genome.fa.s8061.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008061.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110556_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5800122

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2702531--2702603	30	2.5	30	78	13	80	54	10	13	20	1.69
2702758--2702921	76	2.2	75	85	3	213	50	9	12	27	1.71
2704192--2704279	3	29.3	3	88	4	133	63	2	1	32	1.14
2704479--2704838	134	2.7	133	87	1	486	22	18	32	25	1.97
2704718--2704827	40	2.7	40	84	7	132	21	19	36	22	1.95
2704864--2704942	28	2.7	28	84	13	106	46	12	13	26	1.79
2704947--2705124	66	2.7	63	77	9	169	38	14	19	26	1.91
2705479--2705539	31	1.9	31	84	15	81	40	11	14	32	1.82
2705404--2705596	97	2.0	95	79	9	203	39	11	19	29	1.87
2705742--2706062	121	2.6	122	83	5	364	43	12	13	30	1.81
2705859--2706032	28	5.9	27	69	23	77	45	12	12	29	1.78
2705950--2706032	29	3.0	27	83	11	105	46	13	8	31	1.72
2705942--2706034	29	3.2	28	78	17	102	47	13	8	30	1.73
2706260--2706340	36	2.2	36	82	4	101	32	11	20	35	1.88
2706405--2706561	36	4.3	36	79	7	129	37	12	17	31	1.88
2706427--2706561	36	3.8	35	80	7	155	35	13	18	32	1.90
2706913--2708535	4	408.0	4	98	1	3183	25	0	25	49	1.50
2709691--2709731	11	3.6	11	87	6	55	4	14	9	70	1.30
2709702--2709736	12	2.8	12	86	4	52	5	11	11	71	1.30
2710344--2710384	20	2.0	20	95	0	73	36	12	21	29	1.90
2713826--2713898	30	2.5	30	78	13	80	54	10	13	20	1.69
2714053--2714216	76	2.2	75	84	5	206	51	9	12	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2715488--2715542	3	18.3	3	81	7	67	61	3	1	32	1.24
2727825--2727884	26	2.3	26	97	0	111	45	8	26	20	1.79
2728943--2728969	13	2.1	13	100	0	54	22	29	22	25	1.99
2728964--2729019	25	2.5	22	85	11	69	21	19	32	26	1.97
2728964--2729013	25	2.0	25	96	0	91	24	20	30	26	1.98
2729160--2729242	6	15.0	6	96	3	117	33	48	18	0	1.48
2734105--2734151	3	15.7	3	82	8	60	61	0	0	38	0.96
2734307--2736612	76	30.4	76	96	2	4224	35	22	19	22	1.96
2734307--2736612	151	15.2	152	97	1	4224	35	22	19	22	1.96
2737067--2737109	22	2.0	22	95	0	77	46	11	9	32	1.72
2739458--2739776	114	2.8	114	87	4	446	32	20	14	32	1.93
2739679--2739958	93	3.0	93	92	1	438	37	21	12	28	1.90
2743982--2744020	14	2.8	14	85	11	53	58	7	17	15	1.59
2746939--2746985	23	2.0	24	87	4	69	65	2	0	31	1.04
2766902--2766994	28	3.3	28	95	0	159	20	21	24	33	1.97
2766902--2767007	56	1.9	56	86	3	151	18	24	24	32	1.97
2774308--2774382	38	2.0	38	100	0	150	34	9	26	29	1.88
2777361--2777488	55	2.3	56	91	4	204	51	5	4	38	1.46
2778703--2778741	12	3.2	12	85	3	51	41	2	0	56	1.13
2778703--2778736	12	2.7	13	90	4	52	44	0	0	55	0.99
2780317--2780400	42	2.0	42	97	0	159	32	7	9	51	1.62
2786806--2786848	17	2.5	17	96	0	77	16	13	18	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786907--2786962	22	2.5	24	80	11	73	35	0	3	60	1.14
2787831--2787880	20	2.5	20	83	0	64	28	10	10	52	1.67
2789866--2789905	22	1.9	22	85	10	57	40	2	2	55	1.27
2795875--2795939	13	5.2	13	82	15	59	27	0	0	72	0.85
2795873--2795928	17	3.7	15	77	20	55	30	0	0	69	0.89
2795873--2795934	3	19.3	3	84	15	56	30	0	0	69	0.89
2795873--2795931	16	3.9	15	80	19	70	30	0	0	69	0.89
2796980--2797017	3	13.0	3	94	5	69	31	0	0	68	0.90
2809090--2809761	84	8.1	83	77	5	626	30	24	19	25	1.98
2809143--2809759	249	2.5	247	86	1	894	30	25	19	24	1.98
2809090--2809743	333	2.0	332	82	4	807	30	24	19	25	1.98
2809090--2809761	165	4.0	167	79	5	727	30	24	19	25	1.98
2817011--2817164	60	2.6	60	82	0	164	42	3	18	34	1.69
2817066--2817165	31	3.3	31	69	16	82	45	3	17	35	1.63
2818646--2818684	19	2.0	19	90	5	60	10	30	5	53	1.56
2824157--2824214	20	2.6	22	84	10	75	27	22	18	31	1.97
2824202--2824343	65	2.2	63	83	6	178	26	23	17	33	1.96
2824203--2824365	65	2.5	65	80	7	172	26	23	17	32	1.96
2827929--2827995	30	2.2	30	86	0	89	14	29	22	32	1.94
2828040--2828071	15	2.1	16	94	5	57	25	28	21	25	1.99
2834178--2834208	7	4.4	7	95	0	53	77	0	9	12	0.99
2835666--2835705	16	2.6	16	88	4	55	30	20	12	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2836317--2836520	99	2.1	99	95	0	363	37	8	16	37	1.78
2842693--2842773	24	3.5	24	70	20	75	22	24	23	29	1.99
2844306--2844349	21	2.1	21	86	0	61	9	40	15	34	1.79
2845477--2845620	64	2.2	64	85	7	186	29	23	15	31	1.95
2846913--2846968	2	30.0	2	84	13	75	46	0	0	53	1.00
2848248--2848281	17	2.0	17	100	0	68	29	23	5	41	1.78
2849434--2849535	47	2.2	47	100	0	204	30	24	21	23	1.99
2850628--2850671	22	2.0	22	86	8	63	52	0	0	47	1.00
2850628--2850671	11	4.0	11	85	8	54	52	0	0	47	1.00
2851506--2851538	17	2.1	17	88	11	52	66	0	6	27	1.15
2864046--2864127	11	6.8	11	72	22	58	80	3	3	12	0.97
2864148--2864181	16	2.1	16	88	0	50	73	2	0	23	0.97
2865883--2866036	35	4.4	35	95	2	265	31	8	16	42	1.78
2865883--2866036	69	2.2	70	94	2	265	31	8	16	42	1.78
2866108--2866173	21	3.4	21	70	25	72	40	12	21	25	1.88
2866089--2866203	37	3.1	37	92	2	205	38	13	20	27	1.90
2866292--2866519	115	2.0	115	89	1	350	21	20	27	30	1.98
2867219--2867293	32	2.3	32	79	0	87	37	24	12	26	1.90
2868346--2868430	42	2.1	39	82	6	98	2	17	4	75	1.08
2870268--2870296	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
2871888--2871925	16	2.4	16	86	0	58	71	5	0	23	1.07
2874284--2874385	23	4.4	23	96	0	177	24	21	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2874285--2874374	12	7.8	11	76	7	81	23	21	24	31	1.98
2874297--2874450	34	4.5	33	75	12	134	25	23	20	29	1.99
2874297--2874396	46	2.2	46	92	1	166	23	23	23	31	1.99
2874284--2874448	23	7.3	21	83	8	89	26	23	20	30	1.98
2874297--2874450	11	13.6	11	75	11	134	25	23	20	29	1.99
2874953--2875315	184	2.0	183	90	2	566	28	20	16	33	1.95
2881352--2881454	53	1.9	53	82	7	129	38	16	19	25	1.92
2891083--2891132	15	3.3	15	100	0	100	28	34	24	14	1.93
2891742--2891810	35	1.9	36	97	2	131	21	31	27	18	1.97
2894386--2894419	18	1.9	18	88	5	52	17	11	8	61	1.54
2903143--2903256	34	3.1	38	83	11	155	35	22	18	23	1.96
2903409--2903503	42	2.3	41	87	1	127	23	25	23	28	1.99
2903624--2903721	42	2.4	41	82	1	115	24	23	23	28	2.00
2903242--2903883	213	3.0	214	92	3	1083	33	15	19	31	1.93
2903924--2903948	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
2904041--2904440	53	7.5	53	87	3	536	29	21	27	22	1.99
2905811--2905853	18	2.4	18	84	7	52	13	13	9	62	1.53
2908459--2908511	27	2.0	26	82	10	63	26	5	0	67	1.12
2909938--2910030	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
2909938--2910030	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
2910016--2910093	41	1.9	41	83	0	102	38	24	16	20	1.93
2910061--2910133	20	3.7	20	81	7	94	27	28	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2910321--2910364	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2910627--2910664	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
2911975--2912019	18	2.5	18	81	0	63	28	44	13	13	1.81
2912553--2912610	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
2912537--2912627	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
2912500--2912632	19	7.6	19	73	17	90	42	23	20	13	1.87
2912644--2912701	14	3.9	14	79	16	62	10	17	22	50	1.76
2912639--2912717	32	2.4	33	91	2	124	11	18	21	48	1.80
2912702--2912757	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
2914607--2914642	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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