genome.fa.s8242.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008242.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110890_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16962412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655175--2655216	22	2.0	21	86	13	59	45	9	0	45	1.36
2660047--2660104	13	4.5	13	70	20	50	58	6	3	31	1.41
2660047--2660123	38	2.0	39	89	2	120	57	7	5	29	1.49
2661017--2661060	14	3.1	14	96	3	79	63	0	36	0	0.95
2664754--2664800	16	2.7	18	77	12	53	8	4	8	78	1.07
2668534--2668581	23	2.1	23	100	0	96	16	12	25	45	1.82
2672903--2673005	17	6.0	18	80	10	92	33	14	10	40	1.81
2672894--2673005	34	3.2	34	79	6	118	33	15	10	40	1.82
2673318--2673379	27	2.3	27	82	0	79	37	8	19	35	1.81
2678478--2678521	4	11.0	4	90	9	72	75	0	0	25	0.81
2681980--2682016	14	2.6	14	95	0	65	8	2	8	81	0.97
2682935--2682988	14	3.8	14	82	4	63	24	14	9	51	1.71
2686241--2686272	12	2.7	12	90	0	55	87	0	12	0	0.54
2688454--2688766	114	2.7	114	90	0	491	33	15	19	32	1.93
2689698--2689787	41	2.2	41	100	0	180	33	14	23	28	1.94
2690942--2691133	54	3.6	54	80	9	225	38	14	21	26	1.91
2690932--2691128	104	1.9	107	86	6	285	39	14	21	24	1.91
2691489--2691546	22	2.6	22	86	8	82	32	17	13	36	1.89
2691985--2692507	113	4.7	112	92	1	809	39	13	18	27	1.89
2691964--2692511	223	2.4	225	89	1	843	38	14	18	28	1.90
2691955--2692561	113	5.5	106	82	10	639	38	14	18	28	1.90
2692755--2692813	17	3.4	17	68	25	50	47	11	25	15	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693050--2693109	15	4.1	14	75	16	52	35	0	0	65	0.93
2693059--2693113	3	18.0	3	81	10	67	38	0	0	61	0.96
2693067--2693126	30	2.0	30	83	0	75	48	0	0	51	1.00
2696860--2696910	27	2.0	25	84	7	66	39	3	21	35	1.72
2698583--2698638	24	2.3	24	81	0	76	21	10	16	51	1.74
2698842--2698874	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2703277--2703354	24	3.2	24	80	3	95	20	11	17	50	1.77
2703277--2703388	48	2.3	48	83	10	131	22	9	16	51	1.73
2704215--2704263	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2704329--2704377	21	2.6	18	87	9	62	38	4	6	51	1.46
2704378--2704559	22	8.2	22	74	12	140	40	10	3	45	1.55
2704394--2704582	24	8.2	24	72	18	134	40	10	3	46	1.53
2704421--2704522	21	4.7	21	76	8	87	40	9	3	46	1.56
2704377--2704574	66	2.9	67	87	6	265	40	10	3	44	1.56
2704469--2704583	46	2.5	46	78	16	130	40	11	3	44	1.57
2704377--2704582	22	9.0	23	72	16	130	40	10	3	45	1.55
2705315--2705659	116	2.9	122	87	6	472	35	11	18	34	1.87
2707567--2707632	30	2.2	30	88	0	96	48	7	7	36	1.60
2708695--2709033	162	2.1	162	88	2	493	41	14	17	26	1.88
2708874--2709402	182	2.9	182	90	3	832	42	14	17	26	1.87
2711270--2711320	24	2.2	24	86	6	70	50	0	7	41	1.31
2713598--2713640	20	2.2	20	91	0	68	44	4	13	37	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713331--2713772	199	2.3	189	80	9	512	37	13	16	32	1.87
2713744--2713796	21	2.5	21	96	0	97	45	9	13	32	1.75
2716777--2716841	12	5.4	12	77	14	71	29	3	18	49	1.63
2716777--2716841	24	2.7	24	97	0	121	29	3	18	49	1.63
2718304--2719013	199	3.6	198	83	3	847	38	13	14	33	1.86
2719126--2720503	694	2.0	684	90	2	2197	30	13	16	38	1.88
2720942--2721214	148	1.8	149	84	5	374	35	16	10	37	1.83
2721296--2721406	56	2.0	56	84	7	145	39	15	9	35	1.80
2721353--2721683	93	3.6	91	79	8	303	35	13	10	40	1.79
2721646--2721858	56	3.8	55	78	6	198	40	13	8	37	1.76
2722050--2722229	93	1.9	93	84	6	240	39	11	13	36	1.80
2722424--2722650	56	4.0	56	79	6	208	37	11	11	38	1.78
2721995--2722537	238	2.3	242	80	4	591	38	13	12	35	1.83
2722689--2722860	56	3.1	55	75	11	145	38	12	11	36	1.80
2722362--2722860	261	1.9	262	83	3	639	38	12	11	38	1.79
2724374--2724421	22	2.2	22	85	7	62	20	4	25	50	1.66
2730537--2730684	39	3.8	39	91	3	244	26	36	9	27	1.87
2730722--2730943	29	7.6	29	87	5	261	31	4	7	57	1.45
2730721--2730962	90	2.8	85	83	6	297	30	4	7	57	1.46
2730692--2730962	29	9.3	29	80	9	223	30	5	7	56	1.48
2730889--2731017	29	4.5	29	75	3	91	34	8	3	53	1.50
2731709--2731753	23	2.0	23	83	16	58	48	6	0	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733619--2733703	32	2.7	31	81	13	102	31	31	24	11	1.91
2733846--2733940	12	7.9	12	83	0	118	53	16	16	12	1.72
2735331--2735372	16	2.5	17	88	3	59	28	28	28	14	1.95
2741356--2741382	14	1.9	14	100	0	54	59	0	11	29	1.32
2741515--2741558	20	2.1	21	84	16	56	68	0	15	15	1.22
2742976--2743025	21	2.4	21	75	18	50	54	0	4	42	1.19
2743249--2743288	20	2.0	20	95	0	71	42	15	17	25	1.88
2743480--2743519	20	2.0	20	95	0	71	42	15	17	25	1.88
2743576--2744522	105	9.0	105	95	0	1709	22	18	25	33	1.96
2745300--2745397	52	1.9	51	85	2	133	14	23	14	47	1.80
2756225--2756282	31	2.0	29	90	10	91	58	3	1	36	1.25
2756219--2756291	31	2.3	32	75	22	82	60	4	4	31	1.34
2756225--2756295	29	2.5	28	78	13	74	57	4	2	35	1.33
2757346--2757395	21	2.4	21	75	18	50	54	0	4	42	1.19
2759789--2759819	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2765027--2765065	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
2766170--2766375	102	2.0	104	98	1	398	40	13	17	28	1.87
2767526--2767557	16	2.1	15	94	5	55	62	0	15	21	1.32
2769975--2770007	9	3.8	9	88	8	50	30	3	21	45	1.67
2770210--2770244	18	1.9	18	94	0	61	14	20	34	31	1.92
2771583--2771681	49	2.0	49	100	0	198	33	16	22	28	1.95
2771890--2771999	24	4.5	24	73	6	78	50	16	11	20	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2772977--2773073	27	3.6	27	87	5	108	20	11	19	48	1.79
2773001--2773073	27	2.7	27	95	0	128	19	10	21	47	1.79
2774240--2774276	17	2.1	17	90	10	56	24	21	32	21	1.98
2774304--2774335	15	2.1	15	94	0	55	12	21	50	15	1.77
2776153--2776222	22	3.0	21	72	20	59	75	5	4	14	1.14
2776195--2776240	9	4.6	10	76	17	51	78	2	2	17	0.96
2776197--2776222	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2776180--2776251	19	3.8	19	77	15	60	75	5	2	16	1.12
2776557--2776587	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
2776553--2776603	23	2.2	23	82	6	59	66	0	5	27	1.14
2778707--2778872	65	2.5	67	86	2	219	40	7	20	31	1.81
2778821--2779133	36	9.0	36	70	14	183	40	13	17	28	1.88
2778767--2779019	138	1.8	138	86	1	364	41	13	17	27	1.87
2779062--2779133	37	1.9	37	88	0	108	40	12	20	26	1.88
2783295--2783380	19	4.5	19	71	11	61	72	4	5	17	1.22
2783322--2783380	28	2.1	28	84	12	77	72	5	3	18	1.17
2783349--2783396	19	2.7	17	79	17	53	72	2	4	20	1.11
2783425--2783473	19	2.7	19	81	9	66	75	0	10	14	1.04
2783572--2783660	16	5.5	16	74	20	62	68	0	4	26	1.08
2783584--2783632	4	11.5	4	83	16	55	71	0	2	26	0.97
2783617--2783694	39	2.0	37	83	14	95	66	1	5	26	1.20
2783718--2783748	14	2.2	14	94	0	53	51	9	0	38	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785910--2786224	157	2.0	158	99	0	623	29	10	26	33	1.90
2789511--2789553	16	2.6	17	77	3	52	58	0	0	41	0.98
2789653--2789679	14	1.9	14	100	0	54	14	7	25	51	1.68
2790636--2790674	18	2.2	18	86	9	53	46	0	5	48	1.24
2790715--2790764	26	1.9	26	87	0	73	44	10	0	46	1.37
2791916--2791974	29	2.0	29	100	0	118	40	10	16	32	1.82
2794379--2794429	24	2.1	24	96	0	93	52	13	15	17	1.74
2796822--2796888	32	2.1	33	81	13	77	59	1	23	14	1.44
2797516--2797553	17	2.2	17	95	0	67	13	36	10	39	1.79
2801082--2801125	18	2.4	19	80	3	54	2	15	2	79	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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