genome.fa.s8217.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008217.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2417150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1600587--1600641	20	2.8	20	85	0	74	50	23	14	10	1.74
1600994--1601053	22	2.7	22	86	0	84	23	13	33	30	1.93
1601255--1601363	20	5.7	20	74	12	120	21	19	20	39	1.93
1601266--1601294	15	1.9	15	100	0	58	20	13	20	44	1.85
1601360--1601405	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
1602509--1602551	21	2.0	21	91	8	70	37	0	13	48	1.43
1602623--1602741	45	2.6	47	80	10	131	45	3	5	45	1.44
1602726--1602765	17	2.4	17	82	0	53	42	5	5	47	1.47
1605841--1605900	20	3.1	19	83	7	75	78	3	1	16	0.97
1605861--1605952	26	3.4	26	78	14	89	72	4	6	16	1.21
1606045--1606069	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1606019--1606142	62	2.0	63	84	7	164	58	2	6	32	1.36
1608750--1609442	84	8.4	84	78	4	636	25	19	24	30	1.98
1608749--1609442	164	4.2	164	77	5	610	25	19	24	30	1.98
1608763--1609404	248	2.6	248	90	1	1000	25	19	23	30	1.98
1612840--1612877	17	2.1	18	90	9	60	73	5	5	15	1.19
1616122--1616188	24	2.8	24	80	8	82	79	7	1	11	1.00
1616127--1616173	20	2.4	20	89	3	69	80	6	0	12	0.88
1619126--1619170	21	2.1	21	84	8	56	35	11	0	53	1.37
1620312--1620385	28	2.7	29	91	4	91	45	12	5	36	1.64
1622288--1622331	23	1.9	23	81	9	54	40	6	2	50	1.42
1622507--1622791	75	3.8	73	83	10	326	43	4	9	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1622507--1622791	38	7.6	37	81	10	314	43	4	9	41	1.58
1622738--1622762	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1622747--1622815	28	2.3	30	80	14	81	44	4	4	46	1.43
1622869--1622926	8	6.2	9	78	18	50	34	1	1	62	1.16
1624259--1624291	15	2.3	15	89	5	50	36	6	0	57	1.23
1624279--1624340	31	2.0	31	84	6	81	29	4	1	64	1.23
1631997--1632027	16	1.9	16	93	0	53	48	19	12	19	1.81
1636191--1636323	37	3.5	37	83	7	160	42	1	12	42	1.52
1636193--1636312	38	3.2	36	84	5	150	43	0	12	43	1.48
1636387--1636425	19	2.0	21	85	10	55	43	5	2	48	1.38
1636400--1636452	28	2.0	28	88	7	83	43	1	3	50	1.30
1636400--1636459	28	2.0	28	84	9	75	41	1	6	50	1.39
1636448--1636505	12	5.1	11	82	13	64	34	0	5	60	1.19
1637865--1637896	8	3.8	9	88	12	50	25	0	0	75	0.81
1639329--1639454	45	2.9	43	79	16	127	24	7	7	59	1.52
1639355--1639575	123	1.8	121	87	2	325	26	12	8	52	1.68
1639478--1639598	43	2.8	43	75	15	117	27	14	9	49	1.73
1645349--1645375	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
1654698--1654736	21	1.9	20	84	5	51	28	15	17	38	1.91
1662692--1662737	23	2.0	23	91	0	74	32	10	28	28	1.91
1670018--1670073	21	2.8	20	91	2	85	25	10	35	28	1.89
1671748--1671831	36	2.3	36	95	0	150	15	30	2	51	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1674138--1674194	21	2.7	22	86	8	82	26	10	35	28	1.89
1676599--1676647	20	2.5	20	83	6	64	28	14	22	34	1.93
1680797--1680838	20	2.0	20	90	4	66	38	30	9	21	1.85
1680805--1680846	20	2.2	20	86	4	59	45	28	4	21	1.72
1697345--1697403	10	5.7	10	73	15	57	57	20	11	10	1.63
1697349--1697397	16	3.1	16	93	0	89	57	22	12	8	1.61
1699103--1699180	31	2.5	31	87	2	113	35	8	15	39	1.79
1702358--1702739	54	7.1	54	82	3	410	29	18	18	34	1.94
1702367--1702739	108	3.4	107	84	4	471	29	18	18	34	1.94
1708677--1708729	18	3.0	16	78	13	52	60	5	9	24	1.49
1708771--1708806	14	2.6	14	90	0	54	58	2	13	25	1.49
1708977--1709001	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
1710637--1710958	139	2.4	137	89	6	480	25	21	17	36	1.94
1711367--1711745	96	3.9	92	75	16	270	41	12	16	29	1.85
1717823--1717883	26	2.3	27	83	8	72	60	1	14	22	1.43
1718077--1718114	16	2.4	16	90	0	58	50	0	21	28	1.49
1721709--1721769	23	2.7	23	100	0	122	44	16	8	31	1.77
1728153--1728177	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1729439--1729493	28	2.0	28	100	0	110	43	1	14	40	1.56
1738941--1738975	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1740445--1740493	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
1741123--1741191	18	3.7	18	77	7	75	23	24	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1747458--1747500	16	2.7	16	96	0	77	46	16	0	37	1.47
1757678--1757732	14	4.1	14	78	19	55	54	1	0	43	1.10
1757879--1758472	53	11.2	53	83	2	719	22	27	19	30	1.98
1757879--1758471	158	3.7	158	84	1	722	22	27	18	31	1.97
1759109--1759133	13	1.9	13	100	0	50	24	16	24	36	1.94
1759022--1759434	135	3.1	135	91	0	637	30	20	17	30	1.96
1758991--1759254	42	6.1	42	73	12	221	31	20	19	28	1.97
1759244--1759268	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
1759399--1759514	37	3.1	37	92	0	196	22	18	23	36	1.95
1764172--1764223	6	8.7	6	86	0	77	53	13	13	19	1.72
1767696--1767750	27	2.0	27	100	0	110	32	12	18	36	1.88
1767743--1767893	75	2.0	75	97	2	286	31	29	17	21	1.96
1768775--1769007	118	1.9	120	93	6	402	39	9	14	36	1.79
1771363--1771407	21	2.1	21	87	0	63	46	6	15	31	1.72
1776476--1776628	32	4.9	31	80	4	173	26	15	22	36	1.93
1776474--1776628	64	2.5	62	85	6	213	26	14	22	36	1.93
1777228--1777270	22	2.0	22	90	0	68	30	20	9	39	1.84
1777225--1777282	22	2.6	22	76	10	64	29	22	12	36	1.90
1781201--1781250	20	2.5	20	93	3	84	36	12	6	46	1.66
1782045--1782104	31	2.0	30	83	3	75	68	5	15	11	1.36
1785268--1785311	21	2.2	20	88	8	63	40	11	2	45	1.53
1789944--1790007	21	3.4	20	66	29	59	31	4	18	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1789936--1790057	35	3.4	36	87	6	176	32	4	18	43	1.72
1789909--1790052	72	2.1	69	84	7	184	33	5	18	42	1.74
1790460--1790491	16	1.9	17	93	6	57	37	6	21	34	1.79
1794567--1794630	21	3.4	20	66	29	59	31	4	18	45	1.70
1794559--1794680	35	3.4	36	87	6	176	32	4	18	43	1.72
1796089--1796459	87	4.2	87	73	10	243	24	36	9	30	1.86
1796242--1796549	45	6.9	45	75	8	252	23	36	10	30	1.88
1796156--1796656	177	2.8	177	82	2	592	23	35	9	30	1.87
1799712--1799763	22	2.4	22	93	3	88	40	9	3	46	1.55
1799712--1799772	22	2.8	22	87	7	72	37	9	3	49	1.52
1800712--1801040	45	7.3	45	79	8	262	17	31	14	35	1.90
1800727--1801040	90	3.5	90	74	10	295	17	31	14	35	1.91
1800714--1801010	135	2.2	135	80	5	316	17	31	15	36	1.90
1800712--1801040	180	1.8	180	86	3	484	17	31	14	35	1.90
1800997--1801073	33	2.3	33	93	0	127	24	36	9	29	1.86
1800714--1801097	90	4.4	87	71	13	226	19	33	13	34	1.91
1801790--1801854	32	2.0	32	96	0	121	43	12	10	33	1.77
1804004--1804029	13	2.0	13	100	0	52	0	7	15	76	0.99
1804673--1804702	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1804959--1805093	55	2.5	55	83	2	164	31	22	14	31	1.94
1805050--1805559	51	9.8	52	81	8	535	24	26	17	31	1.97
1805069--1805562	105	4.7	104	81	9	535	24	26	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1805050--1805562	159	3.3	158	90	4	742	23	26	17	31	1.97
1806847--1806906	1	60.0	1	76	0	57	1	3	6	88	0.68
1806847--1806906	19	3.2	18	83	9	75	1	3	6	88	0.68
1806847--1806915	18	3.9	17	76	17	61	2	4	7	85	0.81
1806847--1806915	27	2.6	27	83	4	86	2	4	7	85	0.81
1815162--1815255	35	2.7	35	83	1	116	27	24	21	26	1.99
1815236--1815289	17	3.2	17	97	0	99	27	29	16	25	1.97
1819079--1819283	21	9.8	21	68	16	104	47	26	0	25	1.52
1819071--1819131	14	4.4	14	76	17	65	45	29	0	24	1.53
1819141--1819272	42	3.1	42	72	12	117	50	25	0	25	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14