genome.fa.s8056.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008056.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110551_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2370532

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076176--2076227	19	2.8	19	80	8	63	25	13	34	26	1.93
2076070--2076276	65	3.2	64	78	12	217	26	16	25	31	1.96
2076605--2076684	31	2.6	31	89	0	115	31	33	2	32	1.71
2081654--2081700	21	2.3	21	85	10	62	38	6	2	53	1.39
2083731--2083781	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2083625--2083831	65	3.2	64	79	13	219	27	16	25	30	1.97
2088603--2088653	19	2.7	19	93	0	84	23	23	29	23	1.99
2088622--2088799	64	2.8	64	81	3	198	30	16	22	30	1.96
2090588--2091018	219	2.0	219	91	0	709	25	14	38	20	1.91
2091462--2091631	75	2.3	74	87	6	238	50	4	7	38	1.50
2091462--2091631	36	4.6	37	82	12	190	50	4	7	38	1.50
2092052--2092099	14	3.0	15	80	19	53	12	4	2	81	0.93
2092636--2092671	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2096950--2097007	20	2.9	20	100	0	116	31	20	24	24	1.98
2097457--2097493	14	2.5	15	83	16	51	48	0	21	29	1.50
2100272--2100329	20	2.6	22	86	10	75	29	20	22	27	1.99
2100780--2100816	14	2.5	15	83	16	51	48	0	21	29	1.50
2102705--2102808	34	3.2	33	75	10	106	25	23	4	47	1.71
2102922--2103128	48	4.3	48	83	0	243	32	27	15	24	1.96
2102914--2103128	96	2.2	96	83	0	277	32	26	16	25	1.96
2105703--2105967	118	2.2	118	83	5	356	38	14	18	28	1.89
2106725--2106762	19	2.0	19	89	0	58	28	15	7	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108744--2108910	66	2.5	62	81	11	165	33	19	19	27	1.96
2109651--2109714	30	2.1	30	85	0	83	18	18	28	34	1.95
2112607--2112653	20	2.4	20	79	10	53	23	12	8	55	1.64
2113992--2114030	6	6.5	6	84	0	51	53	12	2	30	1.52
2113996--2114038	12	3.6	12	77	0	50	46	18	2	32	1.62
2113988--2114038	24	2.1	24	92	0	84	47	15	3	33	1.64
2113998--2114049	24	2.2	24	85	0	68	53	13	3	28	1.57
2116590--2116667	18	4.4	17	78	18	79	35	3	37	23	1.73
2116590--2116667	36	2.2	36	95	0	138	35	3	37	23	1.73
2116956--2118092	201	5.7	200	91	1	1742	33	14	11	40	1.82
2122432--2122556	66	1.9	65	86	1	178	23	41	3	32	1.70
2122984--2123033	24	2.0	25	88	3	75	44	2	0	54	1.11
2124841--2124889	23	2.0	25	81	14	59	36	6	8	48	1.58
2125019--2125459	183	2.4	182	89	0	650	29	15	12	42	1.83
2126835--2126878	18	2.4	18	82	17	56	27	0	43	29	1.55
2126844--2126886	18	2.3	18	84	11	52	25	2	39	32	1.69
2132713--2132762	22	2.2	22	82	3	64	34	8	0	58	1.28
2135541--2135566	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2136642--2136676	16	2.2	16	90	5	54	51	22	11	14	1.74
2138723--2138781	30	2.0	30	96	0	109	35	22	10	32	1.87
2139856--2140063	105	2.0	105	99	0	407	27	12	16	43	1.84
2140089--2140353	132	2.0	132	92	1	442	35	8	13	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140497--2140554	28	2.1	28	90	0	89	36	22	10	31	1.88
2141369--2141671	158	1.9	157	80	10	350	28	19	6	46	1.74
2141868--2141903	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2148431--2148491	31	2.0	31	96	0	113	22	19	21	36	1.95
2149028--2149067	21	1.9	21	94	0	71	27	25	25	22	2.00
2150496--2150528	16	2.1	16	94	0	57	24	15	36	24	1.93
2155833--2155938	50	2.1	50	79	11	110	15	30	29	25	1.95
2161697--2161734	12	2.9	13	84	11	51	63	5	2	28	1.30
2162011--2162125	51	2.3	51	81	3	133	27	26	28	17	1.97
2162603--2162655	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
2162645--2162798	20	7.7	20	86	1	218	37	18	20	22	1.94
2162785--2162851	20	3.3	20	89	0	98	32	26	16	23	1.96
2163693--2163746	24	2.2	24	90	0	81	20	20	20	38	1.93
2166160--2166268	20	5.7	20	80	13	140	34	25	22	17	1.95
2166240--2166335	33	2.8	33	87	3	120	41	18	25	14	1.88
2166355--2166445	33	2.7	34	84	3	121	13	21	19	45	1.85
2166551--2166587	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2167994--2168068	21	3.6	21	73	7	71	21	18	38	21	1.93
2167975--2168076	42	2.5	41	75	3	114	23	20	34	21	1.97
2168555--2168681	20	6.3	20	92	0	164	37	22	18	21	1.94
2168728--2168869	20	7.5	20	78	15	158	16	16	22	44	1.86
2168814--2168869	19	2.8	20	89	5	96	17	17	23	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170753--2170841	20	4.5	20	84	1	90	44	22	16	15	1.86
2171187--2171240	22	2.5	22	87	6	74	25	12	38	22	1.90
2171438--2171533	20	4.8	20	92	0	156	19	19	19	40	1.92
2171485--2171579	49	2.0	48	89	2	145	18	20	21	40	1.92
2171576--2171621	21	2.2	21	88	0	65	41	17	23	17	1.90
2174233--2174262	12	2.4	13	94	5	53	50	0	6	43	1.28
2174232--2174263	13	2.5	13	89	0	55	53	0	6	40	1.26
2174877--2174938	21	3.2	21	80	19	82	75	0	4	19	0.97
2174900--2174938	5	7.6	5	94	5	69	76	0	2	20	0.90
2174900--2174938	16	2.5	15	92	8	69	76	0	2	20	0.90
2174886--2174944	10	6.1	10	77	13	61	72	0	6	20	1.06
2174983--2175014	14	2.3	14	94	0	55	62	0	3	34	1.11
2175043--2175214	36	4.6	36	71	19	106	39	8	4	47	1.54
2174987--2175251	39	7.1	36	72	16	182	41	7	3	46	1.51
2179954--2179980	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2180352--2180387	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
2188574--2188607	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
2190381--2190426	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
2190761--2190797	18	2.0	19	94	5	67	8	21	5	64	1.40
2192292--2192533	29	8.4	28	77	11	115	31	7	9	50	1.63
2192309--2192530	58	3.9	56	78	10	207	32	8	9	49	1.66
2192309--2192514	114	1.8	114	83	2	279	33	8	9	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2202722--2202761	21	1.9	21	85	10	55	32	25	17	25	1.97
2206215--2206256	14	3.0	14	89	0	57	52	4	2	40	1.35
2206229--2206446	36	6.0	35	72	19	128	42	8	4	44	1.54
2206229--2206465	75	3.2	73	80	13	270	42	8	4	44	1.55
2206432--2206528	25	3.9	25	98	0	185	41	10	3	45	1.54
2210204--2210234	6	5.2	6	100	0	62	0	67	0	32	0.91
2214857--2214897	21	2.0	21	90	0	64	26	12	31	29	1.92
2216130--2216182	19	2.8	19	88	2	81	28	15	30	26	1.96
2216836--2216892	21	2.7	21	88	0	87	22	22	26	28	1.99
2219313--2219343	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2222210--2222260	22	2.3	21	77	9	57	47	0	21	31	1.51
2222357--2222418	21	2.9	21	85	4	79	27	20	25	25	1.99
2227790--2227815	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
2229103--2229381	143	2.0	143	100	0	558	24	11	17	45	1.82
2230710--2230956	121	2.0	125	96	3	466	30	17	14	38	1.89
2245197--2245246	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
2248879--2248931	12	4.5	11	88	6	52	77	1	1	18	0.96
2248898--2248940	6	7.2	6	100	0	86	83	0	0	16	0.64
2253381--2253430	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
2261627--2261668	21	2.0	21	90	0	66	45	7	16	30	1.74
2267001--2267042	21	2.0	21	86	9	59	52	16	0	30	1.44
2267689--2267808	62	1.9	62	85	8	163	32	20	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267689--2267813	31	4.0	32	77	13	125	32	20	18	28	1.96
2268749--2268805	21	2.8	21	89	7	82	21	35	21	22	1.96
2278681--2278978	133	2.2	133	89	2	447	36	19	21	22	1.95
2282737--2282993	98	2.6	97	83	6	295	34	17	15	31	1.92
2284623--2285044	211	2.0	211	96	0	774	47	12	14	25	1.79
2289901--2289939	16	2.6	15	88	8	53	46	0	0	53	1.00
2291723--2291773	18	2.9	17	91	5	75	50	0	7	41	1.31
2293690--2293744	3	18.7	3	85	10	78	63	1	0	34	1.05
2293690--2293744	28	2.0	28	89	7	85	63	1	0	34	1.05
2293978--2294517	124	4.5	125	86	6	683	25	18	15	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13