genome.fa.s8061.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008061.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110556_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5800122

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

This is table  11  of  26  ( 3118 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1942283--1942340	20	2.6	22	84	10	75	27	22	18	31	1.97
1946148--1946178	14	2.3	14	94	5	55	35	25	3	35	1.72
1946662--1946719	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
1949139--1949205	22	3.2	21	81	10	75	32	25	17	23	1.97
1956319--1956353	18	2.0	17	88	5	52	11	5	0	82	0.82
1957172--1957237	18	3.5	18	77	16	62	66	4	16	12	1.39
1960961--1960996	18	2.0	18	88	0	54	16	16	33	33	1.92
1960976--1961051	23	3.2	23	83	10	91	22	17	23	36	1.94
1969829--1969887	24	2.5	24	100	0	118	37	16	16	28	1.92
1971357--1971431	22	3.4	22	87	3	89	22	17	24	36	1.95
1971613--1971766	42	3.7	40	89	6	173	40	23	18	17	1.91
1971625--1971746	22	5.8	22	71	13	103	40	23	18	18	1.91
1971696--1971769	20	3.6	20	71	7	76	40	24	22	12	1.88
1971633--1971766	42	3.2	42	91	3	200	41	23	19	15	1.90
1971633--1971794	83	2.0	83	81	7	195	40	24	18	17	1.91
1971956--1971986	13	2.4	13	100	0	62	51	6	16	25	1.68
1976063--1976148	29	3.0	29	87	3	111	16	33	27	22	1.95
1976280--1976339	23	2.6	23	86	0	75	11	35	25	28	1.91
1976329--1976380	20	2.6	20	90	0	86	11	28	34	25	1.91
1976329--1976380	10	5.2	9	78	17	50	11	28	34	25	1.91
1979475--1979529	3	19.0	3	85	7	78	65	1	1	30	1.13
1979687--1979796	43	2.7	41	78	8	125	24	21	34	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979700--1980083	135	2.9	133	83	5	461	25	18	30	25	1.98
1980089--1980160	28	2.5	30	80	17	89	44	12	13	29	1.81
1980466--1980686	66	3.3	66	77	14	211	41	10	17	30	1.83
1980567--1980686	36	3.5	36	72	19	112	42	10	18	29	1.82
1980844--1980913	36	1.9	37	85	2	97	42	11	15	30	1.82
1981084--1981212	36	3.6	35	78	12	129	35	14	15	34	1.88
1981078--1981217	71	2.0	71	83	7	176	36	13	15	34	1.87
1981084--1981227	35	4.0	36	76	6	123	35	14	16	33	1.89
1982748--1982786	15	2.5	15	87	4	51	2	17	7	71	1.21
1982755--1982789	15	2.4	14	86	9	52	2	14	5	77	1.07
1985083--1985139	24	2.4	24	100	0	114	28	17	28	26	1.98
1986661--1986712	25	2.1	25	89	3	79	36	0	1	61	1.07
1986661--1986712	3	18.0	3	80	7	63	36	0	1	61	1.07
1988191--1988216	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1989612--1989702	46	1.9	49	82	10	118	38	14	18	28	1.90
2008304--2008333	15	1.9	16	93	6	53	23	0	50	26	1.50
2008704--2008746	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
2010574--2011048	73	6.5	73	88	3	729	26	19	20	32	1.97
2010574--2011048	222	2.2	219	89	3	729	26	19	20	32	1.97
2011171--2011231	3	21.0	3	86	6	90	34	0	1	63	1.04
2012719--2012744	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2012793--2012842	16	3.2	16	77	11	50	26	4	0	70	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2013557--2013616	21	3.0	21	78	11	72	21	18	28	31	1.97
2017061--2017113	23	2.2	23	83	12	63	54	5	1	37	1.35
2019569--2019616	3	16.7	3	80	8	55	64	4	2	29	1.23
2020074--2020113	19	2.1	19	100	0	80	20	30	30	20	1.97
2021526--2021558	3	11.7	3	87	12	52	33	0	0	66	0.92
2021525--2021558	11	3.1	11	91	0	59	35	0	0	64	0.94
2042639--2042678	20	2.0	20	85	5	53	2	37	0	60	1.11
2042525--2042805	143	2.0	143	90	2	440	34	16	14	33	1.90
2051353--2051378	6	4.3	6	100	0	52	0	19	19	61	1.35
2069590--2069659	36	1.9	36	94	0	122	18	10	27	44	1.81
2070430--2070462	14	2.2	16	89	10	52	45	3	6	45	1.43
2072711--2072753	23	1.9	22	90	4	68	23	0	4	72	1.04
2083327--2083378	15	3.2	16	73	26	56	36	17	0	46	1.48
2083320--2083366	15	3.1	15	78	21	53	34	14	0	51	1.43
2086758--2086812	10	5.6	10	75	12	51	27	3	0	69	1.05
2089427--2089465	10	3.8	10	82	3	51	41	0	0	58	0.98
2090149--2090230	31	2.6	32	79	9	96	57	2	2	37	1.25
2092017--2092132	34	3.1	40	58	25	90	11	33	11	43	1.76
2092013--2092154	71	2.0	71	100	0	284	12	33	11	42	1.79
2094107--2094229	42	2.9	42	90	0	183	26	15	20	38	1.92
2098096--2098146	23	2.2	24	82	10	61	27	0	5	66	1.14
2099941--2100000	23	2.6	23	97	0	111	18	25	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106451--2106495	23	1.9	24	86	4	65	57	0	2	40	1.11
2106467--2106503	14	2.6	15	83	8	51	56	0	2	40	1.13
2107609--2107759	40	3.8	40	85	1	196	41	24	15	19	1.90
2107621--2107755	60	2.2	60	90	0	207	41	24	14	19	1.89
2107621--2107759	20	6.9	20	86	3	172	41	24	15	18	1.90
2107871--2107918	22	2.2	22	96	0	87	18	43	16	20	1.88
2108338--2108369	14	2.3	14	94	0	55	6	21	21	50	1.71
2110547--2110663	42	2.8	42	78	10	114	23	35	19	21	1.96
2110547--2110645	21	4.7	21	70	9	76	25	32	20	22	1.98
2111995--2112167	66	2.6	67	82	9	194	30	1	15	52	1.52
2112068--2112109	14	3.2	13	77	9	50	26	0	16	57	1.40
2112027--2112170	66	2.2	65	88	2	209	32	0	15	50	1.50
2112217--2112259	20	2.2	19	87	4	59	48	18	18	13	1.80
2113323--2113359	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2113745--2113793	25	2.0	25	95	0	89	44	22	8	24	1.79
2113863--2113978	34	3.4	34	93	0	196	37	20	20	21	1.95
2116583--2116636	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2116583--2116650	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2117376--2117413	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2117550--2117615	19	3.5	19	81	6	64	31	13	22	31	1.93
2117569--2117699	20	6.6	20	76	10	117	23	12	22	41	1.88
2130134--2130190	30	1.9	29	82	10	71	54	1	3	40	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130453--2130522	29	2.4	29	97	0	131	14	32	30	22	1.94
2130500--2130543	21	2.1	21	100	0	88	13	27	34	25	1.93
2130597--2130632	14	2.6	14	95	0	63	5	38	33	22	1.77
2130606--2130636	14	2.2	14	94	0	53	12	32	32	22	1.92
2131003--2131108	29	3.7	29	98	0	203	14	34	27	23	1.93
2131155--2131194	14	2.9	14	96	0	71	7	35	35	22	1.82
2130303--2131410	558	2.0	550	98	1	2135	21	27	25	26	1.99
2140152--2140207	29	1.9	29	100	0	112	41	3	33	21	1.70
2140337--2140372	14	2.6	14	95	0	63	11	13	19	55	1.68
2140636--2140668	13	2.4	14	85	10	50	18	6	12	63	1.48
2140641--2140725	23	3.7	23	75	9	91	12	9	16	61	1.56
2140636--2140675	14	2.9	13	85	7	53	17	5	12	65	1.44
2140678--2140725	10	4.4	10	76	19	51	8	12	20	58	1.60
2142237--2142293	27	2.1	27	96	0	105	15	7	33	43	1.74
2141981--2142485	281	1.8	274	86	6	730	30	11	16	41	1.84
2163947--2163984	20	1.9	20	88	0	58	26	34	26	13	1.93
2166273--2166400	25	5.6	25	73	20	145	37	0	32	29	1.58
2166302--2166410	19	5.1	19	70	23	83	37	0	34	27	1.57
2166272--2166410	44	3.1	44	96	1	260	36	0	35	28	1.58
2166816--2166869	20	2.6	21	94	5	101	14	42	24	18	1.88
2169349--2169464	59	2.0	58	91	1	187	15	23	24	37	1.93
2169765--2169801	18	2.1	18	94	0	65	37	5	10	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172134--2172162	12	2.5	12	94	5	51	27	0	10	62	1.28
2172082--2172295	75	2.9	73	76	11	197	28	4	12	53	1.58
2181107--2181221	58	2.0	58	100	0	230	27	26	13	33	1.93
2182719--2182767	19	2.7	19	84	6	66	48	0	0	51	1.00
2186896--2186939	17	2.8	15	81	18	54	27	22	11	38	1.88
2190612--2190675	32	2.0	32	100	0	128	37	9	15	37	1.80
2190696--2190725	12	2.4	13	94	5	53	43	0	0	56	0.99
2190832--2190877	23	2.0	24	83	12	60	47	0	2	50	1.13
2191337--2191374	2	19.0	2	88	0	58	47	2	0	50	1.15
2216135--2216170	18	2.0	18	94	0	63	47	5	36	11	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26