genome.fa.s7909.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007909.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110303_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3382237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2060954--2061054	39	2.6	39	80	14	111	54	10	33	0	1.42
2061550--2061580	12	2.6	12	94	0	53	12	6	9	70	1.31
2063226--2063414	85	2.2	85	84	3	247	35	17	17	29	1.93
2063226--2063439	85	2.5	85	81	6	211	35	17	17	29	1.93
2069690--2069741	19	2.7	19	100	0	104	17	21	26	34	1.95
2069644--2069806	84	2.0	83	86	6	231	26	19	22	31	1.97
2072073--2072125	23	2.3	23	83	3	63	28	22	32	16	1.96
2072086--2072136	22	2.3	23	86	3	68	19	27	27	25	1.99
2077389--2077571	65	2.8	63	85	6	244	27	18	22	32	1.97
2077411--2077619	65	3.2	62	78	11	206	26	16	22	33	1.95
2077874--2077927	23	2.3	24	83	6	74	48	9	31	11	1.70
2080184--2080221	19	2.1	19	85	14	53	18	23	10	47	1.79
2083929--2084047	38	3.2	37	63	13	98	42	7	5	45	1.54
2083904--2084058	76	2.0	76	97	0	292	43	6	7	42	1.57
2092268--2092327	18	3.3	18	86	4	68	28	38	20	13	1.90
2095592--2095756	82	2.0	82	100	0	330	31	23	9	35	1.87
2105230--2105307	34	2.3	36	78	14	85	62	12	2	21	1.42
2105342--2105371	14	2.2	14	94	5	53	73	6	0	20	1.05
2105352--2105402	18	2.9	18	77	8	52	72	7	0	19	1.08
2107676--2107711	12	3.1	12	96	4	65	8	25	8	58	1.55
2108359--2108388	12	2.6	12	94	5	53	33	33	0	33	1.58
2112715--2112756	18	2.3	18	100	0	84	9	19	19	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114568--2114607	21	1.9	21	90	10	64	37	10	0	52	1.35
2116289--2116324	12	3.1	12	96	4	65	8	25	8	58	1.55
2117227--2117274	16	2.8	18	78	12	57	62	2	0	35	1.07
2118212--2118282	35	2.1	32	82	7	79	53	0	9	36	1.34
2123176--2123208	15	2.2	15	89	10	50	42	0	0	57	0.98
2124615--2124661	16	3.0	15	77	20	51	61	2	0	36	1.08
2125288--2125342	24	2.2	24	78	12	58	43	0	3	52	1.18
2125708--2125936	20	11.2	20	77	11	184	41	22	19	16	1.90
2125765--2125936	42	4.2	42	81	10	212	40	23	19	16	1.91
2125710--2125936	62	3.7	59	80	12	230	40	22	19	16	1.91
2125770--2125936	60	2.7	61	87	7	248	38	23	19	17	1.92
2126032--2126090	6	10.5	6	98	1	90	28	54	16	0	1.43
2126036--2126098	15	3.9	15	91	6	72	26	52	20	0	1.47
2126578--2126637	6	10.5	6	94	5	99	0	16	51	31	1.45
2126740--2126878	20	6.8	20	83	11	174	18	18	28	34	1.95
2126733--2126940	42	5.1	40	78	10	176	16	19	25	38	1.92
2126742--2126878	42	3.3	42	89	6	192	18	18	27	35	1.95
2126740--2126878	62	2.2	60	91	5	215	18	18	28	34	1.95
2126740--2126939	62	3.3	61	81	9	198	17	19	26	37	1.93
2126890--2126940	19	2.6	20	84	3	59	11	19	25	43	1.85
2135693--2135734	21	2.0	22	90	4	68	76	0	4	19	0.96
2138289--2138341	11	4.9	10	82	13	61	84	5	1	7	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138291--2138341	22	2.3	22	90	6	77	84	5	1	7	0.85
2138288--2138332	15	3.0	15	80	9	56	84	4	2	8	0.84
2142175--2142204	15	2.0	15	100	0	60	6	26	26	40	1.81
2143865--2143914	17	2.9	17	78	3	55	72	0	2	26	0.96
2143957--2144004	18	2.6	18	96	3	87	72	2	4	20	1.11
2144622--2144684	19	3.2	19	75	4	54	55	12	0	31	1.37
2152506--2152558	22	2.4	23	84	9	74	26	22	28	22	1.99
2152598--2152640	22	2.0	22	90	0	68	25	18	11	44	1.84
2154026--2154143	59	2.0	59	88	0	173	37	13	5	43	1.69
2156582--2156616	18	1.9	18	88	0	52	22	5	8	62	1.45
2159884--2159988	37	2.8	37	88	0	156	40	15	13	30	1.85
2160558--2160668	18	6.2	18	70	23	67	27	4	0	67	1.15
2160619--2160672	26	2.0	27	89	10	83	27	0	1	70	0.98
2160690--2160719	12	2.6	11	94	5	51	23	6	6	63	1.43
2160959--2160987	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2165403--2165455	16	3.2	16	76	12	54	77	9	11	1	1.07
2165400--2165460	32	1.9	31	83	9	79	77	9	11	1	1.07
2166065--2166119	22	2.5	22	96	0	101	34	27	14	23	1.94
2167013--2167646	106	6.0	106	86	4	811	34	25	17	22	1.96
2168191--2168287	37	2.6	37	88	0	149	40	16	10	32	1.82
2168859--2168966	22	4.9	23	72	21	88	27	5	0	65	1.21
2168918--2168969	25	2.0	28	88	11	83	28	0	1	69	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168983--2169028	11	4.2	11	83	8	58	21	2	4	71	1.14
2168984--2169027	23	1.9	23	90	0	70	22	2	4	70	1.17
2169131--2169198	23	3.0	22	75	16	68	30	4	0	64	1.13
2169257--2169289	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2169445--2169489	2	22.5	2	95	0	81	48	2	0	48	1.13
2169616--2169686	13	5.9	12	76	11	65	16	2	2	77	1.01
2171702--2171777	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2174483--2174524	21	2.0	20	82	13	50	21	7	2	69	1.25
2177856--2177903	24	2.0	24	91	0	78	58	10	10	20	1.60
2178200--2178250	21	2.5	20	78	18	59	25	3	27	43	1.72
2178439--2178479	2	20.5	2	94	0	73	46	0	0	53	1.00
2179343--2179452	51	2.2	51	81	6	125	13	35	30	20	1.92
2179629--2179653	10	2.5	10	100	0	50	36	28	0	36	1.58
2179700--2179740	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
2181389--2181438	18	2.8	18	87	0	64	28	26	16	30	1.96
2184925--2184997	24	3.0	23	75	16	58	76	2	2	17	1.02
2185527--2185567	11	3.6	11	87	6	55	65	4	4	24	1.32
2185651--2185696	12	3.8	12	82	0	56	63	0	6	30	1.20
2185979--2186033	29	1.9	28	88	3	83	29	27	12	30	1.93
2189788--2189874	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
2190447--2190504	18	3.2	18	80	9	73	24	18	29	27	1.98
2192180--2192220	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192262--2192292	10	3.1	10	95	0	53	35	0	32	32	1.58
2194726--2194765	21	1.9	21	89	0	62	40	10	22	27	1.86
2195127--2195178	24	2.2	24	96	0	95	50	15	7	26	1.71
2197247--2197304	29	2.0	28	90	3	89	22	12	12	53	1.70
2201282--2201310	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2215492--2215540	21	2.3	21	83	10	64	63	4	8	24	1.40
2217443--2217470	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
2218954--2219100	60	2.5	58	75	16	147	17	11	10	59	1.59
2221190--2221250	32	1.9	32	93	3	106	13	16	11	59	1.62
2221965--2222010	21	2.2	20	84	3	56	15	13	15	56	1.68
2222661--2222699	20	2.0	20	94	0	69	28	20	15	35	1.93
2224175--2224231	23	2.4	23	77	8	62	36	10	5	47	1.61
2224845--2224942	35	2.7	35	81	9	99	34	16	13	35	1.87
2224882--2224985	35	2.9	35	78	2	109	34	15	9	40	1.80
2225953--2226413	129	3.5	128	81	4	498	26	29	18	26	1.98
2226612--2226652	3	13.3	3	94	5	73	34	0	0	65	0.93
2228129--2228209	29	2.8	29	96	0	144	20	7	8	62	1.48
2232268--2232379	29	3.8	29	71	15	84	33	15	3	48	1.62
2232267--2232436	61	2.8	60	76	5	173	31	19	4	44	1.69
2233365--2233422	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
2234919--2234954	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
2240364--2240436	19	3.6	19	78	14	74	34	15	21	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240479--2240520	22	1.9	22	85	0	57	33	9	26	30	1.88
2241024--2241301	45	6.2	45	83	6	239	38	10	21	29	1.87
2240936--2241081	79	1.8	79	91	0	238	36	8	25	29	1.86
2241024--2241301	90	3.1	90	82	4	319	38	10	21	29	1.87
2242487--2242528	14	2.9	14	82	6	57	23	0	7	69	1.13
2242567--2242621	26	2.1	26	89	0	83	45	1	18	34	1.60
2242958--2243017	28	2.1	28	100	0	120	16	20	13	50	1.78
2245716--2245777	31	2.0	32	83	3	81	58	8	6	27	1.52
2248878--2248903	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2250460--2250493	17	2.1	17	88	5	52	58	2	2	35	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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