genome.fa.s8228.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008228.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110864_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3739947

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522066--2522094	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
2522075--2522130	18	3.2	18	82	5	71	30	0	0	69	0.89
2522216--2522283	19	3.6	19	72	20	54	48	1	1	48	1.19
2521996--2522286	149	2.0	148	83	5	372	38	2	3	55	1.32
2523618--2523655	18	2.1	18	85	14	51	34	0	0	65	0.93
2523618--2523655	10	4.1	9	86	13	51	34	0	0	65	0.93
2523745--2523771	13	2.1	13	100	0	54	22	7	0	70	1.12
2523899--2523955	22	2.7	20	79	12	60	31	3	0	64	1.10
2523922--2523976	25	2.2	25	83	9	67	25	1	0	72	0.94
2523785--2523976	30	6.5	30	66	20	93	29	4	2	64	1.24
2524597--2524638	22	2.0	21	85	4	57	59	0	0	40	0.97
2526006--2526065	31	1.9	31	93	0	102	40	3	10	46	1.54
2526280--2526318	20	2.0	20	85	10	53	35	0	2	61	1.10
2526529--2526590	18	3.2	20	78	19	62	61	0	1	37	1.06
2526555--2526744	63	3.1	58	79	17	172	56	1	0	41	1.12
2526601--2526744	18	7.2	19	69	22	82	57	1	0	40	1.07
2526700--2526752	18	2.9	18	77	5	63	67	1	0	30	1.01
2527910--2528193	141	2.0	142	82	4	349	29	17	22	29	1.97
2532065--2532144	35	2.3	35	84	0	106	42	17	0	40	1.49
2532065--2532160	35	2.7	34	73	6	84	40	20	1	37	1.60
2532316--2532594	143	2.0	142	92	3	472	35	5	9	49	1.57
2533062--2533157	35	2.7	35	88	3	131	33	1	23	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537498--2537639	50	2.9	49	80	12	164	46	28	0	23	1.58
2540892--2540955	26	2.4	27	76	5	78	43	7	4	43	1.54
2547065--2547108	22	2.0	22	81	0	52	31	29	27	11	1.91
2547697--2547881	31	6.0	31	97	1	336	19	19	22	38	1.93
2551521--2551565	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2552240--2552424	31	6.0	31	97	1	336	19	19	22	38	1.93
2559999--2560031	16	2.1	16	100	0	66	48	0	6	45	1.27
2562042--2562076	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2562499--2562538	20	2.0	21	85	5	55	52	0	5	42	1.23
2562751--2562798	15	3.2	16	74	14	57	29	0	10	60	1.30
2562756--2562805	15	3.3	15	69	20	50	32	0	8	60	1.26
2563978--2564016	20	2.0	20	94	0	69	25	12	43	17	1.85
2567372--2567719	173	2.0	172	93	2	599	30	9	9	50	1.67
2567802--2567884	33	2.5	33	92	0	139	33	30	26	9	1.88
2568550--2568574	12	2.1	12	100	0	50	40	0	12	48	1.40
2569007--2569048	6	6.8	6	86	2	57	45	47	2	4	1.36
2569605--2569654	19	2.7	20	81	9	61	78	2	2	18	0.95
2569698--2569743	9	5.0	9	80	15	58	84	0	4	10	0.75
2571090--2571128	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2571166--2571526	39	9.3	38	75	13	181	45	6	2	45	1.44
2571240--2571305	32	2.0	33	88	2	98	46	3	3	46	1.33
2571280--2571532	39	6.6	37	83	10	291	44	7	3	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579136--2579168	17	1.9	17	88	11	50	57	6	3	33	1.38
2580699--2580745	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
2583446--2583485	21	1.9	21	89	0	62	55	7	5	32	1.50
2589806--2589845	19	2.1	19	90	0	62	30	40	20	10	1.85
2591403--2591489	31	2.8	31	92	3	140	29	22	22	24	1.99
2591835--2591884	6	7.7	6	84	10	55	52	18	0	30	1.46
2592378--2592433	21	2.7	21	100	0	112	28	17	16	37	1.91
2595431--2595526	31	3.1	31	92	0	156	30	23	20	25	1.99
2597462--2597835	37	10.2	37	88	2	479	36	13	23	27	1.92
2597854--2598050	66	3.0	66	81	9	215	36	11	19	32	1.88
2598635--2598674	4	10.0	4	100	0	80	25	0	25	50	1.50
2599680--2599753	38	1.9	38	91	0	121	41	31	9	17	1.81
2599736--2599805	2	35.0	2	100	0	140	50	50	0	0	1.00
2601704--2601762	25	2.4	25	80	5	66	72	6	1	18	1.15
2603151--2603195	13	3.4	14	79	17	51	68	0	0	31	0.89
2603157--2603195	16	2.4	16	87	8	53	71	0	0	28	0.86
2603543--2603602	25	2.4	25	85	0	84	35	6	5	53	1.49
2603788--2603863	38	2.0	38	89	5	118	40	19	7	31	1.80
2603568--2604204	302	2.1	300	82	6	745	36	13	6	43	1.71
2604171--2604230	25	2.4	25	91	0	102	35	6	3	55	1.43
2604776--2604800	7	3.6	7	100	0	50	44	56	0	0	0.99
2606687--2606719	15	2.2	15	100	0	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2607489--2607519	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
2608176--2608246	2	37.5	2	82	10	87	49	0	1	49	1.09
2608467--2608500	16	2.1	17	94	5	61	17	44	5	32	1.73
2608469--2608506	17	2.2	17	86	9	51	18	50	5	26	1.68
2608908--2608948	20	2.0	20	90	0	64	46	0	2	51	1.14
2617493--2617592	46	2.2	46	94	0	173	38	8	12	42	1.71
2621167--2621212	20	2.3	20	100	0	92	32	34	13	19	1.90
2621907--2622100	5	38.8	5	100	0	388	59	0	0	40	0.97
2624818--2624862	23	2.0	23	90	0	72	40	8	15	35	1.79
2624778--2624940	87	1.9	87	94	0	290	41	12	14	32	1.82
2625220--2625547	162	2.0	162	81	6	380	28	17	16	38	1.91
2628159--2628701	199	2.7	199	85	3	770	32	15	13	38	1.87
2628461--2628914	251	1.8	252	86	5	670	32	16	14	37	1.88
2630221--2630273	3	17.7	3	80	0	61	24	32	3	39	1.73
2631428--2631468	15	2.7	15	96	0	73	36	4	39	19	1.73
2631754--2632496	201	3.7	201	95	0	1315	33	16	13	36	1.88
2632760--2632804	19	2.4	19	96	3	83	57	8	0	33	1.30
2634595--2634660	33	2.0	33	90	0	105	22	45	0	31	1.53
2634693--2634758	21	3.1	21	95	0	114	15	31	10	42	1.81
2635144--2635223	24	3.4	24	87	3	92	47	8	0	43	1.34
2635160--2635218	24	2.5	24	100	0	118	42	10	0	47	1.37
2636971--2637302	182	1.8	182	90	0	529	29	18	12	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2641100--2641278	79	2.3	79	84	3	236	27	20	15	36	1.93
2646027--2646100	23	3.3	23	77	3	71	25	18	22	32	1.97
2649297--2649334	7	5.4	7	93	0	67	28	28	26	15	1.96
2649347--2649380	9	3.7	9	84	7	50	26	32	26	14	1.95
2649342--2649381	19	2.1	19	100	0	80	25	30	25	20	1.99
2656592--2656641	26	1.9	26	87	0	73	22	30	32	16	1.95
2656615--2656648	9	3.7	9	84	7	50	26	32	26	14	1.95
2661627--2661707	23	3.6	23	86	1	110	22	22	25	29	1.99
2676274--2676494	45	4.9	45	93	0	363	32	21	7	38	1.81
2680494--2680563	27	2.4	29	82	13	83	2	14	4	78	1.02
2683182--2683447	45	5.9	45	93	4	441	31	22	7	38	1.81
2683285--2683358	25	3.2	25	62	31	63	31	22	8	37	1.84
2685711--2686027	44	7.2	44	82	2	352	29	17	24	27	1.97
2690864--2691062	41	4.8	41	68	13	131	32	20	16	30	1.94
2690786--2691118	83	4.0	80	77	5	281	30	21	16	31	1.95
2691393--2691433	17	2.4	17	83	0	55	43	14	19	21	1.87
2696992--2697026	6	5.7	6	90	6	52	82	2	2	11	0.88
2696999--2697047	6	8.3	6	88	4	55	73	8	2	16	1.16
2697015--2697048	17	1.9	18	88	5	52	67	8	5	17	1.37
2698478--2698515	17	2.2	17	90	0	58	60	0	0	39	0.97
2699231--2699274	16	2.8	16	92	0	79	38	6	18	36	1.77
2701974--2702036	19	3.3	19	75	0	54	19	17	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703241--2703296	27	2.1	27	84	12	73	48	1	1	48	1.22
2709565--2709609	2	24.0	2	86	13	69	51	0	0	48	1.00
2718214--2718266	26	2.0	26	85	0	70	15	15	47	22	1.82
2720216--2720270	24	2.3	24	93	6	94	21	29	27	21	1.99
2725595--2725646	23	2.4	22	87	6	70	30	26	17	25	1.97
2726535--2726638	53	2.0	53	98	0	199	27	20	9	42	1.83
2726680--2726737	25	2.3	25	93	0	98	27	20	39	12	1.88
2735400--2735431	11	2.9	11	95	0	55	25	0	12	62	1.30
2742720--2742771	23	2.4	22	80	6	61	30	25	15	28	1.96
2746488--2746541	28	1.9	28	84	0	72	22	9	7	61	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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