genome.fa.s8242.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008242.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110890_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16962412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1265615--1265657	20	2.2	20	86	0	59	34	18	13	32	1.90
1266241--1266265	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
1270820--1270862	20	2.2	20	86	0	59	34	20	9	34	1.85
1271721--1271781	30	2.0	30	83	0	77	21	9	14	54	1.69
1274073--1274161	36	2.4	38	78	17	114	51	3	0	44	1.18
1290901--1290944	20	2.2	20	96	4	81	34	13	25	27	1.93
1290973--1291005	17	1.9	17	93	0	57	33	9	12	45	1.73
1296386--1296433	25	1.9	25	83	8	62	52	8	4	35	1.51
1299162--1299227	22	3.0	22	97	0	123	25	27	27	19	1.99
1300880--1300924	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
1301785--1301827	17	2.5	17	84	0	59	39	23	0	37	1.55
1303983--1304049	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
1305653--1305693	20	2.0	20	85	0	55	17	26	29	26	1.97
1308762--1308828	22	3.0	22	95	2	116	25	28	26	19	1.99
1310453--1310498	21	2.2	21	88	0	65	17	23	28	30	1.97
1311228--1311292	31	2.1	31	94	5	114	44	15	6	33	1.71
1318908--1319276	131	2.8	130	83	1	452	30	9	17	42	1.82
1326291--1326376	2	44.5	2	90	6	142	48	0	1	50	1.08
1328357--1328392	18	1.9	19	94	5	65	27	0	27	44	1.55
1333501--1333536	18	1.9	18	88	5	54	25	2	27	44	1.68
1343182--1343309	64	2.0	64	100	0	256	29	17	15	37	1.91
1348931--1348972	15	2.7	15	96	3	75	78	0	11	9	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1348931--1348972	8	5.4	8	94	5	77	78	0	11	9	0.96
1350062--1351143	55	19.7	55	87	3	1459	31	14	24	29	1.94
1350937--1351200	55	4.8	55	77	11	204	31	17	24	26	1.97
1356644--1356692	2	25.0	2	91	4	82	48	0	0	51	1.00
1361004--1361061	30	1.9	30	85	0	80	53	3	8	34	1.49
1365806--1366024	115	1.9	116	84	6	293	32	15	22	29	1.95
1365957--1366114	48	3.3	48	85	0	208	36	17	18	26	1.94
1366142--1366370	48	4.8	48	86	1	316	33	17	21	27	1.95
1365840--1366314	209	2.3	210	83	5	586	33	16	22	27	1.95
1366149--1366365	95	2.3	96	89	0	319	34	16	21	27	1.95
1366555--1366774	42	5.3	42	87	2	273	32	20	20	25	1.97
1366625--1366735	20	5.3	20	61	16	55	35	19	21	23	1.96
1366555--1366777	84	2.7	84	88	0	313	32	20	21	25	1.97
1378042--1378122	20	3.9	21	76	12	78	24	33	25	16	1.96
1378557--1378597	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1380397--1380426	15	2.0	15	100	0	60	53	0	26	20	1.46
1400174--1400221	24	2.0	24	100	0	96	33	12	12	41	1.80
1400478--1400627	40	3.8	40	82	0	210	20	14	29	36	1.92
1400478--1400627	80	1.9	80	91	0	246	20	14	29	36	1.92
1403742--1403784	18	2.4	18	92	7	70	16	9	2	72	1.21
1407622--1407688	24	2.8	24	81	0	80	52	17	10	19	1.73
1407646--1407705	24	2.5	24	83	0	75	46	16	13	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1410525--1410573	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
1410733--1410802	12	5.8	12	75	6	52	51	20	11	17	1.75
1410733--1410825	24	3.9	24	78	0	78	50	19	9	20	1.75
1410736--1410837	24	4.2	24	70	9	57	50	18	9	20	1.75
1413709--1413774	29	2.3	29	89	0	96	33	3	0	63	1.10
1413721--1413765	23	2.0	23	81	0	54	37	2	0	60	1.09
1413773--1413824	19	2.8	19	75	13	54	59	0	0	40	0.97
1414035--1414098	23	2.8	23	73	17	60	29	14	10	45	1.78
1420268--1420304	12	3.0	13	88	7	51	64	2	8	24	1.34
1422964--1423034	23	3.1	23	85	0	88	38	18	8	35	1.81
1423006--1423105	33	3.0	33	79	2	101	29	18	10	43	1.82
1423505--1423556	6	8.0	6	77	12	50	76	3	3	15	1.07
1423888--1423924	12	3.1	12	88	11	58	64	0	8	27	1.21
1428656--1429389	81	9.0	81	88	0	1083	31	20	11	35	1.89
1435611--1436507	81	11.1	81	89	1	1314	31	19	12	35	1.90
1436914--1437090	94	1.9	95	87	1	266	24	23	13	38	1.91
1439431--1439489	30	1.9	31	86	3	84	32	5	18	44	1.72
1443652--1443707	21	2.6	21	76	15	53	53	5	7	33	1.51
1444125--1444292	49	3.4	49	91	0	273	26	19	12	41	1.87
1451035--1451232	49	4.0	49	84	5	258	27	17	14	40	1.89
1451041--1451225	98	1.9	99	91	5	304	27	17	14	40	1.88
1464246--1464272	13	2.1	13	100	0	54	77	0	7	14	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1466819--1466853	18	1.9	18	100	0	70	51	0	22	25	1.48
1474029--1474065	11	2.9	13	80	19	51	78	0	0	21	0.75
1474034--1474063	15	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
1474117--1474553	119	3.6	119	85	1	561	43	14	16	24	1.86
1475859--1476295	136	3.3	135	82	3	526	31	18	19	29	1.96
1476714--1476757	20	2.2	20	83	4	52	45	4	25	25	1.72
1477017--1477261	135	1.8	135	83	1	330	44	19	15	21	1.87
1476968--1477262	45	6.6	45	81	4	281	44	18	14	22	1.86
1477017--1477308	135	2.2	135	80	6	324	44	18	15	21	1.87
1477073--1477300	90	2.5	89	82	5	253	44	18	15	21	1.87
1477218--1477738	42	13.5	42	74	15	240	39	16	17	25	1.91
1477277--1477991	38	19.4	38	71	16	370	39	16	17	26	1.91
1477277--1477798	80	6.9	79	75	14	337	39	17	17	26	1.91
1477277--1477725	122	4.0	116	77	14	297	38	17	18	25	1.92
1477277--1477989	290	2.4	288	83	7	852	39	16	17	26	1.91
1477462--1477895	99	4.1	108	80	12	348	39	17	17	25	1.91
1477770--1477895	34	3.8	35	70	21	101	39	18	14	27	1.89
1478339--1479113	257	3.0	257	83	5	915	34	16	15	33	1.91
1479007--1479112	42	2.6	41	72	3	104	33	19	21	25	1.97
1480563--1480678	14	7.5	15	71	18	87	4	19	0	75	0.96
1480564--1480680	46	2.5	46	97	1	216	4	20	0	75	0.97
1480589--1480663	29	2.6	28	81	12	89	4	21	0	74	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1480563--1480686	17	6.9	17	70	20	58	4	20	0	75	0.96
1480565--1480713	46	3.3	45	83	9	164	6	22	0	71	1.07
1482216--1482255	20	2.0	20	85	0	53	42	5	30	22	1.75
1485336--1485367	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
1486955--1486987	5	6.8	5	93	6	59	81	0	0	18	0.68
1486956--1486986	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
1486955--1486987	14	2.3	15	94	5	59	81	0	0	18	0.68
1486862--1487433	113	4.6	128	82	9	652	44	15	16	23	1.86
1487076--1487353	133	2.1	131	86	6	389	48	11	15	23	1.78
1486862--1487433	253	2.3	243	85	4	779	44	15	16	23	1.86
1489165--1489206	20	2.2	20	91	4	68	66	0	16	16	1.25
1493227--1493271	23	2.0	22	83	16	56	31	13	13	42	1.82
1493231--1493346	55	2.1	55	96	1	214	27	9	13	49	1.73
1496234--1496291	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
1497431--1497690	139	1.9	138	89	2	405	46	8	7	37	1.62
1497805--1498289	180	2.7	177	75	7	458	37	10	10	41	1.73
1498689--1498791	44	2.3	44	79	0	125	36	15	16	31	1.90
1500213--1500411	101	2.0	101	96	0	371	38	13	19	28	1.89
1504730--1504787	22	2.8	20	77	15	64	22	15	12	50	1.77
1505024--1505069	20	2.3	20	92	0	74	17	19	13	50	1.78
1507542--1507648	44	2.4	44	74	11	110	38	20	13	28	1.90
1511804--1511850	14	3.4	14	80	16	53	21	8	0	70	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1515142--1515181	17	2.4	17	91	0	62	12	27	30	30	1.93
1525707--1525750	22	2.0	22	86	4	63	68	20	0	11	1.20
1525843--1525894	24	2.2	24	96	0	95	28	5	42	23	1.77
1534989--1535353	131	2.8	131	89	0	532	38	16	11	33	1.85
1535813--1535860	24	2.0	24	100	0	96	66	12	4	16	1.39
1535982--1536051	28	2.5	28	82	11	81	61	7	10	21	1.51
1537625--1537970	133	2.6	132	81	2	397	30	18	20	30	1.96
1539216--1539287	7	9.9	7	79	13	56	8	16	1	73	1.14
1539208--1539249	15	2.8	15	75	13	50	7	14	0	78	0.95
1539208--1539290	37	2.3	35	85	8	103	7	15	1	75	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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