genome.fa.s8228.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008228.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110864_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3739947

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2746669--2746722	27	2.0	28	82	10	67	37	0	1	61	1.07
2746677--2746747	27	2.6	29	77	6	67	38	1	0	60	1.06
2747140--2747663	153	3.4	151	81	8	562	27	16	5	49	1.68
2753348--2753442	28	3.3	28	82	7	102	36	8	23	31	1.85
2754283--2754328	24	1.9	24	86	0	65	32	0	50	17	1.47
2760832--2761297	231	2.0	231	100	0	932	27	15	21	35	1.93
2765221--2765430	28	7.3	29	80	6	214	40	6	0	52	1.31
2765220--2765422	57	3.6	56	79	11	173	40	6	0	52	1.31
2765495--2765615	30	4.0	31	80	11	101	35	5	1	57	1.33
2765525--2765617	32	3.1	29	83	9	100	34	4	1	60	1.24
2765662--2765727	31	2.2	30	86	7	91	51	0	4	43	1.22
2769065--2769106	18	2.5	17	88	7	59	40	2	7	50	1.43
2769774--2769798	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2773073--2773134	32	2.0	31	84	9	81	27	0	9	62	1.26
2774057--2775546	497	3.0	499	96	0	2777	42	17	20	20	1.90
2777255--2777303	21	2.3	21	100	0	98	8	10	30	51	1.65
2785557--2785658	36	2.8	36	90	0	159	42	19	19	18	1.90
2785702--2785808	36	3.0	36	83	6	121	35	22	21	20	1.96
2785466--2786078	153	4.0	152	88	1	874	35	22	19	22	1.96
2785858--2786094	37	6.2	37	72	8	163	37	22	17	22	1.94
2785894--2786196	116	2.6	116	90	1	462	36	22	18	22	1.95
2785474--2786056	79	7.7	77	67	15	363	34	22	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786126--2786199	38	1.9	38	91	5	123	44	17	16	21	1.86
2786388--2786435	3	15.7	3	83	12	62	39	0	0	60	0.97
2786397--2786439	16	2.8	16	92	3	70	39	0	0	60	0.97
2788785--2788824	21	1.9	21	100	0	80	12	10	22	55	1.67
2789237--2789682	226	2.0	224	83	4	567	31	14	8	45	1.74
2791783--2791908	64	2.0	64	84	6	166	36	20	16	26	1.94
2792478--2792535	18	3.1	19	80	9	82	20	22	29	27	1.99
2792478--2792536	20	3.0	20	82	7	86	22	22	28	27	1.99
2792786--2792826	2	20.5	2	94	0	73	46	0	0	53	1.00
2794400--2794458	6	9.8	6	94	0	100	37	0	49	13	1.43
2798350--2798509	65	2.5	64	83	2	185	33	21	18	26	1.96
2799082--2799154	18	3.9	18	76	13	76	20	16	30	32	1.95
2800317--2800351	3	11.3	3	87	6	52	65	0	0	34	0.93
2800320--2800351	16	2.0	17	88	11	50	65	0	0	34	0.93
2800600--2800707	49	2.2	48	82	8	130	33	13	25	27	1.94
2800644--2801071	113	3.8	113	82	4	474	30	14	25	28	1.95
2814636--2814696	21	2.9	21	97	0	113	9	13	16	60	1.58
2818044--2818229	31	5.9	32	77	9	152	32	18	18	30	1.95
2818125--2818230	32	3.3	32	90	2	151	35	17	16	29	1.93
2822742--2822851	31	3.6	30	78	11	98	29	18	18	34	1.94
2822826--2823040	32	6.8	32	88	0	306	32	19	15	32	1.93
2823858--2823899	17	2.5	17	96	0	75	40	21	4	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2827520--2827641	57	2.1	57	84	1	154	43	13	9	33	1.76
2832953--2833151	39	5.3	39	90	1	257	18	39	11	30	1.86
2833048--2833113	21	3.3	21	68	20	68	16	37	12	33	1.86
2833234--2833264	6	5.2	6	96	0	53	19	51	12	16	1.76
2834095--2834825	231	3.2	230	86	1	948	18	15	31	34	1.92
2834040--2835074	33	31.4	33	75	6	652	18	15	32	34	1.92
2835198--2835269	33	2.2	33	100	0	144	26	18	25	30	1.98
2844746--2845050	157	1.9	156	87	2	441	40	20	12	26	1.88
2847703--2847734	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
2852131--2852177	24	2.0	23	87	4	67	57	12	2	27	1.47
2852219--2852245	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2852942--2852970	14	2.1	14	100	0	58	48	10	6	34	1.64
2859798--2859832	17	1.9	19	88	11	56	37	0	0	62	0.95
2864668--2864701	3	11.7	3	93	6	61	29	0	0	70	0.87
2864668--2864701	11	2.9	12	91	8	61	29	0	0	70	0.87
2864657--2864703	17	2.8	17	93	3	78	29	0	2	68	1.02
2865702--2865823	43	2.7	45	84	5	167	33	22	7	36	1.82
2868613--2868669	3	18.3	3	92	7	96	31	0	0	68	0.90
2868604--2868666	22	2.8	22	95	2	108	34	0	0	65	0.93
2868789--2868818	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
2869986--2870025	21	1.9	21	89	0	62	20	22	17	40	1.92
2870023--2870148	20	6.3	20	89	1	191	37	23	19	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2870748--2870786	20	2.0	19	95	5	69	48	15	20	15	1.81
2870793--2870861	33	2.1	34	86	2	95	14	23	20	42	1.89
2870833--2870885	20	2.7	20	100	0	106	15	20	26	37	1.92
2870983--2871019	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2872372--2872481	42	2.6	42	76	11	109	24	19	35	20	1.96
2872963--2873049	20	4.3	20	95	0	147	37	21	19	20	1.94
2873094--2873199	28	3.5	31	80	10	128	11	22	20	45	1.83
2873132--2873184	14	3.8	14	89	0	88	9	26	20	43	1.82
2873123--2873199	14	5.1	17	78	15	55	10	24	20	44	1.83
2873287--2873759	94	5.1	94	94	1	817	46	19	12	21	1.82
2873287--2873759	187	2.5	187	94	1	822	46	19	12	21	1.82
2875458--2875513	20	2.8	20	81	10	78	41	19	25	14	1.89
2875448--2875558	19	6.0	19	75	14	88	44	18	23	13	1.86
2875457--2875570	52	2.1	54	87	3	160	43	20	23	12	1.85
2875571--2875651	33	2.5	33	87	0	108	12	19	19	48	1.80
2875628--2875671	21	2.1	21	82	0	52	13	20	13	52	1.74
2875656--2875706	20	2.5	20	83	0	57	13	9	21	54	1.67
2876264--2876434	20	8.5	19	78	10	146	21	19	22	36	1.95
2876264--2876434	40	4.2	40	85	5	229	21	19	22	36	1.95
2876264--2876434	60	2.8	60	80	9	206	21	19	22	36	1.95
2876431--2876476	21	2.2	21	84	0	56	36	15	28	19	1.92
2878273--2878516	95	2.7	94	81	12	280	30	19	19	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2879620--2880665	84	12.6	83	78	6	907	31	24	19	24	1.98
2879620--2880665	165	6.3	166	79	5	945	31	24	19	24	1.98
2879661--2880655	249	4.0	249	90	1	1424	31	24	19	24	1.98
2880907--2880954	17	2.9	16	85	11	62	29	0	2	68	1.01
2884972--2885047	29	2.6	29	91	0	125	42	11	14	31	1.82
2889715--2889797	29	2.8	29	85	1	112	42	10	13	33	1.79
2892282--2892338	29	2.0	29	96	0	105	47	14	12	26	1.79
2896930--2896988	29	2.0	29	96	0	109	50	13	11	23	1.74
2897796--2897902	45	2.4	45	79	7	119	31	17	17	32	1.94
2900189--2900213	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
2900614--2900694	23	3.6	22	81	8	101	25	24	24	24	2.00
2900617--2900713	44	2.2	44	85	10	128	26	21	24	26	1.99
2909584--2909622	20	1.9	21	94	5	71	28	12	28	30	1.93
2909798--2909825	13	2.2	13	100	0	56	42	7	14	35	1.73
2915864--2915913	2	24.5	2	84	11	66	44	4	2	50	1.32
2923130--2923168	17	2.3	17	90	0	60	30	10	2	56	1.46
2923121--2923159	17	2.3	17	100	0	78	30	15	0	53	1.42
2923993--2924021	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2924619--2924644	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2924751--2924825	2	37.5	2	100	0	150	50	0	0	49	1.00
2924849--2924916	33	2.1	33	82	0	82	69	1	4	25	1.16
2924844--2924904	30	2.0	30	84	6	79	67	0	4	27	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2924950--2924978	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2924975--2925004	15	1.9	16	93	6	53	66	0	6	26	1.16
2926226--2926417	99	1.9	98	88	1	285	21	17	23	37	1.94
2938221--2938276	15	3.7	15	69	11	51	71	0	5	23	1.06
2938223--2938284	30	2.2	28	83	13	74	74	1	4	19	1.09
2938951--2938993	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2948007--2948274	146	1.8	145	89	0	419	33	16	13	36	1.87
2951369--2951461	30	3.0	30	83	7	107	33	23	16	26	1.95
2951979--2952014	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2952432--2952484	21	2.5	22	87	9	74	26	26	16	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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