genome.fa.s8056.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008056.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110551_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2370532

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1348498--1348586	32	2.8	30	77	13	88	32	26	19	21	1.97
1348124--1348713	246	2.4	247	90	1	923	31	24	18	26	1.97
1350424--1350466	16	2.6	16	85	7	50	34	2	0	62	1.08
1350420--1350515	15	6.4	15	71	15	65	31	2	1	65	1.11
1350642--1350748	7	15.1	7	70	23	57	34	0	3	60	1.21
1350624--1350748	19	6.8	19	68	27	67	33	1	4	60	1.25
1350647--1350750	12	7.8	13	68	21	56	33	0	3	61	1.21
1350883--1350965	9	9.1	9	72	11	53	12	13	3	71	1.28
1350831--1350904	17	4.7	15	77	14	60	17	6	0	75	1.01
1352163--1352205	21	2.0	21	100	0	86	18	32	20	27	1.96
1353632--1353689	20	2.9	20	94	5	100	32	43	10	13	1.78
1356964--1357004	21	1.9	22	95	5	75	39	14	19	26	1.90
1361376--1361454	23	3.7	22	84	12	87	21	26	29	22	1.99
1364858--1364897	17	2.4	17	100	0	80	20	20	15	45	1.86
1368362--1368425	31	2.1	31	96	0	119	32	0	35	31	1.58
1373816--1373875	31	1.9	31	96	0	111	35	0	31	33	1.58
1374043--1374098	20	2.8	20	88	0	85	28	17	30	23	1.97
1379134--1379163	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
1385070--1385150	21	3.9	21	95	0	126	24	24	18	32	1.97
1386021--1386067	17	2.7	18	76	6	51	34	0	6	59	1.23
1386853--1387171	155	2.1	155	95	0	584	37	9	8	44	1.69
1389669--1389693	12	2.1	12	100	0	50	8	0	8	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1394191--1394293	36	2.8	36	88	1	143	17	20	21	40	1.91
1394290--1394465	89	2.0	88	86	5	248	27	20	16	35	1.94
1406999--1407040	18	2.3	18	84	8	50	14	21	33	30	1.93
1419345--1419418	37	2.0	37	100	0	148	51	10	21	16	1.74
1422833--1422905	37	2.0	37	88	0	110	20	26	10	42	1.85
1422872--1422937	28	2.4	28	92	0	105	24	28	10	36	1.89
1423547--1423594	3	16.0	3	91	8	80	64	0	33	2	1.05
1424941--1425079	69	2.0	69	81	2	163	39	20	20	19	1.93
1431124--1431150	14	1.9	14	100	0	54	25	7	29	37	1.83
1436049--1436158	42	2.6	42	85	0	148	26	25	10	38	1.87
1439337--1439544	73	2.8	73	86	5	260	43	4	2	48	1.39
1439316--1439544	2	112.0	2	73	16	177	44	4	2	48	1.36
1439316--1439695	20	19.1	20	70	17	172	44	5	3	46	1.42
1439806--1439877	33	2.2	33	94	0	126	44	9	6	38	1.64
1439832--1439906	20	3.7	20	76	13	80	46	9	5	38	1.59
1439881--1439930	24	2.1	24	85	7	66	42	4	8	46	1.52
1439895--1439940	24	1.9	24	82	8	58	43	4	6	45	1.49
1440048--1440101	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
1440086--1440205	21	5.8	21	69	10	68	36	20	20	23	1.95
1440151--1440203	20	2.7	20	85	5	72	43	22	18	15	1.87
1440190--1440405	41	5.3	41	83	6	176	37	24	18	18	1.94
1440189--1440405	20	10.7	20	77	9	190	37	24	18	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1440961--1441032	20	3.6	19	81	5	81	52	19	15	12	1.74
1440961--1441049	40	2.2	40	76	7	92	51	21	15	11	1.74
1441045--1441171	20	7.1	19	70	20	85	12	23	20	43	1.86
1441050--1441171	33	3.5	33	84	8	154	12	22	20	44	1.85
1441107--1441162	20	2.8	20	84	10	87	14	25	21	39	1.91
1442974--1443006	17	1.9	17	88	11	50	24	15	15	45	1.84
1442856--1443235	94	4.1	94	95	1	647	21	12	18	47	1.81
1443336--1443384	19	2.6	19	86	0	80	48	18	20	12	1.79
1443372--1443402	14	2.2	14	94	0	53	51	29	12	6	1.65
1443353--1443421	33	2.1	32	86	2	93	50	26	14	8	1.71
1443385--1443422	19	2.0	19	94	0	67	50	34	10	5	1.59
1443466--1443552	20	4.3	20	95	0	147	20	19	21	37	1.94
1444033--1444137	21	5.0	21	72	3	68	22	36	18	22	1.95
1445493--1445528	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
1445630--1445698	33	2.1	34	86	2	95	40	20	24	14	1.90
1445702--1445837	19	7.4	19	80	9	174	20	21	11	47	1.81
1445705--1445863	72	2.2	71	88	3	230	19	21	11	47	1.81
1445702--1445874	91	1.9	91	82	7	217	19	21	13	45	1.85
1445846--1445934	20	4.4	20	85	2	117	19	21	23	35	1.95
1445848--1445934	40	2.2	40	91	4	140	19	20	22	36	1.95
1448371--1448422	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
1449273--1449311	20	2.0	20	94	0	69	25	20	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449303--1449357	21	2.6	21	85	0	74	36	18	25	20	1.94
1449408--1449636	20	11.4	20	76	7	205	19	19	24	37	1.94
1449406--1449663	61	4.3	61	76	6	224	20	18	24	36	1.94
1449431--1449636	41	5.1	41	88	1	308	18	18	24	38	1.93
1449649--1449701	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
1450032--1450206	7	28.0	6	71	17	67	42	5	4	48	1.44
1450046--1450077	15	2.1	15	94	0	55	50	6	0	43	1.27
1450031--1450192	27	6.3	25	75	16	127	42	5	3	48	1.44
1450093--1450192	47	2.1	47	80	10	55	42	5	4	49	1.43
1449917--1450177	81	3.3	78	71	15	212	42	6	4	45	1.50
1450278--1450317	18	2.1	20	86	9	57	40	10	5	45	1.60
1450327--1450355	13	2.2	13	100	0	58	51	6	0	41	1.28
1450327--1450442	33	3.6	33	89	4	166	43	6	4	45	1.50
1450420--1450472	26	2.0	26	89	7	81	47	3	1	47	1.31
1450500--1450635	61	2.2	61	94	0	236	44	8	11	35	1.71
1450862--1451059	109	1.8	109	87	8	296	31	28	5	33	1.80
1451210--1451277	24	2.8	24	86	0	91	50	42	2	4	1.37
1451210--1451277	6	11.3	6	80	0	82	50	42	2	4	1.37
1451222--1451302	12	6.8	12	80	5	74	51	38	1	8	1.41
1451222--1451302	18	4.5	18	81	6	74	51	38	1	8	1.41
1451328--1451453	52	2.4	51	80	2	144	23	34	5	36	1.78
1451682--1451722	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1452193--1452231	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
1452130--1452338	65	3.2	64	80	9	187	30	25	16	27	1.97
1452179--1452341	65	2.5	65	80	5	188	30	25	15	28	1.96
1452179--1452356	64	2.8	65	80	2	198	29	25	16	27	1.97
1458111--1458212	44	2.3	44	80	8	118	29	24	17	28	1.97
1459273--1459352	31	2.6	31	87	0	115	31	2	33	32	1.71
1459744--1459782	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
1459681--1459889	65	3.2	64	82	9	205	29	25	17	27	1.97
1459730--1459890	65	2.5	66	85	5	213	30	26	16	27	1.96
1459730--1459907	64	2.8	65	83	2	216	29	26	17	26	1.97
1466065--1466246	96	1.9	96	87	4	269	29	13	15	41	1.86
1470127--1470178	26	2.0	26	88	0	77	26	13	26	32	1.94
1472049--1472100	20	2.6	21	78	9	63	28	13	28	28	1.94
1472938--1473076	24	5.8	23	83	8	124	21	23	25	29	1.99
1472938--1473076	48	2.9	47	80	10	151	21	23	25	29	1.99
1473733--1473915	38	4.8	37	79	8	174	46	5	3	44	1.42
1473744--1473903	76	2.1	75	85	5	207	48	3	3	45	1.36
1473734--1473915	76	2.4	75	79	11	201	47	5	3	43	1.42
1479862--1479918	12	4.8	12	75	12	55	14	14	17	54	1.71
1479862--1479918	24	2.4	24	85	5	71	14	14	17	54	1.71
1482172--1482201	13	2.3	13	94	0	51	16	43	23	16	1.87
1482149--1482195	18	2.6	18	89	0	67	23	46	19	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1484508--1484544	12	3.2	11	85	14	56	10	10	18	59	1.59
1484488--1484544	24	2.4	24	88	5	80	14	12	17	56	1.68
1487385--1487445	21	2.9	21	80	4	61	37	9	24	27	1.87
1490596--1490669	31	2.4	31	95	0	139	12	21	31	35	1.90
1493496--1493522	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
1494896--1494924	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
1494884--1494924	14	2.9	14	85	7	55	17	2	2	78	0.98
1495928--1495962	17	2.1	17	88	0	52	48	14	0	37	1.44
1496047--1496098	24	2.2	24	85	0	68	9	7	17	65	1.45
1525037--1525069	4	8.2	4	100	0	66	24	0	24	51	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13