genome.fa.s8228.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008228.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110864_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3739947

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  8  of  20  ( 2363 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1299071--1299829	402	1.9	402	84	1	1011	31	18	21	28	1.97
1300479--1300684	27	7.8	27	74	18	134	38	0	4	56	1.26
1300476--1300676	36	5.3	39	72	24	130	38	0	4	55	1.27
1300514--1300683	11	16.0	10	72	20	107	37	0	4	57	1.22
1300476--1300637	74	2.2	73	82	11	190	39	1	3	55	1.25
1300511--1300684	15	12.0	14	67	23	71	37	0	4	57	1.22
1300500--1300676	38	4.5	39	74	18	122	37	0	4	57	1.24
1302105--1302157	11	5.4	10	78	17	58	26	0	0	73	0.83
1302111--1302183	23	3.2	23	74	18	71	26	0	1	72	0.93
1302105--1302170	29	2.3	28	89	5	96	28	0	0	71	0.87
1302105--1302182	29	2.8	28	84	11	90	25	0	1	73	0.91
1302105--1302182	28	2.8	28	82	9	88	25	0	1	73	0.91
1307289--1307324	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1309008--1309070	16	3.9	16	89	4	92	22	23	12	41	1.88
1309251--1309308	22	2.4	25	88	11	86	56	1	1	39	1.19
1312444--1312773	102	3.3	101	84	3	441	50	15	10	23	1.75
1317236--1317264	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
1318735--1318839	20	5.1	19	75	21	88	42	9	7	40	1.66
1318741--1318798	24	2.5	24	86	5	75	46	6	6	39	1.57
1318828--1318898	37	1.9	37	85	5	99	39	9	9	40	1.72
1318857--1318901	24	1.9	23	86	4	63	37	6	8	46	1.61
1318916--1318982	7	9.7	7	70	3	55	22	0	32	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1318923--1318975	27	2.0	27	84	0	70	24	0	30	45	1.54
1318924--1318975	14	3.8	14	79	5	61	25	0	28	46	1.53
1319104--1319213	42	2.6	42	94	0	184	40	12	7	39	1.71
1319431--1319565	2	69.0	2	71	20	90	45	5	1	47	1.34
1319521--1319743	13	16.5	13	67	18	73	43	4	4	47	1.43
1319513--1319594	31	2.7	32	77	15	77	46	2	1	50	1.22
1319455--1319632	78	2.2	79	85	5	243	44	5	2	47	1.39
1319613--1319681	28	2.6	25	76	17	66	43	8	5	42	1.59
1319664--1319821	18	9.3	18	67	23	83	45	1	5	46	1.37
1319621--1319816	100	2.0	100	89	2	306	44	4	5	45	1.46
1319734--1319837	15	6.7	15	70	14	59	47	0	4	47	1.30
1319762--1319839	36	2.2	37	84	11	108	44	0	5	50	1.24
1319624--1319840	100	2.2	98	86	4	287	44	3	5	46	1.43
1322388--1322784	36	11.4	35	74	14	206	43	5	3	47	1.41
1322427--1322493	29	2.3	30	86	2	91	43	2	2	50	1.32
1322382--1322763	102	3.7	102	78	12	356	43	5	3	47	1.42
1322531--1322627	31	3.2	31	95	2	171	42	6	4	47	1.47
1322593--1322784	37	5.2	37	76	7	178	43	6	2	47	1.42
1322593--1322784	35	5.2	38	78	9	175	43	6	2	47	1.42
1325090--1325175	40	2.1	41	86	2	120	39	20	10	29	1.86
1325070--1325153	20	4.2	20	72	11	64	41	20	14	23	1.89
1325170--1325467	57	5.2	57	87	2	427	28	15	21	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1325442--1325490	20	2.5	20	89	0	80	24	14	28	32	1.94
1325388--1325602	77	2.8	77	88	0	322	26	16	21	35	1.94
1325519--1325567	20	2.5	20	82	0	71	28	18	24	28	1.98
1325596--1325687	20	4.6	20	100	0	184	18	19	21	40	1.92
1325379--1325645	77	3.5	76	83	5	315	25	16	21	35	1.94
1327563--1327595	16	2.1	16	94	0	57	45	6	9	39	1.61
1327622--1327661	8	5.1	8	82	17	57	40	35	0	25	1.56
1327622--1327663	15	2.7	15	82	17	59	38	33	0	28	1.58
1329751--1329788	19	2.0	20	89	5	60	15	26	34	23	1.95
1329770--1329837	23	3.0	22	84	4	82	19	26	30	23	1.98
1336679--1336956	96	2.9	95	88	3	400	30	17	23	28	1.97
1336972--1337232	120	2.2	121	88	0	389	28	19	21	31	1.97
1337721--1337944	37	6.1	37	68	12	145	36	13	20	29	1.91
1337712--1337927	73	2.9	74	87	5	289	36	13	20	29	1.91
1338612--1338654	15	2.9	15	96	0	77	58	9	25	6	1.54
1340467--1340518	21	2.5	21	90	0	86	46	9	13	30	1.75
1344084--1344137	23	2.5	21	74	17	56	29	14	16	38	1.89
1347966--1348006	21	2.0	21	85	0	55	41	12	9	36	1.76
1348076--1348109	9	3.7	9	88	4	50	2	11	2	82	0.89
1348428--1348724	96	3.1	96	87	3	406	30	18	23	26	1.98
1348711--1349315	121	4.9	121	83	3	701	28	18	20	31	1.97
1348711--1349208	241	2.1	242	87	1	712	27	19	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1349711--1349906	73	2.7	73	85	7	256	37	12	20	29	1.89
1349874--1350188	132	2.4	130	83	6	368	39	11	20	29	1.87
1349875--1350188	66	4.8	66	81	9	302	39	11	20	29	1.87
1351541--1351629	12	7.2	13	80	15	100	1	16	6	75	1.08
1351541--1351629	37	2.4	38	85	11	121	1	16	6	75	1.08
1351541--1351629	25	3.6	25	83	11	128	1	16	6	75	1.08
1358226--1358254	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
1358961--1359001	22	1.9	22	90	5	66	68	0	0	31	0.90
1359708--1359741	18	1.9	18	88	5	52	14	26	32	26	1.95
1361684--1361729	22	2.1	22	88	8	67	63	0	0	36	0.95
1362693--1362744	25	1.9	27	85	14	72	30	7	13	48	1.71
1362693--1362749	29	2.0	27	83	16	71	29	7	12	50	1.66
1364067--1364098	14	2.3	15	89	10	50	28	0	3	68	1.04
1364362--1364482	59	2.1	59	88	3	181	25	14	23	36	1.93
1374624--1375048	42	10.3	41	75	7	290	29	20	17	32	1.96
1374710--1374801	40	2.3	39	85	7	114	27	14	19	39	1.90
1374624--1375050	164	2.6	164	85	1	579	29	20	17	32	1.96
1378039--1378108	31	2.4	29	86	9	90	44	8	17	30	1.78
1379315--1379692	43	8.8	42	83	2	398	24	22	20	32	1.98
1382313--1382344	14	2.3	14	94	0	55	53	0	9	37	1.34
1385349--1385949	215	2.8	211	87	6	831	25	12	25	36	1.91
1386493--1386538	18	2.7	18	90	6	69	28	30	6	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1402689--1402869	43	4.2	43	77	4	175	32	13	27	25	1.94
1413652--1413700	18	2.6	19	80	6	55	32	14	24	28	1.94
1413959--1415106	578	2.0	578	93	0	1972	33	18	20	27	1.96
1416809--1416857	18	2.8	18	84	3	64	53	16	16	14	1.74
1417059--1417087	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1422928--1422992	20	3.3	19	72	20	62	26	20	12	41	1.87
1422897--1422997	39	2.7	38	90	6	161	20	19	11	47	1.81
1422918--1422972	17	2.8	20	71	18	53	20	20	12	47	1.82
1422937--1423001	20	3.3	20	70	12	62	20	21	7	50	1.72
1423209--1423509	162	1.9	163	87	0	451	25	19	16	37	1.93
1423409--1423638	119	1.9	119	86	0	325	22	19	17	40	1.92
1423523--1423941	163	2.6	163	85	3	558	26	18	17	37	1.93
1423214--1423806	282	2.1	281	80	2	697	25	19	17	38	1.93
1424086--1424395	101	3.1	98	78	9	302	40	12	16	30	1.86
1426394--1426420	9	3.0	9	100	0	54	0	33	0	66	0.92
1426400--1426519	12	9.5	13	69	15	56	5	22	0	71	1.07
1426418--1426461	6	6.9	7	87	7	51	9	25	0	65	1.21
1426474--1426506	9	3.7	9	92	8	50	0	18	0	81	0.68
1428118--1428160	21	2.0	22	86	4	61	69	0	11	18	1.17
1428143--1428183	19	2.2	19	86	8	57	63	0	14	21	1.30
1428209--1428516	155	2.0	153	96	1	571	41	15	12	30	1.85
1433114--1433144	14	2.2	14	94	0	53	80	3	16	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1439673--1439717	18	2.6	18	86	6	58	64	8	6	20	1.44
1460375--1460413	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
1461154--1461205	24	2.2	24	85	0	68	21	19	21	38	1.94
1463464--1463499	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
1463820--1463964	66	2.2	66	96	1	265	51	17	1	29	1.55
1464915--1465002	42	2.0	44	95	4	162	45	2	6	45	1.42
1465390--1465484	21	4.5	21	81	4	102	26	18	33	21	1.96
1465369--1465488	42	2.9	42	83	2	152	25	19	35	19	1.95
1465628--1465685	4	14.5	4	85	0	80	68	3	1	25	1.14
1465782--1465831	21	2.4	21	86	0	73	32	28	18	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20