genome.fa.s8242.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008242.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110890_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16962412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8495640--8495704	20	3.2	20	67	16	51	20	20	21	38	1.94
8495639--8495733	42	2.3	41	81	5	111	23	22	21	33	1.97
8495255--8496717	257	5.7	257	88	0	2091	32	15	17	34	1.91
8496152--8496259	42	2.6	41	82	2	126	24	24	19	32	1.98
8495255--8496720	515	2.9	513	89	0	2124	32	15	17	34	1.91
8496853--8496902	3	16.7	3	83	8	66	30	0	2	68	1.01
8502751--8502875	34	3.8	34	73	19	120	42	10	15	32	1.80
8503287--8503332	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
8503434--8503468	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
8505592--8505631	18	2.2	18	100	0	80	20	32	12	35	1.90
8507346--8507398	17	3.2	16	79	10	54	75	11	13	0	1.05
8508080--8508128	22	2.2	22	92	0	80	32	24	14	28	1.94
8508543--8508578	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
8509006--8509338	36	9.5	35	74	12	209	26	19	15	39	1.90
8509113--8509301	102	1.9	103	87	2	283	27	19	13	39	1.89
8509083--8509401	138	2.3	137	82	2	379	28	19	13	38	1.89
8509313--8509480	68	2.5	68	82	4	198	33	21	8	36	1.85
8510074--8510839	105	7.3	105	89	2	1060	33	26	17	22	1.96
8511388--8511512	34	3.8	34	73	19	120	42	10	15	32	1.80
8511925--8511959	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
8511996--8512064	24	3.0	23	75	8	68	24	5	2	66	1.27
8512074--8512108	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8512757--8512796	18	2.2	18	86	0	53	50	2	5	42	1.37
8513179--8513543	43	8.5	42	74	14	214	51	7	16	24	1.71
8513196--8513544	83	4.1	84	77	8	248	51	7	16	24	1.71
8513448--8513568	43	2.8	42	81	8	145	60	9	11	19	1.57
8514109--8514133	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
8519662--8519690	15	2.0	15	93	6	51	41	10	13	34	1.79
8521614--8521780	41	4.1	40	79	8	160	28	17	19	34	1.95
8521614--8521780	82	2.0	81	84	5	212	28	17	19	34	1.95
8524846--8524930	44	1.9	44	85	0	116	35	17	15	31	1.91
8525908--8525948	17	2.4	17	79	0	55	70	0	2	26	0.99
8526343--8526376	17	1.9	17	88	5	50	73	0	5	20	1.04
8527229--8527544	157	2.0	159	98	1	609	36	8	20	34	1.84
8533145--8533236	23	4.0	23	100	0	184	34	17	8	39	1.80
8540416--8540527	24	4.7	23	79	8	100	22	12	17	47	1.81
8540412--8540527	48	2.4	48	80	5	135	22	12	18	47	1.81
8543844--8543974	34	3.7	33	71	19	88	67	0	3	28	1.13
8543851--8543964	19	5.6	21	67	17	62	67	0	2	28	1.10
8543860--8543913	12	4.0	13	83	11	56	74	0	1	24	0.92
8543871--8543917	15	3.2	15	82	11	62	74	0	0	25	0.82
8543840--8543918	17	4.6	17	71	22	60	70	0	2	26	0.99
8543870--8543963	29	3.2	28	74	14	75	68	1	2	28	1.08
8546689--8547964	106	12.0	106	90	0	1906	22	18	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8548922--8548976	22	2.5	22	100	0	110	23	12	27	36	1.91
8549594--8549644	14	3.6	14	87	12	77	0	13	7	78	0.96
8554308--8554371	27	2.2	28	78	15	69	70	0	3	26	1.02
8554319--8554415	21	4.7	21	72	6	63	64	1	3	30	1.15
8554310--8554362	27	2.0	28	85	7	74	71	0	3	24	1.02
8554377--8554437	23	2.5	23	82	15	70	62	4	0	32	1.17
8554313--8554415	17	5.9	18	68	14	56	64	0	3	31	1.18
8554377--8554474	27	3.8	25	73	21	69	64	5	1	29	1.22
8554886--8554919	17	2.0	17	100	0	68	52	5	29	11	1.61
8555068--8555169	37	2.8	37	89	0	141	31	12	13	42	1.82
8559942--8560310	182	2.0	187	96	3	687	29	14	20	36	1.92
8562524--8562574	17	3.0	17	88	0	75	41	5	15	37	1.72
8569155--8569181	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
8570773--8570812	21	1.9	21	89	0	62	25	0	5	70	1.08
8578848--8578872	13	1.9	13	100	0	50	24	16	32	28	1.96
8579726--8579767	11	3.8	11	81	18	52	33	2	0	64	1.07
8582796--8582861	30	2.2	29	82	10	80	43	3	1	51	1.26
8582874--8582972	20	5.2	19	70	21	57	60	2	1	36	1.15
8582956--8583040	41	1.9	43	84	13	111	54	0	2	43	1.13
8595016--8595173	85	1.9	85	81	2	192	36	18	14	30	1.91
8595050--8595173	43	2.9	42	86	2	158	33	18	16	31	1.94
8595065--8595186	43	2.9	43	81	8	142	32	18	17	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8598624--8598685	23	2.7	23	87	2	81	20	24	30	24	1.99
8602476--8602515	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
8609217--8609283	25	2.7	25	100	0	134	29	7	16	46	1.74
8616560--8616625	25	2.6	25	97	0	123	31	6	15	46	1.70
8617620--8617659	20	2.0	21	90	5	64	32	20	22	25	1.98
8619893--8619978	26	3.4	25	78	9	77	48	1	5	44	1.34
8619936--8619996	25	2.5	24	81	7	61	50	0	1	47	1.10
8622092--8622169	25	3.1	25	90	0	120	34	26	12	25	1.92
8624346--8624556	104	2.0	104	95	1	379	30	20	12	36	1.89
8626569--8626615	21	2.2	21	88	7	69	55	21	4	19	1.60
8627619--8627682	23	2.8	22	85	4	83	26	26	26	20	1.99
8627698--8627915	103	2.1	103	98	0	418	37	23	13	25	1.92
8634525--8634588	23	2.8	22	88	4	83	31	26	21	20	1.98
8634604--8634821	103	2.1	103	98	0	418	37	23	13	25	1.92
8635289--8635326	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
8646263--8646315	24	2.2	24	86	0	70	7	3	11	77	1.10
8646272--8646321	24	2.1	24	96	0	91	0	4	14	82	0.82
8655938--8655970	13	2.4	14	90	5	50	63	0	0	36	0.95
8660830--8660862	15	2.1	16	88	5	50	9	24	15	51	1.72
8661612--8661645	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
8664957--8665009	19	2.9	18	76	20	56	18	11	1	67	1.30
8665736--8665982	83	3.0	83	84	1	309	34	21	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8666602--8666651	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
8667407--8667439	14	2.4	14	100	0	66	18	27	15	39	1.90
8670287--8670325	3	13.0	3	94	0	69	30	0	35	33	1.58
8670490--8670578	35	2.7	32	72	24	78	16	4	6	71	1.24
8673828--8673859	14	2.4	14	90	10	50	71	0	0	28	0.86
8678203--8678261	3	19.7	3	92	0	82	28	30	0	40	1.57
8678197--8678264	9	7.6	9	76	12	59	29	26	0	44	1.55
8678260--8678332	3	24.3	3	100	0	146	34	0	0	65	0.93
8679764--8679815	13	4.0	13	87	0	68	26	21	17	34	1.95
8679764--8679815	26	2.0	26	92	0	86	26	21	17	34	1.95
8679972--8680002	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
8681464--8681499	13	2.8	13	91	0	54	30	22	13	33	1.93
8681478--8681642	85	1.9	85	80	7	192	32	18	17	31	1.95
8681663--8681693	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8694891--8694941	25	2.1	24	85	3	66	49	3	0	47	1.20
8697181--8697424	42	5.9	42	83	1	253	27	18	18	34	1.95
8697176--8697452	84	3.4	81	76	4	277	27	18	18	34	1.95
8697178--8697452	42	6.7	40	80	4	217	28	18	18	34	1.95
8698522--8698553	13	2.4	14	89	10	57	15	18	21	43	1.87
8700283--8700356	32	2.3	32	81	4	96	17	32	28	21	1.96
8702018--8702055	19	2.0	19	85	10	51	18	7	5	68	1.34
8705035--8705074	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8705726--8705834	4	26.2	4	74	10	76	69	0	9	20	1.21
8705908--8705941	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
8705899--8705941	12	3.6	12	90	6	52	51	6	0	41	1.29
8708065--8708455	99	3.8	104	82	9	491	19	18	26	35	1.95
8709547--8709599	6	8.5	6	84	10	63	0	15	1	83	0.74
8709550--8709597	21	2.3	21	86	10	64	0	16	2	81	0.79
8714125--8714295	86	2.0	87	98	1	335	24	22	22	30	1.99
8718175--8718481	153	2.0	154	99	0	607	30	18	21	28	1.97
8718714--8718851	4	34.0	4	70	15	52	66	2	10	21	1.32
8718811--8718851	11	3.5	11	86	6	55	68	0	4	26	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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