genome.fa.s8217.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008217.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2417150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131597--2131631	18	1.9	18	88	0	52	60	11	8	20	1.57
2134091--2134115	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2144538--2144613	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
2145010--2145257	130	1.9	130	92	0	415	36	15	12	35	1.85
2145024--2145288	130	2.0	129	81	4	300	40	13	12	33	1.83
2145724--2145757	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
2154672--2154765	49	1.9	49	88	0	143	55	1	3	40	1.23
2154748--2154795	18	2.6	18	78	15	53	70	2	0	27	0.98
2157463--2157533	31	2.3	31	80	11	83	63	8	9	18	1.50
2157651--2157681	6	5.2	6	92	0	53	35	51	0	12	1.40
2157935--2157987	27	2.0	27	88	0	79	32	16	22	28	1.96
2158582--2158620	19	2.1	19	95	0	69	58	5	5	30	1.41
2160798--2160909	22	5.0	23	82	2	93	24	17	25	33	1.97
2160854--2160917	22	3.0	22	93	2	112	23	12	28	35	1.91
2160854--2160937	43	1.9	44	85	7	118	25	11	26	36	1.90
2161365--2161414	22	2.4	19	76	20	55	24	42	10	24	1.85
2168602--2168711	23	4.8	23	83	0	121	29	25	20	25	1.99
2171929--2171954	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2175133--2175188	25	2.4	22	79	11	58	60	1	3	33	1.24
2177447--2177472	7	3.7	7	100	0	52	42	15	11	30	1.82
2184929--2185048	30	4.1	29	80	4	107	51	14	2	31	1.55
2184938--2185238	29	10.4	28	80	7	255	41	20	2	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184938--2185238	58	5.2	58	80	8	290	41	20	2	35	1.68
2187746--2187849	29	3.5	30	80	3	122	47	17	4	30	1.68
2187801--2188001	29	6.8	29	76	9	174	40	17	4	37	1.70
2187801--2187998	60	3.3	61	77	6	174	40	17	4	37	1.70
2188006--2188043	13	2.9	13	84	0	58	13	21	44	21	1.85
2188036--2188073	19	2.0	19	89	0	58	26	23	28	21	1.99
2188041--2188081	19	2.2	19	86	0	55	29	26	21	21	1.99
2193504--2193549	22	2.1	21	100	0	74	30	4	19	45	1.70
2206366--2206396	16	1.9	16	93	0	53	29	35	12	22	1.91
2209501--2209615	23	5.0	23	90	0	158	26	24	29	20	1.99
2212047--2212085	18	2.3	18	86	8	55	23	23	7	46	1.78
2214587--2214639	23	2.3	23	93	0	88	28	15	28	28	1.96
2219526--2219565	16	2.6	16	84	4	55	32	37	10	20	1.85
2219622--2219658	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2221616--2221853	7	31.7	7	71	20	137	51	4	2	41	1.34
2221611--2221853	2	127.5	2	70	24	154	51	4	2	41	1.34
2221611--2221851	23	10.4	24	72	16	136	51	4	2	41	1.34
2221599--2221853	95	2.6	96	80	15	287	52	4	1	41	1.32
2235130--2235168	21	1.9	20	84	5	51	28	17	23	30	1.97
2238912--2238952	4	10.5	4	94	5	75	48	26	0	24	1.51
2242324--2242372	21	2.3	21	85	0	71	65	2	32	0	1.04
2242317--2242360	15	2.9	15	77	16	54	61	2	34	2	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243801--2243831	15	2.0	16	93	6	55	51	29	0	19	1.47
2244972--2245429	55	8.3	55	81	5	421	31	22	17	29	1.97
2245429--2245511	37	2.2	37	86	0	112	20	18	15	45	1.85
2246690--2246773	45	1.9	43	85	4	114	20	27	15	36	1.93
2246776--2246954	7	28.5	6	74	15	91	6	17	0	74	1.06
2246786--2246960	87	2.0	87	82	11	216	7	17	0	74	1.08
2246769--2246938	73	2.3	73	80	15	190	7	18	0	73	1.06
2246815--2246960	63	2.4	62	85	8	185	6	17	0	75	1.06
2246776--2246960	73	2.5	71	76	17	175	7	17	0	74	1.07
2246803--2246955	80	1.9	79	81	9	186	6	16	0	75	1.04
2258546--2258578	16	2.1	16	88	11	50	54	24	0	21	1.45
2262288--2262350	27	2.5	25	79	7	65	55	7	17	19	1.66
2272741--2272782	14	3.1	14	93	3	68	26	26	16	30	1.97
2283128--2283244	3	39.3	3	84	11	152	31	0	0	66	1.03
2287929--2288017	46	1.9	46	95	0	160	32	12	12	42	1.80
2290600--2290694	36	2.6	36	79	1	100	37	10	17	33	1.85
2290549--2290892	102	3.4	101	83	3	395	37	12	18	32	1.88
2290549--2290933	103	3.8	101	85	3	407	36	12	18	31	1.89
2293209--2293251	15	2.9	14	80	10	50	2	16	0	81	0.79
2293209--2293280	20	3.5	20	84	7	83	6	15	0	77	0.96
2293209--2293280	11	6.9	10	78	15	67	6	15	0	77	0.96
2299982--2300040	23	2.8	20	76	16	64	32	18	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2302248--2302281	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
2302261--2302730	234	2.0	232	94	0	823	38	8	10	42	1.71
2307576--2307614	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2311836--2311926	38	2.4	38	77	3	103	27	23	10	38	1.88
2312361--2312976	131	4.7	133	81	7	551	32	20	16	30	1.95
2312907--2313002	41	2.3	41	94	0	165	32	25	15	27	1.96
2312947--2313278	131	2.5	130	79	5	346	33	22	15	28	1.95
2312948--2313387	131	3.4	131	76	7	331	33	21	15	29	1.94
2315338--2315380	3	14.3	3	95	0	77	65	2	0	32	1.06
2315809--2315903	21	4.4	21	71	19	63	32	11	13	42	1.81
2319288--2319382	21	4.4	21	70	12	61	33	10	14	41	1.81
2319413--2319502	21	4.2	21	70	13	60	35	10	14	40	1.79
2319292--2319534	120	2.0	120	100	0	486	35	7	18	38	1.79
2331132--2331330	76	2.6	77	88	3	280	19	24	33	22	1.97
2331649--2331720	30	2.3	30	95	4	126	37	18	2	41	1.65
2333924--2333963	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2337812--2337851	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2339775--2339973	76	2.6	76	83	5	249	19	24	33	22	1.97
2339797--2339973	75	2.3	76	88	1	257	20	23	32	23	1.98
2340543--2340686	71	2.0	71	94	0	252	27	13	29	29	1.94
2341466--2341558	47	1.9	48	80	8	109	33	24	20	21	1.97
2341493--2341570	25	3.2	25	87	8	99	33	23	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342264--2342313	21	2.5	20	90	9	75	32	24	12	32	1.91
2342848--2342882	3	12.0	3	93	6	63	65	0	34	0	0.93
2347193--2347265	30	2.6	28	83	10	80	54	4	9	31	1.51
2347208--2347265	30	1.9	30	92	0	98	58	3	8	29	1.44
2350523--2350569	23	2.1	22	84	7	60	34	8	6	51	1.58
2352657--2352771	60	1.9	59	83	1	149	27	22	21	27	1.99
2363848--2363898	20	2.5	20	100	0	102	37	9	0	52	1.34
2363848--2363921	20	3.8	19	89	8	73	37	13	0	48	1.43
2364660--2364709	23	2.2	22	82	10	57	46	20	16	18	1.85
2365354--2365401	19	2.5	19	96	0	87	33	25	14	27	1.94
2371649--2371717	23	3.0	23	84	0	93	39	24	20	15	1.92
2371715--2371765	22	2.3	22	86	6	68	47	19	7	25	1.76
2371763--2371821	21	2.9	19	73	14	55	38	22	16	22	1.93
2376287--2376340	20	2.7	20	69	13	56	25	12	22	38	1.90
2377374--2377416	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2377492--2377516	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2380224--2380271	18	2.7	18	93	0	87	22	22	35	18	1.96
2383580--2383669	30	3.0	30	91	3	146	33	6	15	44	1.73
2383766--2383837	36	2.0	36	91	0	117	23	33	27	15	1.95
2383787--2383816	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
2383760--2383837	21	4.0	21	74	19	87	23	34	28	14	1.93
2383929--2383970	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384000--2384039	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
2384252--2384323	34	2.2	32	87	7	99	33	15	29	22	1.94
2385183--2385230	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
2386470--2386559	30	3.0	30	91	3	146	33	6	15	44	1.73
2386650--2386692	21	2.0	21	86	0	59	23	37	25	13	1.92
2386726--2386768	21	2.0	21	100	0	86	13	44	27	13	1.83
2386804--2386845	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
2386875--2386914	20	1.9	21	85	10	55	35	37	10	17	1.83
2387127--2387197	34	2.2	32	89	5	106	32	15	30	21	1.94
2390310--2390359	20	2.5	20	90	0	73	38	22	16	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14