genome.fa.s8217.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008217.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2417150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3986--4065	15	5.3	15	96	0	142	16	22	33	27	1.95
9443--9481	15	2.6	15	83	0	51	15	17	30	35	1.91
13829--14116	146	2.0	145	99	0	567	34	10	17	37	1.85
20197--20322	55	2.3	56	84	4	157	35	14	9	40	1.78
28087--28178	43	2.1	43	82	4	105	47	2	19	30	1.61
28776--28899	62	2.0	61	87	4	178	33	20	12	32	1.91
30656--30698	17	2.5	17	96	0	77	60	18	13	6	1.55
32707--32824	62	1.9	61	84	8	159	33	17	14	33	1.90
34262--34346	37	2.3	37	86	6	120	42	20	4	32	1.72
38413--38445	16	2.1	16	94	0	57	39	27	0	33	1.57
41827--41866	12	3.1	13	82	13	55	47	12	17	22	1.81
41821--41865	12	3.6	12	80	11	54	46	15	20	17	1.84
44073--44117	20	2.3	20	92	3	74	28	15	6	48	1.70
44107--44204	32	3.0	33	92	2	155	32	7	15	44	1.73
44190--44244	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
44659--44692	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
44786--44817	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
49809--49888	29	2.9	29	73	17	80	38	1	5	55	1.30
51886--51929	24	2.0	23	82	13	56	25	11	56	6	1.58
52081--52135	23	2.4	23	93	3	94	36	9	0	54	1.32
52359--52480	62	2.0	61	85	4	165	33	18	15	32	1.92
55995--56024	12	2.5	12	100	0	60	56	10	10	23	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57447--57482	18	1.9	19	88	5	56	47	2	0	50	1.15
60254--60444	95	2.0	96	89	3	296	31	19	17	31	1.95
61462--61585	43	2.9	43	83	0	158	31	28	15	25	1.95
61825--62619	84	9.5	83	77	3	755	31	24	19	24	1.98
61825--62619	168	4.7	168	89	0	1074	31	24	19	24	1.98
63240--63373	43	3.1	43	91	0	169	34	10	6	48	1.64
63304--63373	21	3.2	23	64	12	65	34	8	7	50	1.61
64530--64624	50	1.9	49	81	10	113	26	6	1	66	1.22
64657--64814	10	16.1	9	67	19	50	19	8	2	69	1.26
64729--64777	23	2.1	23	85	7	64	22	10	0	67	1.20
66802--66892	47	1.9	47	95	0	164	38	27	12	21	1.89
68695--68742	6	8.0	6	97	0	78	12	16	54	16	1.72
71051--71096	19	2.3	20	82	14	60	17	6	10	65	1.45
71894--71976	43	1.9	44	90	2	132	31	21	12	34	1.90
73153--73348	89	2.2	90	87	2	295	27	28	23	20	1.99
73686--73895	97	2.2	96	83	4	253	40	21	10	27	1.86
75757--75797	18	2.2	18	86	8	55	12	29	31	26	1.92
78283--78946	6	112.5	6	94	5	1203	33	0	0	66	0.92
84374--84496	62	2.0	61	85	4	167	33	18	15	32	1.92
89673--89995	174	1.9	174	84	3	445	34	17	13	34	1.89
90028--90121	47	2.0	47	95	0	170	39	27	13	19	1.89
90398--90437	6	6.7	6	88	0	62	20	15	50	15	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91379--91409	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
92724--92757	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
92723--92822	9	11.4	9	80	12	61	45	1	1	53	1.14
92791--92823	3	11.3	3	93	6	59	33	0	0	66	0.92
102995--103028	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
107615--107747	30	4.4	30	95	0	230	32	23	19	24	1.98
110971--111045	3	25.3	3	89	8	118	65	0	0	34	0.93
112951--113844	134	6.7	132	79	5	804	28	15	23	31	1.95
112951--113844	268	3.4	266	80	5	905	28	15	23	31	1.95
113732--113934	112	1.8	112	81	4	257	32	14	21	32	1.93
117779--117822	18	2.4	19	88	3	63	75	2	4	18	1.09
123658--123714	6	8.8	6	74	14	51	77	0	3	19	0.92
123616--123703	15	5.5	15	71	23	65	76	0	2	21	0.90
123616--123712	26	3.7	26	77	9	83	76	0	3	20	0.92
123689--123729	22	2.0	20	90	9	64	75	0	2	21	0.92
124326--124433	24	4.6	24	67	19	75	56	13	0	29	1.38
124361--124402	12	3.5	12	80	6	50	59	7	0	33	1.25
124315--124501	75	2.6	73	87	6	247	57	12	1	29	1.42
124456--124493	19	2.0	19	89	0	58	55	13	0	31	1.38
128829--128872	3	15.3	3	88	9	65	70	0	0	29	0.88
128829--128872	17	2.6	17	92	0	70	70	0	0	29	0.88
128830--128872	14	3.1	14	89	0	68	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131980--132016	13	2.9	13	88	11	51	32	0	0	67	0.91
131981--132030	15	3.6	14	82	10	59	36	0	0	64	0.94
142625--142649	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
144211--144240	13	2.3	13	94	0	51	66	0	3	30	1.07
145479--145623	5	27.6	5	69	22	77	53	3	2	40	1.32
145557--145627	18	4.0	18	77	15	76	50	5	1	42	1.34
145662--145711	22	2.3	22	82	0	64	48	4	2	46	1.32
145663--145702	20	2.0	21	85	5	55	47	5	2	45	1.38
145636--145689	29	1.9	27	88	7	81	50	7	0	42	1.30
145754--145796	22	2.0	22	90	4	70	46	4	2	46	1.36
147564--147605	18	2.3	18	87	0	66	26	2	21	50	1.61
151267--151389	62	2.0	61	84	4	158	33	18	14	33	1.91
155940--156033	47	2.0	47	95	0	170	38	26	13	21	1.91
156329--156361	6	5.5	6	96	0	57	12	15	57	15	1.65
161223--161406	68	2.7	68	87	0	260	32	13	23	30	1.93
161356--161672	81	3.9	80	89	2	467	37	11	22	28	1.89
161356--161655	160	1.9	161	90	2	478	37	11	22	29	1.89
172717--172942	45	5.0	45	75	10	167	26	15	17	40	1.90
172701--172942	91	2.7	90	80	7	235	25	15	17	41	1.89
172941--173061	51	2.4	51	84	8	165	25	19	12	42	1.87
172944--173077	51	2.6	50	78	13	139	27	19	14	38	1.90
173738--173988	57	4.5	57	74	11	214	29	20	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173738--173997	112	2.3	114	84	6	352	29	20	19	30	1.97
173738--174176	55	7.8	55	71	11	210	29	21	18	30	1.97
175230--175288	31	1.9	31	89	0	91	38	25	27	8	1.84
176565--176612	17	2.8	17	96	0	87	41	10	6	41	1.64
176785--176811	14	1.9	14	100	0	54	22	14	44	18	1.86
176756--176808	18	2.9	18	88	2	70	16	20	43	18	1.88
178295--178332	6	6.3	6	84	9	51	68	0	28	2	1.03
195955--195991	19	2.0	19	89	5	58	21	0	16	62	1.33
199506--199535	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
202275--202308	10	3.3	10	88	8	50	0	14	0	85	0.60
202275--202314	20	2.0	21	90	5	64	2	12	0	85	0.71
204907--204941	12	2.8	13	86	8	54	45	8	5	40	1.58
207765--207804	17	2.4	17	87	4	55	32	2	7	57	1.40
208166--208194	10	2.9	10	100	0	58	58	10	0	31	1.31
208505--208545	21	1.9	21	90	5	64	41	14	17	26	1.88
208638--208684	20	2.3	20	100	0	94	48	12	21	17	1.79
209759--209786	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
213326--213435	4	27.0	4	67	20	59	26	5	21	46	1.73
213303--213438	33	4.2	32	94	3	236	27	5	21	45	1.74
213303--213438	65	2.1	66	94	4	240	27	5	21	45	1.74
214328--214366	18	2.2	17	86	13	53	56	0	0	43	0.99
217084--217186	51	2.0	51	100	0	206	43	9	21	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223899--224242	172	2.0	172	100	0	688	26	16	18	38	1.91
226902--226926	13	1.9	13	100	0	50	32	16	28	24	1.96
227406--227465	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
228368--228444	20	3.7	20	76	17	68	24	25	19	29	1.98
230559--230715	65	2.4	64	84	7	185	28	17	22	31	1.96
231050--231141	45	2.0	45	100	0	184	39	15	6	39	1.73
231410--231464	28	2.0	28	82	7	67	52	23	5	18	1.65
233282--233360	23	3.5	22	77	8	88	25	25	25	24	2.00
233283--233379	44	2.2	44	83	10	119	25	21	25	26	2.00
239162--239340	64	2.8	63	80	16	208	27	18	24	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14