genome.fa.s8242.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008242.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110890_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16962412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8065943--8066230	140	2.1	140	82	2	346	43	14	11	29	1.81
8066453--8066531	30	2.7	30	79	18	78	64	1	8	25	1.30
8066732--8066766	15	2.3	15	95	0	61	45	2	20	31	1.65
8077679--8077722	16	2.7	16	96	3	79	27	4	11	56	1.53
8079091--8079874	386	2.0	386	86	5	1089	38	10	15	35	1.82
8081034--8081101	31	2.2	31	83	0	82	23	11	11	52	1.70
8081416--8081472	24	2.5	22	75	13	60	49	0	8	42	1.34
8082668--8082693	13	2.0	13	100	0	52	76	15	0	7	0.99
8085860--8085899	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
8087693--8087839	76	1.9	77	81	2	179	36	11	15	36	1.84
8087712--8087869	77	2.1	76	79	3	165	37	9	16	36	1.81
8088290--8088348	27	2.2	27	75	3	66	55	5	5	33	1.43
8088296--8088346	27	1.9	27	84	4	68	56	5	5	31	1.47
8088478--8088547	20	3.4	20	94	4	113	35	8	11	44	1.71
8088739--8088906	77	2.2	77	85	8	218	39	17	6	36	1.76
8089049--8089264	77	2.8	77	81	1	236	37	18	8	36	1.82
8089558--8089710	83	1.8	83	97	0	288	39	16	7	36	1.77
8096585--8096747	42	3.8	42	86	8	206	32	23	25	18	1.97
8096585--8096747	84	1.9	86	87	5	242	32	23	25	18	1.97
8097686--8097811	29	4.3	29	84	3	137	40	22	7	30	1.80
8097824--8097871	18	2.8	18	84	6	64	18	18	47	14	1.82
8104005--8104251	42	5.8	41	87	5	325	31	24	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8104005--8104251	84	2.9	84	91	3	372	31	24	24	19	1.98
8105303--8105345	18	2.4	18	96	0	77	11	23	48	16	1.78
8106925--8107431	84	6.1	84	79	7	491	33	18	21	26	1.96
8106925--8107431	42	12.2	41	74	9	386	33	18	21	26	1.96
8107181--8107239	31	1.9	31	89	0	91	40	25	18	15	1.90
8107054--8107361	158	1.9	158	86	2	440	34	19	21	25	1.96
8111070--8111423	41	8.7	41	81	3	410	33	18	20	27	1.96
8112952--8112983	12	2.7	12	100	0	64	31	0	25	43	1.55
8115904--8116243	2	180.5	2	65	27	124	40	2	6	50	1.40
8115936--8116232	73	4.0	73	75	20	235	40	1	6	51	1.38
8116076--8116225	80	1.9	82	83	10	202	40	1	5	53	1.32
8116028--8116234	29	6.7	31	72	20	134	40	0	5	53	1.30
8117365--8117406	16	2.5	17	84	7	50	26	2	0	71	0.98
8127249--8127333	24	3.6	23	82	3	98	20	14	16	49	1.79
8127232--8127336	48	2.2	48	86	3	140	19	15	16	49	1.80
8127274--8127337	12	5.3	12	69	14	51	15	14	15	54	1.71
8131844--8131937	24	3.9	24	70	10	75	21	14	17	46	1.83
8131844--8131937	48	2.0	48	81	8	111	21	14	17	46	1.83
8132929--8132954	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8144124--8144149	8	3.2	8	100	0	52	53	0	46	0	1.00
8144492--8144961	46	10.2	46	86	1	593	43	12	20	23	1.86
8144492--8144913	183	2.3	184	88	3	618	43	12	20	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8144827--8144896	22	3.0	23	68	14	63	38	11	21	28	1.88
8149858--8150346	46	10.6	46	83	3	563	42	13	19	24	1.87
8149858--8150346	92	5.3	92	86	1	640	42	13	19	24	1.87
8151984--8152134	76	2.0	76	85	5	207	31	25	13	29	1.94
8158729--8158756	11	2.5	11	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8167197--8167221	12	2.1	12	100	0	50	12	24	16	48	1.79
8167752--8167795	20	2.3	19	85	11	63	20	25	9	45	1.80
8167758--8167795	20	1.9	20	94	0	67	21	23	10	44	1.83
8168146--8168280	3	42.0	3	68	12	63	54	0	4	40	1.26
8168146--8168238	13	7.2	13	77	7	82	55	1	4	38	1.26
8168187--8168269	36	2.4	36	83	13	104	54	0	4	40	1.22
8168168--8168285	59	2.1	56	82	10	141	53	1	4	40	1.30
8170498--8170530	12	2.7	12	95	4	57	66	9	3	21	1.33
8171734--8171759	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
8175611--8175655	21	2.1	21	100	0	90	40	33	13	13	1.83
8175672--8175909	21	11.4	20	72	15	171	21	19	24	34	1.96
8175667--8175934	42	6.4	42	88	3	407	22	18	23	35	1.95
8175656--8175931	21	13.4	19	70	17	140	21	18	23	36	1.95
8182321--8182383	2	32.0	2	90	3	101	46	0	3	50	1.17
8183619--8183652	3	11.3	3	93	0	50	61	0	0	38	0.96
8183604--8183647	18	2.5	18	89	10	65	56	0	0	43	0.99
8183910--8184238	116	2.8	116	91	2	516	27	21	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8184102--8184165	21	3.0	23	68	15	64	17	23	23	35	1.95
8184905--8184964	22	2.7	22	89	0	93	31	13	20	35	1.91
8185704--8185836	63	2.1	63	83	2	160	28	26	27	18	1.98
8186656--8186751	29	3.3	29	81	5	131	35	21	6	36	1.79
8186758--8186795	17	2.2	18	90	4	60	15	21	44	18	1.86
8186778--8186830	22	2.4	22	93	0	88	18	24	37	18	1.94
8186812--8186923	57	2.0	57	83	3	145	20	26	30	22	1.98
8186853--8186902	10	5.2	10	76	9	50	18	24	34	24	1.96
8186819--8186924	19	5.6	19	85	0	104	22	26	29	21	1.99
8187828--8187983	54	2.9	54	96	0	276	23	25	15	35	1.94
8191106--8191143	10	3.6	10	92	7	58	2	10	0	86	0.66
8191113--8191145	13	2.6	13	85	4	50	3	9	0	87	0.63
8192637--8192673	19	2.0	18	89	5	56	32	21	0	45	1.52
8195391--8195435	17	2.6	18	82	10	58	75	2	4	17	1.07
8195391--8195434	22	2.0	22	82	8	54	77	2	2	18	0.98
8196585--8196627	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
8196709--8196756	18	2.8	17	79	14	53	64	0	2	33	1.05
8198380--8198421	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
8198519--8198549	13	2.4	13	94	0	53	38	6	19	35	1.77
8199274--8199328	3	19.3	3	74	10	53	40	1	0	58	1.09
8199262--8199322	14	4.2	14	83	12	70	39	1	1	57	1.18
8199274--8199328	20	2.8	19	82	17	69	40	1	0	58	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8200245--8200279	16	2.2	16	95	5	63	34	0	20	45	1.51
8201245--8201288	22	2.1	21	83	8	54	43	2	13	40	1.57
8203421--8203460	21	2.0	20	85	5	53	17	20	15	47	1.83
8204813--8204847	13	2.7	13	95	0	61	54	17	25	2	1.57
8205668--8205733	24	2.9	21	73	18	60	33	10	4	51	1.57
8206429--8206744	107	3.0	103	80	12	381	31	15	11	41	1.82
8206751--8206849	35	2.9	35	86	1	137	31	17	13	38	1.88
8206393--8206849	210	2.2	208	75	12	452	31	16	11	40	1.84
8208155--8208234	28	2.9	28	86	3	99	25	16	15	43	1.86
8208247--8208374	43	3.0	43	69	18	106	24	31	21	23	1.98
8208263--8208583	134	2.4	134	88	2	473	26	29	18	25	1.98
8208800--8208854	3	19.3	3	74	10	53	40	1	0	58	1.09
8208788--8208848	14	4.2	14	83	12	70	39	1	1	57	1.18
8208800--8208854	20	2.8	19	82	17	69	40	1	0	58	1.09
8210496--8210539	22	2.1	21	83	8	54	43	2	13	40	1.57
8219556--8219599	20	2.3	19	84	7	54	43	9	27	20	1.82
8219748--8219822	38	2.0	37	82	5	89	48	4	2	45	1.35
8220719--8220798	31	2.5	31	95	2	142	40	22	7	30	1.81
8238609--8238633	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
8243751--8243793	21	2.0	21	90	0	68	46	0	0	53	1.00
8244400--8244428	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8244485--8244519	14	2.5	14	85	0	52	51	0	5	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8251542--8251685	72	2.0	72	100	0	288	34	11	19	34	1.87
8253132--8253535	54	7.5	54	88	1	585	25	18	21	34	1.96
8254390--8254437	20	2.4	20	96	0	87	33	16	25	25	1.96
8260714--8260802	23	3.9	23	92	0	133	15	26	25	31	1.96
8260720--8260832	23	5.0	22	88	5	120	15	23	26	35	1.94
8260823--8260893	23	3.1	23	83	0	97	15	21	23	39	1.91
8263252--8263289	20	1.9	19	89	5	58	28	21	18	31	1.97
8264300--8264360	31	2.0	31	86	0	86	19	6	18	55	1.63
8265745--8265810	31	2.1	31	82	0	78	56	15	7	21	1.64
8266455--8266483	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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