genome.fa.s8217.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008217.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2417150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1955152--1955220	37	1.9	36	82	11	88	43	4	7	44	1.51
1955891--1956075	83	2.3	82	80	4	205	25	20	24	29	1.99
1956067--1956139	31	2.4	30	88	6	110	31	8	17	42	1.79
1956082--1956149	31	2.3	30	87	7	95	41	8	16	33	1.79
1956145--1956579	36	12.0	36	88	2	604	37	12	23	26	1.91
1956229--1956293	21	3.4	21	64	24	52	33	9	27	29	1.88
1956136--1956570	145	3.0	144	89	2	631	37	12	23	26	1.91
1956446--1956546	21	5.4	21	59	26	55	37	11	24	25	1.90
1956145--1956579	108	4.0	108	93	2	694	37	12	23	26	1.91
1956593--1957143	84	6.7	83	78	7	559	24	20	24	30	1.99
1956684--1957143	165	2.8	165	82	4	539	25	21	23	29	1.99
1956593--1957143	249	2.2	249	92	1	892	24	20	24	30	1.99
1958269--1958494	95	2.5	88	78	17	252	30	21	19	28	1.97
1958340--1958515	95	1.9	95	92	2	300	30	18	18	32	1.95
1961859--1961888	12	2.5	12	94	0	51	56	0	3	40	1.16
1963431--1963456	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
1963499--1963599	31	3.2	31	83	10	125	47	3	2	45	1.36
1963572--1963753	36	5.0	37	76	14	139	43	3	4	47	1.43
1973227--1973286	31	1.9	31	89	0	93	41	6	8	43	1.61
1973474--1973568	21	4.5	21	94	0	154	22	25	15	36	1.93
1974276--1974351	30	2.4	32	89	6	120	44	21	19	14	1.86
1974357--1974464	19	5.9	19	78	15	120	12	24	18	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974360--1974460	52	1.9	53	92	6	170	11	23	18	45	1.83
1974748--1974813	20	3.3	20	83	8	89	27	19	24	28	1.99
1975082--1975134	21	2.5	20	79	8	61	37	18	24	18	1.94
1974892--1975278	190	2.0	193	94	3	681	31	14	23	30	1.94
1975911--1976100	64	3.0	62	85	9	208	56	1	1	40	1.18
1975968--1976016	24	2.1	23	88	7	73	63	0	0	36	0.95
1975966--1976051	40	2.2	40	84	12	108	58	1	1	39	1.13
1976004--1976194	96	2.0	96	93	2	330	54	2	1	41	1.21
1975947--1976183	26	8.9	28	72	18	118	56	2	0	40	1.17
1989189--1989259	2	36.5	2	88	5	110	46	0	2	50	1.16
1989476--1989501	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1991631--1991669	20	2.0	20	89	0	60	33	30	15	20	1.94
1992815--1992865	24	2.2	23	86	6	68	50	9	0	39	1.35
1992832--1992887	22	2.6	22	82	2	78	46	10	0	42	1.38
1992815--1992873	21	2.6	24	84	10	72	45	10	0	44	1.37
1993652--1993696	13	3.4	13	82	17	65	46	6	0	46	1.29
1993703--1993735	18	1.9	18	88	11	52	39	3	3	54	1.31
1994052--1994139	45	2.0	45	93	0	149	28	27	17	27	1.97
1999945--2000039	23	4.4	21	77	9	86	27	26	22	24	2.00
1999964--2000044	23	3.7	23	77	8	96	25	25	24	23	2.00
1999945--2000039	44	2.2	42	87	7	129	27	26	22	24	2.00
2002027--2002052	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2002309--2002355	19	2.4	19	96	3	85	38	0	44	17	1.48
2002360--2002392	13	2.5	13	95	0	57	36	9	0	54	1.32
2002746--2002833	45	2.0	45	93	0	149	28	27	17	27	1.97
2003590--2003665	21	3.6	21	74	1	71	46	1	1	51	1.17
2003590--2003678	21	4.1	21	73	5	70	46	2	1	50	1.21
2003713--2003765	7	7.9	7	75	21	51	56	3	0	39	1.17
2004152--2004186	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2004251--2004300	2	26.0	2	92	8	86	48	0	0	52	1.00
2004236--2004300	23	2.8	23	93	4	96	46	3	0	50	1.17
2004703--2004746	10	4.4	10	82	0	61	36	6	2	54	1.40
2004703--2004746	20	2.2	20	91	0	70	36	6	2	54	1.40
2004751--2004817	19	3.5	19	76	8	73	40	2	7	49	1.46
2006998--2007065	20	3.5	20	72	11	68	45	10	0	44	1.38
2006812--2007115	139	2.2	137	78	12	286	42	8	5	43	1.59
2007044--2007205	31	5.6	29	77	11	147	40	5	3	51	1.41
2007124--2007242	33	3.5	33	83	10	150	41	5	0	52	1.32
2007069--2007242	33	5.3	30	77	15	127	39	5	3	51	1.43
2007099--2007258	37	4.5	35	79	13	157	40	6	3	50	1.43
2007044--2007242	2	97.5	2	70	16	115	40	5	3	51	1.41
2007562--2007627	34	1.9	34	93	0	114	21	21	7	50	1.73
2013971--2014010	21	1.9	21	89	0	62	32	10	27	30	1.89
2014363--2014468	35	3.0	36	83	2	142	38	17	24	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2021475--2021573	49	2.0	50	98	2	191	34	35	10	20	1.86
2031782--2032251	2	235.5	2	63	19	137	46	4	4	44	1.43
2031936--2031995	31	1.9	31	83	6	77	50	3	3	43	1.35
2031936--2032062	11	12.1	11	69	15	81	48	3	3	44	1.34
2032254--2032314	31	2.0	31	81	6	72	54	1	13	31	1.49
2032655--2032948	100	2.9	100	81	4	376	32	35	4	27	1.78
2032999--2033080	40	2.0	42	85	4	114	30	23	3	42	1.71
2036275--2036365	29	3.1	29	63	27	66	40	7	5	46	1.56
2036236--2036386	58	2.6	56	89	5	239	42	7	4	45	1.52
2044113--2044193	20	3.9	20	78	13	67	23	32	27	17	1.97
2044133--2044184	23	2.5	21	84	12	63	23	28	28	19	1.98
2044113--2044188	23	3.7	19	77	14	55	23	31	27	17	1.97
2054754--2054792	20	2.0	20	84	0	51	74	2	2	20	1.06
2056853--2056893	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
2056935--2056965	10	3.1	10	95	0	53	35	0	32	32	1.58
2057216--2057277	29	2.1	29	82	8	72	30	14	27	27	1.95
2068404--2068428	13	1.9	13	100	0	50	56	4	16	24	1.57
2068997--2069050	28	2.0	26	92	7	90	40	0	16	42	1.48
2069241--2069265	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2070467--2070824	7	54.0	6	69	22	54	39	1	4	53	1.30
2070469--2070843	31	11.7	33	70	20	187	39	1	4	54	1.29
2070493--2070823	2	176.5	2	67	27	160	40	1	4	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2070488--2070843	62	5.7	62	78	15	321	40	1	4	53	1.29
2070474--2070853	43	8.9	42	70	22	208	39	1	4	54	1.29
2070474--2070831	140	2.5	140	77	17	346	40	1	4	53	1.29
2070768--2070844	3	27.3	3	72	21	60	36	0	2	61	1.10
2070481--2070844	23	16.0	22	70	19	148	39	1	4	54	1.28
2070581--2070844	33	7.9	33	72	21	164	40	0	3	55	1.22
2071573--2071637	24	2.5	25	82	12	69	21	7	0	70	1.11
2078933--2078975	17	2.4	18	80	7	52	23	0	4	72	1.04
2078899--2079067	89	1.9	91	82	11	215	26	3	2	68	1.18
2078934--2079010	13	5.8	13	75	10	66	19	2	3	74	1.10
2079023--2079081	4	15.8	4	83	13	54	28	0	0	71	0.87
2078934--2079077	13	10.7	14	64	16	63	23	3	2	70	1.16
2079274--2079320	20	2.4	20	79	10	53	14	2	2	80	0.89
2089764--2089815	6	8.7	6	87	8	79	86	0	13	0	0.57
2089762--2089815	12	4.4	13	88	11	87	85	0	14	0	0.61
2091438--2091479	21	2.0	21	90	0	66	40	11	2	45	1.54
2092616--2092720	22	4.6	22	65	17	61	25	1	1	70	1.08
2092647--2092790	76	1.9	76	80	11	170	27	5	2	64	1.29
2092787--2092836	23	2.1	23	85	14	66	28	0	0	72	0.86
2092786--2092846	20	3.1	19	81	9	59	27	0	0	72	0.85
2094486--2094534	23	2.1	23	82	14	57	57	2	38	2	1.22
2097855--2098006	72	2.1	74	95	3	272	29	32	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101527--2101564	19	2.0	19	100	0	76	36	0	15	47	1.46
2103776--2103814	19	2.1	19	90	0	60	33	12	17	35	1.88
2104342--2104397	22	2.5	22	82	0	76	28	19	23	28	1.98
2110511--2110547	19	1.9	19	88	0	56	32	10	18	37	1.86
2111097--2111121	12	2.1	12	100	0	50	32	24	8	36	1.84
2112072--2112201	63	2.1	63	82	4	156	36	17	15	30	1.91
2112165--2112201	19	1.9	19	88	0	56	32	10	18	37	1.86
2113718--2113849	63	2.1	63	82	2	158	34	18	15	31	1.93
2114400--2114445	22	2.1	22	95	0	83	36	17	23	21	1.94
2120714--2120754	20	2.0	20	85	0	55	43	24	4	26	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14