genome.fa.s8228.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008228.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110864_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3739947

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2405078--2405155	23	3.3	23	80	1	84	24	17	23	34	1.96
2409664--2409720	21	2.7	21	97	0	105	28	22	21	28	1.99
2411259--2411323	23	2.8	23	88	0	94	26	21	27	24	1.99
2411338--2411555	103	2.1	103	94	0	382	37	22	13	26	1.91
2413982--2414199	103	2.1	103	95	0	391	26	13	22	36	1.92
2414206--2414283	23	3.3	23	80	1	84	24	17	23	34	1.96
2415713--2415795	23	3.6	22	73	15	62	16	24	28	30	1.97
2415713--2415801	24	3.8	24	73	18	80	19	23	26	30	1.98
2418327--2418380	24	2.4	22	77	19	58	40	9	0	50	1.35
2420661--2420737	29	2.5	30	79	10	75	31	0	3	64	1.11
2425358--2425422	29	2.2	29	88	0	94	41	12	16	29	1.85
2425656--2425686	6	5.0	6	96	4	53	0	80	0	19	0.71
2425950--2426003	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
2426225--2426264	18	2.2	19	86	4	55	10	7	10	72	1.28
2438570--2438628	3	20.3	3	75	13	52	67	1	3	27	1.16
2438578--2438639	29	2.2	28	81	16	76	62	3	4	29	1.31
2438869--2438902	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2439500--2439560	28	2.3	26	86	8	79	0	24	6	68	1.13
2439500--2439560	27	2.4	25	83	8	77	0	24	6	68	1.13
2440042--2440093	16	3.2	16	86	0	68	67	0	0	32	0.91
2440040--2440098	19	3.1	19	78	4	66	69	0	0	30	0.89
2440346--2441363	113	8.6	114	76	12	904	27	21	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2440701--2440798	40	2.5	40	98	0	187	18	26	9	45	1.79
2440472--2441024	266	2.1	266	94	0	953	26	21	13	37	1.91
2440585--2440911	153	2.1	153	95	0	591	25	22	13	38	1.90
2440359--2441137	379	2.1	379	93	0	1337	27	21	13	37	1.91
2441796--2441873	22	3.5	22	87	3	111	41	12	11	34	1.80
2444344--2444566	114	2.0	114	91	1	367	32	17	15	34	1.92
2446733--2446848	7	15.3	7	71	18	81	5	18	0	75	1.05
2446728--2446819	8	11.4	8	69	23	59	4	22	0	72	1.02
2446731--2446782	15	3.5	15	85	15	63	3	21	0	75	0.97
2446733--2446852	26	4.8	24	77	16	95	5	19	0	75	1.04
2452631--2452688	28	2.1	28	100	0	116	24	13	12	50	1.76
2452810--2452868	3	20.3	3	75	13	52	67	1	3	27	1.16
2452818--2452879	29	2.2	28	81	16	76	62	3	4	29	1.31
2452896--2452957	29	2.2	29	80	13	67	61	1	6	30	1.31
2453723--2453784	28	2.3	28	86	8	85	0	29	8	62	1.23
2454275--2454326	16	3.2	16	86	0	68	67	0	0	32	0.91
2454273--2454331	19	3.1	19	78	4	66	69	0	0	30	0.89
2455826--2455885	23	2.6	22	84	5	66	41	8	18	31	1.80
2455913--2455972	23	2.6	23	81	0	57	41	6	16	35	1.75
2455825--2456047	87	2.6	87	91	0	365	43	9	13	33	1.77
2456049--2456730	199	3.4	198	87	4	964	31	14	14	38	1.87
2456831--2456924	30	3.2	30	79	11	81	50	1	1	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456842--2456928	14	6.2	14	69	9	52	47	1	1	50	1.16
2456856--2456924	28	2.5	28	74	6	70	49	1	1	47	1.19
2456960--2457011	24	2.2	24	80	16	65	38	0	5	55	1.24
2457093--2457139	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2457613--2457705	30	3.1	30	79	13	86	48	1	1	49	1.15
2457589--2457687	30	3.1	31	80	12	87	48	2	1	48	1.19
2457589--2457705	31	3.7	32	76	18	88	47	1	1	48	1.21
2457630--2457731	14	7.2	14	70	11	57	48	1	0	49	1.19
2457644--2457712	28	2.5	28	74	6	70	49	1	1	47	1.19
2457695--2457739	14	3.1	15	84	6	58	55	2	0	42	1.12
2457748--2457799	24	2.2	24	77	16	56	36	0	7	55	1.29
2458054--2458103	23	2.2	23	100	0	100	30	20	12	38	1.88
2458131--2458181	23	2.2	23	89	0	75	33	19	9	37	1.85
2458038--2458264	87	2.6	87	92	0	373	32	13	11	42	1.80
2458140--2458389	110	2.3	110	92	0	410	32	14	11	42	1.80
2458227--2458288	23	2.7	23	87	7	90	38	14	9	37	1.79
2458328--2458389	23	2.7	23	84	0	79	32	19	9	38	1.84
2459631--2459691	21	2.9	21	90	2	95	44	19	14	21	1.86
2459571--2459703	20	6.6	20	73	13	85	36	25	14	23	1.92
2459594--2459838	20	12.1	20	75	7	113	33	24	13	29	1.93
2459738--2459865	40	3.2	40	76	4	141	26	22	14	36	1.92
2459674--2459825	60	2.5	62	77	6	150	32	24	12	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459717--2459887	20	8.6	20	72	3	94	28	23	12	35	1.91
2460442--2460475	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2460731--2460767	3	12.3	3	100	0	74	64	0	35	0	0.94
2464273--2464338	3	21.0	3	84	9	87	63	0	0	36	0.95
2464548--2465235	113	5.7	122	81	8	708	26	20	14	38	1.91
2464689--2465237	237	2.3	235	95	0	974	26	20	14	37	1.92
2465181--2465225	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
2465045--2465258	113	1.9	113	87	1	313	29	20	12	37	1.89
2465569--2465768	95	2.1	95	98	0	382	31	16	14	37	1.89
2466095--2466487	83	4.6	85	90	6	554	38	23	12	24	1.90
2466184--2466487	83	3.7	83	96	0	556	38	24	12	24	1.90
2467479--2467533	16	3.2	17	85	12	69	52	5	7	34	1.52
2467853--2467931	14	5.9	13	76	18	74	0	18	0	81	0.70
2467855--2467931	26	2.8	27	86	11	104	0	19	0	80	0.71
2467852--2467931	38	2.0	40	88	9	121	0	20	0	80	0.72
2467855--2467934	20	4.1	20	80	15	96	0	20	0	80	0.72
2467861--2467931	9	7.9	9	81	18	78	0	19	0	80	0.72
2467855--2467934	11	8.2	10	80	14	80	0	20	0	80	0.72
2475246--2475277	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
2478534--2478585	21	2.3	22	80	12	61	73	1	3	21	1.10
2480671--2480742	3	23.0	3	80	8	81	61	0	0	38	0.96
2481327--2481362	12	3.0	12	87	0	54	47	30	5	16	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2481710--2481841	20	6.5	20	69	17	94	43	20	12	22	1.86
2483941--2484001	21	2.9	21	90	4	79	22	18	39	19	1.92
2484353--2484548	21	9.3	21	75	6	182	34	34	10	20	1.88
2484353--2484534	63	2.9	62	84	1	220	34	34	10	20	1.88
2484643--2484850	42	5.0	41	88	4	242	24	13	36	25	1.92
2484786--2484851	21	3.1	21	65	16	55	30	12	33	24	1.91
2486291--2486336	20	2.3	20	88	0	65	13	13	19	54	1.71
2486695--2486744	22	2.4	20	78	12	55	24	14	50	12	1.76
2486709--2486752	22	2.0	22	95	0	79	25	18	43	13	1.86
2486853--2487019	20	8.4	20	71	5	95	37	13	21	27	1.91
2486920--2487015	40	2.4	40	88	10	135	38	14	21	25	1.91
2486869--2487016	60	2.5	60	82	0	161	37	13	22	26	1.91
2487403--2487436	17	1.9	18	94	5	61	32	0	2	64	1.08
2497739--2497972	117	2.0	117	99	0	459	30	26	13	29	1.94
2502893--2502948	21	2.5	22	77	8	60	32	3	1	62	1.23
2503042--2503070	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2503106--2503173	28	2.4	29	81	16	81	19	7	0	73	1.06
2503106--2503177	23	3.2	22	75	23	69	19	6	0	73	1.05
2503116--2503177	17	3.9	16	72	22	51	19	8	0	72	1.09
2503256--2503302	21	2.2	22	84	3	60	19	21	2	57	1.51
2503263--2503307	22	2.1	21	84	8	56	20	15	2	62	1.43
2503455--2503485	14	2.2	14	100	0	62	0	19	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505115--2505167	22	2.4	22	74	0	52	35	20	16	26	1.94
2505433--2505486	22	2.5	22	93	3	92	12	25	22	38	1.90
2505433--2505497	22	3.0	22	88	2	87	13	27	18	40	1.89
2508750--2508797	21	2.3	21	100	0	96	41	14	18	25	1.88
2511493--2511540	21	2.3	21	100	0	96	41	14	18	25	1.88
2513657--2513739	33	2.5	33	96	1	150	9	10	38	40	1.73
2518150--2518195	21	2.2	21	92	3	76	45	28	17	8	1.78
2520815--2520850	18	2.0	18	94	0	63	0	16	36	47	1.47
2521935--2521959	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
2521991--2522222	72	3.2	72	65	17	186	34	3	4	58	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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