genome.fa.s8061.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008061.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110556_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5800122

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216138--2216179	18	2.3	18	87	0	57	50	7	35	7	1.57
2222164--2222198	18	1.9	18	94	0	61	60	8	0	31	1.27
2222800--2222863	29	2.2	27	76	15	65	37	12	20	29	1.89
2223154--2223187	18	1.9	18	88	5	52	67	2	2	26	1.19
2232959--2233021	21	3.0	21	95	0	108	26	23	25	23	2.00
2234024--2234053	14	2.1	14	93	0	51	23	16	20	40	1.91
2248665--2248708	18	2.6	18	86	13	58	27	9	0	63	1.24
2251109--2251147	15	2.6	15	91	0	60	10	12	64	12	1.51
2252458--2252496	15	2.6	15	88	8	53	17	5	0	76	0.96
2252863--2252897	17	2.1	17	88	0	52	48	25	0	25	1.51
2255851--2255886	18	2.1	18	89	5	56	22	11	5	61	1.50
2273590--2273824	99	2.4	98	87	4	328	40	22	8	27	1.83
2275549--2275587	17	2.3	17	86	0	60	35	0	0	64	0.94
2276098--2276149	27	2.0	27	92	7	90	44	3	7	44	1.51
2276106--2276163	27	2.1	27	83	0	71	44	5	8	41	1.57
2276123--2276257	34	3.8	34	77	14	146	44	5	8	42	1.56
2276053--2276254	72	2.8	70	82	13	232	45	4	7	42	1.53
2276223--2276280	23	2.5	23	86	5	73	43	5	8	43	1.57
2276168--2276345	57	3.0	57	78	14	200	44	3	8	42	1.54
2276290--2276397	35	3.0	36	82	13	134	43	0	9	46	1.42
2276290--2276397	37	3.0	35	84	10	130	43	0	9	46	1.42
2276096--2276397	154	1.9	158	80	10	354	44	3	8	43	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277436--2277464	14	2.1	14	100	0	58	13	6	0	79	0.93
2277441--2277479	20	1.9	21	85	15	55	17	5	0	76	0.96
2285104--2285242	30	4.7	30	92	6	212	38	23	17	20	1.93
2286447--2286478	3	10.7	3	93	0	55	65	0	31	3	1.08
2292650--2292683	13	2.4	15	90	9	54	50	0	0	50	1.00
2296211--2296259	25	1.9	26	87	4	73	51	0	12	36	1.40
2296210--2296266	26	2.2	24	82	11	69	49	0	14	36	1.43
2303214--2303661	228	2.0	226	94	3	783	45	8	7	39	1.61
2303727--2303771	20	2.3	19	88	11	72	55	11	15	17	1.68
2303893--2303938	19	2.4	19	88	3	74	54	10	17	17	1.70
2306159--2306222	21	3.1	21	77	8	60	39	15	29	15	1.89
2306256--2306321	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
2306507--2306554	15	3.3	14	78	18	53	52	0	43	4	1.20
2308108--2308156	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
2308328--2309956	199	8.2	199	98	0	3160	37	15	15	32	1.88
2308328--2309956	397	4.1	397	98	0	3165	37	15	15	32	1.88
2308328--2309956	596	2.7	595	98	0	3165	37	15	15	32	1.88
2311411--2311495	21	4.6	18	68	22	59	36	8	35	20	1.82
2311411--2311499	6	14.3	6	74	6	61	37	7	34	20	1.82
2311426--2311503	3	26.0	3	74	0	66	35	6	34	23	1.80
2311414--2311502	42	2.1	42	89	0	133	35	7	34	21	1.82
2311411--2311503	18	5.0	18	75	7	69	36	7	34	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312970--2313313	184	1.9	184	92	0	580	35	14	16	33	1.90
2315780--2315844	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
2316132--2316195	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
2316132--2316204	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
2316563--2316626	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
2316563--2316635	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
2315844--2316903	431	2.5	430	98	0	2032	39	8	12	39	1.72
2317519--2317566	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2317639--2317738	50	2.0	50	100	0	200	20	20	10	50	1.76
2319270--2319311	20	2.1	20	95	0	75	30	26	38	4	1.77
2331656--2331716	2	33.0	2	78	15	51	54	1	0	44	1.10
2331661--2331741	39	2.1	39	82	8	96	54	1	4	39	1.30
2332926--2333116	81	2.3	81	86	0	247	28	19	18	32	1.96
2332908--2333264	82	4.3	82	80	6	321	29	19	19	31	1.96
2333119--2333240	41	3.0	41	67	13	115	29	19	21	29	1.98
2338254--2338303	26	1.9	26	84	8	66	62	0	0	38	0.96
2338893--2338919	14	1.9	14	100	0	54	66	18	7	7	1.40
2339012--2339055	23	1.9	23	86	9	63	40	2	13	43	1.57
2339099--2339159	10	5.7	10	72	14	50	57	18	9	14	1.64
2339116--2339149	14	2.4	14	85	0	50	61	17	8	11	1.54
2339112--2339165	24	2.2	24	83	6	65	57	18	11	12	1.64
2354616--2354661	23	2.0	23	100	0	92	34	21	4	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2355090--2355152	28	2.2	28	83	5	74	61	12	6	19	1.51
2356249--2356284	17	2.1	17	94	0	63	61	0	0	38	0.96
2357913--2357980	2	36.0	2	77	11	72	47	4	0	48	1.22
2357913--2357980	15	4.7	15	81	7	77	47	4	0	48	1.22
2357913--2357970	17	3.6	17	84	6	68	46	3	0	50	1.18
2358015--2358085	27	2.7	27	84	6	76	39	1	28	30	1.65
2358239--2358582	152	2.2	155	81	8	387	50	6	15	27	1.68
2360192--2360259	30	2.2	31	87	7	95	26	17	16	39	1.90
2360455--2360504	22	2.3	22	100	0	100	20	38	10	32	1.85
2361198--2361294	28	3.5	28	81	0	104	31	20	28	18	1.96
2363667--2363710	22	2.0	22	81	0	52	43	0	2	54	1.12
2363676--2363706	16	1.9	16	93	0	53	41	0	0	58	0.98
2364092--2364199	30	3.6	30	83	6	130	38	12	6	41	1.69
2383453--2383913	223	2.1	224	91	1	755	45	13	14	26	1.82
2383453--2383913	112	4.1	112	92	0	735	45	13	14	26	1.82
2383786--2384235	182	2.5	182	90	1	688	44	12	15	28	1.83
2384859--2384906	23	2.1	23	88	0	69	37	16	8	37	1.79
2386962--2387054	36	2.8	32	79	10	107	17	26	20	35	1.94
2386990--2387091	36	2.8	36	90	0	168	16	22	19	41	1.90
2389512--2389538	13	2.1	13	100	0	54	55	22	0	22	1.44
2392653--2392708	3	19.3	3	77	14	55	66	1	3	28	1.19
2393160--2393191	9	3.8	9	92	8	50	9	21	0	68	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393991--2394042	3	17.7	3	80	4	52	61	0	0	38	0.96
2394347--2395016	112	5.9	111	87	5	817	28	18	14	38	1.90
2394347--2395016	336	2.0	340	85	5	917	28	18	14	38	1.90
2395423--2395480	22	2.6	22	91	0	89	34	12	18	34	1.88
2395844--2396049	54	3.9	53	83	6	242	22	21	16	39	1.91
2397962--2398185	114	2.0	114	86	1	315	30	19	15	33	1.93
2400348--2400398	26	2.0	25	88	3	75	7	7	9	74	1.22
2403970--2404023	14	3.8	14	80	2	54	50	9	14	25	1.73
2405622--2405659	14	2.5	16	83	12	53	71	0	2	26	1.00
2405598--2405661	17	3.6	17	78	16	51	68	1	1	28	1.07
2406475--2406525	3	17.3	3	78	11	52	68	1	1	27	1.11
2406474--2406525	15	3.6	14	77	10	59	69	1	1	26	1.10
2407798--2407849	3	17.7	3	80	4	52	61	0	0	38	0.96
2412889--2412949	30	2.0	30	93	0	104	29	18	16	36	1.92
2414241--2414298	30	1.9	30	92	0	98	32	13	27	25	1.94
2414380--2414438	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
2416443--2416520	22	3.5	22	85	0	111	28	28	26	16	1.97
2417051--2417153	24	4.3	24	92	0	170	17	31	29	22	1.97
2417140--2417299	64	2.5	63	81	8	162	26	20	18	34	1.96
2421801--2421942	33	4.5	31	83	5	151	29	15	16	38	1.90
2421801--2421961	31	5.1	31	81	5	137	29	14	18	37	1.90
2421824--2421961	63	2.2	65	81	7	167	30	13	18	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2424298--2424352	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2426168--2426308	33	4.4	32	82	4	153	29	15	17	37	1.90
2426187--2426327	63	2.2	65	80	7	164	29	15	19	35	1.93
2426286--2426381	30	3.2	30	83	2	104	17	19	28	34	1.95
2430338--2430413	22	3.5	22	88	0	107	31	28	23	15	1.96
2433858--2433897	20	2.1	19	90	4	62	25	22	10	42	1.84
2434403--2434489	7	11.6	7	74	13	57	25	3	2	68	1.16
2434405--2434458	15	3.4	16	80	12	67	22	0	3	74	0.98
2435720--2435759	20	2.0	20	85	5	53	72	7	12	7	1.27
2440453--2440495	18	2.4	18	96	0	77	13	51	2	32	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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