genome.fa.s8242.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008242.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110890_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16962412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182730--2182828	42	2.4	41	80	8	112	31	14	15	39	1.87
2185915--2185943	7	4.3	7	91	8	51	13	0	0	86	0.58
2185915--2185943	13	2.1	14	93	6	51	13	0	0	86	0.58
2186700--2186964	126	2.1	127	82	4	311	26	19	27	26	1.99
2187355--2187443	32	2.7	33	80	3	99	34	11	17	35	1.86
2187356--2187604	129	1.9	127	80	13	285	40	10	14	33	1.81
2188124--2188199	33	2.3	32	78	8	82	27	22	18	31	1.97
2189244--2189368	13	9.8	12	73	19	62	4	13	4	76	1.10
2189244--2189307	25	2.5	25	76	14	51	3	14	3	79	0.97
2189243--2189360	49	2.5	45	83	15	134	5	14	4	76	1.11
2192333--2192372	21	2.0	20	85	5	53	47	15	20	17	1.83
2195309--2195348	13	3.3	13	80	20	59	17	42	22	17	1.89
2195466--2195535	29	2.4	29	90	0	104	31	4	14	50	1.62
2195356--2195558	109	1.9	109	82	2	255	35	5	13	45	1.66
2201857--2201926	33	2.1	33	94	0	122	45	20	14	20	1.85
2202503--2202555	21	2.5	21	90	0	79	20	15	15	49	1.80
2202640--2202775	29	4.9	28	74	16	86	32	5	14	47	1.66
2202647--2202725	27	3.0	26	77	15	72	34	5	10	50	1.58
2202618--2202783	82	2.0	81	79	10	176	34	5	15	45	1.69
2203541--2203573	16	2.1	16	88	11	50	24	15	9	51	1.72
2205898--2205939	22	1.9	22	90	0	66	57	11	0	30	1.35
2207256--2207315	29	2.0	30	96	3	113	26	6	13	53	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207458--2207515	3	19.7	3	96	3	109	65	0	0	34	0.93
2209679--2209724	21	2.2	21	88	0	65	23	6	17	52	1.68
2209960--2210060	44	2.3	43	79	3	112	39	15	18	25	1.91
2212272--2212305	15	2.3	15	89	0	50	20	14	52	11	1.73
2214667--2214735	23	3.0	23	89	0	102	26	26	27	20	1.99
2219506--2219547	20	2.1	20	100	0	84	45	21	0	33	1.52
2219693--2219761	23	3.0	23	80	4	86	28	26	24	20	1.99
2220028--2220056	7	4.3	7	95	4	51	44	24	0	31	1.54
2220716--2220753	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
2220901--2220943	18	2.4	19	84	7	54	51	16	2	30	1.57
2221312--2221354	21	2.0	21	81	0	50	13	25	30	30	1.94
2223148--2223173	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2228900--2228952	22	2.5	20	80	16	63	30	13	28	28	1.94
2228732--2228953	93	2.4	93	81	3	275	32	13	25	28	1.94
2229277--2229744	59	7.9	59	89	3	636	35	12	19	32	1.90
2229279--2229809	177	3.0	177	84	3	525	34	13	19	32	1.90
2235379--2235505	55	2.3	55	84	6	168	35	11	18	34	1.87
2241972--2242122	55	2.7	55	90	2	223	36	9	17	36	1.82
2244497--2244605	35	3.3	34	71	17	102	22	19	21	37	1.94
2244444--2244621	65	2.7	65	88	3	277	20	19	23	35	1.95
2244528--2244618	30	2.9	30	74	17	94	20	18	23	37	1.94
2244659--2244741	31	2.7	31	78	0	94	15	25	32	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249995--2250075	18	4.3	19	80	14	89	43	0	0	56	0.99
2249995--2250064	3	24.0	3	77	11	74	41	0	0	58	0.98
2251536--2251613	3	26.0	3	97	0	147	33	1	0	65	1.01
2251636--2251679	23	1.9	23	85	0	61	29	4	0	65	1.12
2251711--2251942	127	1.8	129	85	6	328	36	7	9	46	1.65
2254812--2254884	22	3.4	22	73	16	62	19	15	9	56	1.66
2257452--2257495	16	2.9	15	90	9	72	84	4	11	0	0.77
2257478--2257512	10	3.4	10	92	4	52	82	2	14	0	0.77
2257452--2257496	15	2.9	15	90	6	72	84	4	11	0	0.76
2262225--2262279	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
2262793--2263117	166	2.0	166	93	2	555	33	14	12	39	1.84
2263120--2264206	303	3.6	304	96	1	1972	24	19	21	34	1.96
2263120--2264206	76	14.4	76	95	1	1972	24	19	21	34	1.96
2264374--2264437	3	22.0	3	81	12	80	39	0	0	60	0.97
2265368--2265402	16	2.2	16	94	0	61	17	37	22	22	1.94
2265927--2265961	3	12.0	3	93	6	63	34	0	0	65	0.93
2265986--2266027	22	1.9	22	90	0	66	28	4	0	66	1.12
2268213--2268243	14	2.2	14	100	0	62	45	6	12	35	1.68
2268317--2268371	19	3.1	18	77	12	60	45	1	1	50	1.22
2275458--2275923	40	11.6	40	79	6	376	29	15	15	39	1.88
2275569--2275882	161	2.0	159	82	5	373	29	15	15	39	1.89
2275944--2276084	70	2.0	70	100	0	282	34	21	10	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276055--2276205	39	3.9	38	78	3	140	35	17	10	36	1.84
2276053--2276205	78	2.0	78	80	7	177	35	17	10	36	1.84
2286845--2286914	19	3.7	19	77	7	70	32	10	20	37	1.85
2292538--2292593	26	2.2	25	93	3	94	33	30	14	21	1.93
2297234--2297280	23	2.0	23	84	12	60	21	21	23	34	1.97
2300414--2300872	241	1.9	241	94	2	805	19	26	15	38	1.91
2303916--2303953	18	2.1	18	100	0	76	39	13	21	26	1.89
2309787--2309869	29	2.8	30	88	3	123	26	3	20	49	1.65
2309846--2309977	54	2.4	54	86	5	169	24	5	20	50	1.69
2309846--2309993	52	2.7	54	86	4	183	25	4	19	50	1.67
2309904--2309978	25	3.0	24	67	19	62	20	6	22	50	1.71
2309992--2310111	54	2.3	52	86	5	161	30	3	25	40	1.72
2310061--2310135	24	3.1	24	68	11	64	26	1	29	42	1.63
2310149--2310208	20	3.0	20	97	0	111	45	28	15	11	1.81
2312178--2312218	15	2.7	15	88	3	55	60	9	21	7	1.52
2315619--2315660	13	3.3	12	83	12	50	35	16	21	26	1.94
2315640--2315682	13	3.4	13	80	3	52	39	16	13	30	1.87
2315627--2315682	25	2.2	26	84	9	71	39	16	16	28	1.89
2334293--2334328	19	1.9	18	88	5	54	25	0	13	61	1.33
2337417--2337446	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2337583--2337666	34	2.5	34	78	1	89	25	16	17	40	1.90
2342456--2342517	30	2.0	31	87	3	90	27	8	29	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2343246--2343288	15	2.8	15	82	3	50	69	9	0	20	1.15
2343694--2343723	16	1.9	16	93	6	53	36	0	3	60	1.14
2345649--2345688	19	2.1	19	95	0	71	32	12	25	30	1.92
2348039--2348099	31	2.0	31	83	6	79	60	9	9	19	1.56
2349016--2349057	21	2.0	21	85	4	57	16	7	21	54	1.65
2350916--2350957	22	2.0	21	85	4	57	19	7	19	54	1.66
2357729--2358059	171	1.9	171	98	1	646	38	15	14	32	1.88
2359550--2359579	15	2.0	15	93	0	51	36	0	26	36	1.57
2361169--2361328	65	2.5	63	85	6	205	31	23	18	26	1.97
2365182--2365255	23	3.3	23	90	1	105	21	35	18	24	1.96
2370364--2370407	22	2.0	22	86	0	61	18	6	15	59	1.58
2373224--2373266	18	2.4	18	84	0	59	20	51	20	6	1.71
2373289--2373392	29	3.6	29	82	0	127	22	8	25	44	1.81
2373317--2373490	86	2.0	86	89	0	267	31	5	22	40	1.77
2373315--2373469	29	5.4	29	72	4	89	29	6	22	41	1.79
2373346--2373499	29	5.3	29	76	1	130	31	5	22	40	1.78
2374433--2374683	42	6.0	41	89	5	376	19	24	23	31	1.98
2374433--2374683	84	3.0	84	92	1	423	19	24	23	31	1.98
2374583--2374648	21	3.1	21	63	16	55	19	27	22	30	1.98
2380852--2381016	29	5.7	29	73	6	109	29	7	22	41	1.80
2380857--2381024	89	1.9	87	87	2	246	30	6	20	42	1.77
2380952--2381035	29	2.9	29	85	1	98	30	5	21	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381966--2382257	42	6.8	41	87	7	388	18	25	24	31	1.97
2384004--2384091	44	2.0	44	100	0	176	50	29	6	13	1.68
2392556--2392672	47	2.6	43	83	13	155	40	8	20	30	1.82
2393343--2393633	145	2.0	145	100	0	582	32	17	19	29	1.96
2397904--2397960	23	2.9	18	77	22	69	31	31	21	15	1.94
2405929--2405992	18	3.6	18	73	23	71	51	31	14	3	1.57
2405944--2405984	17	2.7	14	80	20	55	46	34	14	4	1.66
2409602--2409782	53	3.5	53	80	4	197	39	6	22	32	1.79
2409629--2409814	53	3.6	53	77	7	184	41	6	21	30	1.79
2413588--2413679	38	2.4	39	87	1	123	43	15	4	36	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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