genome.fa.s8242.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008242.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110890_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16962412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413571--2413986	134	3.1	134	78	7	432	44	12	7	35	1.69
2413835--2413949	39	3.0	39	78	10	137	46	8	5	39	1.57
2413835--2413943	38	2.8	37	86	4	137	45	9	5	39	1.59
2414001--2414388	58	6.7	56	80	9	354	40	12	8	38	1.73
2414001--2414348	116	3.0	113	85	5	405	40	12	7	38	1.72
2414001--2414348	174	2.0	173	82	5	425	40	12	7	38	1.72
2423232--2423315	31	2.7	31	83	1	105	14	26	30	28	1.95
2427942--2427985	22	2.0	22	86	8	63	52	27	2	18	1.57
2430522--2430570	2	24.5	2	100	0	98	51	48	0	0	1.00
2431392--2431433	21	2.0	22	90	4	68	30	19	19	30	1.96
2433242--2433284	20	2.2	20	91	0	68	53	4	13	27	1.60
2437711--2437752	17	2.4	17	88	4	57	40	0	0	59	0.97
2438865--2439005	31	4.5	31	97	0	255	20	19	20	39	1.93
2439501--2439543	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
2439256--2440482	608	2.0	608	96	0	2278	35	9	19	35	1.85
2443860--2443969	31	3.5	31	92	0	175	20	18	20	41	1.90
2443860--2443984	62	2.0	62	89	3	189	21	17	20	40	1.92
2443860--2443984	31	4.0	31	88	2	171	21	17	20	40	1.92
2451261--2451309	24	2.0	24	88	0	71	46	16	14	22	1.82
2451271--2451393	24	5.2	24	85	11	123	42	17	16	23	1.89
2451278--2451393	48	2.4	48	84	11	150	41	18	16	24	1.90
2451436--2451545	24	4.6	24	85	10	145	40	19	16	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451280--2451593	156	2.0	156	100	0	628	42	16	16	23	1.88
2454034--2454074	8	5.5	8	77	16	52	21	24	39	14	1.91
2454048--2454079	13	2.5	13	100	0	64	12	25	46	15	1.81
2454056--2454102	18	2.6	18	93	0	85	10	21	51	17	1.75
2456186--2456266	24	3.4	24	82	3	83	45	18	13	22	1.84
2456203--2456342	24	5.8	24	89	5	203	40	19	16	24	1.91
2458737--2458766	16	1.9	15	93	6	51	30	30	26	13	1.94
2458759--2458789	13	2.4	13	94	0	53	16	22	41	19	1.89
2458765--2458810	18	2.6	18	85	0	65	13	19	47	19	1.81
2460897--2460972	24	3.2	24	83	3	73	46	18	14	21	1.84
2460914--2461049	24	5.7	24	89	5	186	39	19	15	25	1.91
2463527--2463567	16	2.5	17	88	11	59	29	29	29	12	1.93
2463538--2463571	8	4.4	8	88	3	52	26	26	32	14	1.95
2463558--2463588	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
2465662--2465809	24	6.2	24	87	4	81	42	19	14	23	1.88
2465679--2465836	48	3.3	48	83	5	185	42	18	13	24	1.87
2465679--2465818	24	5.8	24	89	5	194	40	19	15	25	1.90
2465715--2465833	24	5.0	24	87	0	76	42	20	11	25	1.85
2468286--2468319	15	2.1	16	89	10	52	23	29	35	11	1.90
2468309--2468351	13	3.4	13	90	6	70	16	20	46	16	1.84
2470405--2470523	24	5.0	24	89	2	159	41	18	16	23	1.90
2470408--2470541	48	2.8	48	83	6	130	42	17	15	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2473031--2473088	13	4.5	13	88	0	89	17	20	44	17	1.86
2475024--2475072	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
2475522--2475555	2	18.0	2	88	11	54	52	0	0	47	1.00
2477464--2477525	24	2.6	24	86	0	88	50	16	12	20	1.78
2486736--2486788	25	2.0	28	82	13	69	43	13	5	37	1.67
2489117--2489172	18	3.1	18	82	5	60	58	0	28	12	1.34
2489181--2489368	6	30.8	6	75	9	96	54	1	41	3	1.23
2489166--2489361	36	5.4	36	75	6	151	55	1	39	3	1.25
2489160--2489368	30	7.2	29	71	15	119	55	1	40	2	1.24
2489161--2489371	33	6.6	30	71	16	126	54	1	40	2	1.24
2489130--2489371	9	26.9	9	67	14	97	56	1	38	4	1.28
2489441--2489467	12	2.2	12	100	0	54	66	0	18	14	1.25
2489466--2489503	3	12.7	3	88	0	58	31	0	65	2	1.06
2490008--2490044	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2490418--2490472	27	2.1	27	93	6	96	32	30	14	21	1.93
2495554--2495623	14	4.6	14	67	19	50	50	11	2	35	1.53
2495553--2495645	48	1.9	48	93	0	159	50	9	3	36	1.51
2500639--2500715	17	4.4	18	69	27	58	74	2	7	15	1.16
2500639--2500725	32	2.5	35	80	14	83	74	2	6	16	1.13
2519815--2520170	178	2.0	178	93	0	613	26	7	20	44	1.78
2523361--2523401	20	2.0	20	90	0	64	39	21	14	24	1.91
2535068--2535108	17	2.5	17	92	7	68	48	19	0	31	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2541323--2541363	19	2.2	19	100	0	82	26	21	17	34	1.95
2542051--2542095	22	2.0	23	86	4	65	53	4	11	31	1.56
2543897--2543921	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
2543963--2544224	45	5.8	45	92	1	409	29	25	9	34	1.88
2549067--2549138	19	3.5	20	80	9	83	31	13	25	29	1.94
2549067--2549138	22	3.6	19	81	9	81	31	13	25	29	1.94
2549635--2549834	20	8.8	20	67	23	85	43	11	23	22	1.85
2549702--2549791	28	3.5	28	70	22	97	44	12	21	22	1.85
2549527--2549811	47	6.0	47	92	0	435	44	11	21	23	1.84
2551287--2551322	18	2.0	18	94	0	63	22	8	22	47	1.77
2553248--2553438	45	4.2	45	89	2	269	30	23	9	36	1.88
2557898--2557954	24	2.4	24	90	0	87	8	12	19	59	1.58
2559155--2559322	84	2.0	84	100	0	336	23	28	19	28	1.98
2561885--2561917	17	1.9	17	100	0	66	45	18	12	24	1.83
2570261--2570578	158	2.0	158	98	1	611	48	12	8	29	1.71
2570879--2570932	21	2.5	22	78	9	65	46	18	7	27	1.76
2570898--2570977	21	3.8	21	77	6	72	42	17	13	26	1.86
2570906--2570985	42	1.9	42	84	0	106	38	18	16	26	1.92
2584758--2585192	134	3.3	133	76	4	351	30	20	17	31	1.95
2585122--2585272	78	1.9	78	88	4	225	30	15	19	34	1.93
2584984--2585401	212	2.0	211	80	4	475	30	21	16	32	1.95
2585196--2585839	263	2.4	266	80	7	673	29	23	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2585197--2585875	134	5.1	133	80	5	669	29	24	16	30	1.96
2586107--2586152	24	2.0	23	83	8	58	30	39	19	10	1.86
2586824--2586868	20	2.2	20	96	0	81	22	11	31	35	1.89
2590703--2590752	16	3.2	16	77	5	57	60	12	10	18	1.59
2590917--2590978	32	2.0	31	93	6	108	12	22	12	51	1.74
2591221--2591267	24	2.0	24	100	0	94	25	19	21	34	1.96
2592635--2592681	21	2.2	21	92	0	76	14	25	21	38	1.92
2592635--2592691	21	2.7	21	88	0	69	14	24	19	42	1.88
2607526--2607557	13	2.4	14	94	5	57	15	0	0	84	0.63
2613710--2613758	20	2.5	20	83	12	57	30	14	4	51	1.61
2614961--2615272	131	2.4	131	80	5	310	42	16	9	31	1.80
2616083--2616284	108	1.9	108	82	7	248	49	16	13	20	1.79
2617306--2617361	3	19.0	3	96	3	105	67	0	0	32	0.91
2617785--2618044	134	1.9	134	89	1	405	29	16	21	32	1.95
2621430--2621492	22	3.0	22	75	25	64	7	20	1	69	1.22
2621457--2621567	43	2.6	42	74	5	114	9	23	0	66	1.25
2627022--2627107	42	2.0	42	100	0	172	30	11	25	32	1.91
2627631--2627667	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2627813--2627887	38	2.0	37	84	5	98	48	5	1	45	1.33
2633431--2633529	48	2.1	45	83	5	117	47	0	3	49	1.17
2633601--2633710	47	2.2	51	80	12	115	49	0	4	45	1.29
2636171--2636328	24	7.0	21	73	12	77	43	9	2	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636221--2636328	24	4.7	24	80	12	127	43	10	2	43	1.52
2637378--2637406	14	2.0	15	93	6	51	20	10	6	62	1.50
2638642--2638833	96	2.0	96	100	0	384	29	21	18	30	1.97
2653637--2653687	22	2.4	21	81	9	68	72	0	5	21	1.05
2654931--2655123	22	8.4	22	70	19	81	46	7	2	44	1.45
2654980--2655076	24	4.0	24	75	10	99	46	7	3	43	1.47
2654981--2655134	69	2.2	68	90	6	238	44	7	3	44	1.49
2655100--2655171	38	1.9	37	88	8	110	43	12	1	43	1.51
2655100--2655207	38	3.0	35	79	17	107	42	12	1	43	1.52
2655101--2655200	36	2.7	35	82	16	98	40	11	2	47	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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