genome.fa.s8061.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008061.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110556_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5800122

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
652118--652199	36	2.2	36	82	8	103	25	21	18	34	1.96
652105--652220	60	1.9	60	84	10	155	27	20	20	31	1.98
652452--652554	35	3.0	34	74	14	104	70	0	4	24	1.06
653169--653196	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
655096--655307	37	5.9	37	77	12	192	41	13	19	25	1.88
655163--655306	37	3.9	37	88	1	200	43	15	18	22	1.87
655163--655307	73	2.0	73	87	0	209	43	15	17	23	1.87
655934--656179	95	2.6	94	83	3	303	30	17	19	32	1.95
659004--659054	22	2.4	22	83	12	70	78	0	5	15	0.93
659004--659060	25	2.5	22	78	18	62	77	0	5	17	0.95
662764--662926	80	2.0	80	98	0	317	57	3	10	29	1.48
664391--664449	31	1.9	31	96	0	109	37	13	11	37	1.82
664395--664464	31	2.3	31	87	0	95	37	10	11	41	1.75
674694--674741	23	2.0	24	88	4	71	39	0	0	60	0.97
679914--680104	9	20.4	9	69	21	83	15	7	2	73	1.17
679914--679958	24	1.9	23	90	4	72	20	2	2	75	1.01
679904--680104	5	40.4	5	69	21	81	15	7	2	74	1.16
679913--680098	27	6.4	29	72	15	116	15	7	2	74	1.16
679919--680098	67	2.8	65	79	11	197	15	7	2	73	1.17
685449--685524	23	3.3	23	90	0	125	21	25	26	27	1.99
686251--686404	31	5.0	31	96	1	274	38	22	19	19	1.94
687075--687119	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690767--690889	31	4.0	31	93	2	203	39	22	19	18	1.93
691563--691607	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
692303--692328	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
692463--692497	18	1.9	18	94	0	61	57	0	8	34	1.29
692466--692503	15	2.8	13	88	11	51	57	0	7	34	1.28
695170--695265	48	2.0	48	97	0	183	27	15	20	36	1.93
703135--703197	21	2.9	21	80	4	72	20	34	25	19	1.96
703179--703218	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
705459--705516	22	2.4	24	80	19	75	39	0	43	17	1.49
705473--705519	22	2.1	22	100	0	94	38	0	38	23	1.55
706741--706776	14	2.6	14	100	0	72	41	0	25	33	1.55
706982--707065	23	3.7	23	91	0	132	21	26	26	26	1.99
707324--707358	18	1.9	18	94	0	61	57	0	8	34	1.29
707327--707364	15	2.8	13	88	11	51	57	0	7	34	1.28
708829--709007	95	1.9	95	92	2	306	31	18	18	31	1.95
710323--710560	36	6.9	36	73	18	211	27	18	11	41	1.86
710349--710982	102	6.3	95	77	11	453	28	19	11	40	1.86
710323--710613	136	2.2	134	91	5	471	27	18	12	42	1.86
710382--710692	66	4.7	66	77	11	330	30	18	11	39	1.86
710478--710782	168	1.8	167	97	0	574	28	19	12	40	1.87
710574--710991	102	4.1	99	86	5	529	27	20	11	40	1.86
710640--710729	36	2.4	37	85	5	119	31	21	10	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710741--710830	36	2.5	37	83	1	128	24	21	13	41	1.89
711772--712729	482	2.0	482	96	0	1781	35	22	20	21	1.96
718970--719033	23	3.0	20	84	6	65	20	37	25	17	1.93
718974--719050	23	3.8	19	74	14	55	22	36	25	15	1.93
722797--723013	4	52.0	4	70	21	53	17	6	1	74	1.11
722853--723102	9	27.4	9	72	19	105	14	6	2	76	1.07
722851--723099	24	10.7	23	72	16	147	14	6	2	76	1.07
722843--723099	5	51.4	5	71	18	103	14	6	1	76	1.07
722851--723058	44	4.7	44	75	14	144	14	5	1	77	1.04
723003--723062	23	2.7	23	80	14	72	13	5	5	76	1.11
722898--723130	98	2.4	94	79	11	233	12	8	2	76	1.10
731381--731439	22	2.8	22	80	10	70	22	38	22	16	1.93
731546--731592	19	2.5	19	100	0	94	23	34	4	38	1.74
734893--734940	17	2.7	18	80	6	62	41	14	8	35	1.76
746919--746960	21	2.0	20	82	13	50	69	9	2	19	1.28
753655--753714	28	2.1	28	96	0	111	10	23	8	58	1.57
759422--759475	17	2.9	18	70	24	58	38	3	9	48	1.53
761069--761101	17	1.9	17	100	0	66	36	0	18	45	1.49
761079--761773	73	9.5	73	85	4	879	33	12	13	40	1.82
771211--771253	22	2.0	22	90	4	70	48	0	0	51	1.00
777626--777686	27	2.3	27	100	0	122	32	47	9	9	1.70
782403--782449	22	2.1	22	100	0	94	27	17	4	51	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789717--789758	14	2.9	15	82	6	52	78	0	19	2	0.86
789717--789765	25	2.0	25	83	0	62	77	0	18	4	0.92
790111--790147	18	2.1	18	89	0	56	27	16	5	51	1.66
790666--790762	39	2.5	39	88	5	144	49	8	22	19	1.75
790709--790986	122	2.3	123	91	0	450	39	13	19	26	1.89
790954--791050	50	1.9	50	82	0	122	42	8	21	27	1.81
791275--791315	16	2.6	16	92	0	73	46	14	19	19	1.84
792929--793085	64	2.5	64	78	10	169	35	19	19	26	1.95
793462--793534	29	2.5	29	97	2	137	45	16	21	16	1.85
793480--793554	20	3.3	20	71	28	69	48	16	20	16	1.82
795450--795490	18	2.3	18	91	0	64	43	2	46	7	1.44
795446--795492	24	2.0	24	91	0	76	44	2	46	6	1.40
795446--795490	12	3.8	12	78	0	54	44	2	46	6	1.42
799757--799912	64	2.4	64	80	8	183	35	19	19	26	1.95
800426--800459	15	2.3	15	89	0	50	14	17	32	35	1.91
803821--803874	25	2.3	24	79	17	60	35	5	3	55	1.41
812092--812125	15	2.2	16	89	5	52	50	0	0	50	1.00
812195--812242	22	2.4	19	78	18	53	62	2	4	31	1.26
812201--812242	22	2.0	20	86	9	57	64	2	4	28	1.26
813871--814149	83	3.4	83	76	6	273	31	16	23	29	1.96
813852--814298	41	10.8	42	68	13	178	30	16	22	29	1.96
813952--814345	207	1.9	208	89	1	612	31	15	22	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814141--814344	82	2.5	83	77	1	194	29	16	23	30	1.96
816069--816180	24	4.7	24	87	4	145	41	20	14	24	1.89
816045--816207	48	3.4	48	77	5	125	45	19	11	24	1.82
816049--816202	72	2.1	71	78	5	166	44	19	11	24	1.84
817762--817808	17	2.6	18	83	10	60	34	17	6	42	1.74
818649--818679	13	2.4	13	94	0	53	16	19	45	19	1.86
822861--823321	230	2.0	230	97	0	868	33	13	16	37	1.87
826235--826265	15	2.1	15	100	0	62	38	0	25	35	1.56
830203--830390	44	4.3	45	76	9	108	31	24	14	29	1.94
830190--830466	87	3.2	87	81	3	218	29	24	16	29	1.96
830245--830466	44	5.1	44	77	4	180	28	24	16	30	1.96
830429--830533	44	2.4	43	84	4	131	40	22	15	21	1.91
830310--830480	88	2.0	87	85	3	236	30	23	16	29	1.96
830451--830599	43	3.4	42	80	8	129	30	21	18	29	1.97
834678--834718	21	2.0	20	90	4	64	12	26	34	26	1.92
834757--834846	3	30.0	3	79	0	90	57	2	2	37	1.23
835097--835367	48	5.7	48	89	4	390	32	18	21	27	1.97
835097--835367	93	2.9	93	90	3	400	32	18	21	27	1.97
835097--835367	141	1.9	140	89	2	418	32	18	21	27	1.97
836039--836115	22	3.5	22	90	0	127	38	12	16	31	1.87
836480--836595	54	2.1	54	87	3	171	25	20	16	37	1.93
837556--837753	75	2.6	76	84	6	226	28	22	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840063--840129	32	2.1	32	88	0	98	19	14	17	47	1.82
840584--840634	20	2.6	19	78	9	57	0	21	1	76	0.88
840576--840632	27	2.1	27	83	9	71	0	19	1	78	0.83
843614--843698	43	2.0	43	90	0	134	36	21	10	31	1.87
845056--845103	22	2.2	22	81	7	53	68	4	0	27	1.07
845083--845140	28	2.2	26	81	6	62	58	3	5	32	1.37
846110--846978	441	2.0	439	96	0	1621	46	11	12	29	1.77
847054--847103	22	2.3	22	89	0	73	24	44	12	20	1.85
847521--847565	23	2.0	23	95	0	81	24	15	48	11	1.77
847608--847665	21	2.8	21	89	0	89	10	27	31	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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