genome.fa.s7909.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007909.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110303_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3382237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2720985--2721074	19	4.6	19	82	10	101	30	10	22	37	1.87
2720986--2721074	39	2.2	41	86	5	121	30	10	22	37	1.87
2721005--2721096	40	2.3	39	83	5	105	29	11	25	33	1.91
2720983--2721140	60	2.6	59	77	11	160	26	13	22	37	1.91
2724164--2724357	97	2.0	97	98	0	379	34	8	21	35	1.85
2726665--2726724	28	2.2	26	82	5	66	46	15	1	36	1.55
2726695--2726760	27	2.4	27	84	0	78	48	4	3	43	1.38
2726757--2726838	29	2.8	29	88	0	119	43	23	8	24	1.81
2732703--2732747	18	2.4	19	85	3	56	44	2	0	53	1.13
2735838--2735920	29	2.9	29	94	0	139	19	39	32	8	1.81
2735798--2735874	39	2.0	39	84	0	100	16	38	28	15	1.90
2737120--2737163	21	2.0	22	86	4	63	36	6	0	56	1.26
2740996--2741056	29	2.1	30	90	3	97	47	18	4	29	1.69
2741036--2741074	19	2.2	18	86	9	53	35	20	5	38	1.75
2741087--2741137	17	2.9	18	85	2	68	13	23	43	19	1.87
2741136--2741183	19	2.5	19	86	6	71	18	33	31	16	1.94
2741135--2741183	9	5.2	9	77	18	55	18	32	32	16	1.93
2741135--2741206	29	2.6	28	81	14	94	19	31	31	16	1.94
2741136--2741184	10	5.1	10	79	16	59	18	32	30	18	1.95
2751114--2751161	21	2.3	21	81	0	60	43	4	29	22	1.72
2755130--2755206	40	1.9	41	89	2	120	53	19	9	18	1.71
2755562--2755627	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2759290--2759318	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2759433--2759465	12	2.6	13	90	4	50	48	3	0	48	1.17
2764927--2765008	40	2.1	39	82	8	96	48	3	1	46	1.27
2767484--2767532	20	2.5	20	89	0	80	36	38	20	4	1.72
2772650--2772739	38	2.3	40	82	5	103	33	17	8	40	1.81
2773003--2773265	133	2.0	133	100	0	526	41	14	9	34	1.79
2774953--2775182	112	2.1	112	99	0	451	31	17	16	35	1.92
2775356--2775487	60	2.2	60	87	1	192	34	18	15	31	1.92
2777356--2777545	64	3.0	65	83	8	203	30	24	18	26	1.98
2777517--2777565	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
2777382--2777565	64	2.9	61	78	15	178	28	25	18	27	1.98
2784984--2785090	45	2.4	44	84	7	144	28	21	18	30	1.97
2785059--2785107	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
2790921--2790972	20	2.6	20	100	0	104	25	25	28	21	1.99
2792520--2792560	19	2.3	18	87	8	57	24	29	17	29	1.97
2792462--2792605	64	2.2	66	81	10	163	34	22	15	27	1.95
2792548--2792654	45	2.4	44	81	7	126	28	19	18	32	1.96
2793883--2794057	90	2.0	89	90	1	278	36	11	7	44	1.69
2794657--2794697	20	2.0	20	100	0	82	39	14	19	26	1.90
2804847--2804989	71	2.0	72	93	1	243	34	20	14	30	1.92
2805610--2805709	43	2.5	39	82	14	114	45	1	2	52	1.19
2806290--2806342	25	2.1	26	82	10	65	37	7	1	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806795--2806869	24	3.2	24	70	14	84	49	6	4	40	1.48
2806778--2806869	46	2.0	46	100	0	184	45	8	4	41	1.55
2806778--2806849	22	3.2	22	70	14	74	41	9	4	44	1.56
2807192--2807256	29	2.2	29	86	5	87	55	7	7	29	1.56
2810627--2810661	17	2.1	17	88	0	52	65	0	0	34	0.93
2812885--2812970	29	3.0	30	71	6	79	29	25	6	38	1.82
2813010--2813141	60	2.2	60	80	11	146	43	6	15	34	1.71
2813915--2813953	16	2.5	16	87	4	53	64	0	0	35	0.94
2816489--2816527	11	3.5	11	86	13	53	25	5	0	69	1.09
2818400--2818464	33	2.0	33	100	0	130	27	15	12	44	1.82
2819407--2819875	54	8.6	54	87	3	575	31	20	19	28	1.97
2820237--2820289	19	2.8	19	100	0	106	26	15	16	41	1.88
2820312--2820362	20	2.6	19	87	6	66	19	25	17	37	1.94
2826394--2826914	54	9.6	54	87	4	697	31	20	20	28	1.97
2826394--2826914	274	1.9	271	89	2	812	31	20	20	28	1.97
2833378--2833417	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2838715--2838745	6	5.3	6	96	3	55	0	0	87	12	0.55
2841683--2842219	267	2.0	267	100	0	1074	36	18	17	27	1.93
2845646--2845686	18	2.2	19	86	8	57	56	0	4	39	1.21
2847040--2847086	3	16.0	3	91	4	78	63	0	2	34	1.06
2847407--2848072	112	5.9	112	85	5	914	30	18	12	38	1.88
2847406--2848072	225	3.0	225	90	4	1069	29	18	12	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2848777--2849419	84	7.6	84	87	3	875	35	22	13	28	1.92
2848777--2849419	170	3.8	169	92	3	1111	35	22	13	28	1.92
2850546--2850628	9	8.8	9	78	11	69	7	12	0	80	0.89
2850547--2850631	15	5.4	14	75	19	53	7	11	0	81	0.88
2850547--2850631	24	3.5	24	78	16	79	7	11	0	81	0.88
2850576--2850621	11	4.2	12	84	15	57	10	6	0	82	0.83
2850547--2850631	16	5.4	15	77	17	59	7	11	0	81	0.88
2850568--2850628	11	5.6	10	77	12	50	9	6	0	83	0.80
2862893--2863000	55	2.0	54	98	1	207	25	22	12	38	1.90
2872707--2872746	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
2872720--2872768	17	2.8	17	84	3	53	46	0	0	53	1.00
2873675--2873699	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
2874159--2874190	11	2.8	11	95	4	55	43	0	0	56	0.99
2874186--2874229	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2874928--2874981	28	2.0	27	85	7	74	48	12	7	31	1.69
2879829--2879877	25	2.0	25	100	0	98	24	16	18	40	1.90
2882583--2882658	29	2.6	29	97	0	143	30	2	35	31	1.72
2884504--2884609	36	2.8	39	73	18	89	65	1	4	28	1.23
2884790--2884853	21	3.2	20	78	8	67	64	0	3	32	1.10
2885379--2885480	37	2.8	37	84	0	123	31	12	14	41	1.84
2886171--2887121	106	9.0	106	89	1	1346	23	18	23	33	1.97
2886238--2887121	317	2.8	317	91	1	1376	23	18	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2897157--2897227	8	8.8	8	79	14	56	1	15	4	78	0.97
2901602--2901631	4	7.2	4	92	7	51	73	0	3	23	0.98
2901876--2901906	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2902511--2902612	37	2.8	37	89	0	141	30	13	14	41	1.85
2915006--2915538	239	2.2	238	87	3	748	36	16	17	30	1.92
2915436--2915543	42	2.6	41	82	4	144	31	24	21	23	1.98
2915597--2915852	53	4.8	53	88	0	359	39	19	8	31	1.83
2915759--2915952	49	3.9	49	79	6	185	39	18	9	32	1.82
2915595--2916258	53	12.6	54	76	11	288	41	16	8	32	1.79
2915859--2916258	55	7.6	52	76	11	252	43	14	8	33	1.77
2915909--2916258	55	6.6	55	75	10	273	42	14	8	34	1.76
2917493--2917567	28	2.6	28	87	2	105	25	5	30	38	1.78
2918297--2918407	6	17.7	6	76	14	64	0	24	0	74	0.87
2918301--2918386	14	6.4	14	77	17	67	1	27	0	70	0.94
2918348--2918407	23	2.7	23	85	12	74	1	18	0	80	0.80
2918304--2918401	14	6.6	14	75	17	65	1	25	0	73	0.90
2918340--2918424	37	2.3	35	77	18	84	4	20	0	75	0.98
2918653--2918685	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2920095--2920268	46	3.8	46	91	0	269	26	16	13	43	1.85
2920564--2921106	54	10.1	54	92	2	862	37	18	12	30	1.89
2924066--2924097	10	3.1	11	86	13	50	75	0	0	25	0.81
2926451--2926515	3	21.0	3	81	6	76	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2928606--2928641	19	1.9	18	88	5	54	27	5	0	66	1.13
2931938--2931969	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2939278--2939366	13	6.8	12	76	12	79	80	0	17	1	0.77
2939278--2939366	7	13.8	6	77	18	74	80	0	17	1	0.77
2939281--2939365	20	4.2	20	83	10	102	81	0	17	1	0.76
2940524--2940834	83	3.6	83	92	3	478	24	12	23	39	1.89
2940524--2940834	175	1.8	166	88	6	478	24	12	23	39	1.89
2940667--2940852	92	2.0	92	90	2	293	27	13	22	35	1.93
2941559--2942244	116	6.0	115	86	3	879	36	13	19	30	1.90
2941559--2942240	229	3.0	229	89	2	1018	36	13	19	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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