genome.fa.s7909.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007909.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110303_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3382237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486216--2486305	18	4.6	18	76	20	90	18	50	18	12	1.78
2486221--2486311	44	2.1	44	95	0	164	17	48	19	14	1.81
2486216--2486311	31	3.1	31	85	12	135	18	48	18	13	1.80
2487613--2487648	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2488787--2488888	24	4.2	24	82	9	111	22	14	18	44	1.86
2491085--2491158	13	5.3	13	80	15	85	17	47	20	14	1.83
2491063--2491152	18	4.6	18	76	20	90	18	50	18	12	1.78
2491068--2491158	44	2.1	44	95	0	164	17	48	19	14	1.81
2491063--2491158	31	3.1	31	85	12	135	18	48	18	13	1.80
2492461--2492496	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2493634--2493735	24	4.2	24	82	9	111	22	14	18	44	1.86
2497658--2497686	15	2.0	15	93	6	51	58	13	13	13	1.63
2497962--2497996	15	2.3	15	100	0	70	14	22	34	28	1.93
2506556--2506639	24	3.5	24	76	14	100	35	3	0	60	1.14
2506542--2506641	48	2.1	49	94	1	175	38	6	0	56	1.24
2506755--2506839	29	3.0	28	92	3	134	15	36	28	20	1.92
2507048--2507094	23	2.0	23	100	0	94	12	27	34	25	1.92
2507090--2507191	29	3.6	29	92	6	174	17	26	37	18	1.93
2507700--2507743	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
2508536--2508600	26	2.6	25	79	13	62	50	6	1	41	1.36
2511451--2511916	60	8.4	49	76	22	405	40	0	12	45	1.44
2511602--2511787	49	3.6	45	85	13	138	39	0	12	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511609--2511689	24	3.3	24	65	3	72	39	0	14	45	1.45
2511669--2511695	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
2511620--2511744	59	2.1	59	100	0	250	40	0	13	45	1.44
2511886--2512038	25	6.3	25	64	25	69	40	0	13	45	1.44
2512066--2512113	14	3.6	14	83	16	75	35	0	18	45	1.50
2512066--2512114	25	2.0	25	100	0	98	36	0	18	44	1.50
2511728--2512098	60	6.2	60	96	0	679	40	0	12	46	1.45
2514251--2514284	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
2514337--2514442	30	3.5	30	87	5	142	47	14	0	38	1.44
2514341--2514395	15	3.6	16	70	20	55	43	14	0	41	1.45
2514770--2514824	27	2.0	27	100	0	110	40	25	16	18	1.91
2515127--2515154	12	2.3	12	100	0	56	21	32	35	10	1.88
2515721--2515745	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2520750--2520776	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2524159--2524200	20	2.2	20	86	4	59	23	7	2	66	1.28
2542833--2542871	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
2542861--2542891	7	4.6	7	92	8	55	16	32	29	22	1.95
2542861--2542891	13	2.3	14	94	5	55	16	32	29	22	1.95
2549534--2549600	19	3.4	19	78	10	64	19	22	29	28	1.98
2549611--2549670	17	3.4	17	84	11	75	16	38	25	20	1.93
2549639--2549669	7	4.6	7	92	8	55	16	32	29	22	1.95
2549622--2549669	13	3.8	13	76	17	57	16	35	27	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2556266--2556358	32	2.8	33	83	1	116	22	0	23	53	1.46
2556373--2556409	3	12.7	3	88	5	58	64	2	0	32	1.07
2556467--2556633	85	2.0	85	89	0	253	45	12	16	25	1.82
2559906--2559994	31	2.9	30	77	12	99	25	29	28	16	1.97
2560696--2560750	22	2.5	22	81	0	65	34	29	20	16	1.94
2560739--2560797	21	2.8	21	82	5	57	32	20	22	25	1.98
2564680--2564837	54	2.9	54	95	0	280	41	24	13	20	1.88
2569234--2569272	20	2.0	20	84	0	51	69	12	0	17	1.19
2570674--2570777	3	34.7	3	98	0	190	64	0	1	33	1.05
2570913--2571673	228	3.3	227	89	3	1080	29	20	13	36	1.91
2570913--2571656	116	6.5	113	91	3	994	29	20	13	36	1.91
2572405--2572717	83	3.8	83	93	0	538	37	23	13	26	1.91
2573705--2573777	1	73.0	1	77	0	56	0	13	0	86	0.58
2573721--2573780	19	3.1	19	88	4	84	0	13	0	86	0.57
2573705--2573776	30	2.4	29	93	6	119	0	13	0	86	0.58
2573711--2573780	10	7.0	10	87	6	97	0	14	0	85	0.59
2587562--2587731	45	3.8	45	88	0	241	24	20	8	46	1.78
2587562--2587731	90	1.9	90	91	0	277	24	20	8	46	1.78
2588334--2589433	57	19.3	57	93	0	1781	32	19	12	36	1.88
2603044--2603107	33	1.9	33	83	3	83	45	0	4	50	1.22
2603436--2603544	30	3.7	29	70	12	96	18	9	15	56	1.65
2603635--2603699	22	3.0	22	73	8	60	12	9	23	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623632--2623692	20	2.9	20	80	9	68	22	36	26	14	1.93
2626363--2626416	21	2.6	21	96	0	99	20	38	22	18	1.93
2627559--2627601	22	2.0	21	81	4	50	58	6	2	32	1.38
2627693--2627735	22	2.0	21	81	4	50	58	4	2	34	1.32
2627560--2627817	134	1.9	130	92	6	381	47	8	11	32	1.70
2627831--2627881	18	2.6	19	74	20	52	60	5	0	33	1.21
2628794--2628839	11	4.2	11	88	0	56	41	0	2	56	1.11
2628786--2628842	17	3.5	17	77	17	59	42	1	1	54	1.21
2630133--2630188	3	18.7	3	85	14	80	67	0	0	32	0.91
2633114--2633144	11	2.8	11	90	0	53	25	29	9	35	1.88
2637325--2637585	114	2.3	115	84	0	326	33	20	14	31	1.92
2637483--2638179	67	10.4	67	91	0	1074	30	22	16	29	1.96
2638516--2638571	3	19.7	3	76	10	55	37	0	1	60	1.07
2638516--2638569	11	4.8	11	80	11	65	37	0	1	61	1.07
2638516--2638568	14	3.5	15	78	16	65	37	0	1	60	1.08
2638516--2638572	17	3.5	17	77	17	68	38	0	1	59	1.08
2644068--2644187	6	20.0	6	91	0	186	0	29	4	66	1.10
2644068--2644187	9	13.3	9	93	0	186	0	29	4	66	1.10
2644068--2644187	15	8.0	15	93	0	186	0	29	4	66	1.10
2648799--2648826	11	2.5	11	100	0	56	14	35	21	28	1.92
2650868--2650923	24	2.2	26	81	15	71	58	0	5	35	1.21
2650874--2650923	24	2.0	25	88	7	75	60	0	6	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655765--2655796	15	2.1	15	100	0	64	46	6	18	28	1.73
2662721--2662789	20	3.5	20	81	13	72	34	15	20	28	1.94
2665648--2665684	15	2.5	15	100	0	74	29	5	21	43	1.75
2666788--2666843	29	1.9	29	92	0	94	30	17	3	48	1.65
2666789--2666854	29	2.3	29	86	5	89	30	22	3	43	1.68
2666959--2666986	12	2.3	12	100	0	56	14	0	0	85	0.59
2667438--2667478	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2670082--2670135	14	4.0	14	72	18	60	33	16	12	37	1.87
2670643--2670771	38	3.4	37	78	10	118	42	10	14	32	1.79
2675624--2675651	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2679191--2679231	21	1.9	22	85	14	59	39	14	19	26	1.90
2683249--2683344	32	3.0	32	78	6	97	34	18	17	29	1.94
2684596--2685139	272	2.0	272	97	0	1034	36	22	10	30	1.88
2686000--2686092	18	4.8	18	79	12	105	30	31	19	19	1.96
2685997--2686092	38	2.5	39	89	3	158	29	30	19	20	1.97
2690410--2690505	31	3.0	31	82	8	113	35	20	15	28	1.93
2690410--2690505	32	3.0	32	84	3	122	35	20	15	28	1.93
2692874--2692927	26	2.1	26	83	13	67	38	9	5	46	1.59
2693162--2693236	32	2.4	32	86	6	109	38	24	13	24	1.91
2698574--2698644	24	3.0	24	78	0	79	53	18	11	16	1.72
2698574--2698682	24	4.5	24	75	6	78	49	16	14	19	1.80
2703168--2703203	18	2.0	18	100	0	72	33	16	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703702--2703762	23	2.7	23	94	0	104	50	21	1	26	1.58
2703965--2704022	2	29.5	2	92	3	100	51	0	0	48	1.00
2705632--2705668	19	1.9	19	100	0	74	24	27	16	32	1.96
2711079--2711123	19	2.2	21	84	7	58	46	0	0	53	1.00
2712860--2712892	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2714645--2714699	21	2.5	23	80	19	73	29	5	14	50	1.65
2717384--2717447	20	3.2	20	90	0	110	15	20	23	40	1.90
2717701--2717736	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2719998--2720051	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2719998--2720065	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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