genome.fa.s8228.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008228.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110864_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3739947

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27182--27218	19	1.9	19	94	0	65	32	24	16	27	1.96
27523--27595	22	3.3	22	98	0	137	20	45	15	19	1.86
27982--28032	20	2.5	20	93	0	84	11	13	23	50	1.74
27996--28039	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
29970--30018	20	2.5	20	93	0	80	36	24	22	16	1.94
30094--30147	19	2.8	19	91	0	81	9	16	25	48	1.76
30152--30220	20	3.5	20	84	7	95	17	18	26	37	1.93
30207--30250	21	2.1	21	91	4	72	13	11	22	52	1.72
30738--30849	42	2.7	42	81	5	136	24	35	17	22	1.95
30727--30834	21	5.1	21	73	4	83	21	35	18	25	1.96
30737--30849	21	5.4	21	69	8	77	23	35	17	23	1.95
32371--32448	20	3.9	20	86	6	113	43	23	17	15	1.87
32371--32448	40	2.0	40	92	5	131	43	23	17	15	1.87
32452--32583	34	3.9	34	87	3	194	20	18	23	37	1.94
32437--32611	20	9.7	20	68	21	118	23	18	22	35	1.96
32582--33004	140	3.0	140	96	0	792	43	14	13	28	1.83
35344--35397	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
35344--35411	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
36216--36345	20	6.4	20	73	8	111	25	18	25	30	1.98
36238--36345	40	2.7	40	85	4	137	25	17	25	32	1.97
36360--36405	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
36371--36407	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39436--39484	21	2.3	21	100	0	98	38	10	24	26	1.87
48006--48052	20	2.3	20	96	0	85	27	17	34	21	1.95
55807--55839	16	2.0	17	88	5	50	57	3	0	39	1.14
63793--63844	23	2.3	23	100	0	104	38	28	5	26	1.79
64591--64648	3	20.0	3	85	7	84	63	0	1	34	1.04
67746--67804	3	19.3	3	96	3	109	66	0	0	33	0.92
72983--73033	23	2.2	23	96	0	93	39	5	19	35	1.76
72983--73042	23	2.6	23	86	5	59	36	6	21	35	1.80
73869--74056	50	3.7	51	81	5	231	23	11	17	47	1.79
73869--74056	101	1.9	100	84	7	256	23	11	17	47	1.79
79406--79446	15	2.6	16	82	14	50	43	2	0	53	1.13
87238--87263	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
109191--109240	26	1.9	26	88	8	75	50	8	20	22	1.74
111317--111341	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
112268--112293	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
112480--112546	34	1.9	34	82	14	84	47	19	11	20	1.81
129768--129810	21	2.0	21	100	0	86	55	13	13	16	1.69
134271--134300	14	2.1	15	93	6	53	50	6	0	43	1.28
135708--135738	15	2.1	15	100	0	62	45	12	12	29	1.80
136871--136923	22	2.4	22	90	3	79	56	7	9	26	1.57
137698--137739	22	1.9	22	100	0	84	64	0	4	30	1.14
140083--140116	16	2.1	17	88	5	52	23	2	0	73	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140883--140933	21	2.4	21	86	0	75	9	27	7	54	1.60
141444--141486	21	2.0	22	81	4	52	4	6	16	72	1.24
142148--142174	13	2.1	13	100	0	54	22	14	0	62	1.31
141965--142227	131	2.0	132	94	2	467	36	12	8	41	1.75
158131--158196	33	2.0	33	100	0	132	42	9	12	36	1.74
159662--160051	185	2.1	185	93	2	660	42	3	8	45	1.51
167250--167402	24	6.4	24	99	0	297	29	24	7	38	1.83
169767--169801	18	1.9	18	94	0	61	68	0	0	31	0.90
177396--177490	5	18.0	5	79	13	59	75	5	5	13	1.14
177473--177507	11	3.2	11	95	0	61	88	11	0	0	0.51
177583--177608	12	2.2	12	100	0	52	30	7	0	61	1.24
177561--177658	42	2.4	40	80	10	110	40	7	4	47	1.50
177520--177677	81	2.0	77	81	10	185	41	8	3	46	1.52
177633--177693	32	2.0	31	81	12	74	40	8	4	45	1.55
179986--180025	21	1.9	21	84	0	53	52	7	10	30	1.62
183832--183907	23	3.4	22	85	12	93	22	34	21	22	1.97
187330--187459	66	1.9	68	82	16	164	43	10	5	40	1.62
187438--187476	17	2.3	17	100	0	78	46	12	0	41	1.42
187921--188425	111	4.6	110	82	4	523	26	20	15	37	1.92
187921--188446	222	2.4	220	83	4	623	26	19	15	38	1.92
191156--191184	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
192675--192710	18	2.1	17	90	10	56	30	2	11	55	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196665--196728	6	11.2	6	83	5	53	79	6	1	12	0.98
196686--196728	18	2.5	17	84	3	59	83	9	0	6	0.80
196733--197060	67	4.9	68	80	11	335	41	8	4	44	1.57
196756--196937	31	5.2	36	67	28	101	41	9	4	45	1.56
196741--197060	133	2.4	134	88	6	472	41	8	4	45	1.56
200901--200959	24	2.4	25	78	13	70	35	1	5	57	1.31
203822--205218	106	13.4	106	91	2	2166	22	18	26	32	1.97
203822--205218	521	2.7	521	95	0	2481	22	18	26	32	1.97
206966--207022	26	2.2	25	79	11	62	57	8	17	15	1.63
210735--210786	27	1.9	27	84	7	70	65	7	3	23	1.35
215028--215056	2	15.0	2	92	7	51	0	51	0	48	1.00
224249--224281	17	1.9	17	88	11	50	48	0	0	51	1.00
224497--224534	12	3.3	12	78	14	53	42	15	7	34	1.76
230292--230331	15	2.8	15	92	7	66	37	7	12	42	1.71
231280--231336	26	2.2	26	100	0	114	24	12	22	40	1.88
232464--232502	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
232680--232740	20	2.9	21	87	9	88	21	24	32	21	1.98
238889--239580	344	2.0	343	95	0	1258	26	25	17	30	1.97
239563--239603	21	2.0	21	85	9	57	19	7	12	60	1.54
241560--241724	91	1.8	89	90	2	267	47	5	9	36	1.59
254794--254874	37	2.2	36	91	4	128	44	18	4	32	1.71
262980--263099	23	5.1	24	75	8	113	44	15	13	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274041--274140	47	2.1	47	83	1	119	30	18	13	39	1.88
274614--274753	69	2.0	69	97	0	262	42	15	8	33	1.78
275245--275304	31	1.9	31	86	0	84	40	6	10	43	1.64
275740--275816	20	4.1	19	70	20	54	59	2	0	37	1.11
275775--275815	20	2.0	20	86	9	57	56	0	0	43	0.99
275879--275982	12	8.7	12	71	16	74	56	1	0	41	1.10
275824--275983	63	2.5	62	89	6	230	56	1	0	41	1.10
275946--275988	22	1.9	23	90	4	70	62	2	0	34	1.08
275840--275990	12	12.9	11	65	16	56	56	1	0	41	1.07
279477--279541	30	2.3	28	78	14	71	53	1	10	33	1.45
279518--279557	21	1.9	21	85	10	55	55	0	10	35	1.34
279759--279854	31	3.1	30	81	10	97	47	9	0	42	1.35
279771--279857	30	2.9	30	81	6	97	49	10	0	40	1.37
283027--283067	22	1.9	21	90	5	64	70	4	0	24	1.06
284519--284583	29	2.2	29	83	8	78	44	29	3	23	1.68
285658--285722	12	5.1	12	74	20	60	64	1	0	33	1.03
285649--285728	16	4.4	17	70	23	56	66	1	0	32	1.00
285656--285729	29	2.6	29	82	17	93	64	1	0	33	1.02
292466--292504	7	5.6	7	93	0	60	46	0	35	17	1.49
297965--298058	20	4.7	20	89	2	136	34	23	22	20	1.97
298063--298116	20	2.8	20	94	2	92	50	16	18	14	1.79
298126--298221	33	2.8	33	87	3	120	15	23	18	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298323--298359	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
299708--299819	42	2.7	42	76	5	111	22	18	37	21	1.94
300299--300374	20	3.8	20	83	0	98	40	21	18	19	1.91
300409--300454	20	2.3	20	84	0	65	34	23	21	19	1.96
300499--300639	20	7.3	20	84	9	195	19	19	20	40	1.92
302495--302544	20	2.5	20	90	0	73	52	24	12	12	1.72
302608--302663	20	2.8	20	88	0	85	21	19	23	35	1.96
303215--303273	20	3.0	20	92	0	100	18	16	25	38	1.92
304809--305026	43	5.1	44	74	8	198	51	5	17	24	1.66
304823--305176	43	8.2	43	71	12	172	50	6	16	25	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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