genome.fa.s8056.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008056.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110551_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2370532

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
600498--600537	8	5.0	8	100	0	80	37	0	62	0	0.95
600499--600541	4	10.8	4	79	0	50	34	0	65	0	0.93
600499--600543	12	3.8	12	81	0	63	35	0	64	0	0.94
601434--601472	3	13.0	3	94	0	69	64	2	0	33	1.08
601709--601848	40	3.4	40	75	9	147	22	20	31	26	1.98
601668--601848	83	2.2	83	88	4	258	22	18	30	28	1.98
601751--602155	138	2.9	137	85	2	517	27	17	28	27	1.97
602176--602460	36	8.2	36	80	4	246	42	12	18	26	1.87
602265--602342	32	2.5	32	87	2	104	34	10	16	38	1.83
602166--602541	171	2.2	171	90	0	590	40	12	18	28	1.87
602436--602515	32	2.5	33	86	8	112	33	13	16	36	1.88
602681--602793	37	3.1	36	83	7	131	36	13	17	32	1.89
602991--603036	3	16.0	3	84	8	51	34	4	0	60	1.16
605169--605477	131	2.4	131	83	0	402	33	11	13	42	1.80
625881--626157	112	2.5	110	85	2	358	29	26	15	28	1.96
626100--626204	47	2.2	47	93	0	174	31	21	12	34	1.91
626100--626220	47	2.6	47	88	2	145	32	21	15	30	1.95
625989--626315	158	2.1	158	85	1	440	30	24	15	29	1.96
625872--626426	269	2.1	270	88	0	806	30	25	15	28	1.96
626142--626457	111	2.8	111	88	2	474	30	25	16	27	1.97
626624--626670	3	15.7	3	100	0	94	34	31	0	34	1.58
628745--628769	11	2.3	11	100	0	50	8	8	28	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634392--634452	28	2.2	28	96	0	113	45	13	11	29	1.78
634754--634781	9	3.1	9	100	0	56	25	42	0	32	1.55
643589--643655	13	5.0	13	76	7	71	37	20	20	20	1.95
643588--643638	26	1.9	27	92	4	86	41	21	17	19	1.91
643589--643654	14	4.9	14	79	5	73	37	21	19	21	1.94
646951--646995	10	4.7	9	84	13	54	62	0	0	37	0.96
646945--647014	19	3.5	19	79	16	63	60	1	0	38	1.06
646945--647013	10	7.1	10	77	19	51	59	1	0	39	1.06
650678--650713	17	2.1	17	89	0	54	63	0	8	27	1.23
650680--650766	37	2.3	40	75	13	94	55	0	8	36	1.30
651794--651855	21	2.9	21	80	4	70	67	4	0	27	1.10
652321--652348	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
652344--652441	48	2.0	47	80	7	108	29	0	4	66	1.10
652389--652437	16	3.2	16	76	18	52	28	0	2	69	1.00
652546--652585	21	1.9	21	84	0	53	35	35	15	15	1.88
657224--657266	18	2.4	18	80	7	52	37	0	4	58	1.19
658023--658182	59	2.7	58	82	8	153	36	8	6	48	1.61
659459--659530	33	2.2	33	87	7	110	47	15	13	23	1.81
659483--659533	23	2.2	23	82	0	57	45	13	13	27	1.82
659497--659551	23	2.4	23	84	0	74	43	16	14	25	1.86
663144--663192	15	3.2	15	88	2	62	46	18	4	30	1.67
663647--663698	20	2.6	20	96	0	95	25	28	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672825--672894	34	2.1	34	91	0	113	40	15	17	27	1.90
675954--675995	21	2.0	21	95	0	75	30	28	16	23	1.96
676124--676203	20	4.0	20	93	3	119	16	30	35	18	1.93
678139--678176	3	13.0	3	86	5	51	0	28	2	68	1.03
679516--679557	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
679671--679727	15	3.5	15	72	25	53	19	24	36	19	1.94
679670--679743	34	2.1	35	95	2	132	17	24	39	18	1.92
681638--681677	17	2.4	17	91	4	64	42	2	17	37	1.63
682254--682390	68	2.0	68	95	0	247	37	21	17	23	1.94
687983--688013	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
699431--699459	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
703189--704218	106	9.7	106	93	0	1661	33	24	18	23	1.97
706368--706396	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
725601--725626	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
726187--726238	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
726227--726320	20	4.7	20	77	7	82	31	24	18	25	1.97
726862--726903	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
726899--727097	19	11.1	19	76	15	158	12	22	22	43	1.85
726899--727097	33	5.6	38	73	16	158	12	22	22	43	1.85
727012--727048	14	2.6	14	95	0	65	10	24	24	40	1.87
726979--727072	47	2.0	48	89	2	145	11	24	25	38	1.89
727040--727097	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729154--729223	21	3.3	20	70	5	59	24	34	20	21	1.97
729105--729223	42	2.8	41	81	5	105	22	35	17	24	1.95
730577--730612	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
730757--730907	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
730761--730887	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
730754--730886	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
733178--733202	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
733377--733430	24	2.2	24	86	0	72	40	20	14	24	1.90
734466--734523	20	2.9	20	92	0	98	37	22	22	17	1.93
734546--734619	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
734542--734609	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
734523--734637	52	2.2	52	82	0	131	19	21	20	38	1.94
734726--734762	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
736626--736679	20	2.8	19	88	5	81	35	24	24	16	1.95
736606--736724	20	6.5	19	70	16	56	41	24	19	15	1.89
736665--736754	32	2.8	33	86	3	128	46	25	16	11	1.80
736693--736754	19	3.5	19	69	24	55	46	27	16	9	1.78
736755--736843	32	2.8	32	89	5	144	12	17	22	47	1.81
736828--736882	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
737363--737408	18	2.6	18	89	0	74	13	15	43	28	1.83
738713--738771	20	3.0	20	82	0	64	44	22	16	16	1.87
739033--739076	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739263--739340	41	1.9	41	83	0	102	23	16	21	38	1.93
739244--739337	20	4.7	20	77	7	82	24	18	24	32	1.97
739306--739418	41	2.8	41	89	5	140	20	23	17	38	1.93
739326--739401	21	3.7	21	83	3	109	17	25	17	40	1.90
739326--739418	20	4.5	21	79	4	100	19	24	16	39	1.91
744109--744157	24	2.0	24	84	0	62	22	12	18	46	1.82
744402--744479	39	2.0	39	89	0	120	24	39	17	17	1.91
748527--748564	20	1.9	20	88	0	58	13	26	34	26	1.93
754598--754662	22	2.9	23	93	4	114	29	27	27	15	1.96
755308--755347	19	2.1	19	85	0	53	47	5	12	35	1.63
757084--757149	23	2.9	23	79	4	62	56	3	4	36	1.35
757403--757517	39	2.9	39	98	0	221	42	17	8	31	1.79
757483--758266	391	2.0	390	96	0	1433	41	13	13	30	1.84
759344--759373	15	1.9	16	93	6	53	33	0	3	63	1.11
761069--761141	3	24.0	3	91	2	119	35	1	0	63	1.04
765189--765225	15	2.5	15	86	0	56	8	67	16	8	1.40
766929--766993	21	3.1	21	84	0	85	27	24	18	29	1.98
767552--767586	18	1.9	18	94	0	61	25	34	20	20	1.96
770870--771982	552	2.0	552	92	0	1868	25	26	17	30	1.97
773076--773133	20	2.9	20	84	0	71	39	15	15	29	1.88
773185--773225	21	2.0	21	90	9	66	34	31	9	24	1.88
773786--773838	18	2.9	18	85	0	61	28	30	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776328--776509	90	2.0	91	94	3	323	41	2	17	37	1.64
783165--783211	21	2.2	21	80	0	58	21	27	14	36	1.93
783165--783393	20	11.3	21	83	4	105	33	20	20	26	1.97
783207--783393	20	9.3	20	86	3	252	35	18	21	24	1.95
783207--783393	41	4.6	41	93	3	292	35	18	21	24	1.95
783207--783393	61	3.1	60	84	5	245	35	18	21	24	1.95
786743--786797	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
786750--786853	19	6.1	17	71	23	76	43	19	24	13	1.86
786788--786842	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
786770--786896	33	3.8	33	93	0	209	45	17	23	13	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13