genome.fa.s7867.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007867.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110239_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3477501

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1404372--1405322	257	3.7	256	88	1	1350	31	15	18	34	1.92
1407455--1407495	15	2.7	15	100	0	82	41	4	0	53	1.22
1413854--1413937	20	4.1	21	80	11	86	35	25	17	21	1.95
1413949--1414001	20	2.6	21	76	8	65	32	24	22	20	1.98
1415108--1415341	44	5.0	44	73	14	182	42	12	19	25	1.86
1415148--1415173	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
1415108--1415217	57	1.9	57	96	0	202	43	12	20	23	1.86
1415161--1415341	88	2.1	88	86	2	247	40	12	19	26	1.88
1416177--1416244	34	2.0	34	100	0	136	41	8	26	23	1.83
1418396--1418436	18	2.3	19	84	16	52	34	2	2	60	1.23
1419072--1419155	31	2.9	28	74	19	84	40	8	7	44	1.62
1425069--1425098	15	1.9	16	93	6	53	36	0	36	26	1.57
1426654--1426696	20	2.2	20	86	0	59	32	23	13	30	1.93
1445418--1445451	17	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
1447283--1447323	20	2.0	20	100	0	82	41	19	9	29	1.83
1447406--1447469	25	2.6	24	81	18	78	73	1	7	17	1.14
1447909--1447957	19	2.5	20	77	6	57	71	2	0	26	0.97
1447922--1447963	21	1.9	23	85	9	61	69	0	2	28	1.01
1449807--1450760	106	9.0	106	90	0	1414	23	17	24	34	1.96
1449826--1450747	423	2.2	421	89	2	1418	23	17	24	33	1.96
1449810--1450747	317	3.0	314	89	2	1405	23	17	24	33	1.96
1451559--1451639	42	1.9	42	90	5	128	14	23	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1456265--1456300	15	2.5	15	90	4	56	72	2	0	25	0.98
1456672--1456722	26	2.0	26	84	7	68	66	3	0	29	1.09
1456764--1456806	7	6.6	7	79	15	56	74	0	0	25	0.82
1464027--1464707	340	2.0	340	100	0	1362	37	18	14	29	1.90
1468542--1468595	21	2.7	19	70	10	54	50	24	1	24	1.60
1470285--1470350	33	2.0	33	93	0	114	51	12	24	12	1.73
1471346--1471436	38	2.4	38	98	0	173	38	3	24	34	1.72
1476323--1476355	14	2.3	15	94	5	59	45	0	0	54	0.99
1477858--1478067	72	2.9	71	79	5	213	32	12	6	48	1.67
1477893--1478097	72	2.8	71	75	3	203	34	10	7	46	1.68
1478208--1478796	159	3.7	157	87	3	743	34	14	10	40	1.80
1478710--1479136	182	2.3	181	81	5	462	33	15	10	40	1.82
1479267--1479443	76	2.3	76	86	0	228	32	15	8	43	1.77
1483608--1483645	20	2.0	19	90	10	60	18	21	10	50	1.76
1483812--1483969	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
1483937--1484165	20	11.4	20	82	5	239	36	25	17	20	1.94
1484858--1484904	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
1485079--1485103	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
1487387--1487585	33	5.7	34	74	17	167	46	18	22	13	1.83
1487401--1487623	53	4.2	52	95	1	376	45	17	21	14	1.85
1487401--1487623	19	12.7	19	76	19	234	45	17	21	14	1.85
1487387--1487566	86	2.1	84	86	12	242	46	18	22	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1487454--1487617	33	4.8	33	74	16	163	45	17	22	14	1.84
1487613--1487729	53	2.2	53	98	1	227	13	23	17	44	1.85
1487632--1487729	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
1487836--1487872	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
1489797--1489969	19	9.6	19	76	12	150	45	23	20	9	1.81
1489872--1489964	33	2.8	33	91	0	159	46	21	22	9	1.80
1489965--1490025	19	3.5	19	78	21	87	6	14	29	49	1.69
1489981--1490039	14	3.9	14	76	20	55	6	13	27	52	1.65
1489965--1490088	33	3.7	33	87	1	158	8	15	26	49	1.74
1489996--1490056	19	3.5	18	76	21	58	8	13	26	52	1.67
1490136--1490602	93	5.1	93	98	1	904	46	19	12	21	1.83
1490136--1490602	185	2.5	186	98	1	904	46	19	12	21	1.83
1492286--1492350	21	3.1	21	77	4	87	47	15	24	12	1.79
1492335--1492391	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
1492286--1492408	33	3.5	33	90	8	165	46	18	23	11	1.81
1492425--1492481	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
1492409--1492489	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
1492466--1492542	21	3.7	21	82	6	102	14	22	16	46	1.83
1492622--1492692	33	2.2	33	92	0	115	47	15	23	12	1.80
1493071--1493263	20	9.6	20	84	5	237	18	18	27	35	1.95
1493257--1493306	21	2.4	20	80	9	55	26	18	20	36	1.95
1495466--1495563	35	2.9	33	80	12	119	26	15	4	54	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1496301--1496340	21	1.9	22	90	10	66	15	10	2	72	1.21
1499611--1499650	21	1.9	21	84	0	53	35	17	20	27	1.95
1499562--1499657	21	4.6	21	68	2	50	38	20	17	22	1.93
1503755--1503813	21	2.8	21	85	10	84	30	30	20	18	1.96
1506695--1506741	22	2.1	22	100	0	94	27	10	31	29	1.90
1508220--1508281	23	2.7	23	84	2	61	74	8	11	6	1.22
1508232--1508293	14	4.9	12	74	21	56	79	6	11	3	1.04
1508233--1508281	23	2.1	23	88	0	71	79	4	12	4	1.01
1511230--1511353	37	3.4	36	68	14	92	33	16	12	38	1.85
1512322--1512672	121	2.9	123	84	3	451	35	21	13	29	1.92
1535072--1535115	21	2.1	21	100	0	88	22	45	9	22	1.80
1544193--1544245	20	2.5	21	76	14	56	30	20	20	28	1.98
1554624--1554694	29	2.4	31	86	9	94	29	19	8	42	1.81
1554660--1554810	75	2.0	75	100	0	302	35	16	14	33	1.89
1557645--1557696	20	2.6	20	90	0	77	26	21	17	34	1.95
1557728--1557797	18	3.4	23	82	17	77	27	14	18	40	1.89
1557728--1557779	20	2.5	20	87	12	70	26	15	19	38	1.91
1561158--1561215	22	2.7	22	86	5	84	36	13	25	24	1.92
1561234--1561275	19	2.2	19	83	8	50	28	14	35	21	1.92
1561790--1562091	47	6.4	47	87	0	426	45	11	22	20	1.83
1561790--1561960	20	7.2	26	62	26	92	46	11	21	21	1.82
1568267--1568320	22	2.5	22	81	3	74	33	14	27	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568967--1569098	20	5.9	21	67	25	65	43	12	23	19	1.85
1569080--1569153	20	3.0	27	66	25	81	40	10	24	24	1.87
1568905--1569153	47	5.3	47	94	0	417	44	11	22	22	1.84
1573740--1573973	38	6.2	38	87	5	289	44	4	8	42	1.54
1574452--1574490	18	2.2	17	95	4	69	82	0	2	15	0.79
1574444--1574518	25	2.6	29	78	21	79	73	4	6	16	1.20
1574718--1574750	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1576068--1576122	2	29.5	2	80	14	64	47	0	1	50	1.11
1576071--1576123	16	3.3	16	84	10	72	47	0	1	50	1.12
1576873--1577043	63	2.8	60	83	6	209	23	14	23	38	1.92
1577861--1577895	6	5.5	6	87	12	52	0	20	0	80	0.72
1577871--1578025	64	2.4	65	85	11	203	10	20	9	60	1.57
1580397--1580469	38	1.9	38	94	0	128	26	13	24	35	1.93
1588524--1588578	2	27.5	2	96	0	101	52	0	0	47	1.00
1588494--1588639	4	37.0	4	79	10	52	67	1	2	29	1.11
1588523--1588639	12	9.8	12	77	11	62	64	0	1	32	1.09
1589822--1589875	2	28.5	2	83	10	69	48	0	1	50	1.11
1589931--1590531	5	121.2	5	90	9	943	40	0	0	59	0.97
1590538--1590569	13	2.5	13	94	0	55	18	6	0	75	1.01
1590539--1590585	20	2.4	19	82	13	51	17	6	2	74	1.12
1592247--1592282	19	1.9	18	94	5	63	22	5	5	66	1.34
1603634--1603961	38	8.7	38	84	6	377	43	6	7	42	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1603727--1603788	12	5.0	12	71	13	54	40	6	9	43	1.63
1603663--1603944	115	2.5	112	85	6	397	43	5	8	42	1.58
1604017--1604062	10	4.6	10	81	10	58	19	0	0	80	0.71
1603982--1604062	14	5.6	14	73	19	60	24	0	2	72	0.96
1603984--1604060	28	3.0	27	81	14	83	25	0	2	71	0.99
1604003--1604078	36	2.1	36	82	7	91	22	1	2	73	1.03
1604015--1604064	6	8.2	6	81	18	59	20	0	0	80	0.72
1606343--1606407	30	2.2	30	83	5	78	30	23	16	29	1.96
1609966--1609996	15	2.1	15	93	0	53	19	16	19	45	1.86
1612181--1612237	18	3.2	17	76	18	53	47	0	3	49	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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