genome.fa.s8217.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008217.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2417150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775792--775842	21	2.4	21	73	20	52	35	9	0	54	1.33
775940--776020	30	2.8	30	80	15	91	24	4	3	66	1.28
775940--776005	15	4.6	14	76	16	57	24	4	4	66	1.29
775899--775997	27	3.6	27	77	16	98	25	6	5	63	1.38
775956--776011	15	3.6	15	78	4	58	25	5	3	66	1.29
775967--776017	15	3.5	15	82	10	54	25	5	1	66	1.24
776234--776325	23	4.0	23	72	18	66	16	10	3	69	1.30
786860--787011	78	1.9	78	81	2	180	59	9	21	9	1.57
786971--787017	15	3.3	14	83	13	60	82	2	14	0	0.75
789036--789081	23	2.0	24	83	12	60	39	2	10	47	1.51
789043--789095	27	2.0	25	82	13	63	37	3	9	49	1.53
790353--790397	2	22.5	2	86	8	65	48	2	0	48	1.13
790411--790455	21	2.2	21	84	7	58	24	8	0	66	1.20
790476--790574	27	3.8	25	76	15	85	25	7	5	62	1.41
790611--790684	25	2.9	27	70	25	70	18	6	4	70	1.26
790817--790915	24	4.4	22	72	18	78	14	11	4	70	1.29
794499--794562	31	2.1	31	87	0	92	23	29	12	34	1.92
796500--796567	31	2.2	31	89	0	100	36	14	27	20	1.92
799369--799558	35	5.4	35	80	3	193	44	2	10	42	1.52
802820--802893	37	2.0	37	91	0	121	35	14	10	39	1.82
803743--803889	69	2.1	70	93	1	251	43	24	0	31	1.55
803743--803889	35	4.2	35	94	1	251	43	24	0	31	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804068--804359	147	2.0	148	88	0	433	36	7	8	47	1.63
804836--804932	35	2.8	34	84	4	122	28	3	27	40	1.71
806015--806056	15	2.8	15	82	13	59	30	11	7	50	1.66
809501--809603	51	2.0	51	96	3	190	30	20	19	30	1.97
810078--810109	12	2.7	12	95	0	55	6	34	25	34	1.81
812485--812525	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
812567--812607	10	4.1	10	90	0	64	39	0	31	29	1.57
816199--816244	21	2.2	21	96	0	83	10	23	10	54	1.67
821078--821137	16	3.8	16	78	12	61	25	16	13	45	1.84
821278--821415	28	5.1	28	72	22	80	37	7	1	53	1.38
821300--821408	14	8.2	14	73	20	76	37	8	0	53	1.37
821300--821426	36	3.3	36	79	17	148	37	8	0	53	1.37
821319--821425	44	2.4	44	87	9	157	36	8	0	54	1.37
821342--821469	22	5.9	21	75	17	102	35	10	0	53	1.41
821311--821424	14	7.9	14	72	18	58	36	8	0	53	1.38
821345--821474	44	3.0	43	80	10	131	37	10	0	51	1.41
821525--821580	7	7.9	7	74	18	53	33	12	0	53	1.39
821528--821577	22	2.3	22	89	3	75	34	12	0	54	1.38
821758--821808	18	2.9	18	94	2	77	52	13	0	33	1.41
821766--821808	18	2.4	18	100	0	86	48	16	0	34	1.46
822601--822631	16	1.9	16	100	0	62	32	22	19	25	1.97
823880--823912	15	2.2	15	100	0	66	33	6	6	54	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824672--824750	7	11.3	7	86	5	115	16	0	36	46	1.47
824824--824860	16	2.4	15	90	4	56	43	0	8	48	1.32
824833--824895	20	3.2	20	86	8	85	41	3	7	47	1.48
825400--825503	2	51.0	2	79	7	102	46	6	1	45	1.40
825818--825886	19	3.5	20	79	13	81	24	27	0	47	1.52
825999--826039	2	21.5	2	90	9	68	48	0	0	51	1.00
826039--826081	22	2.0	22	81	9	52	37	4	9	48	1.56
826139--826174	18	1.9	19	94	5	65	47	0	5	47	1.25
826138--826203	30	2.2	30	86	13	91	43	3	4	48	1.38
827866--827904	16	2.4	16	95	0	69	17	28	15	38	1.91
828332--828379	21	2.3	21	85	0	69	18	0	29	52	1.46
828865--828936	21	3.5	20	71	7	63	19	1	27	51	1.55
828905--828936	14	2.3	14	100	0	64	18	0	28	53	1.45
828963--829001	17	2.4	17	95	4	71	41	0	5	53	1.23
828955--828994	9	4.6	9	84	6	55	40	2	5	52	1.37
828466--829366	504	1.8	496	87	3	1342	37	8	10	42	1.71
829682--829747	31	2.2	31	91	2	107	46	3	6	43	1.43
829835--829878	22	2.0	23	91	8	74	45	0	9	45	1.35
830326--830452	2	66.0	2	66	21	58	44	5	2	47	1.39
830379--830450	25	2.6	27	76	14	76	45	4	1	48	1.30
830638--830716	19	4.1	19	80	11	81	31	25	0	43	1.55
830785--830929	2	74.5	2	64	22	51	46	3	3	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830785--830841	13	4.6	13	80	10	57	45	3	5	45	1.43
830810--830853	13	3.5	13	90	6	65	38	4	9	47	1.56
830819--830859	11	3.5	11	86	6	55	39	7	7	46	1.60
834318--834354	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
834789--834839	22	2.3	22	96	0	93	19	45	15	19	1.86
835195--835282	20	4.4	20	78	2	97	22	19	21	36	1.95
835194--835289	39	2.5	39	77	3	104	22	18	20	37	1.94
835211--835317	20	5.4	20	73	10	85	17	16	23	42	1.89
835287--835327	20	2.0	20	85	0	55	12	14	24	48	1.78
837258--837333	33	2.3	34	88	2	109	46	19	19	14	1.84
837300--837337	20	1.9	20	88	0	58	50	18	18	13	1.78
837333--837375	19	2.3	19	88	8	61	18	16	20	44	1.87
837338--837376	19	2.0	20	95	5	71	15	15	17	51	1.77
837381--837469	20	4.4	20	88	5	126	19	19	25	35	1.95
837456--837498	20	2.2	19	91	4	68	11	13	23	51	1.74
839214--839262	14	3.5	14	94	0	80	34	2	16	46	1.58
839228--839357	41	3.3	40	72	18	137	32	1	17	48	1.57
839206--839282	28	2.8	26	77	13	82	35	1	16	46	1.56
839261--839386	36	3.4	36	70	18	112	29	3	15	51	1.59
839305--839341	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
839228--839408	77	2.3	77	92	3	290	31	2	17	49	1.59
839461--839504	20	2.2	20	88	8	63	40	31	15	11	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839578--839680	54	1.9	54	91	0	170	21	17	25	35	1.95
839558--839742	74	2.5	74	90	0	289	24	17	22	35	1.95
839496--839700	94	2.2	94	84	3	270	23	18	21	35	1.95
839538--839742	20	10.9	20	77	12	218	24	17	22	35	1.95
839713--839995	140	2.0	140	96	0	521	44	14	13	28	1.82
842103--842129	14	1.9	14	100	0	54	7	18	29	44	1.77
842104--842136	14	2.5	13	90	9	50	6	21	24	48	1.72
843155--843202	20	2.4	20	96	0	87	22	20	31	25	1.98
843621--843844	79	2.8	80	89	2	335	34	14	10	40	1.80
849980--850061	39	2.1	39	100	0	164	28	17	19	35	1.94
850019--850237	120	1.8	120	100	0	438	33	12	19	33	1.90
850708--850747	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
850112--851597	661	2.3	636	96	3	2692	37	15	14	32	1.88
858312--858353	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
862973--863042	32	2.2	32	92	0	113	18	17	7	57	1.62
866445--866504	30	2.0	30	100	0	120	56	10	16	16	1.66
867628--867660	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
868965--869104	66	2.1	65	82	10	160	32	12	12	42	1.80
871757--871929	57	3.2	56	81	10	191	30	13	19	36	1.90
871830--871927	49	2.0	50	91	2	162	29	12	18	39	1.87
872554--872586	13	2.5	13	100	0	66	21	30	9	39	1.84
876401--876431	15	2.1	15	93	0	53	29	38	9	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885816--886118	151	2.0	151	100	0	606	32	13	19	34	1.90
890142--890182	11	3.8	11	83	6	57	21	0	2	75	0.92
890139--890180	21	1.9	21	90	9	66	23	0	2	73	0.94
890881--891697	211	3.8	212	91	2	1196	50	8	11	29	1.67
891723--891813	2	43.0	2	72	14	67	47	3	4	45	1.39
891739--891812	22	3.4	22	80	14	91	47	4	5	43	1.45
891723--891837	42	2.9	40	85	11	148	47	3	5	43	1.42
891730--891954	20	10.7	20	67	17	91	46	6	5	41	1.53
891883--891981	42	2.3	43	81	5	103	47	5	5	42	1.47
891950--892003	17	3.1	17	81	2	63	46	0	3	50	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14