genome.fa.s8228.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008228.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110864_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3739947

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853368--853758	20	19.5	20	83	6	450	35	25	18	20	1.95
854435--854481	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
854656--854680	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
855264--855322	19	3.1	19	100	0	118	10	15	20	54	1.70
856403--856433	7	4.3	7	92	8	53	67	0	0	32	0.91
859331--859391	24	2.5	25	94	2	106	32	21	24	21	1.98
860976--861019	21	2.1	20	84	16	54	54	4	0	40	1.21
861110--861196	43	2.0	43	82	8	106	48	0	3	48	1.18
861283--861353	27	2.7	25	77	16	72	43	0	2	53	1.15
861798--861823	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
867002--867044	22	1.9	23	85	4	61	37	9	9	44	1.69
867052--867099	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
867526--867588	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
867733--867799	30	2.2	29	82	10	73	43	0	4	52	1.21
867163--868034	427	2.0	430	97	0	1669	39	12	7	40	1.72
867943--868015	23	3.2	22	88	3	83	39	20	4	35	1.72
867953--868015	23	2.7	23	92	0	99	38	19	4	38	1.73
868115--868272	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
868239--868548	20	15.5	20	87	1	352	37	24	17	20	1.94
869231--869277	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
871720--871927	19	11.7	19	80	15	257	45	17	21	15	1.85
871720--871927	71	2.9	71	94	2	355	45	17	21	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871706--871921	33	6.2	34	84	12	278	46	18	21	14	1.84
871748--871927	52	3.4	51	77	13	184	45	16	22	15	1.85
871936--872033	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
871917--872033	53	2.2	53	96	1	218	13	24	17	43	1.86
872140--872176	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
873219--873257	18	2.2	18	100	0	78	64	5	5	25	1.35
873534--873590	19	3.0	20	87	7	82	47	24	17	10	1.79
873581--873637	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
873562--873654	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
873541--873659	19	6.8	19	77	18	123	47	22	20	10	1.80
873655--873783	19	7.3	19	75	17	116	9	17	27	45	1.78
873655--873746	33	2.8	33	91	3	141	8	18	27	45	1.78
873831--874485	93	7.1	93	99	0	1285	45	19	12	21	1.83
876192--876281	14	5.7	14	69	23	63	44	22	23	10	1.82
876184--876298	33	3.5	33	97	0	221	46	20	22	10	1.80
876206--876303	19	5.7	19	69	22	90	44	21	22	11	1.83
876315--876371	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
876299--876379	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
876356--876431	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
876355--876432	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
876511--876581	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
876763--876817	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876964--877117	20	7.7	20	81	7	168	18	18	26	37	1.93
876963--877117	40	3.8	40	82	4	186	18	18	26	37	1.93
877104--877186	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
877084--877182	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
877658--877709	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
877668--877730	23	2.7	24	90	4	94	39	20	4	34	1.74
877323--878361	429	2.4	430	95	2	1890	39	11	7	41	1.70
878097--878159	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
878579--878664	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
878922--878958	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
879396--879457	23	2.7	23	92	0	106	40	16	4	38	1.69
879648--879696	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
881488--881553	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
881587--881630	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
883837--883877	21	1.9	22	95	5	75	19	14	12	53	1.72
883834--883881	21	2.4	19	83	16	69	18	16	10	54	1.70
884015--884061	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
884110--885053	228	4.1	228	96	2	1763	39	8	7	44	1.62
884110--885053	455	2.1	457	96	2	1765	39	8	7	44	1.62
885548--885595	3	15.3	3	78	8	51	41	0	0	58	0.98
885550--885608	16	3.6	16	79	6	66	44	0	0	55	0.99
885540--885585	22	2.1	22	88	8	67	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886807--886878	14	5.2	13	74	21	58	33	1	2	62	1.18
890185--890224	21	1.9	21	94	0	71	22	12	10	55	1.67
896973--897027	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
897577--898129	184	3.0	184	96	0	1009	31	13	15	39	1.86
898070--898562	76	6.5	76	96	0	887	24	19	21	34	1.97
898689--898751	16	3.9	16	79	8	67	46	0	0	53	1.00
899931--900002	14	5.2	13	74	21	58	33	1	2	62	1.18
900158--900220	33	2.0	33	84	6	85	41	0	1	57	1.08
901671--901699	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
903449--903499	18	2.7	19	81	6	68	52	0	3	43	1.19
905538--905663	41	3.1	42	82	3	168	50	20	7	21	1.74
905521--905651	41	3.2	42	79	3	158	49	19	9	22	1.76
907391--907426	6	5.8	6	87	6	54	80	0	2	16	0.83
907377--907434	25	2.2	25	85	11	73	75	3	5	15	1.11
907377--907425	12	3.8	12	83	10	53	75	2	6	16	1.09
919647--919695	22	2.2	22	88	0	71	51	2	0	46	1.12
919869--919913	23	2.0	23	90	0	72	53	2	0	44	1.13
920320--920485	44	3.9	42	80	7	156	27	10	3	57	1.49
920341--920446	43	2.5	42	77	14	117	30	8	3	57	1.46
920409--920485	41	1.9	40	89	2	118	27	15	2	54	1.54
920494--920600	43	2.4	45	81	12	132	25	15	6	52	1.67
920418--920599	102	1.8	100	85	5	215	25	16	6	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922009--922044	18	2.1	17	89	5	54	50	0	0	50	1.00
922119--922152	13	2.5	14	90	4	52	55	0	0	44	0.99
922119--922152	7	5.0	7	89	7	52	55	0	0	44	0.99
925124--925164	16	2.6	16	96	0	73	19	7	14	58	1.59
929732--929781	26	1.9	26	87	0	73	48	18	12	22	1.80
930265--930308	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
935715--935782	34	2.0	34	97	0	127	29	27	0	42	1.56
935720--935774	18	3.2	17	69	19	51	25	29	0	45	1.54
936022--936074	17	3.3	15	80	15	52	54	24	1	18	1.54
937979--938015	8	4.6	8	100	0	74	72	0	27	0	0.84
941946--941985	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
944256--944321	32	2.1	32	82	0	78	27	24	30	18	1.98
944270--944349	32	2.5	32	81	4	90	25	27	28	18	1.98
944334--944403	32	2.2	31	87	10	97	24	25	25	24	2.00
946417--946461	14	3.3	13	81	6	54	22	11	26	40	1.87
947646--947691	18	2.6	18	82	0	56	19	23	15	41	1.89
948024--948058	16	2.2	16	90	10	54	57	0	2	40	1.14
952637--952691	25	2.2	26	96	3	103	54	5	7	32	1.51
953451--953482	4	8.0	4	92	0	55	25	3	25	46	1.67
955830--956507	181	3.7	182	90	1	1060	43	14	16	25	1.86
955830--956507	363	1.9	362	90	1	1090	43	14	16	25	1.86
963497--963558	32	1.9	32	90	0	97	27	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
963541--963947	55	7.6	54	83	9	283	28	21	16	32	1.96
963540--963993	110	4.2	106	83	9	423	27	21	17	32	1.96
963695--965358	54	31.4	52	82	8	1430	23	25	18	32	1.97
963736--965370	105	15.5	104	80	8	1691	23	25	18	32	1.97
963736--965370	159	10.3	157	86	4	1718	23	25	18	32	1.97
968426--968501	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
970588--970643	6	9.2	6	86	9	78	46	17	16	19	1.84
970588--970643	13	4.6	12	85	10	78	46	17	16	19	1.84
970592--970643	19	2.7	19	93	0	95	48	17	15	19	1.82
975058--975107	19	2.5	20	87	3	66	32	2	12	54	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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