genome.fa.s8228.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008228.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110864_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3739947

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2067955--2068061	55	1.9	55	86	0	151	28	14	14	43	1.83
2067917--2068098	93	2.0	93	92	0	301	26	15	15	42	1.87
2067879--2068136	131	2.0	131	92	0	426	25	16	15	41	1.88
2067852--2068165	169	1.9	169	93	0	547	26	17	16	39	1.90
2068129--2068306	45	4.0	44	79	1	167	23	17	19	40	1.91
2068712--2068745	15	2.2	16	89	5	52	8	0	11	79	0.94
2068749--2068813	26	2.6	25	90	4	112	46	0	6	47	1.27
2068749--2068833	30	3.2	26	76	16	84	48	0	7	44	1.30
2068767--2068833	30	2.2	30	86	5	100	50	0	7	41	1.30
2068811--2068864	17	2.9	18	83	8	56	55	0	9	35	1.32
2068950--2068986	3	12.3	3	94	0	65	29	0	2	67	1.04
2073946--2074073	63	2.0	64	85	7	172	42	14	11	31	1.81
2077232--2077260	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2079788--2079855	20	3.3	20	83	2	82	22	19	20	38	1.94
2080623--2080690	31	2.2	31	97	0	127	14	16	29	39	1.88
2081005--2081068	28	2.3	28	89	2	103	14	10	34	40	1.80
2082651--2082705	22	2.9	17	76	23	65	12	23	43	20	1.86
2082624--2082661	7	5.4	7	93	0	58	31	28	23	15	1.96
2082659--2082701	22	2.0	22	95	0	77	11	23	44	20	1.84
2082704--2082743	19	2.1	19	100	0	80	25	32	25	17	1.97
2082702--2082791	9	9.3	9	71	13	54	31	26	25	16	1.97
2082708--2082792	29	2.9	29	75	8	50	31	27	23	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082754--2082792	21	1.9	21	89	5	62	35	23	23	17	1.95
2089981--2090030	22	2.3	22	100	0	100	8	24	50	18	1.73
2090038--2090127	9	9.1	10	75	12	71	28	26	23	21	1.99
2090038--2090107	19	3.6	19	76	16	63	27	28	22	21	1.99
2090052--2090127	30	2.5	31	80	6	93	27	26	25	21	1.99
2096515--2096648	72	1.9	72	91	0	223	29	12	17	40	1.87
2099651--2099876	90	2.5	90	96	0	416	30	12	19	37	1.89
2115846--2116037	95	2.0	95	96	0	357	29	8	18	44	1.79
2115991--2116067	39	2.0	39	86	0	109	33	12	14	38	1.84
2116672--2117096	212	2.0	212	99	0	832	28	15	21	34	1.94
2130016--2130098	37	2.2	37	100	0	166	61	10	7	20	1.52
2134389--2134419	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2134464--2134514	22	2.2	22	82	6	57	76	0	9	13	1.02
2134560--2134606	20	2.4	19	82	10	58	61	0	21	17	1.34
2135852--2135946	37	2.6	36	86	4	138	43	5	3	48	1.41
2135852--2135965	37	3.1	37	81	9	137	42	7	3	47	1.47
2135955--2135988	12	2.8	12	83	16	52	38	8	5	47	1.59
2135955--2135988	13	2.8	13	86	13	54	38	8	5	47	1.59
2135967--2136177	39	5.9	37	71	21	157	42	7	2	47	1.45
2135982--2136117	64	2.1	64	91	4	220	46	8	1	44	1.42
2136021--2136077	25	2.3	25	96	0	105	50	8	0	40	1.33
2136046--2136142	40	2.5	40	91	5	153	45	8	1	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2135969--2136257	144	2.0	144	81	11	344	43	7	2	46	1.43
2135864--2136253	104	3.9	99	77	14	286	42	7	2	47	1.46
2136167--2136239	38	1.9	37	81	10	85	46	8	0	45	1.33
2136345--2136396	22	2.5	20	82	11	68	48	3	3	44	1.39
2136366--2136423	11	5.5	11	73	17	52	50	3	3	43	1.36
2136345--2136517	42	4.2	40	72	14	138	46	4	4	44	1.42
2136345--2136533	20	9.2	21	67	20	73	46	4	4	44	1.44
2136634--2136767	42	3.2	42	95	0	232	45	8	5	39	1.60
2136781--2136837	13	4.5	13	75	20	50	45	3	1	49	1.29
2136795--2136901	2	51.5	2	69	20	60	43	5	2	47	1.41
2136791--2136899	7	16.4	7	73	11	54	43	5	2	48	1.40
2136824--2136883	27	2.2	27	90	0	93	38	8	5	48	1.55
2136645--2137279	20	30.8	20	67	19	136	43	7	5	43	1.55
2136940--2137116	18	9.2	18	66	18	63	43	6	6	42	1.57
2136909--2137108	60	3.4	58	78	9	190	46	7	5	41	1.55
2137009--2137150	18	7.2	18	69	20	88	42	7	9	40	1.65
2137129--2137174	24	1.9	24	86	8	67	39	8	10	41	1.71
2137068--2137174	42	2.5	41	78	11	126	40	7	10	42	1.67
2137184--2137279	2	45.0	2	76	15	86	43	5	3	47	1.41
2137171--2137279	18	6.4	17	77	13	107	44	5	2	47	1.40
2137184--2137279	7	15.0	6	80	12	86	43	5	3	47	1.41
2137529--2137566	13	2.8	13	82	17	51	60	0	2	36	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137545--2137591	19	2.5	19	86	3	60	59	0	8	31	1.27
2140806--2140871	31	2.1	31	85	0	87	54	10	3	31	1.50
2143394--2143419	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2147960--2148005	19	2.5	19	85	3	58	32	8	0	58	1.28
2147985--2148021	13	2.7	14	84	15	51	37	2	0	59	1.12
2148279--2148358	7	12.5	6	77	13	63	48	3	5	42	1.42
2148279--2148324	13	3.7	13	88	11	69	52	0	4	43	1.21
2148268--2148331	24	2.6	24	82	9	76	51	4	3	40	1.38
2148259--2148324	28	2.3	30	82	10	75	51	3	3	42	1.32
2148279--2148371	20	4.9	19	76	12	77	48	3	5	43	1.42
2148279--2148358	2	37.5	2	74	16	63	48	3	5	42	1.42
2148368--2148413	24	1.9	24	86	8	67	41	10	8	39	1.71
2148315--2148413	31	3.1	31	74	8	83	44	8	7	40	1.61
2148392--2148533	18	7.2	18	70	20	88	40	9	7	42	1.65
2148368--2148474	42	2.5	42	80	8	137	42	10	7	40	1.67
2148490--2148633	40	3.7	39	70	19	102	42	4	7	45	1.52
2148434--2148671	60	4.1	60	75	16	209	42	5	7	45	1.54
2148426--2148602	18	9.2	18	67	19	63	42	6	6	43	1.57
2148557--2148752	27	8.0	25	72	15	103	44	4	6	44	1.49
2148641--2148745	2	50.5	2	68	20	56	47	2	5	43	1.41
2148641--2148745	20	4.8	20	68	25	63	47	2	5	43	1.41
2148749--2148796	24	2.0	24	84	8	62	45	10	4	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148769--2148838	22	3.3	22	70	22	76	40	7	8	44	1.62
2148767--2148858	42	2.2	42	94	0	157	40	6	8	44	1.61
2148771--2148840	20	3.4	20	77	14	88	38	7	10	44	1.65
2148962--2149024	22	2.9	22	86	6	76	44	4	3	47	1.40
2149321--2149487	38	4.4	38	85	10	213	47	2	7	41	1.47
2149341--2149490	39	3.9	39	89	4	207	46	3	8	42	1.49
2149466--2149498	11	2.8	12	90	9	50	45	6	9	39	1.61
2149466--2149499	12	2.8	13	86	13	54	47	5	8	38	1.59
2149507--2149602	37	2.7	35	83	4	120	51	3	5	40	1.40
2149600--2149645	11	4.3	11	78	13	51	13	13	0	73	1.09
2150135--2150193	32	1.9	29	83	10	73	66	16	11	5	1.41
2150353--2150382	15	2.0	15	100	0	60	13	6	40	40	1.71
2150946--2150979	17	2.0	17	88	11	52	26	2	0	70	1.01
2156689--2157067	201	1.9	202	84	1	519	32	22	18	26	1.97
2157518--2157628	38	3.0	38	91	7	169	45	2	8	44	1.47
2157594--2157652	25	2.3	26	88	11	95	37	0	10	52	1.35
2157620--2157740	39	3.3	38	80	15	130	40	3	9	46	1.54
2157716--2157759	11	3.8	11	90	6	61	40	6	13	38	1.71
2157568--2157834	96	2.8	95	80	10	265	43	3	8	44	1.50
2157739--2157854	37	3.1	37	82	7	137	46	3	6	43	1.45
2162965--2163219	112	2.3	109	84	7	322	55	7	16	20	1.64
2164853--2164909	24	2.4	24	100	0	114	21	33	14	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169579--2169616	20	1.9	20	84	10	51	26	15	23	34	1.95
2170845--2170878	12	2.8	12	90	0	59	47	0	20	32	1.51
2175882--2175922	21	2.0	21	85	4	57	26	19	24	29	1.98
2184250--2184280	14	2.3	13	94	5	53	25	0	0	74	0.82
2189925--2190021	21	4.6	21	67	7	52	24	14	20	40	1.90
2190027--2190106	21	3.8	21	91	3	126	18	23	27	30	1.98
2191905--2191940	18	2.0	18	88	0	54	33	11	5	50	1.61
2192671--2192736	21	3.2	20	85	12	80	22	19	10	46	1.80
2192685--2192736	21	2.5	21	93	0	86	19	23	13	44	1.86
2195192--2195266	32	2.4	31	78	8	80	30	32	20	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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