genome.fa.s7867.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007867.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110239_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3477501

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724401--724797	173	2.3	174	84	1	510	28	20	13	37	1.90
724538--724694	72	2.2	71	88	2	224	26	21	14	38	1.92
724625--724857	102	2.3	102	79	4	238	28	20	12	38	1.89
724539--724801	36	7.4	36	76	7	171	28	20	13	37	1.90
725061--725103	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
726383--726444	24	2.5	25	79	10	74	16	1	6	75	1.08
729084--729217	3	45.0	3	88	4	191	1	33	0	64	1.08
731255--731300	23	2.0	23	95	0	83	23	8	13	54	1.66
733455--733489	16	2.2	16	89	0	52	31	5	14	48	1.67
735611--735644	18	1.9	18	88	5	52	26	32	26	14	1.95
739520--739565	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
739657--739718	29	2.1	30	87	6	90	32	3	11	53	1.53
741895--741950	14	4.3	14	76	17	57	10	10	23	55	1.65
741902--741970	24	2.9	24	86	0	102	13	10	18	57	1.63
742626--742699	10	7.6	10	68	22	50	9	9	21	59	1.57
742631--742695	16	4.1	16	91	0	112	7	10	23	58	1.57
742765--742797	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
750413--750957	253	2.1	249	88	7	787	40	19	12	26	1.88
752373--752421	18	2.7	18	78	12	55	61	2	0	36	1.08
752377--752447	30	2.4	29	83	6	81	56	2	0	40	1.14
752414--752465	18	2.9	18	80	8	54	51	3	1	42	1.31
753519--753551	16	2.1	16	100	0	66	42	6	15	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763942--763986	22	2.0	22	95	0	81	40	15	4	40	1.67
764261--764347	45	2.0	42	82	6	102	47	1	1	50	1.16
769950--769988	3	12.7	3	94	5	69	69	0	0	30	0.89
770182--770718	134	4.0	134	83	3	598	25	17	31	26	1.97
770721--770869	65	2.3	64	83	5	201	41	13	14	30	1.84
770808--770913	45	2.3	45	85	7	135	38	13	16	32	1.87
770848--771004	67	2.4	67	78	2	165	41	12	15	29	1.85
770741--770980	112	2.2	110	86	1	327	40	13	14	31	1.84
771074--771119	21	2.1	22	88	4	67	45	10	13	30	1.77
771103--771341	112	2.2	111	85	1	309	41	12	14	31	1.84
771169--771274	45	2.3	45	85	7	135	38	13	16	32	1.87
770723--771427	361	2.0	361	98	0	1356	40	13	17	29	1.87
771387--771428	20	2.2	19	87	8	59	42	11	23	21	1.86
772001--772027	14	1.9	14	100	0	54	29	51	0	18	1.46
774335--774444	41	2.7	40	87	4	166	18	20	24	37	1.94
774360--774432	20	3.6	20	72	3	74	10	21	26	41	1.86
774339--774444	20	5.2	21	66	7	58	17	19	25	36	1.94
774502--774573	20	3.6	20	100	0	144	9	25	22	43	1.83
774306--774586	142	2.0	142	90	2	440	19	22	22	35	1.96
774591--774663	21	3.5	21	72	9	69	17	21	26	34	1.96
774614--774678	19	3.3	19	71	12	67	18	20	21	40	1.92
774593--774685	41	2.3	41	94	1	161	19	19	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774762--774817	6	9.3	6	100	0	112	33	50	16	0	1.45
775284--775324	5	8.4	5	97	2	75	0	41	21	36	1.54
775557--775597	5	8.4	5	97	2	75	36	21	41	0	1.54
776071--776113	6	7.2	6	100	0	86	0	16	48	34	1.46
776196--776261	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
776189--776282	41	2.3	41	98	0	179	39	23	18	19	1.92
776211--776282	22	3.4	22	73	11	87	37	25	19	18	1.94
776274--776408	20	6.7	20	78	3	153	39	24	21	14	1.91
776233--776363	61	2.2	59	82	10	165	39	23	21	15	1.91
776314--776387	21	3.6	21	77	3	96	33	27	18	20	1.96
776294--776407	41	2.8	41	100	0	228	37	24	21	16	1.93
776274--776408	61	2.2	61	82	2	155	39	24	21	14	1.91
777330--777362	17	2.1	16	88	11	50	45	0	0	54	0.99
777483--777516	16	2.1	17	94	5	61	67	0	0	32	0.91
777359--777765	147	2.7	146	80	10	443	47	7	5	39	1.54
777753--777807	22	2.5	24	77	14	64	52	1	3	41	1.29
777765--777806	23	1.9	21	85	9	57	50	2	4	42	1.36
779159--779188	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
779458--779488	5	6.4	5	96	3	55	35	22	41	0	1.54
779962--780016	6	9.2	6	100	0	110	0	16	49	34	1.46
780100--780165	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
780115--780186	22	3.4	22	73	11	87	37	25	19	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780093--780186	41	2.3	41	98	0	179	39	23	18	19	1.92
780178--780312	20	6.7	20	77	6	146	40	23	20	14	1.90
780137--780267	61	2.2	59	82	10	165	39	23	21	15	1.91
780218--780287	21	3.4	21	75	11	81	35	25	17	21	1.95
780198--780311	41	2.8	41	97	0	210	39	23	20	16	1.92
780150--780312	61	2.7	61	79	6	152	40	23	20	15	1.90
781235--781270	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
781266--781673	145	2.7	147	80	10	429	47	7	5	39	1.54
781661--781713	21	2.4	23	76	20	60	52	1	3	41	1.30
781665--781715	20	2.7	20	85	11	63	50	1	3	43	1.31
783066--783100	3	12.3	3	88	11	56	62	0	0	37	0.95
783370--783400	5	6.4	5	96	3	55	35	22	41	0	1.54
783869--783911	6	7.2	6	100	0	86	0	16	48	34	1.46
783993--784058	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
783986--784079	41	2.3	41	98	0	179	39	23	18	19	1.92
784008--784079	22	3.4	22	73	11	87	37	25	19	18	1.94
784071--784205	20	6.7	20	78	6	155	40	23	21	14	1.91
784030--784160	61	2.2	59	82	10	165	39	23	21	15	1.91
784111--784184	21	3.6	21	76	10	89	35	25	18	20	1.96
784091--784204	41	2.8	41	98	0	219	38	23	21	16	1.93
784043--784205	61	2.7	61	80	6	161	39	23	21	15	1.91
785127--785162	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785159--785562	147	2.7	146	80	11	439	48	7	5	38	1.55
785550--785604	22	2.5	24	77	14	64	52	1	3	41	1.29
785562--785603	23	1.9	21	85	9	57	50	2	4	42	1.36
786956--786987	3	11.3	3	87	12	50	62	0	0	37	0.95
787258--787293	5	7.4	5	96	3	65	36	22	41	0	1.54
787764--787794	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
787878--787943	19	3.3	19	68	12	60	42	21	18	18	1.89
787893--787964	22	3.4	22	73	11	87	38	25	18	18	1.92
787871--787963	41	2.3	41	96	0	168	40	23	16	19	1.90
787956--788090	20	6.7	20	78	3	153	39	24	21	14	1.91
787996--788069	21	3.6	21	77	3	96	33	27	18	20	1.96
787976--788089	41	2.8	41	100	0	228	37	24	21	16	1.93
787956--788090	61	2.2	61	82	2	155	39	24	21	14	1.91
789015--789050	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
789046--789455	147	2.7	147	79	10	431	48	6	5	39	1.54
789440--789497	23	2.6	22	75	24	59	53	1	3	41	1.28
789443--789496	22	2.4	23	76	17	60	53	1	3	40	1.29
789822--789855	17	1.9	18	88	5	52	67	2	5	23	1.26
790847--790878	3	11.3	3	87	12	50	62	0	0	37	0.95
790847--790888	11	3.8	11	81	12	50	64	0	0	35	0.94
791143--791178	5	7.4	5	96	3	65	36	22	41	0	1.54
791652--791682	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791767--791832	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
791782--791853	22	3.4	22	73	11	87	37	25	19	18	1.94
791760--791853	41	2.3	41	98	0	179	39	23	18	19	1.92
791845--791979	20	6.7	20	76	3	144	39	23	21	15	1.92
791804--791934	61	2.2	59	81	10	156	39	22	21	16	1.92
791885--791958	21	3.6	21	74	3	87	33	25	18	21	1.96
791865--791978	41	2.8	41	97	0	219	37	23	21	17	1.94
792902--792937	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
792933--793343	147	2.7	147	79	11	424	47	7	5	39	1.55
793331--793385	22	2.5	24	77	14	64	52	1	3	41	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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