genome.fa.s8242.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008242.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110890_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  16962412

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8721092--8721119	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
8724521--8724566	11	4.4	10	86	10	65	69	2	6	21	1.22
8724521--8724566	21	2.2	21	88	7	67	69	2	6	21	1.22
8725107--8725173	10	6.6	10	84	3	71	23	7	1	67	1.25
8725363--8725419	29	2.0	29	86	6	80	47	5	0	47	1.24
8724868--8725661	397	2.0	390	89	4	1223	38	8	6	46	1.61
8725512--8725570	10	5.7	10	80	7	64	23	6	1	67	1.24
8726877--8726929	28	1.9	27	88	3	79	64	0	3	32	1.12
8727383--8727670	133	2.2	131	83	5	339	28	17	20	33	1.96
8727453--8727799	133	2.6	132	76	8	318	29	17	20	32	1.95
8728574--8728895	45	7.2	45	79	4	337	41	18	17	22	1.90
8728574--8728895	134	2.4	135	80	5	364	41	18	17	22	1.90
8730391--8730474	4	20.8	4	74	16	75	1	22	1	75	0.95
8730390--8730461	13	5.8	13	84	11	98	0	23	0	76	0.79
8730393--8730480	23	3.8	24	79	18	89	1	23	1	73	0.96
8730390--8730475	12	7.1	12	84	4	102	1	22	1	75	0.94
8731158--8731222	33	2.0	33	87	0	94	35	10	23	30	1.89
8733002--8733095	3	31.3	3	73	12	77	62	0	3	34	1.11
8735142--8735166	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8736920--8736981	9	7.7	9	73	21	57	40	0	59	0	0.97
8736920--8737043	13	9.5	13	67	20	62	37	0	61	0	1.02
8736928--8736984	30	1.9	30	85	7	80	38	0	61	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8736929--8737015	30	2.9	31	80	13	76	40	0	58	1	1.05
8739020--8739131	41	2.7	42	91	2	167	41	20	18	19	1.91
8739305--8739417	42	2.8	40	75	15	106	34	15	23	27	1.94
8744448--8744498	24	2.1	24	81	0	57	41	19	13	25	1.88
8749292--8749365	3	24.7	3	97	0	139	64	0	1	33	1.02
8749501--8750371	227	3.8	227	91	2	1290	28	19	14	36	1.91
8749501--8750368	114	7.6	113	91	3	1235	28	19	14	37	1.91
8751018--8751326	83	3.7	83	93	2	514	35	23	13	27	1.92
8752464--8752530	7	9.9	7	78	12	77	2	14	0	82	0.79
8752466--8752527	9	6.8	9	78	14	56	3	14	0	82	0.80
8763189--8763221	15	2.2	15	94	0	57	66	0	15	18	1.25
8765391--8765488	3	32.7	3	97	0	187	65	0	1	33	1.00
8766379--8766415	18	2.1	17	95	5	65	8	5	16	70	1.30
8766803--8766849	16	2.8	16	87	6	58	46	2	2	48	1.25
8767392--8767436	20	2.3	20	80	3	56	46	4	2	46	1.35
8767708--8767749	22	2.0	21	86	13	59	28	0	7	64	1.20
8767707--8767755	22	2.3	22	79	10	57	28	0	12	59	1.34
8769295--8769348	22	2.5	22	100	0	108	18	3	25	51	1.62
8774966--8775005	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
8776406--8776446	11	3.8	10	87	9	55	41	0	2	56	1.13
8776442--8776536	3	31.7	3	91	0	145	62	1	2	34	1.14
8776861--8777647	112	7.0	112	90	3	1163	28	19	15	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8778435--8779351	83	11.0	83	95	0	1638	36	22	13	26	1.92
8791842--8791881	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
8793254--8793294	11	3.8	10	87	9	55	41	0	2	56	1.13
8793290--8793385	3	31.7	3	91	2	156	64	1	1	33	1.07
8797382--8797419	19	2.0	19	94	0	67	31	2	26	39	1.70
8800581--8800628	19	2.5	19	82	0	60	16	27	31	25	1.97
8800664--8800832	57	2.9	58	88	1	250	39	5	20	34	1.77
8800664--8800832	86	2.0	87	91	1	277	39	5	20	34	1.77
8800660--8800848	29	6.6	29	90	1	263	38	5	22	34	1.77
8801878--8801931	26	2.1	26	89	0	81	27	7	14	50	1.70
8803724--8803863	69	2.0	69	100	0	280	30	31	18	20	1.96
8808108--8808164	22	2.6	22	85	0	78	22	49	19	8	1.76
8808164--8808297	29	4.6	29	91	0	196	35	4	24	35	1.76
8811853--8811890	19	2.0	19	100	0	76	31	5	26	36	1.79
8813583--8814562	81	12.1	81	87	1	1291	32	20	11	35	1.88
8817925--8818844	81	11.4	81	87	1	1258	30	21	10	36	1.88
8817925--8818844	241	3.8	239	88	2	1259	30	21	10	36	1.88
8818805--8818873	29	2.4	29	90	0	111	33	20	4	42	1.72
8818739--8818954	110	2.0	110	86	1	308	31	20	9	37	1.85
8818649--8819035	191	2.0	191	89	0	594	31	21	10	36	1.87
8818835--8819900	81	13.2	81	90	0	1594	31	21	11	36	1.89
8818563--8819105	272	2.0	272	91	0	872	31	20	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8821385--8821521	68	2.0	68	88	2	204	43	24	21	10	1.84
8823362--8823448	21	4.0	22	70	21	69	34	24	17	24	1.96
8823988--8824013	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8834191--8834244	20	2.5	22	85	5	67	29	18	12	38	1.88
8838598--8838628	13	2.4	13	100	0	62	58	0	6	35	1.24
8840309--8840516	41	5.2	41	70	14	141	28	19	19	32	1.96
8840309--8840647	82	4.2	80	79	6	299	29	17	18	34	1.94
8840376--8840722	41	8.4	41	76	8	247	29	18	18	34	1.95
8840309--8840722	82	5.1	81	77	8	268	28	18	18	34	1.95
8843377--8843416	13	3.1	13	92	0	62	15	37	22	25	1.93
8845883--8845984	24	4.2	24	75	5	98	20	15	16	47	1.83
8847954--8848001	23	2.1	23	92	0	78	16	50	20	12	1.78
8847993--8848039	15	3.0	15	87	6	67	14	31	27	25	1.95
8852658--8852729	13	5.2	13	76	15	72	16	43	20	19	1.89
8852649--8852720	31	2.3	31	85	0	90	18	44	20	16	1.87
8852668--8852706	18	2.2	18	85	0	51	20	46	17	15	1.84
8852716--8852767	8	6.5	8	78	13	54	17	32	25	25	1.97
8852719--8852757	15	2.6	15	87	0	60	15	33	23	28	1.95
8858975--8859032	5	11.2	5	78	7	62	75	3	0	20	0.94
8858975--8859032	26	2.2	26	81	0	71	75	3	0	20	0.94
8858975--8859033	21	2.8	21	79	5	66	74	3	0	22	0.96
8861075--8861364	138	2.1	139	86	3	397	26	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8861380--8861678	36	8.8	36	67	18	174	39	14	16	30	1.88
8861457--8861641	30	5.8	30	68	22	126	39	14	15	30	1.88
8861420--8861686	66	4.0	66	88	2	383	38	13	17	30	1.89
8861924--8862238	67	4.8	66	72	14	265	37	11	17	33	1.86
8861900--8862294	197	2.0	198	99	0	783	37	10	16	35	1.84
8865085--8865129	23	2.0	23	86	0	63	17	26	24	31	1.97
8865149--8865202	24	2.4	22	76	11	63	18	18	18	44	1.87
8873909--8873950	22	1.9	22	90	9	68	54	2	14	28	1.52
8875007--8875087	21	3.7	22	81	6	94	18	17	25	38	1.92
8876299--8876363	25	2.7	23	80	13	78	56	1	6	35	1.33
8877244--8877297	21	2.5	22	82	5	67	3	20	3	72	1.16
8877251--8877290	15	2.8	14	85	7	53	5	17	2	75	1.10
8880220--8880423	102	2.0	101	89	0	309	29	23	19	27	1.98
8881840--8882917	539	2.0	539	98	0	2084	29	19	19	31	1.97
8887166--8887198	17	1.9	17	88	11	50	33	12	9	45	1.73
8888420--8888454	17	2.0	18	88	5	54	25	28	11	34	1.91
8900437--8900486	12	4.2	12	79	2	57	78	2	0	20	0.86
8901227--8901253	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8901252--8901298	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
8902304--8902378	33	2.3	33	90	0	123	34	22	6	36	1.81
8903086--8903152	33	2.0	33	88	0	98	31	8	25	34	1.87
8907724--8907782	26	2.3	26	93	0	100	59	1	3	35	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8911433--8911500	30	2.3	30	84	0	82	48	30	11	8	1.70
8922265--8922360	30	3.3	30	73	11	74	58	1	0	40	1.05
8923524--8923597	30	2.4	31	86	2	105	48	13	16	21	1.80
8923919--8923946	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8926051--8926107	28	2.0	28	100	0	114	38	29	17	14	1.89
8932532--8932577	14	3.3	14	79	11	58	30	2	23	43	1.66
8943293--8943332	12	3.3	12	92	0	62	15	20	42	22	1.88
8943494--8943562	35	1.9	36	91	2	113	18	31	14	34	1.91
8946898--8946924	13	2.1	13	100	0	54	29	29	7	33	1.85
8960895--8960951	18	3.1	18	79	2	60	29	28	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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