genome.fa.s7909.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007909.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110303_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3382237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256063--2256088	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2271000--2271045	23	2.0	23	86	0	65	30	26	23	19	1.98
2271753--2271891	63	2.2	63	88	0	206	25	21	21	30	1.98
2278362--2278395	17	2.0	17	88	0	50	32	11	5	50	1.63
2278557--2278634	38	2.1	38	95	0	138	26	6	28	38	1.81
2279327--2279371	23	2.0	23	90	0	72	35	31	11	22	1.89
2279692--2279741	23	2.2	23	100	0	100	32	12	8	48	1.69
2281517--2281556	19	2.1	19	90	4	62	35	7	17	40	1.78
2281521--2281563	20	2.2	19	83	4	50	39	6	16	37	1.75
2281610--2281653	21	2.1	21	95	0	79	22	25	25	27	2.00
2282186--2282305	31	3.9	31	83	8	163	36	20	18	25	1.94
2283383--2283412	11	2.7	11	100	0	60	60	20	0	20	1.37
2284118--2284172	27	2.0	27	86	6	76	21	12	21	43	1.86
2284442--2284504	28	2.2	28	83	5	74	52	19	4	23	1.65
2284456--2284517	28	2.2	29	94	2	108	46	22	3	27	1.67
2284823--2284878	11	4.5	12	75	18	53	46	3	0	50	1.19
2284839--2284913	3	25.3	3	80	8	73	38	5	0	56	1.22
2286242--2286278	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2288216--2288357	55	2.6	55	86	0	194	41	14	23	20	1.89
2288700--2288756	6	9.2	6	85	11	71	22	15	14	47	1.82
2288703--2288752	6	7.7	7	91	8	72	24	16	14	46	1.83
2288703--2288752	13	3.8	13	87	7	75	24	16	14	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2293859--2294121	37	7.1	37	82	4	316	39	20	17	22	1.93
2294529--2295467	56	17.1	55	85	6	744	31	15	24	27	1.96
2294532--2295050	275	1.9	275	90	0	831	32	16	24	26	1.96
2295020--2295390	55	6.9	55	88	5	499	30	14	25	29	1.95
2295087--2295390	107	2.8	105	88	4	410	30	14	25	29	1.95
2295643--2295710	3	22.7	3	80	5	75	38	4	0	57	1.19
2298425--2298461	19	1.9	19	94	0	65	40	18	24	16	1.90
2300298--2300455	78	2.0	79	82	3	194	39	10	13	35	1.80
2300298--2300456	79	2.0	79	81	4	187	40	10	13	35	1.80
2300988--2301066	30	2.6	30	100	0	158	25	2	10	62	1.40
2300988--2301064	15	5.1	15	67	32	58	25	2	10	61	1.42
2301339--2301383	21	2.1	21	95	0	81	37	0	0	62	0.96
2301923--2301954	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2304267--2304293	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2307131--2307184	24	2.2	25	83	3	65	31	1	5	61	1.30
2319286--2319327	9	4.3	10	82	14	52	83	0	9	7	0.81
2319286--2319327	21	2.1	19	86	8	57	83	0	9	7	0.81
2319255--2319341	44	1.9	45	86	11	124	74	0	17	8	1.04
2319315--2319350	14	2.6	14	86	0	54	75	0	22	2	0.94
2320278--2320642	105	3.5	104	94	0	631	36	18	22	21	1.95
2320620--2321102	136	3.5	139	81	6	531	36	16	21	25	1.94
2322685--2322738	24	2.2	25	83	3	65	31	1	5	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2324407--2324456	22	2.3	21	80	10	57	68	0	2	30	1.01
2325163--2325307	41	3.6	40	76	14	138	31	17	19	31	1.95
2325193--2325555	41	8.8	41	78	6	365	29	20	17	32	1.96
2325192--2325555	83	4.4	83	86	3	439	29	20	17	32	1.96
2330309--2330367	21	2.8	21	81	0	64	18	6	18	55	1.64
2330520--2330787	43	6.3	43	85	3	335	29	22	20	27	1.98
2332636--2332870	112	2.1	112	89	0	362	46	11	13	28	1.79
2332741--2333196	182	2.5	182	90	2	711	42	11	16	29	1.83
2333530--2333577	23	2.1	23	88	0	69	41	16	4	37	1.68
2345687--2345719	16	2.0	17	94	5	59	36	6	21	36	1.78
2357962--2358036	36	2.1	36	97	0	141	46	14	13	25	1.81
2360196--2360243	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2360719--2360791	23	3.2	23	88	0	110	38	20	5	35	1.76
2361209--2361281	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
2360317--2362116	489	3.7	489	96	0	3237	40	10	7	41	1.68
2361698--2361770	23	3.2	23	86	0	101	41	20	4	34	1.72
2362116--2362180	25	2.6	25	97	0	121	38	13	9	38	1.77
2364638--2366126	183	8.1	183	96	0	2692	33	16	14	35	1.89
2367334--2367372	12	3.2	12	88	0	60	23	30	7	38	1.83
2367334--2367385	12	4.3	12	85	0	59	21	30	7	40	1.81
2368881--2369844	200	4.8	200	95	0	1716	30	18	15	35	1.91
2368881--2369844	399	2.4	401	95	0	1736	30	18	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2370999--2371040	18	2.3	19	91	4	68	52	9	0	38	1.34
2371030--2371176	28	5.0	31	75	13	123	37	5	2	54	1.38
2371178--2371505	30	11.8	29	69	16	98	54	1	5	38	1.31
2371178--2371254	28	2.7	27	86	6	91	61	1	1	36	1.13
2371243--2371453	30	7.2	28	75	7	125	53	0	7	38	1.35
2371384--2371461	23	3.1	23	78	19	93	51	1	3	43	1.28
2371384--2371531	52	2.8	53	81	10	151	54	2	3	39	1.28
2372858--2372912	23	2.4	23	76	8	58	34	0	3	61	1.13
2375447--2375476	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2378152--2378195	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2380389--2380417	13	2.2	13	100	0	58	13	55	0	31	1.39
2385312--2385383	17	4.4	17	72	11	60	51	22	2	23	1.61
2385648--2385686	18	2.2	18	85	0	51	7	25	30	35	1.84
2387256--2387347	23	4.0	23	77	8	89	22	25	27	25	2.00
2393494--2393526	13	2.4	14	85	10	50	69	3	6	21	1.24
2393498--2393567	13	5.5	13	69	14	56	67	8	4	20	1.35
2393508--2393567	25	2.3	26	80	11	70	66	10	3	20	1.35
2393494--2393566	25	2.8	25	79	8	67	67	8	4	20	1.34
2395651--2395683	16	2.1	16	94	0	57	60	0	0	39	0.97
2395657--2395690	16	2.1	16	88	0	50	64	2	0	32	1.08
2413077--2413116	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2417214--2417268	27	2.0	27	82	6	67	52	1	1	43	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417553--2417595	20	2.3	19	80	11	52	23	27	6	41	1.80
2424080--2424239	65	2.5	65	88	5	236	27	20	23	28	1.99
2426795--2426876	23	3.6	22	74	14	69	26	21	24	26	2.00
2432447--2432471	10	2.5	10	100	0	50	0	8	20	72	1.10
2432687--2432792	45	2.4	45	85	7	137	30	21	21	26	1.99
2442593--2442651	29	2.0	29	96	0	109	25	13	11	49	1.76
2443611--2443668	17	3.5	17	70	13	57	60	22	12	5	1.51
2443601--2443669	33	2.1	33	97	0	129	60	20	13	5	1.52
2443601--2443651	16	3.1	16	68	15	50	62	17	13	5	1.50
2446215--2446240	6	4.3	6	100	0	52	65	19	0	15	1.27
2451576--2451612	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2454484--2454570	2	44.0	2	97	2	167	50	0	0	49	1.00
2454654--2454715	22	2.7	22	87	9	81	41	1	3	53	1.27
2454484--2454723	18	12.7	19	72	18	166	45	3	4	46	1.38
2454638--2454733	2	50.5	2	72	13	69	45	3	3	47	1.34
2454760--2454805	22	2.1	22	91	0	74	34	0	17	47	1.48
2454893--2454932	10	4.0	10	83	0	53	50	5	2	42	1.37
2454934--2454978	13	3.2	14	78	9	56	35	6	13	44	1.70
2455421--2455455	12	2.9	12	95	0	61	31	48	8	11	1.69
2455872--2455906	18	1.9	18	94	0	61	42	17	0	40	1.49
2455901--2455982	41	2.0	41	92	4	139	36	15	12	35	1.85
2455960--2455998	16	2.4	16	86	0	60	46	7	15	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456024--2456058	16	2.2	16	89	0	52	34	17	17	31	1.93
2458453--2458606	35	4.3	36	86	6	183	41	19	6	32	1.77
2458504--2458564	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
2458542--2458633	34	2.7	34	98	1	175	35	18	9	35	1.84
2463153--2463213	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
2463105--2463214	35	3.1	35	92	3	168	44	19	4	31	1.70
2469174--2469226	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
2473029--2473057	14	2.1	14	100	0	58	48	10	13	27	1.75
2475127--2475155	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
2486238--2486311	13	5.3	13	80	15	85	17	47	20	14	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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