.81
312855--312886	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
328592--328657	3	22.0	3	100	0	132	33	0	0	66	0.92
328881--328966	35	2.5	35	82	0	91	41	19	1	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328935--328977	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
329100--329133	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
329603--329850	130	1.9	130	92	0	415	36	13	14	35	1.85
330547--330576	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
336341--336384	22	2.0	23	86	4	63	36	11	31	20	1.88
336924--337053	37	3.6	36	77	10	113	33	16	10	40	1.83
336966--337053	36	2.4	36	81	7	99	34	17	11	37	1.85
337309--337352	21	2.1	21	91	0	70	22	15	11	50	1.76
337301--337626	66	4.9	66	82	3	332	27	19	12	40	1.87
337296--337626	133	2.5	135	81	4	368	28	19	12	40	1.87
337736--337866	54	2.4	55	84	3	176	26	27	15	30	1.96
337653--338003	191	1.8	191	88	0	531	26	29	16	27	1.97
337791--338224	137	3.2	137	86	0	582	26	29	16	27	1.97
338440--338474	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
344946--345002	22	2.6	22	97	0	105	17	17	29	35	1.93
345089--345147	6	9.8	6	71	14	50	20	18	30	30	1.96
345088--345170	24	3.5	24	96	0	148	21	18	28	31	1.97
349874--350222	174	2.0	174	99	0	689	22	25	12	40	1.88
371950--371986	14	2.6	14	91	0	56	10	27	8	54	1.63
381713--381762	15	3.1	17	77	11	59	34	0	16	50	1.45
382464--382525	31	2.0	32	83	3	81	25	29	12	32	1.93
384667--384801	36	3.8	35	91	1	207	20	24	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
394125--394297	85	2.0	85	82	4	206	30	21	17	30	1.96
394317--394353	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
398488--398512	9	2.8	9	100	0	50	44	0	24	32	1.54
415414--415467	20	2.7	21	85	8	76	48	1	22	27	1.61
430099--430216	42	2.8	42	93	0	200	17	18	17	45	1.85
430098--430229	42	3.1	42	87	2	194	17	19	16	46	1.85
430881--430906	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
435317--435399	39	2.1	39	95	0	148	49	16	6	27	1.69
435429--435473	13	3.5	13	80	14	58	24	28	0	46	1.53
435429--435477	25	2.0	24	88	8	71	24	28	0	46	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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