genome.fa.s8061.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008061.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110556_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5800122

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2450676--2450763	3	29.3	3	100	0	176	32	0	0	67	0.91
2451227--2451265	17	2.4	17	91	4	62	53	0	5	41	1.23
2451341--2451373	17	1.9	17	88	11	50	33	3	0	63	1.10
2461954--2461991	19	2.1	19	85	5	51	39	5	0	55	1.23
2461998--2462036	17	2.4	16	83	8	51	38	0	2	58	1.12
2462072--2462139	32	2.1	33	86	2	93	19	13	26	41	1.88
2462180--2462210	15	2.1	15	93	0	53	9	19	22	48	1.78
2462212--2462285	38	1.9	38	83	5	96	12	8	25	54	1.65
2463057--2463101	19	2.4	19	96	0	81	31	11	11	46	1.74
2463106--2463151	20	2.3	20	81	7	58	23	26	19	30	1.98
2467816--2468051	103	2.3	102	80	9	248	35	15	19	30	1.92
2471681--2471751	27	2.6	26	73	6	61	36	4	1	57	1.27
2477575--2477630	28	2.0	28	93	3	96	57	7	5	30	1.48
2477579--2477637	28	2.1	27	87	3	82	57	8	5	28	1.50
2478707--2478809	39	2.6	39	76	14	113	37	13	1	46	1.55
2479098--2479160	26	2.4	27	86	7	85	39	3	0	57	1.15
2479100--2479188	27	3.2	26	77	19	92	42	2	0	55	1.12
2481495--2481563	23	3.0	23	86	0	93	31	24	21	21	1.98
2481579--2481775	103	1.9	103	96	0	367	37	22	13	27	1.91
2482266--2482334	23	3.0	23	82	0	84	30	24	23	21	1.99
2482419--2482458	20	2.0	20	85	0	53	42	20	12	25	1.86
2482350--2482560	102	2.1	101	88	6	324	37	23	13	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488193--2488261	23	3.0	23	78	0	75	30	24	21	23	1.99
2488277--2488494	103	2.1	103	95	0	391	37	23	13	25	1.92
2490416--2490525	51	2.1	51	94	1	193	28	8	14	49	1.72
2490563--2490616	27	2.0	27	89	7	83	40	0	9	50	1.35
2491731--2491784	10	5.6	10	75	16	51	46	0	1	51	1.11
2491732--2491784	19	2.8	19	75	11	54	47	0	1	50	1.12
2494009--2494132	62	2.0	62	98	0	239	33	17	18	30	1.94
2502861--2502893	15	2.1	16	94	5	59	6	24	18	51	1.68
2508304--2508356	4	12.5	4	77	18	54	73	0	7	18	1.06
2509821--2509861	17	2.5	16	84	7	55	56	0	2	41	1.13
2510409--2510631	98	2.2	101	84	6	274	43	9	18	27	1.81
2510547--2510660	33	3.2	36	81	10	137	41	10	17	30	1.83
2510680--2510896	36	6.2	35	73	13	153	40	11	17	30	1.85
2510789--2510847	29	2.0	30	83	9	77	37	13	16	32	1.88
2510449--2510900	138	3.3	136	86	4	619	42	11	18	28	1.84
2512224--2512444	89	2.6	85	80	11	229	32	17	19	30	1.95
2512285--2512457	89	1.9	89	88	4	260	29	15	20	34	1.94
2515402--2515460	30	2.0	29	83	3	73	33	22	6	37	1.80
2517449--2517621	64	2.7	63	80	8	188	29	21	14	34	1.93
2518078--2518109	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
2521030--2521191	64	2.5	64	81	8	179	28	24	16	31	1.96
2521649--2521680	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522001--2522038	20	1.9	20	100	0	76	23	21	21	34	1.97
2524026--2524065	21	1.9	21	84	0	53	67	0	10	22	1.20
2524959--2525008	20	2.6	19	76	17	50	74	8	8	10	1.24
2524963--2525018	25	2.3	24	81	3	58	73	7	8	10	1.26
2529703--2529734	16	2.0	16	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2533093--2533135	19	2.3	19	100	0	86	27	9	11	51	1.69
2533250--2533491	131	1.9	125	87	5	349	48	7	5	39	1.53
2535636--2535666	13	2.4	13	100	0	62	61	6	0	32	1.21
2536526--2536612	35	2.5	34	88	3	122	34	0	19	45	1.51
2543854--2543896	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
2545763--2545801	16	2.4	16	100	0	78	17	12	25	43	1.85
2552420--2552461	20	2.1	20	90	0	66	35	21	9	33	1.86
2559568--2559811	122	2.0	122	96	0	452	38	25	12	24	1.90
2561113--2561150	19	2.0	19	100	0	76	47	15	0	36	1.46
2562245--2562409	90	1.8	90	89	5	262	40	2	3	53	1.31
2562407--2562457	20	2.5	19	76	17	50	27	7	1	62	1.33
2564830--2564891	24	2.6	24	78	19	60	27	1	1	69	1.07
2568410--2568438	13	2.2	13	100	0	58	17	0	34	48	1.47
2587500--2587532	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2588750--2588799	24	2.2	24	85	7	68	36	6	6	52	1.51
2590137--2590174	16	2.4	16	86	8	51	21	2	2	73	1.07
2593573--2593619	20	2.3	21	82	17	64	80	6	12	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593572--2593626	16	3.2	16	73	14	56	80	7	12	0	0.91
2594684--2594719	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
2595206--2595282	36	2.1	36	87	4	109	25	23	12	37	1.91
2595454--2595525	37	1.9	37	85	0	99	26	20	12	40	1.88
2596141--2596580	106	4.2	106	89	1	641	37	24	16	22	1.94
2598131--2598198	4	16.8	4	73	14	50	19	5	1	73	1.11
2600869--2600942	36	2.0	37	82	12	91	52	4	0	43	1.20
2601372--2601404	16	1.9	18	88	11	52	48	0	36	15	1.45
2605089--2605183	48	2.0	48	91	2	154	48	8	7	35	1.62
2607117--2607212	3	34.0	3	72	19	64	27	4	0	68	1.07
2607147--2607214	5	13.4	5	77	14	52	22	2	0	75	0.94
2607553--2607618	19	3.7	19	77	16	70	19	3	1	75	1.01
2607555--2607617	18	3.7	18	80	14	71	20	3	1	74	1.04
2607554--2607619	17	3.8	17	70	20	55	19	3	1	75	1.01
2607572--2607630	28	2.1	27	84	6	73	22	5	1	71	1.15
2608068--2608116	17	2.6	20	78	15	68	40	4	0	55	1.19
2608075--2608136	17	3.6	17	79	14	65	41	4	0	53	1.22
2608068--2608138	37	1.9	37	83	11	92	42	4	0	53	1.20
2608667--2608707	13	3.1	14	79	13	50	58	0	0	41	0.98
2610293--2610325	16	2.0	17	88	5	50	3	15	21	60	1.48
2610719--2610780	21	3.0	21	79	13	74	38	0	0	61	0.96
2614820--2614905	37	2.3	38	78	15	106	45	0	3	51	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2618737--2618831	48	2.0	48	91	2	154	47	8	7	36	1.62
2627125--2627158	17	2.0	17	88	0	50	38	2	14	44	1.61
2627359--2627385	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2636395--2636431	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2643353--2643382	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
2643376--2643857	240	2.0	240	94	2	853	37	6	9	47	1.62
2646183--2646236	21	2.5	21	88	8	74	24	29	18	27	1.98
2646524--2646563	18	2.1	18	86	9	53	30	17	5	47	1.69
2647599--2647632	18	1.9	18	94	5	61	17	20	5	55	1.62
2649610--2649746	64	2.1	63	81	15	156	27	16	21	34	1.95
2649632--2649818	65	2.9	65	81	8	186	28	16	20	34	1.94
2657527--2657692	65	2.6	65	83	8	196	28	15	22	33	1.94
2658462--2658509	21	2.2	22	85	7	71	33	22	8	35	1.84
2659900--2659946	20	2.3	20	96	3	85	59	4	2	34	1.29
2660108--2660153	18	2.8	16	87	9	58	67	0	0	32	0.91
2660396--2660433	21	1.9	20	89	10	60	47	0	10	42	1.38
2660404--2660433	7	4.3	7	91	0	51	46	0	13	40	1.43
2662142--2662170	14	2.0	15	93	6	51	37	13	6	41	1.72
2663523--2663553	16	1.9	16	93	0	53	48	0	6	45	1.28
2663710--2663749	18	2.2	19	86	4	55	55	5	2	37	1.35
2667074--2667122	23	2.1	23	88	3	71	42	8	8	40	1.64
2679894--2679921	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2685536--2685564	12	2.4	12	100	0	58	24	55	0	20	1.44
2686981--2687048	27	2.6	27	95	4	122	30	11	16	41	1.84
2687388--2687424	19	1.9	19	88	0	56	16	24	35	24	1.95
2687821--2687859	16	2.4	16	91	0	60	23	12	17	46	1.83
2687933--2687987	16	3.4	16	94	0	92	23	12	18	45	1.83
2687761--2687971	112	1.9	112	97	0	404	27	10	16	45	1.81
2694113--2694166	14	3.9	14	85	0	63	12	5	14	66	1.41
2700516--2700548	12	2.8	12	86	4	50	69	6	0	24	1.10
2700813--2700924	51	2.2	51	80	6	120	26	24	29	19	1.98
2700956--2701029	29	2.6	29	82	0	94	39	13	20	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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