genome.fa.s7909.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007909.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110303_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3382237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6457--6546	29	3.1	28	82	6	90	27	6	25	40	1.81
6499--6557	29	2.1	29	84	9	77	33	6	18	40	1.77
9638--9700	31	2.0	31	96	0	117	30	9	30	30	1.89
10265--10344	35	2.2	36	88	4	117	33	13	18	33	1.90
12188--12224	18	2.1	18	100	0	74	21	35	10	32	1.88
12431--12483	16	3.1	18	81	10	74	32	5	18	43	1.74
19092--19138	23	2.0	23	87	0	67	59	12	10	17	1.60
19594--19697	33	3.1	33	67	18	79	47	10	5	36	1.62
19587--19715	66	1.9	68	88	3	199	46	10	6	36	1.64
19620--19715	33	2.9	32	70	16	79	45	12	5	36	1.64
26966--27044	36	2.2	36	88	4	115	60	17	5	16	1.53
27690--27781	24	4.0	23	77	13	82	50	22	0	27	1.50
27712--27764	23	2.3	23	86	3	70	54	16	0	28	1.43
28039--28094	26	2.1	28	90	6	89	51	0	1	46	1.11
36990--37048	27	2.2	27	90	0	91	33	25	11	28	1.91
37664--37718	18	3.1	18	87	10	69	70	3	0	25	1.03
39129--39188	17	3.5	17	83	2	84	16	46	25	11	1.81
39164--39188	13	1.9	13	100	0	50	16	48	24	12	1.79
39189--39325	29	4.7	31	78	13	132	35	4	18	41	1.70
39235--39292	28	2.1	28	81	9	66	41	5	15	37	1.70
39194--39343	29	5.2	29	77	10	121	36	4	17	42	1.68
42767--42835	19	3.8	19	71	24	69	15	27	34	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43785--44002	31	7.0	31	96	1	384	20	19	22	38	1.94
44483--44525	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
46470--46506	19	1.9	19	89	10	58	18	27	32	21	1.97
46477--46538	32	1.9	33	96	3	117	19	32	25	22	1.97
47492--47631	31	4.5	31	92	0	217	21	17	20	40	1.92
47494--47647	62	2.5	62	85	4	195	22	17	21	38	1.93
48128--48170	21	2.0	21	82	8	52	34	2	13	48	1.56
52982--53007	13	2.0	13	100	0	52	23	46	23	7	1.78
52977--53011	18	1.9	18	94	0	61	20	48	22	8	1.76
53011--53146	56	2.4	57	85	6	177	33	3	19	42	1.69
53011--53194	29	6.4	29	77	6	169	33	3	19	44	1.67
59501--59562	3	20.7	3	80	6	72	40	0	0	59	0.97
59505--59561	14	3.9	14	82	11	60	42	0	0	57	0.98
59569--59623	26	2.1	26	90	6	85	41	29	18	10	1.84
61715--61757	17	2.4	18	84	3	52	25	2	0	72	0.97
67932--68128	93	2.1	94	92	2	326	27	16	22	34	1.95
67938--68441	210	2.4	209	89	4	761	31	15	21	32	1.94
69388--69564	76	2.3	76	80	7	198	31	18	23	27	1.97
70442--70594	59	2.6	59	86	5	206	39	16	21	22	1.92
70964--71018	22	2.5	22	90	0	92	36	9	14	40	1.78
71697--72195	76	6.6	76	95	0	860	23	20	21	34	1.97
71697--72195	227	2.2	228	94	1	878	23	20	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72129--72242	45	2.5	45	88	5	158	21	22	24	30	1.99
72053--72306	121	2.1	120	91	2	411	22	21	22	33	1.97
72174--72377	75	2.7	75	93	1	336	22	20	23	34	1.97
71977--72378	196	2.0	197	91	0	653	22	20	22	34	1.97
72531--72601	3	23.7	3	82	5	90	39	0	0	60	0.97
72608--72662	26	2.1	26	89	0	83	40	30	18	10	1.85
77467--77500	13	2.6	13	90	0	50	73	0	17	8	1.08
83337--83386	20	2.5	20	93	0	82	42	22	16	20	1.89
83383--83425	20	2.2	20	100	0	86	46	25	13	13	1.81
83419--83460	19	2.2	19	87	8	59	19	19	19	42	1.89
84001--84036	19	1.9	18	94	5	63	11	16	22	50	1.77
85699--85860	21	7.7	22	69	10	81	20	12	34	32	1.90
85740--85861	63	1.9	63	86	6	176	20	11	35	32	1.88
85826--85873	21	2.3	21	85	0	60	16	18	33	31	1.94
86156--86274	42	2.8	42	88	2	159	22	35	18	23	1.96
86157--86274	21	5.6	21	79	0	119	22	35	18	22	1.96
87964--88024	20	3.0	20	82	0	77	9	18	26	45	1.80
88197--88309	20	5.7	20	77	4	120	15	17	19	47	1.82
88199--88312	60	1.9	60	88	0	174	15	16	20	47	1.83
88197--88311	40	2.9	40	83	5	142	15	17	20	46	1.83
88623--88657	6	5.8	6	93	0	61	17	0	20	62	1.32
91733--91771	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91909--92017	20	5.6	20	74	10	91	35	10	22	32	1.87
91929--92017	40	2.2	40	86	4	117	34	11	21	32	1.89
92096--92200	21	5.0	21	95	2	176	32	15	22	29	1.95
98448--99141	4	174.8	4	95	2	1204	49	23	1	26	1.57
99512--99546	18	1.9	18	100	0	70	25	34	22	17	1.96
99510--99587	20	4.0	20	78	3	88	24	26	23	25	2.00
104304--104349	23	2.0	23	87	12	67	6	8	15	69	1.34
110320--110553	77	3.0	76	78	10	265	37	8	14	40	1.75
110563--110771	73	2.9	74	74	7	194	43	7	13	35	1.71
111056--111342	100	2.9	99	83	4	337	39	11	8	40	1.71
111415--111570	71	2.2	71	84	5	192	33	9	10	46	1.72
111762--112346	77	7.6	77	81	2	638	36	18	8	36	1.81
111762--112326	231	2.5	230	84	4	723	36	18	8	36	1.82
112798--112966	77	2.2	77	78	4	189	44	7	15	32	1.73
113004--113499	189	2.7	186	82	3	568	40	12	15	32	1.84
113860--114444	100	6.0	98	79	8	584	37	13	10	38	1.79
113725--114443	197	3.7	195	78	10	639	38	13	9	38	1.78
113788--114444	295	2.2	292	81	7	717	36	13	9	39	1.78
113778--114479	98	7.2	98	79	7	594	37	13	9	39	1.78
114569--114702	70	1.9	70	81	3	162	30	11	11	45	1.77
117703--117729	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
118883--118939	3	19.0	3	85	7	80	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118874--118938	22	3.0	21	76	17	60	60	0	0	40	0.97
118883--118944	25	2.4	25	89	5	88	62	1	0	35	1.05
119344--119730	108	3.6	104	79	13	406	27	19	13	39	1.89
119927--120028	40	2.5	40	88	0	168	22	22	7	47	1.77
120470--120524	22	2.5	22	90	0	92	38	14	12	34	1.84
123073--123289	112	1.9	113	89	2	339	29	21	15	33	1.94
132210--132271	3	20.0	3	86	6	88	62	0	0	37	0.95
132205--132271	22	3.0	21	85	8	89	61	0	0	38	0.96
136982--137014	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
145488--145524	19	1.9	19	88	0	56	35	29	13	21	1.92
145610--145662	20	2.7	20	93	0	88	39	16	20	22	1.92
145651--145765	61	1.9	61	92	0	194	32	28	20	19	1.96
145692--145802	41	2.7	41	94	0	195	33	27	18	19	1.96
145672--145880	61	3.4	60	86	3	260	32	27	18	21	1.97
145651--145867	102	2.1	102	92	1	355	32	27	19	20	1.97
145655--145867	41	5.2	39	83	6	187	32	27	19	20	1.97
146702--146755	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
149007--149041	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
149216--149440	20	11.9	20	77	14	190	35	20	20	24	1.96
149219--149419	54	3.6	54	82	4	222	35	20	19	23	1.96
149575--149654	30	2.4	34	78	20	105	55	15	2	27	1.53
149590--149655	30	2.2	30	97	0	123	54	13	1	30	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151030--151135	42	2.5	42	72	3	97	27	16	34	20	1.95
151616--151659	20	2.2	20	100	0	88	52	22	11	13	1.72
151646--151718	20	3.7	20	83	3	94	38	23	19	19	1.93
151724--151810	20	4.7	20	67	16	60	17	22	20	39	1.92
151724--151843	54	2.2	54	83	5	170	17	22	20	39	1.93
152599--152684	20	4.2	20	78	8	93	24	18	26	30	1.98
152631--152705	21	3.6	21	75	10	82	20	20	26	33	1.97
152615--152705	41	2.2	41	90	0	146	20	19	27	31	1.97
152694--152746	20	2.7	20	93	0	88	22	20	16	39	1.92
152615--152725	41	2.7	40	84	5	107	21	19	25	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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